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[jabaws.git] / website / archive / binaries / mac / src / fasta34 / dropfx.c
diff --git a/website/archive/binaries/mac/src/fasta34/dropfx.c b/website/archive/binaries/mac/src/fasta34/dropfx.c
deleted file mode 100644 (file)
index d917b08..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,2845 +0,0 @@
-
-/* copyright (c) 1998, 1999 William R. Pearson and the U. of Virginia */
-
-/* $Name: fa_34_26_5 $ - $Id: dropfx.c,v 1.68 2007/04/26 18:37:18 wrp Exp $ */
-
-/* implements the fastx algorithm, see:
-
-   W. R. Pearson, T. Wood, Z. Zhang, A W. Miller (1997) "Comparison of
-   DNA sequences with protein sequences" Genomics 46:24-36
-
-   see dropnfa.c for better variable descriptions and comments
-*/
-   
-/* 18-Sept-2006 - remove global variables used for alignment */
-
-/* 22-June-2006 - correct incorrect alignment coordinates generated
-   after pro_dna() on projected DNA region.  
-*/
-
-/* 9-May-2003 -> 3.46 changed lx_band to use projected protein
-   boundary end.  this fixes some addressing issues on MacOSX, and
-   speeds up alignment on very long proteins
-*/
-
-#include <stdio.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <string.h>
-#include <ctype.h>
-#include <math.h>
-
-#include "defs.h"
-#include "param.h"
-#define XTERNAL
-#include "upam.h"
-
-/* this must be consistent with upam.h */
-#define MAXHASH 32
-#define NMAP MAXHASH+1
-
-/* globals for fasta */
-#define MAXWINDOW 64
-
-#ifndef MAXSAV
-#define MAXSAV 10
-#endif
-
-#ifndef ALLOCN0
-static char *verstr="3.5 Sept 2006";
-#else
-static char *verstr="3.5an0 May 2006";
-#endif
-
-struct dstruct         /* diagonal structure for saving current run */
-{                      
-   int     score;      /* hash score of current match */
-   int     start;      /* start of current match */
-   int     stop;       /* end of current match */
-   struct savestr *dmax;   /* location in vmax[] where best score data saved */
-};
-
-struct savestr
-{
-   int     score;              /* pam score with segment optimization */
-   int     score0;             /* pam score of best single segment */
-   int     gscore;             /* score from global match */
-   int     dp;                 /* diagonal of match */
-   int     start;              /* start of match in lib seq */
-   int     stop;               /* end of match in lib seq */
-};
-
-struct swstr { int H, E;};
-
-struct bdstr { int CC, DD, CP, DP;};
-
-void savemax();
-void kpsort();
-
-struct sx_s {int C1, C2, C3, I1, I2, I3, flag; };
-
-struct f_struct {
-  struct dstruct *diag;
-  struct savestr vmax[MAXSAV]; /* best matches saved for one sequence */
-  struct savestr *vptr[MAXSAV];
-  struct savestr *lowmax;
-  int ndo;
-  int noff;
-  int hmask;                   /* hash constants */
-  int *pamh1;                  /* pam based array */
-  int *pamh2;                  /* pam based kfact array */
-  int *link, *harr;            /* hash arrays */
-  int kshft;                   /* shift width */
-  int nsav, lowscor;           /* number of saved runs, worst saved run */
-#ifndef TFAST
-  unsigned char *aa0x;         /* contains translated codons 111222333*/
-  unsigned char *aa0y;         /* contains translated codons 123123123*/
-#else
-  unsigned char *aa1x;         /* contains translated codons 111222333 */
-  unsigned char *aa1y;         /* contains translated codons 123123123 */
-#endif
-  struct sx_s *cur;
-  int *waa0;
-  int *waa1;
-  int *res;
-  int max_res;
-};
-
-#define DROP_INTERN
-#include "drop_func.h"
-
-static int dmatchx(const unsigned char *aa0, int n0,
-                  const unsigned char *aa1, int n1,
-                  int hoff, int window, 
-                  int **pam2, int gdelval, int ggapval, int gshift,
-                  struct f_struct *f_str);
-
-int shscore(unsigned char *aa0, int n0, int **pam2);
-int saatran(const unsigned char *ntseq, unsigned char *aaseq, int maxs, int frame);
-int spam (const unsigned char *aa0, const unsigned char *aa1, 
-         struct savestr *dmax, int **pam2,
-         struct f_struct *f_str);
-int sconn (struct savestr **v, int n,int cgap, int pgap, struct f_struct *f_str);
-int lx_band(const unsigned char *prot_seq, int len_prot,
-           const unsigned char *dna_prot_seq, int len_dna_prot,
-           int **pam_matrix, int gopen, int gext,
-           int gshift, int start_diag, int width, struct f_struct *f_str);
-
-static void
-update_code(char *al_str, int al_str_max, int op, int op_cnt, char *op_char);
-
-extern void w_abort (char *p, char *p1);
-
-/* initialize for fasta */
-
-void
-init_work (unsigned char *aa0, int n0, 
-          struct pstruct *ppst,
-          struct f_struct **f_arg)
-{
-   int mhv, phv;
-   int hmax;
-   int i0, hv;
-   int pamfact;
-   int btemp;
-   struct f_struct *f_str;
-   int ktup;           /* word size examined */
-   int fact;           /* factor used to scale ktup match value */
-   int kt1;            /* ktup-1 */
-   int lkt;            /* last ktup - initiall kt1, but can be increased
-                          for hsq >= NMAP */
-
-   int maxn0;
-   int *pwaa;
-   int i, j, q;
-   struct swstr *ss, *r_ss;
-   int *waa;
-   int *res;
-   int nsq, ip, *hsq;
-#ifndef TFAST
-   int last_n0, itemp;
-   unsigned char *fd, *fs, *aa0x, *aa0y, *aa0s;
-   int n0x, n0x3;
-#endif
-
-  if (ppst->ext_sq_set) {
-    nsq = ppst->nsqx; ip = 1;
-    hsq = ppst->hsqx;
-  }
-  else {
-    nsq = ppst->nsq; ip = 0;
-    hsq = ppst->hsq;
-  }
-
-   f_str = (struct f_struct *)calloc(1,sizeof(struct f_struct));
-
-   btemp = 2 * ppst->param_u.fa.bestoff / 3 +
-      n0 / ppst->param_u.fa.bestscale +
-      ppst->param_u.fa.bkfact *
-      (ppst->param_u.fa.bktup - ppst->param_u.fa.ktup);
-   btemp = min (btemp, ppst->param_u.fa.bestmax);
-   if (btemp > 3 * n0) btemp = 3 * shscore(aa0,n0,ppst->pam2[0]) / 5;
-
-   ppst->param_u.fa.cgap = btemp + ppst->param_u.fa.bestoff / 3;
-   if (ppst->param_u.fa.optcut_set != 1)
-#ifndef TFAST
-      ppst->param_u.fa.optcut = (btemp*5)/4;
-#else
-      ppst->param_u.fa.optcut = (btemp*4)/3;
-#endif
-
-#ifdef OLD_FASTA_GAP
-   ppst->param_u.fa.pgap = ppst->gdelval + ppst->ggapval;
-#else
-   ppst->param_u.fa.pgap = ppst->gdelval + 2*ppst->ggapval;
