git://source.jalview.org / jabaws.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Delete unneeded directory
[jabaws.git] / website / archive / binaries / mac / src / fasta34 / Makefile.tc
diff --git a/website/archive/binaries/mac/src/fasta34/Makefile.tc b/website/archive/binaries/mac/src/fasta34/Makefile.tc
deleted file mode 100644 (file)
index 82e03cc..0000000
--- a/website/archive/binaries/mac/src/fasta34/Makefile.tc
+++ /dev/null
@@ -1,228 +0,0 @@
-#
-# makefile for fasta3, fasta3_t.  Use makefile.pvm for pvcompxx.
-
-# MSDOS Borland C commands
-#CC= bcc -mm -w-rvl -w-pro -3 -O
-CC= bcc32 -WC -w-rvl -w-pro -3 -O
-#CFLAGS= -IC:\bc5\include -DFAR_PTR -DALLOCN0 -DMSDOS 
-CFLAGS=-IC:\bc5\include -DBIGMEM -DALLOCN0 -DMSDOS
-#CL= bcc -mm
-CL= bcc32 -WC
-LFLAGS= -LC:\bc5\lib
-NRAND= nrand
-HZ=100
-
-
-XDIR = /seqprg/slib/bin
-
-SPROGS = fasta34.exe ssearch34.exe fastx34.exe tfastx34.exe fasty34.exe tfasty34.exe fasts34.exe tfasts34.exe prss34.exe prfx34.exe
-
-PROGS = $(SPROGS)
-
-all : $(PROGS)
-
-sall: $(SPROGS)
-
-clean-up:
-       del *.obj $(PROGS)
-
-install:
-       cp $(PROGS) $(XDIR)
-
-fasta34.exe : comp_lib.obj compacc.obj showbest.obj showalig.obj htime.obj apam.obj doinit.obj init_fa.obj scaleswn.obj karlin.obj drop_nfa.obj getseq.obj lgetlib.obj regetlib.obj ncbl2_lib.obj c_dispn.obj lib_sel.obj url_subs.obj nrand.obj getopt.obj
-       $(CL) $(LFLAGS) -efasta34.exe comp_lib.obj showalig.obj init_fa.obj drop_nfa.obj getseq.obj  @fasta3.rsp -lm
-
-fastx34.exe : comp_lib.obj compacc.obj showbest.obj showalig.obj htime.obj apam.obj doinit.obj init_fx.obj scaleswn.obj karlin.obj drop_fx.obj getseq.obj lgetlib.obj regetlib.obj ncbl2_lib.obj c_dispn.obj lib_sel.obj faatran.obj url_subs.obj nrand.obj getopt.obj
-       $(CL) $(LFLAGS) -efastx34.exe comp_lib.obj showalig.obj init_fx.obj drop_fx.obj faatran.obj getseq.obj  @fasta3.rsp -lm
-
-fasty34.exe : comp_lib.obj compacc.obj showbest.obj showalig.obj htime.obj apam.obj doinit.obj init_fy.obj scaleswn.obj karlin.obj drop_fz.obj getseq.obj lgetlib.obj regetlib.obj ncbl2_lib.obj c_dispn.obj lib_sel.obj faatran.obj url_subs.obj nrand.obj
-       $(CL) $(LFLAGS) -efasty34.exe comp_lib.obj showalig.obj init_fy.obj drop_fz.obj faatran.obj getseq.obj  @fasta3.rsp -lm
-
-tfastx34.exe : comp_lib.obj compacc.obj showbest.obj showalig.obj htime.obj apam.obj doinit.obj init_tfx.obj getseq.obj lgetlib.obj regetlib.obj ncbl2_lib.obj scaleswn.obj karlin.obj tdropfx.obj c_dispn.obj lib_sel.obj faatran.obj url_subs.obj nrand.obj
-       $(CL) $(LFLAGS) -etfastx34.exe comp_lib.obj showalig.obj init_tfx.obj tdropfx.obj faatran.obj getseq.obj @fasta3.rsp -lm
-
-tfasty34.exe : comp_lib.obj compacc.obj showbest.obj showalig.obj htime.obj apam.obj doinit.obj init_tfy.obj getseq.obj lgetlib.obj regetlib.obj ncbl2_lib.obj scaleswn.obj karlin.obj tdropfz.obj c_dispn.obj lib_sel.obj faatran.obj url_subs.obj nrand.obj
-       $(CL) $(LFLAGS) -etfasty34.exe comp_lib.obj showalig.obj init_tfy.obj tdropfz.obj faatran.obj getseq.obj @fasta3.rsp -lm
-
-ssearch34.exe : comp_lib.obj compacc.obj showbest.obj showalig.obj htime.obj apam.obj doinit.obj init_sw.obj scaleswn.obj karlin.obj dropgsw.obj getseq.obj lgetlib.obj regetlib.obj ncbl2_lib.obj c_dispn.obj lib_sel.obj url_subs.obj nrand.obj pssm_asn_subs.obj
-       $(CL) $(LFLAGS) -essearch34.exe comp_lib.obj showalig.obj init_sw.obj dropgsw.obj getseq.obj pssm_asn_subs.obj @fasta3.rsp -lm
-
-fasts34.exe : comp_lib.obj compacc.obj showbest.obj showalig.obj htime.obj apam.obj doinit.obj init_fs.obj dropfs2.obj scaleswt.obj karlin.obj tatsta_s.obj last_tat.obj getseq.obj lgetlib.obj regetlib.obj ncbl2_lib.obj c_dispn.obj lib_sel.obj url_subs.obj nrand.obj getopt.obj