-#endif
-   pamfact = ppst->param_u.fa.pamfact;
-   ktup = ppst->param_u.fa.ktup;
-   fact = ppst->param_u.fa.scfact * ktup;
-
-   if (pamfact == -1)
-      pamfact = 0;
-   else if (pamfact == -2)
-      pamfact = 1;
-
-   for (i0 = 1, mhv = -1; i0 <=nsq; i0++)
-      if (hsq[i0] < NMAP && hsq[i0] > mhv) mhv = hsq[i0];
-
-   if (mhv <= 0) {
-      fprintf (stderr, " maximum hsq <=0 %d\n", mhv);
-      exit (1);
-   }
-
-   for (f_str->kshft = 0; mhv > 0; mhv /= 2)
-      f_str->kshft++;
-
-/*      kshft = 2;     */
-   kt1 = ktup - 1;
-   hv = 1;
-   for (i0 = 0; i0 < ktup; i0++) {
-     hv = hv << f_str->kshft;
-   }
-   hmax = hv;
-   f_str->hmask = (hmax >> f_str->kshft) - 1;
-
-
-   if ((f_str->harr = (int *) calloc (hmax, sizeof (int))) == NULL) {
-     fprintf (stderr, " cannot allocate hash array\n");
-     exit (1);
-   }
-   if ((f_str->pamh1 = (int *) calloc (nsq+1, sizeof (int))) == NULL) {
-     fprintf (stderr, " cannot allocate pamh1 array\n");
-     exit (1);
-   }
-   if ((f_str->pamh2 = (int *) calloc (hmax, sizeof (int))) == NULL) {
-     fprintf (stderr, " cannot allocate pamh2 array\n");
-     exit (1);
-   }
-   if ((f_str->link = (int *) calloc (n0, sizeof (int))) == NULL) {
-     fprintf (stderr, " cannot allocate hash link array");
-     exit (1);
-   }
-
-#ifdef TFAST
-   if ((f_str->aa1x =(unsigned char *)calloc((size_t)ppst->maxlen+2,
-                                            sizeof(unsigned char)))
-       == NULL) {
-     fprintf (stderr, "cannot allocate aa1x array %d\n", ppst->maxlen+2);
-     exit (1);
-   }
-   f_str->aa1x++;
-
-   if ((f_str->aa1y =(unsigned char *)calloc((size_t)ppst->maxlen+2,
-                                            sizeof(unsigned char)))
-       == NULL) {
-     fprintf (stderr, "cannot allocate aa1y array %d\n", ppst->maxlen+2);
-     exit (1);
-   }
-   f_str->aa1y++;
-#else  /* FASTX */
-   maxn0 = n0 + 2;
-   if ((aa0x =(unsigned char *)calloc((size_t)maxn0,sizeof(unsigned char)))
-       == NULL) {
-     fprintf (stderr, "cannot allocate aa0x array %d\n", maxn0);
-     exit (1);
-   }
-   aa0x++;
-   f_str->aa0x = aa0x;
-
-   if ((aa0y =(unsigned char *)calloc((size_t)maxn0,sizeof(unsigned char)))
-       == NULL) {
-     fprintf (stderr, "cannot allocate aa0y array %d\n", maxn0);
-     exit (1);
-   }
-   aa0y++;
-   f_str->aa0y = aa0y;
-
-   last_n0 = 0;
-   for (itemp=0; itemp<3; itemp++) {
-     n0x = saatran(aa0,&aa0x[last_n0],n0,itemp);
-     /*
-       for (i=0; i<n0x; i++) {
-       fprintf(stderr,"%c",aa[aa0x[last_n0+i]]);
-       if ((i%60)==59) fprintf(stderr,"\n");
-       }
-       fprintf(stderr,"\n");
-     */
-     last_n0 += n0x+1;
-   }
-
-   /*     fprintf(stderr,"\n"); */
-
-   for (itemp=0, fs=aa0x; itemp <3; itemp++,fs++) {
-     for (fd = &aa0y[itemp]; *fs!=EOSEQ; fd += 3, fs++) *fd = *fs;
-     *fd=EOSEQ;
-   }
-
-   /* now switch aa0 and aa0x for hashing functions */
-   /* this seems dangerous in threaded code, but only the pointer is changed,
-      not the data itself */
-
-   fs = aa0;
-   aa0 = aa0x;
-   aa0x = fs;
-                                        
-#endif
-
-   for (i0 = 0; i0 < hmax; i0++)
-      f_str->harr[i0] = -1;
-   for (i0 = 0; i0 < n0; i0++)
-      f_str->link[i0] = -1;
-
-   /* encode the aa0 array */
-
-   phv = hv = 0;
-   lkt = kt1;
-   for (i0 = 0; i0 < min(lkt,n0); i0++) {
-     if (hsq[aa0[i0]] >= NMAP) {hv=phv=0; lkt=i0+ktup; continue;}
-     hv = (hv << f_str->kshft) + hsq[aa0[i0]];
-     phv += ppst->pam2[ip][aa0[i0]][aa0[i0]] * ktup;
-   }
-
-   for (; i0 < n0; i0++) {
-     if (hsq[aa0[i0]] >= NMAP) {
-       hv=phv=0; 
-       lkt = i0+ktup;
-       /* restart hv, phv calculation */
-       for (; (i0 < lkt || hsq[aa0[i0]]>=NMAP) && i0<n0; i0++) {
-        if (hsq[aa0[i0]] >= NMAP) {hv=phv=0; lkt = i0+ktup; continue;}
-        hv = (hv << f_str->kshft) + hsq[aa0[i0]];
-        phv += ppst->pam2[ip][aa0[i0]][aa0[i0]] * ktup;
-       }
-     }
-     if (i0 >= n0) break;
-     hv = ((hv & f_str->hmask) << f_str->kshft) + hsq[aa0[i0]];
-     f_str->link[i0] = f_str->harr[hv];
-     f_str->harr[hv] = i0;
-     if (pamfact) {
-       f_str->pamh2[hv] = (phv += ppst->pam2[ip][aa0[i0]][aa0[i0]] * ktup);
-       /* this check should always be true, but just in case */
-       if (hsq[aa0[i0-kt1]]<NMAP)
-        phv -= ppst->pam2[ip][aa0[i0 - kt1]][aa0[i0 - kt1]] * ktup;
-     }
-     else f_str->pamh2[hv] = fact * ktup;
-   }
-
-#ifndef TFAST
-   /* done hashing, now switch aa0, aa0x back */
-   fs = aa0;
-   aa0 = aa0x;
-   aa0x = fs;
-#endif
-
-/* this has been modified from 0..<nsq to 1..<=nsq because the
-   pam2[0][0] is now undefined for consistency with blast
-*/
-
-   if (pamfact)
-      for (i0 = 1; i0 <= nsq; i0++)
-        f_str->pamh1[i0] = ppst->pam2[ip][i0][i0] * ktup;
-   else
-      for (i0 = 1; i0 <= nsq; i0++)
-        f_str->pamh1[i0] = fact;
-
-   f_str->ndo = 0;     /* used to save time on diagonals with long queries */
-
-#ifndef ALLOCN0
-   if ((f_str->diag = (struct dstruct *) calloc ((size_t)MAXDIAG,
-                                                sizeof (struct dstruct)))==NULL) {
-      fprintf (stderr," cannot allocate diagonal arrays: %ld\n",
-             (long) MAXDIAG *sizeof (struct dstruct));
-      exit (1);
-     };
-#else
-   if ((f_str->diag = (struct dstruct *) calloc ((size_t)n0,
-                                             sizeof (struct dstruct)))==NULL) {
-      fprintf (stderr," cannot allocate diagonal arrays: %ld\n",
-             (long)n0*sizeof (struct dstruct));
-      exit (1);
-     };
-#endif
-
-
-   if ((waa= (int *)malloc (sizeof(int)*(nsq+1)*n0)) == NULL) {
-     fprintf(stderr,"cannot allocate waa struct %3d\n",nsq*n0);
-     exit(1);
-   }
-
-   pwaa = waa;
-   for (i=0; i<=nsq; i++) {
-     for (j=0;j<n0; j++) {
-       *pwaa = ppst->pam2[ip][i][aa0[j]];
-       pwaa++;
-     }
-   }
-   f_str->waa0 = waa;
-
-   if ((waa= (int *)malloc (sizeof(int)*(nsq+1)*n0)) == NULL) {
-     fprintf(stderr,"cannot allocate waa struct %3d\n",nsq*n0);
-     exit(1);
-   }
-
-   pwaa = waa;
-   for (i=0; i<=nsq; i++) {
-     for (j=0;j<n0; j++) {
-       *pwaa = ppst->pam2[0][i][aa0[j]];
-       pwaa++;
-     }
-   }
-   f_str->waa1 = waa;
-
-#ifndef TFAST
-   maxn0 = max(2*n0,MIN_RES);
-#else
-   /* maxn0 needs to be large enough to accomodate introns
-      for TFASTX.  For all other functions, it will be
-      more reasonable. */
-   maxn0 = max(4*n0,MIN_RES);
-#endif
-   if ((res = (int *)calloc((size_t)maxn0,sizeof(int)))==NULL) {
-     fprintf(stderr,"cannot allocate alignment results array %d\n",maxn0);
-     exit(1);
-   }
-   f_str->res = res;
-   f_str->max_res = maxn0;
-
-   *f_arg = f_str;
-}
-
-
-/* pstring1 is a message to the manager, currently 512 */
-/* pstring2 is the same information, but in a markx==10 format */
-void
-get_param (struct pstruct *pstr, char *pstring1, char *pstring2)
-{
-#ifndef TFAST
-  char *pg_str="FASTX";
-#else
-  char *pg_str="TFASTX";
-#endif
-
-   if (!pstr->param_u.fa.optflag)
-#ifdef OLD_FASTA_GAP
-      sprintf (pstring1, "%s (%s) function [%s matrix (%d:%d:%d)%s] ktup: %d\n join: %d, gap-pen: %d/%d, shift: %d width: %3d",pg_str,verstr,
-#else
-      sprintf (pstring1, "%s (%s) function [%s matrix (o=%d:%d:%d:%d)%s] ktup: %d\n join: %d, open/ext: %d/%d, shift: %d width: %3d",pg_str,verstr,
-#endif
-              pstr->pamfile, pstr->pam_h,pstr->pam_l,pstr->pam_xx,pstr->pam_xm,
-              (pstr->ext_sq_set) ? "xS":"\0",
-              pstr->param_u.fa.ktup, pstr->param_u.fa.cgap,
-              pstr->gdelval, pstr->ggapval, pstr->gshift,
-              pstr->param_u.fa.optwid);
-   else
-#ifdef OLD_FASTA_GAP
-      sprintf (pstring1, "%s (%s) function [optimized, %s matrix (%d:%d:%d)%s] ktup: %d\n join: %d, opt: %d, gap-pen: %d/%d shift: %3d, width: %3d",pg_str,verstr,
-#else
-      sprintf (pstring1, "%s (%s) function [optimized, %s matrix (o=%d:%d:%d:%d)%s] ktup: %d\n join: %d, opt: %d, open/ext: %d/%d shift: %3d, width: %3d",pg_str,verstr,
-#endif
-              pstr->pamfile, pstr->pam_h,pstr->pam_l,pstr->pam_xx, pstr->pam_xm,
-              (pstr->ext_sq_set) ? "xS":"\0",
-              pstr->param_u.fa.ktup, pstr->param_u.fa.cgap,
-              pstr->param_u.fa.optcut, pstr->gdelval, pstr->ggapval,
-              pstr->gshift,pstr->param_u.fa.optwid);
-
-   if (pstr->param_u.fa.iniflag) strcat(pstring1," init1");
-   /*
-   if (pstr->zsflag==0) strcat(pstring1," not-scaled");
-   else if (pstr->zsflag==1) strcat(pstring1," reg.-scaled");
-   */
-
-   if (pstring2 != NULL) {
-#ifdef OLD_FASTA_GAP
-     sprintf (pstring2, "; pg_name: %s\n; pg_ver: %s\n; pg_matrix: %s (%d:%d)%s\n\
-; pg_gap-pen: %d %d\n; pg_ktup: %d\n; pg_optcut: %d\n; pg_cgap: %d\n",
-#else
-     sprintf (pstring2, "; pg_name: %s\n; pg_ver: %s\n; pg_matrix: %s (%d:%d)%s\n\
-; pg_open_ext: %d %d\n; pg_ktup: %d\n; pg_optcut: %d\n; pg_cgap: %d\n",
-#endif
-             pg_str,verstr,pstr->pamfile, pstr->pam_h,pstr->pam_l, 
-             (pstr->ext_sq_set) ? "xS":"\0", pstr->gdelval,
-              pstr->ggapval,pstr->param_u.fa.ktup,pstr->param_u.fa.optcut,
-             pstr->param_u.fa.cgap);
-   }
-}
-
-void
-close_work (const unsigned char *aa0, int n0,
-           struct pstruct *ppst,
-           struct f_struct **f_arg)
-{
-  struct f_struct *f_str;
-
-  f_str = *f_arg;
-
-  if (f_str != NULL) {
-    free(f_str->cur);
-#ifndef TFAST
-    f_str->aa0y--;
-    free(f_str->aa0y);
-    f_str->aa0x--;
-    free(f_str->aa0x);
-#else
-    f_str->aa1y--;
-    free(f_str->aa1y);
-    f_str->aa1x--;
-    free(f_str->aa1x);
-#endif
-    free(f_str->res);
-    free(f_str->waa1);
-    free(f_str->waa0);
-    free(f_str->diag);
-    free(f_str->link);
-    free(f_str->pamh2); 
-    free(f_str->pamh1);
-    free(f_str->harr);
-    free(f_str);
-    *f_arg = NULL;
-  }
-}
-
-void do_fastx (const unsigned char *aa0, int n0,
-              const unsigned char *aa1, int n1,
-              struct pstruct *ppst, struct f_struct *f_str,
-              struct rstruct *rst, int *hoff)
-{
-   int     nd;         /* diagonal array size */
-   int     lhval;
-   int     kfact;
-   int i;
-   int my_hoff;
-   register struct dstruct *dptr;
-   register int tscor;
-
-#ifndef ALLOCN0
-   register struct dstruct *diagp;
-#else
-   register int dpos;
-   int     lposn0;
-#endif
-   struct dstruct *dpmax;
-   register int lpos;
-   int     tpos;
-   struct savestr *vmptr;
-   int     scor, tmp;
-   int     im, ib, nsave;
-   int ktup, kt1, *hsq, ip, lkt;
-#ifndef TFAST
-   int n0x31, n0x32;
-   n0x31 = (n0-2)/3;
-   n0x32 = n0x31+1+(n0-n0x31-1)/2;
-#else
-   const unsigned char *fs;
-   unsigned char *fd;
-   int n1x31, n1x32, last_n1, itemp;
-   n1x31 = (n1-2)/3;
-   n1x32 = n1x31+1+(n1-n1x31-1)/2;
-#endif
-
-  if (ppst->ext_sq_set) {
-    ip = 1;
-    hsq = ppst->hsqx;
-  }
-  else {
-    ip = 0;
-    hsq = ppst->hsq;
-  }
-
-   ktup = ppst->param_u.fa.ktup;
-   kt1 = ktup-1;
-
-   if (n1 < ktup) {
-     rst->score[0] = rst->score[1] = rst->score[2] = 0;
-     return;
-   }
-
-   if (n0+n1+1 >= MAXDIAG) {
-     fprintf(stderr,"n0,n1 too large: %d, %d\n",n0,n1);
-     rst->score[0] = rst->score[1] = rst->score[2] = -1;
-     return;
-   }
-
-   f_str->noff = n0 - 1;
-
-#ifdef ALLOCN0
-   nd = n0;
-#endif
-
-#ifndef ALLOCN0
-   nd = n0 + n1;
-#endif
-
-   dpmax = &f_str->diag[nd];
-   for (dptr = &f_str->diag[f_str->ndo]; dptr < dpmax;)
-   {
-      dptr->stop = -1;
-      dptr->dmax = NULL;
-      dptr++->score = 0;
-   }
-
-   for (vmptr = f_str->vmax; vmptr < &f_str->vmax[MAXSAV]; vmptr++)
-      vmptr->score = 0;
-   f_str->lowmax = f_str->vmax;
-   f_str->lowscor = 0;
-
-   /* start hashing */
-   lhval = 0;
-   lkt = kt1;
-   for (lpos = 0; (lpos < lkt || hsq[aa1[lpos]]>=NMAP) && lpos<n1; lpos++) {
-     if (hsq[aa1[lpos]]>=NMAP) {
-       lhval = 0; lkt=lpos+ktup; continue;
-#ifdef ALLOCN0         /* reinitialize dptr */
-       dptr = &f_str->diag[lpos % nd];
-       dptr->stop = -1;
-       dptr->dmax = NULL;
-       dptr->score = 0;
-#endif
-     }
-     lhval = ((lhval & f_str->hmask) << f_str->kshft) + hsq[aa1[lpos]];
-   }
-
-#ifndef ALLOCN0
-   diagp = &f_str->diag[f_str->noff + lkt];
-   for (; lpos < n1; lpos++, diagp++) {
-     /*     if (hsq[aa1[lpos]]>=NMAP) {lhval = 0; continue;} */
-     if (hsq[aa1[lpos]]>=NMAP) {
-       lpos++ ; diagp++;
-       while (lpos < n1 && hsq[aa1[lpos]]>=NMAP) {lpos++; diagp++;}
-       if (lpos >= n1) break;
-       lhval = 0;