-       $(CL) $(LFLAGS) -efasts34.exe comp_lib.obj showalig.obj init_fs.obj dropfs2.obj getseq.obj @fasts3.rsp -lm
-
-tfasts34.exe : comp_lib.obj compacc.obj showbest.obj showalig.obj htime.obj apam.obj doinit.obj init_tfs.obj droptfs2.obj scaleswt.obj karlin.obj tatsttfs.obj last_tat.obj getseq.obj lgetlib.obj regetlib.obj ncbl2_lib.obj c_dispn.obj lib_sel.obj url_subs.obj nrand.obj faatran.obj getopt.obj
-       $(CL) $(LFLAGS) -etfasts34.exe comp_lib.obj showalig.obj init_tfs.obj droptfs2.obj getseq.obj faatran.obj @tfasts3.rsp -lm
-
-prss34.exe : rcomplib.obj compacc.obj htime.obj apam.obj doinit.obj init_rss.obj scaleswn.obj karlin.obj dropgsw.obj llgetaa.obj showrss.obj lib_sel.obj nrand.obj getopt.obj pssm_asn_subs.obj
-       $(CL) $(LFLAGS) -eprss34.exe rcomplib.obj init_rss.obj dropgsw.obj llgetaa.obj nrand.obj @prss3.rsp -lm
-
-prfx34.exe : rcomplib.obj compacc.obj htime.obj apam.obj doinit.obj init_rfx.obj scaleswn.obj karlin.obj drop_fx.obj llgetaa.obj faatran.obj showrss.obj lib_sel.obj nrand.obj getopt.obj
-       $(CL) $(LFLAGS) -eprfx34.exe rcomplib.obj init_rfx.obj drop_fx.obj faatran.obj llgetaa.obj  nrand.obj @prss3.rsp -lm
-
-comp_lib.obj : comp_lib.c mw.h structs.h defs.h param.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -DPGM_DOC -ocomp_lib.obj -c comp_lib.c
-
-rcomplib.obj : comp_lib.c mw.h structs.h defs.h param.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -DPRSS -orcomplib.obj -c comp_lib.c
-
-htime.obj : htime.c
-       $(CC) $(CFLAGS) -c htime.c
-
-hxgetaa.obj : hxgetaa.c altlib.h upam.h uascii.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c hxgetaa.c
-
-init_sw.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DSSEARCH -oinit_sw.obj initfa.c
-
-init_ssw.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DOSEARCH -oinit_ssw.obj initfa.c
-
-init_rss.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DPRSS -oinit_rss.obj initfa.c
-
-init_rfx.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DPRFX -oinit_rfx.obj initfa.c
-
-init_fa.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTA -oinit_fa.obj initfa.c
-
-init_ff.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTF -oinit_ff.obj initfa.c
-
-init_tf.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTF -DTFAST -oinit_tf.obj initfa.c
-
-init_fs.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTS -oinit_fs.obj initfa.c
-
-init_fm.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTM -oinit_fm.obj initfa.c
-
-init_tfs.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTS -DTFAST  -oinit_tfs.obj initfa.c
-
-init_tfm.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTM -DTFAST  -oinit_tfm.obj initfa.c
-
-init_tfa.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTA -DTFAST -oinit_tfa.obj initfa.c
-
-init_fx.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTX -oinit_fx.obj initfa.c
-
-init_tfx.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTX -DTFAST -oinit_tfx.obj initfa.c
-
-init_fy.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTY -oinit_fy.obj initfa.c
-
-init_tfy.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTY -DTFAST -oinit_tfy.obj initfa.c
-
-doinit.obj : doinit.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c doinit.c
-
-compacc.obj : compacc.c upam.h uascii.h param.h structs.h mw.h defs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c compacc.c
-
-showbest.obj : mshowbest.c mw.h defs.h param.h structs.h mm_file.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -oshowbest.obj -c mshowbest.c
-
-showrss.obj : showrss.c mw.h defs.h param.h structs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c showrss.c
-