-     }
-     lhval = ((lhval & f_str->hmask) << f_str->kshft) + hsq[aa1[lpos]];
-     for (tpos = f_str->harr[lhval]; tpos >= 0; tpos = f_str->link[tpos]) {
-       if ((tscor = (dptr = &diagp[-tpos])->stop) >= 0) {
-#else
-   lposn0 = f_str->noff + lpos;
-   for (; lpos < n1; lpos++, lposn0++) {
-     if (hsq[aa1[lpos]]>=NMAP) {lhval = 0; goto loopl;}
-     lhval = ((lhval & f_str->hmask) << f_str->kshft) + hsq[aa1[lpos]];
-     for (tpos = f_str->harr[lhval]; tpos >= 0; tpos = f_str->link[tpos]) {
-       dpos = lposn0 - tpos;
-       if ((tscor = (dptr = &f_str->diag[dpos % nd])->stop) >= 0) {
-#endif
-        tscor += ktup;
-        if ((tscor -= lpos) <= 0) {    /* better to start over */
-          scor = dptr->score;
-          if ((tscor += (kfact = f_str->pamh2[lhval])) < 0 && f_str->lowscor < scor)
-#ifdef ALLOCN0
-            savemax (dptr, dpos, f_str);
-#else
-            savemax (dptr, f_str);
-#endif
-            if ((tscor += scor) >= kfact) {
-              dptr->score = tscor;
-              dptr->stop = lpos;
-            }
-            else {
-              dptr->score = kfact;
-              dptr->start = (dptr->stop = lpos) - kt1;
-            }
-        }                              /* continue current run in diagonal */
-        else {
-          dptr->score += f_str->pamh1[aa0[tpos]];
-          dptr->stop = lpos;
-        }
-       }
-       else {
-        dptr->score = f_str->pamh2[lhval];
-        dptr->start = (dptr->stop = lpos) - kt1;
-       }
-     }                         /* end tpos */
-
-#ifdef ALLOCN0
-      /* reinitialize diag structure */
-   loopl:
-     if ((dptr = &f_str->diag[lpos % nd])->score > f_str->lowscor) {
-          savemax (dptr, lpos, f_str);
-     }
-     dptr->stop = -1;
-     dptr->dmax = NULL;
-     dptr->score = 0;
-#endif
-   }                           /* end lpos */
-
-#ifdef ALLOCN0
-   for (tpos = 0, dpos = f_str->noff + n1 - 1; tpos < n0; tpos++, dpos--) {
-     if ((dptr = &f_str->diag[dpos % nd])->score > f_str->lowscor)
-       savemax (dptr, dpos, f_str);
-   }
-#else
-   for (dptr = f_str->diag; dptr < dpmax;) {
-     if (dptr->score > f_str->lowscor) savemax (dptr, f_str);
-     dptr->stop = -1;
-     dptr->dmax = NULL;
-     dptr++->score = 0;
-   }
-   f_str->ndo = nd;
-#endif
-
-/*
-        at this point all of the elements of aa1[lpos]
-        have been searched for elements of aa0[tpos]
-        with the results in diag[dpos]
-*/
-
-   for (nsave = 0, vmptr = f_str->vmax; vmptr < &f_str->vmax[MAXSAV]; vmptr++)
-   {
-     /*
-       fprintf(stderr,"0: %4d-%4d  1: %4d-%4d  dp: %d score: %d\n",
-              f_str->noff+vmptr->start-vmptr->dp,
-              f_str->noff+vmptr->stop-vmptr->dp,
-              vmptr->start,vmptr->stop,
-              vmptr->dp,vmptr->score);
-     */
-      if (vmptr->score > 0) {
-        vmptr->score = spam (aa0, aa1, vmptr, ppst->pam2[ip], f_str);
-        f_str->vptr[nsave++] = vmptr;
-      }
-   }
-
-   if (nsave <= 0) {
-     rst->score[0] = rst->score[1] = rst->score[2] = 0;
-     return;
-   }
-       
-#ifndef TFAST
-   /* FASTX code here to modify the start, stop points for 
-      the three phases of the translated protein sequence
-      */
-   /*
-     fprintf(stderr,"n0x: %d; n0x31:%d; n0x32: %d\n",n0,n0x31,n0x32);
-     for (ib=0; ib<nsave; ib++) {
-       fprintf(stderr,"0: %4d-%4d  1: %4d-%4d  dp: %d score: %d\n",
-              f_str->noff+f_str->vptr[ib]->start-f_str->vptr[ib]->dp,
-              f_str->noff+f_str->vptr[ib]->stop-f_str->vptr[ib]->dp,
-              f_str->vptr[ib]->start,f_str->vptr[ib]->stop,
-              f_str->vptr[ib]->dp,f_str->vptr[ib]->score);
-     }
-
-     fprintf(stderr,"---\n");
-   */
-   for (ib=0; ib<nsave; ib++) {
-     if (f_str->noff-f_str->vptr[ib]->dp+f_str->vptr[ib]->start >= n0x32)
-       f_str->vptr[ib]->dp += n0x32;
-     if (f_str->noff-f_str->vptr[ib]->dp +f_str->vptr[ib]->start >= n0x31)
-       f_str->vptr[ib]->dp += n0x31;
-   }
-           
-   /*
-     for (ib=0; ib<nsave; ib++) {
-       fprintf(stderr,"0: %4d-%4d  1: %4d-%4d  dp: %d score: %d\n",
-              f_str->noff+f_str->vptr[ib]->start-f_str->vptr[ib]->dp,
-              f_str->noff+f_str->vptr[ib]->stop-f_str->vptr[ib]->dp,
-              f_str->vptr[ib]->start,f_str->vptr[ib]->stop,
-              f_str->vptr[ib]->dp,f_str->vptr[ib]->score);
-     }
-     */
-#else
-
-   /* TFASTX code here to modify the start, stop points for 
-            the three phases of the translated protein sequence
-            TFASTX modifies library start points, rather than 
-            query start points
-            */
-
-     /*
-   fprintf(stderr,"n0: %d; noff: %d; n1: %d; n1x31: %d n1x32 %d\n",n0, f_str->noff,n1,n1x31,n1x32);
-   for (ib=0; ib<nsave; ib++) {
-     fprintf(stderr,"0: %4d-%4d  1: %4d-%4d  dp: %d score: %d\n",
-            f_str->noff+f_str->vptr[ib]->start-f_str->vptr[ib]->dp,
-            f_str->noff+f_str->vptr[ib]->stop-f_str->vptr[ib]->dp,
-            f_str->vptr[ib]->start,f_str->vptr[ib]->stop,
-            f_str->vptr[ib]->dp,f_str->vptr[ib]->score);
-   }
-
-   fprintf(stderr,"---\n");
-   */
-
-   for (ib=0; ib<nsave; ib++) {
-     if (f_str->vptr[ib]->start >= n1x32) {
-       f_str->vptr[ib]->start -= n1x32;
-       f_str->vptr[ib]->stop -= n1x32;
-       f_str->vptr[ib]->dp -= n1x32;
-     }
-     if (f_str->vptr[ib]->start >= n1x31) {
-       f_str->vptr[ib]->start -= n1x31;
-       f_str->vptr[ib]->stop -= n1x31;
-       f_str->vptr[ib]->dp -= n1x31;
-     }
-   }
-           
-   /*
-   for (ib=0; ib<nsave; ib++) {
-     fprintf(stderr,"0: %4d-%4d  1: %4d-%4d  dp: %d score: %d\n",
-            f_str->noff+f_str->vptr[ib]->start-f_str->vptr[ib]->dp,
-            f_str->noff+f_str->vptr[ib]->stop-f_str->vptr[ib]->dp,
-            f_str->vptr[ib]->start,f_str->vptr[ib]->stop,
-            f_str->vptr[ib]->dp,f_str->vptr[ib]->score);
-   }
-   */
-
-#endif /* TFASTX */
-
-   scor = sconn (f_str->vptr, nsave, ppst->param_u.fa.cgap, 
-                ppst->param_u.fa.pgap, f_str);
-
-   for (vmptr=f_str->vptr[0],ib=1; ib<nsave; ib++)
-     if (f_str->vptr[ib]->score > vmptr->score) vmptr=f_str->vptr[ib];
-
-/*  kssort (f_str->vptr, nsave); */
-
-   rst->score[1] = vmptr->score;       /* best single score - init1*/
-   rst->score[0] = max (scor, vmptr->score);  /* initn */
-   rst->score[2] = rst->score[0];              /* initn */
-
-   my_hoff=f_str->noff - vmptr->dp;
-
-   /*
-   if (n1 > 5000) {
-     fprintf(stderr," Long n1: %d\n",n1);
-   }
-   */
-
-   if (ppst->param_u.fa.optflag) {
-     if (rst->score[0] > ppst->param_u.fa.optcut) {
-#ifndef TFAST
-       rst->score[2] = dmatchx(aa0, n0,aa1,n1,my_hoff,
-                            ppst->param_u.fa.optwid, ppst->pam2[ip],
-                            ppst->gdelval,ppst->ggapval,ppst->gshift,f_str);
-#else /* TFASTX */
-     /* generate f_str->aa1y */
-/*
-     for (i=0; i<n1; i++) {
-       fputc(ppst->sq[aa1[i]],stderr);
-       if (i%60==59) fputc('\n',stderr);
-     }
-     fprintf(stderr,"\n-----\n");
-*/
-     for (fs=aa1,itemp=0; itemp <3; itemp++,fs++) {
-       for (fd= &f_str->aa1y[itemp]; *fs!=EOSEQ; fd += 3, fs++) *fd = *fs;
-       *fd=EOSEQ;
-     }
-
-/*
-     for (i=0; i<n1; i++) {
-       fputc(ppst->sq[f_str->aa1y[i]],stderr);
-       if (i%60==59) fputc('\n',stderr);
-     }
-*/
-     rst->score[2] = dmatchx(aa0, n0, aa1, n1, my_hoff=vmptr->dp-f_str->noff,
-                            ppst->param_u.fa.optwid, ppst->pam2[ip],
-                            ppst->gdelval,ppst->ggapval,ppst->gshift,f_str);
-#endif /* TFASTX */
-     }
-   }
-   *hoff = my_hoff;
-}
-
-/* returns rst.score[0] - initn
-          rst.score[1] - init1
-          rst.score[2] - opt
-*/
-
-void do_work (const unsigned char *aa0, int n0,
-             const unsigned char *aa1, int n1,
-             int frame,
-             struct pstruct *ppst, struct f_struct *f_str,
-             int qr_flg, struct rstruct *rst)
-{
-  int hoff;
-  int last_n1, itx, itt, n10, i;
-
-#ifdef TFAST
-  unsigned char *aa1x;
-  /* aa0 has a protein sequence */
-  /* aa1 has a raw DNA sequence */
-
-  itt = frame;
-  last_n1 = 0;
-  aa1x = f_str->aa1x;
-  for (itx= itt*3; itx< itt*3+3; itx++) {
-    n10  = saatran(aa1,&aa1x[last_n1],n1,itx);
-    /*
-    fprintf(stderr," itt %d itx: %d\n",itt,itx);
-    for (i=0; i<n10; i++) {
-      fprintf(stderr,"%c",aa[f_str->aa1x[last_n1+i]]);
-      if ((i%60)==59) fprintf(stderr,"\n");
-    }
-    fprintf(stderr,"\n");
-    */
-    last_n1 += n10+1;
-  }
-  n10 = last_n1-1;
-#endif
-
-  rst->score[0] = rst->score[1] = rst->score[2] = 0;
-  rst->escore = 1.0;
-  rst->segnum = rst->seglen = 1;
-
-#ifndef TFAST
-  do_fastx (f_str->aa0x, n0, aa1, n1, ppst, f_str, rst, &hoff);
-#else /* tfastx */
-  do_fastx (aa0, n0, f_str->aa1x, n10, ppst, f_str, rst, &hoff);
-#endif
-}
-
-void do_opt (const unsigned char *aa0, int n0,
-            const unsigned char *aa1, int n1,
-            int frame,
-            struct pstruct *ppst,
-            struct f_struct *f_str,
-            struct rstruct *rst)
-{
-  int optflag, tscore, hoff;
-
-  optflag = ppst->param_u.fa.optflag;
-  ppst->param_u.fa.optflag = 1;
-
-#ifndef TFAST
-  do_fastx (f_str->aa0x, n0, aa1, n1, ppst, f_str, rst, &hoff);
-#else
-  do_fastx (aa0, n0, aa1, n1, ppst, f_str, rst, &hoff);
-#endif
-
-  ppst->param_u.fa.optflag = optflag;
-}
-
-#ifdef ALLOCN0
-void
-savemax (dptr, dpos, f_str)
-  register struct dstruct *dptr;
-  int  dpos;
-  struct f_struct *f_str;
-{
-   register struct savestr *vmptr;
-   register int i;
-
-#else
-void
-savemax (dptr, f_str)
-  register struct dstruct *dptr;
-  struct f_struct *f_str;
-{
-   register int dpos;
-   register struct savestr *vmptr;
-   register int i;
-
-   dpos = (int) (dptr - f_str->diag);
-
-#endif
-
-/* check to see if this is the continuation of a run that is already saved */
-
-   if ((vmptr = dptr->dmax) != NULL && vmptr->dp == dpos &&
-        vmptr->start == dptr->start)
-   {
-      vmptr->stop = dptr->stop;
-      if ((i = dptr->score) <= vmptr->score)
-        return;
-      vmptr->score = i;
-      if (vmptr != f_str->lowmax)
-        return;
-   }
-   else
-   {
-      i = f_str->lowmax->score = dptr->score;
-      f_str->lowmax->dp = dpos;
-      f_str->lowmax->start = dptr->start;
-      f_str->lowmax->stop = dptr->stop;
-      dptr->dmax = f_str->lowmax;
-   }
-
-   for (vmptr = f_str->vmax; vmptr < &f_str->vmax[MAXSAV]; vmptr++)
-      if (vmptr->score < i)
-      {
-        i = vmptr->score;
-        f_str->lowmax = vmptr;
-      }
-   f_str->lowscor = i;
-}
-
-int spam (const unsigned char *aa0, const unsigned char *aa1,
-         struct savestr *dmax, int **pam2,
-         struct f_struct *f_str)
-{
-   int     lpos;
-   int     tot, mtot;
-   struct {
-     int     start, stop, score;
-   } curv, maxv;
-   const unsigned char *aa0p, *aa1p;
-
-   aa1p = &aa1[lpos = dmax->start];
-   aa0p = &aa0[lpos - dmax->dp + f_str->noff];
-   curv.start = lpos;
-
-   tot = curv.score = maxv.score = 0;
-   for (; lpos <= dmax->stop; lpos++) {
-     tot += pam2[*aa0p++][*aa1p++];
-     if (tot > curv.score) {
-       curv.stop = lpos;
-       curv.score = tot;
-      }
-      else if (tot < 0) {
-       if (curv.score > maxv.score) {
-         maxv.start = curv.start;
-         maxv.stop = curv.stop;
-         maxv.score = curv.score;
-       }
-       tot = curv.score = 0;
-       curv.start = lpos+1;
-      }
-   }
-
-   if (curv.score > maxv.score) {
-     maxv.start = curv.start;
-     maxv.stop = curv.stop;
-     maxv.score = curv.score;
-   }
-
-/*     if (maxv.start != dmax->start || maxv.stop != dmax->stop)
-               printf(" new region: %3d %3d %3d %3d\n",maxv.start,
-                       dmax->start,maxv.stop,dmax->stop);
-*/
-   dmax->start = maxv.start;
-   dmax->stop = maxv.stop;
-
-   return maxv.score;
-}
-
-#define XFACT 10
-
-int sconn (struct savestr **v, int n, 
-       int cgap, int pgap, struct f_struct *f_str)
-{
-  int     i, si;
-  struct slink {
-    int     score;
-    struct savestr *vp;
-    struct slink *next;
-  }      *start, *sl, *sj, *so, sarr[MAXSAV];
-  int     lstart, tstart, plstop, ptstop;
-
-/*     sort the score left to right in lib pos */
-
-  kpsort (v, n);
-
-  start = NULL;
-
-/*     for the remaining runs, see if they fit */
-
-   for (i = 0, si = 0; i < n; i++)
-   {
-
-/*     if the score is less than the gap penalty, it never helps */
-      if (v[i]->score < cgap)