-showalig.obj : mshowalign.c mw.h defs.h structs.h param.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -oshowalig.obj -c mshowalign.c
-
-c_dispn.obj : c_dispn.c defs.h structs.h param.h 
-       $(CC) $(CFLAGS) -c c_dispn.c
-
-lib_sel.obj : lib_sel.c defs.h structs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c lib_sel.c
-
-scaleswn.obj : scaleswn.c defs.h mw.h alt_parms.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c scaleswn.c
-
-scaleswt.obj : scaleswt.c defs.h mw.h alt_parms.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c scaleswt.c
-
-tatsta_s.obj : tatstats.c defs.h mw.h alt_parms.h tatstats.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -DFASTS -otatsta_s.obj -c tatstats.c
-
-tatsttfs.obj : tatstats.c defs.h mw.h alt_parms.h tatstats.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -DTFAST -DFASTS -otatsttfs.obj -c tatstats.c
-
-karlin.obj : karlin.c param.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c karlin.c
-
-scaleswg.obj : scaleswg.c defs.h mw.h alt_parms.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c scaleswg.c
-
-drop_nfa.obj : dropnfa.c param.h defs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -odrop_nfa.obj -c dropnfa.c
-
-drop_ff.obj : dropffa.c mw.h param.h defs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -odrop_ff.obj -c dropffa.c
-
-drop_tff.obj : dropffa.c mw.h param.h defs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -DTFAST -odrop_tff.obj -c dropffa.c
-
-drop_fx.obj : dropfx.c mw.h upam.h param.h defs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -DFASTX -odrop_fx.obj -c dropfx.c
-
-dropfs2.obj : dropfs2.c mw.h upam.h param.h defs.h tatstats.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -DFASTS  -c dropfs2.c
-
-droptfs2.obj : dropfs2.c mw.h upam.h param.h defs.h tatstats.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -DTFAST -DFASTS -c -odroptfs2.obj dropfs2.c
-
-tdropfx.obj : dropfx.c mw.h upam.h param.h defs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -DTFAST -otdropfx.obj -c dropfx.c
-
-drop_fz.obj : dropfz2.c mw.h upam.h param.h defs.h aamap.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -odrop_fz.obj -c dropfz2.c
-
-tdropfz.obj : dropfz2.c mw.h upam.h param.h defs.h aamap.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -DTFAST -otdropfz.obj -c dropfz2.c
-
-dropnsw.obj : dropnsw.c mw.h upam.h param.h structs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c dropnsw.c
-
-dropgsw.obj : dropgsw.c mw.h upam.h param.h structs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c dropgsw.c
-
-dropnw.obj : dropnw.c mw.h upam.h param.h structs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c dropnw.c
-
-llgetaa.obj : llgetaa.c altlib.h upam.h uascii.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -DNOLIB -c llgetaa.c
-
-lgetlib.obj : nmgetlib.c altlib.h upam.h uascii.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -olgetlib.obj  -c nmgetlib.c
-
-regetlib.obj : re_getlib.c mw.h mm_file.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -oregetlib.obj -c re_getlib.c
-
-getseq.obj : getseq.c defs.h uascii.h structs.h upam.h 
-       $(CC) $(CFLAGS) -c getseq.c
-
-ncbl_lib.obj : ncbl_lib.c ncbl_head.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c ncbl_lib.c
-
-ncbl2_lib.obj : ncbl2_mlib.c ncbl2_head.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c ncbl2_mlib.c
-
-faatran.obj : faatran.c upam.h uascii.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c faatran.c
-
-url_subs.obj : url_subs.c structs.h param.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c url_subs.c
-
-nrand48.obj : nrand48.c
-       $(CC) $(CFLAGS) -c nrand48.c
-
-nrand.obj : nrand.c
-       $(CC) $(CFLAGS) -c nrand.c
-
-getopt.obj : getopt.c
-       $(CC) $(CFLAGS) -c getopt.c