-        continue;
-      lstart = v[i]->start;
-      tstart = lstart - v[i]->dp + f_str->noff;
-
-/*     put the run in the group */
-      sarr[si].vp = v[i];
-      sarr[si].score = v[i]->score;
-      sarr[si].next = NULL;
-
-/*     if it fits, then increase the score */
-      for (sl = start; sl != NULL; sl = sl->next)
-      {
-        plstop = sl->vp->stop;
-        ptstop = plstop - sl->vp->dp + f_str->noff;
-        if (plstop < lstart+XFACT && ptstop < tstart+XFACT) {
-          sarr[si].score = sl->score + v[i]->score + pgap;
-          break;
-        }
-      }
-
-/*     now recalculate where the score fits */
-      if (start == NULL)
-        start = &sarr[si];
-      else
-        for (sj = start, so = NULL; sj != NULL; sj = sj->next)
-        {
-           if (sarr[si].score > sj->score)
-           {
-              sarr[si].next = sj;
-              if (so != NULL)
-                 so->next = &sarr[si];
-              else
-                 start = &sarr[si];
-              break;
-           }
-           so = sj;
-        }
-      si++;
-   }
-
-   if (start != NULL)
-      return (start->score);
-   else
-      return (0);
-}
-
-void
-kssort (v, n)
-struct savestr *v[];
-int     n;
-{
-   int     gap, i, j;
-   struct savestr *tmp;
-
-   for (gap = n / 2; gap > 0; gap /= 2)
-      for (i = gap; i < n; i++)
-        for (j = i - gap; j >= 0; j -= gap)
-        {
-           if (v[j]->score >= v[j + gap]->score)
-              break;
-           tmp = v[j];
-           v[j] = v[j + gap];
-           v[j + gap] = tmp;
-        }
-}
-
-void
-kpsort (v, n)
-struct savestr *v[];
-int     n;
-{
-   int     gap, i, j;
-   struct savestr *tmp;
-
-   for (gap = n / 2; gap > 0; gap /= 2)
-      for (i = gap; i < n; i++)
-        for (j = i - gap; j >= 0; j -= gap)
-        {
-           if (v[j]->start <= v[j + gap]->start)
-              break;
-           tmp = v[j];
-           v[j] = v[j + gap];
-           v[j + gap] = tmp;
-        }
-}
-
-static int
-dmatchx(const unsigned char *aa0, int n0,
-       const unsigned char *aa1, int n1,
-       int hoff, int window, 
-       int **pam2, int gdelval, int ggapval, int gshift,
-       struct f_struct *f_str)
-{
-
-   hoff -= window/2;
-
-#ifndef TFAST
-   return lx_band(aa1,n1,f_str->aa0y,n0, 
-                 pam2,
-#ifdef OLD_FASTA_GAP
-                 -(gdelval-ggapval),
-#else
-                 -gdelval,
-#endif
-                 -ggapval,-gshift,
-                 hoff,window,f_str);
-#else
-   return lx_band(aa0,n0,f_str->aa1y,n1, 
-                 pam2,
-#ifdef OLD_FASTA_GAP
-                 -(gdelval-ggapval),
-#else
-                 -gdelval,
-#endif
-                 -ggapval,-gshift,
-                 hoff,window,f_str);
-#endif
-}
-
-static void
-init_row(struct sx_s *row, int sp) {
-  int i;
-  for (i = 0; i < sp; i++) {
-      row[i].C1 = row[i].I1 = 0;
-      row[i].C2 = row[i].I2 = 0;
-      row[i].C3 = row[i].I3 = 0;
-      row[i].flag = 0;
-  }
-}
-
-int
-lx_band(const unsigned char *prot_seq,  /* array with protein sequence numbers*/
-       int len_prot,    /* length of prot. seq */
-       const unsigned char *dna_prot_seq, /* translated DNA sequence numbers*/
-       int len_dna_prot,   /* length trans. seq. */
-       int **pam_matrix,   /* scoring matrix */
-       int gopen, int gext, /* gap open, gap extend penalties */
-       int gshift,         /* frame-shift penalty */
-       int start_diag,     /* start diagonal of band */
-       int width,         /* width for band alignment */
-       struct f_struct *f_str)
-{
-  void *ckalloc();
-  int i, j, bd, bd1, x1, sp, p1=0, p2=0, end_prot;
-  int sc, del, best = 0, cd,ci, e1, e2, e3, cd1, cd2, cd3, f, gg;
-  register int *wt;
-  const unsigned char *dp;
-  register struct sx_s *ap, *aq;
-
-  sp = width+7;        
-  gg = gopen+gext;
-  /*  sp = sp/3; */
-  if (f_str->cur == NULL) 
-    f_str->cur = (struct sx_s *) ckalloc(sizeof(struct sx_s)*sp);
-
-  init_row(f_str->cur, sp);
-
-  /*
-  if (start_diag %3 !=0) start_diag = start_diag/3-1;
-  else start_diag = start_diag/3;
-  */
-
-  /*
-  if (width % 3 != 0) width = width/3+1;
-  else width = width /3;
-  */
-
-  /* currently, this code assumes that the DNA sequence is longer than the
-     protein sequence. This is not always true.  len_prot in the loop below
-     should be decreased to the projection of the DNA on the protein */
-
-  x1 = start_diag;             /* x1 = lower bound of DNA */
-
-  
-  end_prot = max(0,-width-start_diag) + (len_dna_prot+5)/3 + width;
-  end_prot = min(end_prot,len_prot);
-
-  /* i counts through protein sequence, x1 through DNAp */
-
-  for (i = max(0, -width-start_diag), x1+=i; i < end_prot; i++, x1++) {
-      bd = min(x1+width, len_dna_prot/3);      /* upper bound of band */
-      bd1 = max(0,x1);                 /* lower bound of band */
-      wt = pam_matrix[prot_seq[i]];
-      del = 1-x1;   /*adjustment*/
-      bd += del; 
-      bd1 +=del;
-
-      ap = &f_str->cur[bd1];
-      aq = ap+1;
-      e1 = f_str->cur[bd1-1].C3;
-      e2 = ap->C1;
-      cd1 = cd2= cd3= 0;
-
-      for (dp = &dna_prot_seq[(bd1-del)*3]; ap < &f_str->cur[bd]; ap++) {
-         sc = max(max(e1, (e3=ap->C2))-gshift, e2)+wt[*dp++];
-         if (cd1 > sc) sc = cd1;
-         cd1 -= gext;
-         if ((ci = aq->I1) > 0) {
-             if (sc < ci) { ap->C1 = ci; ap->I1 = ci-gext;}
-             else {
-                 ap->C1 = sc;
-                 sc -= gg;
-                 if (sc > 0) {
-                     if (sc > best) best =sc;
-                     if (cd1 < sc) cd1 = sc;
-                     ap->I1 = max(ci-gext, sc);
-                 } else ap->I1 = ci-gext;
-             }
-         } else {
-             if (sc <= 0) {
-                 ap->I1 = ap->C1 = 0;
-             } else {
-                 ap->C1 = sc; sc-=gg;
-                 if (sc >0) {
-                     if (sc > best) best =sc;
-                     if (cd1 < sc) cd1 = sc;
-                     ap->I1 = sc;
-                 } else ap->I1 = 0;
-             }
-         }
-         sc = max(max(e2, (e1=ap->C3))-gshift, e3)+wt[*dp++];
-         if (cd2 > sc) sc = cd2;
-         cd2 -= gext;
-         if ((ci = aq->I2) > 0) {
-             if (sc < ci) { ap->C2 = ci; ap->I2 = ci-gext;}
-             else {
-                 ap->C2 = sc;
-                 sc -= gg;
-                 if (sc > 0) {
-                     if (sc > best) best =sc;
-                     if (cd2 < sc) cd2 = sc;
-                     ap->I2 = max(ci-gext, sc);
-                 }
-             }
-         } else {
-             if (sc <= 0) {
-                 ap->I2 = ap->C2 = 0;
-             } else {
-                 ap->C2 = sc; sc-=gg;
-                 if (sc >0) {
-                     if (sc > best) best =sc;
-                     if (cd2 < sc) cd2 = sc;
-                     ap->I2 = sc;
-                 } else ap->I2 = 0;
-             }
-         }
-         sc = max(max(e3, (e2=aq->C1))-gshift, e1)+wt[*dp++];
-         if (cd3 > sc) sc = cd3;
-         cd3 -= gext;
-         if ((ci = aq++->I3) > 0) {
-             if (sc < ci) { ap->C3 = ci; ap->I3 = ci-gext;}
-             else {
-                 ap->C3 = sc;
-                 sc -= gg;
-                 if (sc > 0) {
-                     if (sc > best) best =sc;
-                     if (cd3 < sc) cd3 = sc;
-                     ap->I3 = max(ci-gext, sc);
-                 }
-             }
-         } else {
-             if (sc <= 0) {
-                 ap->I3 = ap->C3 = 0;
-             } else {
-                 ap->C3 = sc; sc-=gg;
-                 if (sc >0) {
-                     if (sc > best) best =sc;
-                     if (cd3 < sc) cd3 = sc;
-                     ap->I3 = sc;
-                 } else ap->I3 = 0;
-             }
-         }
-      }
-  }
-  /*  printf("The best score is %d\n", best); */
-  return best+gopen+gext;
-}
-
-/* ckalloc - allocate space; check for success */
-void *ckalloc(size_t amount)
-{
-  void *p;
-
-  if ((p = (void *)malloc( (size_t)amount)) == NULL)
-    w_abort("Ran out of memory.","");
-  return(p);
-}
-
-/* calculate the 100% identical score */
-int
-shscore(unsigned char *aa0, int n0, int **pam2)
-{
-  int i, sum;
-  for (i=0,sum=0; i<n0; i++)
-    sum += pam2[aa0[i]][aa0[i]];
-  return sum;
-}
-
-#define SGW1 100
-#define SGW2 300
-#define WIDTH 60
-
-/* code above is to convert sequence into numbers */
-
-typedef struct mat *match_ptr;
-
-typedef struct mat {
-       int i, j, l;
-       match_ptr next;
-} match_node;
-
-typedef struct {
-       int i,j;
-} state;
-
-typedef state *state_ptr;
-
-typedef struct st_s { int C, I, D;} *st_ptr;
-
-/* static st_ptr up=NULL, down, tp; */
-/* static int *st_up; */
-/* static int gop, gext, shift; */
-
-void *ckalloc(size_t);
-static match_ptr small_global(), global();
-static int local_align(), find_best();
-static void init_row2(),  init_ROW();
-
-int
-pro_dna(const unsigned char *prot_seq, /* array with prot. seq. numbers*/
-       int len_prot,                   /* length of prot. seq */
-       const unsigned char *dna_prot_seq, /* trans. DNA seq. numbers*/
-       int len_dna_prot,               /* length trans. seq. */
-       int **pam_matrix,               /* scoring matrix */
-       int gopen, int gex,             /* gap open, gap extend penalties */
-       int gshift,                     /* frame-shift penalty */
-       int max_res,
-       struct a_res_str *a_res)        /* alignment info */
-{
-  match_ptr align, ap, aq;
-  int x, y, ex, ey, i, score;
-  int *alignment;
-  st_ptr up, down, tp;
-
-  /* these globals removed */
-  /*   gext = gex; gop = gopen; shift = gshift; */
-
-  /* for fastx (but not tfastx), these could be moved into init_work(),
-     and done only once */
-
-  up = (st_ptr) ckalloc(sizeof(struct st_s)*(len_dna_prot+10));
-  down = (st_ptr) ckalloc(sizeof(struct st_s)*(len_dna_prot+10));
-  tp = (st_ptr) ckalloc(sizeof(struct st_s)*(len_dna_prot+10));
-
-  /*local alignment find the best local alignment x (prot) and y (DNA)
-    is the starting position of the best local alignment
-    and ex (prot) ey (DNA) is the ending position */
-  score= local_align(&x, &y, &ex, &ey, pam_matrix,
-                    gopen, gex, gshift,
-                    dna_prot_seq, len_dna_prot,
-                    prot_seq, len_prot, up, down);
-
-  /* this is very strange, since local_align initialized up, down */
-  up += 3; down += 3; tp += 3;
-
-  /* x, y - start in prot, dna_prot */
-  a_res->min0 = x;     /* prot */
-  a_res->max0 = ex;    /* prot */
-
-  a_res->min1 = y;     /* DNA-prot */
-  a_res->max1 = ey;    /* DNA-prot */
-
-  align = global(x, y, ex, ey, pam_matrix, gopen, gex, gshift, 
-                dna_prot_seq, prot_seq, 0, 0, &up, &down, &tp);
-
-  alignment = a_res->res;
-
-  /* from earlier version */
-  /* alignment[0] = x; */ /* start of alignment in prot */
-  /* alignment[1] = y; */ /* start of alignment in DNA */
-
-  for (ap = align, i= 0; ap; i++) {
-    if (i < max_res) {alignment[i] = ap->l;}
-    aq = ap->next; free(ap); ap = aq;
-  }
-
-  if (i >= max_res) {
-    fprintf(stderr," alignment truncated: %d/%d\n", max_res,i);
-  }
-
-  up = &up[-3]; down = &down[-3]; tp = &tp[-3];
-  free(up); free(tp); free(down);
-  /* free(st_up); */ /*  moved into local align */
-
-  a_res->nres = i;     /* i has the length of the alignment */
-  return score;
-}
-
-static void
-swap(void **a, void **b) {
-  void *t;
-
-  t = *a;
-  *a = *b;
-  *b = t;
-}
-
-/*
-   local alignment find the best local alignment x and y
-   is the starting position of the best local alignment
-   and ex ey is the ending position 
-*/
-static int
-local_align(int *x, int *y, int *ex, int *ey,
-           int **wgts, int gop, int gext, int shift,
-           unsigned char *dnap, int ld,
-           unsigned char *pro,  int lp,
-           st_ptr up, st_ptr down) {
-
-  int i, j,  score, x1,x2,x3,x4, e1, e2 = 0, e3,
-    sc, del,  e, best = 0, *wt, cd, ci;
-  state_ptr cur_st, last_st, cur_i_st;
-  st_ptr cur, last;
-  unsigned char *dp;
-  int *st_up, *cur_d_st;
-
-/*      
-   Array rowiC store the best scores of alignment ending at a position
-   Arrays rowiD, and rowiI store the best scores of alignment ending
-                 at a position with a deletion or insrtion
-   Arrays sti stores the starting position of the best alignment whose
-              score stored in the corresponding row array.
-   The program stores two rows to complete the computation, same is
-        for the global alignment routine.
-*/
-
-  /* for fastx (but not tfastx), this could be moved into init_work(),
-     and done only once */
-  st_up = (int *) ckalloc(sizeof(int)*(ld+10));
-  init_row2(st_up, ld+5);
-
-  ld += 2;
-  init_ROW(up, ld+1);  /* set to zero */
-  init_ROW(down, ld+1);        /* set to zero */
-
-
-  cur = up+1;
-  last = down+1; 
-
-  /* for fastx (but not tfastx), these could be moved into init_work(),
-     and done only once */
-  cur_st = (state_ptr) ckalloc(sizeof(state)*(ld+1));
-  last_st = (state_ptr) ckalloc(sizeof(state)*(ld+1));
-  cur_i_st = (state_ptr) ckalloc(sizeof(state)*(ld+1));
-
-  cur_d_st = st_up; 
-
-  dp = dnap-2;
-  for (i = 0; i < lp; i++) {
-    wt = &wgts[pro[i]][0];
-    for (j = 0; j < 2; j++) {
-      cur_st[j].i = i+1;
-      cur_st[j].j = j+1;
-    }
-    for (j = 2; j < ld; j++) {
-      score = wt[dp[j]];
-      del = -1;
-      if (j >= 3) {
-       sc = -score;
-       e3 = e2-shift; e2 = last[j-3].C;
-       e1 = last[j-2].C-shift; 
-       if (e1 > sc) {sc = e1; del = 2;}
-       if (e2 > sc) {sc = e2; del = 3;}
-       if (e3 > sc) {sc = e3; del = 4;} 
-      } else {
-       sc = e2  = 0;
-       if (sc < -score) sc=-score;
-       else del = 3;
-      }
-      sc += score;
-      if (sc < (ci=last[j].I)) {
-       sc = ci; del = 0;
-      }
-      if (sc < (cd=cur[j].D)) {
-       sc = cd; del = 5;
-      }
-      cur[j].C = sc;
-      e = sc  - gop;
-      if (e > cd) {
-       cur[j+3].D = e-gext;
-       cur_d_st[j+3] = 3;
-      } else {
-       cur[j+3].D = cd-gext;
-       cur_d_st[j+3] = cur_d_st[j]+3;
-      }
-      switch(del) {
-      case 5:
-       e1 = cur_d_st[j];
-       cur_st[j].i = cur_st[j-e1].i;
-       cur_st[j].j = cur_st[j-e1].j;
-       break;
-      case 0:
-       cur_st[j].i = cur_i_st[j].i;
-       cur_st[j].j = cur_i_st[j].j;
-       break;
-      case 2:
-      case 3:
-      case 4:
-       if (i) {
-         if (j-del >= 0) {
-           cur_st[j].i = last_st[j-del].i;
-           cur_st[j].j = last_st[j-del].j;
-         } else {
-           cur_st[j].i = i;
-           cur_st[j].j = 0;
-         }
-       } else {
-         cur_st[j].i = 0;
-         cur_st[j].j = max(0, j-del+1);
-       }
-       break;
-      case -1:
-       cur_st[j].i = i+1;
-       cur_st[j].j = j+1;
-       break;
-      }
-      if (e > ci) {
-       cur[j].I  = e -gext;
-       cur_i_st[j].i = cur_st[j].i;
-       cur_i_st[j].j = cur_st[j].j;
-      } else {
-       cur[j].I  = ci- gext;
-      }
-      if (sc > best) {
-       x1 = cur_st[j].i;
-       x2 = cur_st[j].j;
-       best =sc;
-       x3 = i;
-       x4 = j;
-      }
-    }
-    swap((void **)&last, (void **)&cur);
-    swap((void **)&cur_st, (void **)&last_st);
-  }
-  /*   printf("The best score is %d\n", best); */
-  *x = x1; *y = x2; *ex = x3; *ey = x4;
-  free(cur_st); free(last_st); free(cur_i_st); 
-  free(st_up);
-  return best;
-}
-
-/* 
-   Both global_up and global_down do linear space score only global 
-   alignments on subsequence pro[x]...pro[ex], and dna[y]...dna[ey].
-   global_up do the algorithm upwards, from row x towards row y.
-   global_down do the algorithm downwards, from row y towards x.
-*/
-
-static void
-global_up(st_ptr *row1, st_ptr *row2,
-         int x, int y, int ex, int ey, 
-         int **wgts, int gop, int gext, int shift,
-         unsigned char *dnap,
-         unsigned char *pro,
-         int N) {
-  int i, j, k, sc, e, e1, e2, e3, t, ci, cd, score, *wt;
-  st_ptr cur, last;
-
-  cur = *row1; last = *row2;
-  sc = -gop-gext;
-  for (j = 1; j <= ey-y+1; j++) {
-    if (j % 3 == 0) {last[j].C = sc; sc -= gext; last[j].I = sc-gop;}
-    else { last[j].I = last[j].C = -10000;}
-    cur[j].I = -10000;
-  }  
-  last[0].C = 0; cur[0].D = cur[1].D = cur[2].D = -10000;
-  last[0].D = last[1].D = last[2].D = -10000;
-  if (N) last[0].I = -gext; else last[0].I = -gop-gext;
-  for (i = 1; i <= ex-x+1; i++) {
-    wt = &wgts[pro[i+x-1]][0]; e2 = last[0].C; e1 = -10000;
-    for (j = 0; j <= ey-y+1; j++) {
-      t = j+y;
-      sc = -10000; 
-      if (t < 3) score = -10000;
-      else score = wt[dnap[t-3]]; 
-      if (j < 4) {
-       if (j == 3) sc = e2;
-       else if (j == 2) sc = e2-shift;
-      } else {
-       e3 = e2; e2 = e1;
-       e1 = last[j-2].C;
-       sc = max(max(e1, e3)-shift, e2);
-      }
-      sc += score;
-      sc = max(sc, max(ci=last[j].I, cd = cur[j].D));
-      cur[j].C = sc;
-      cur[j+3].D = max(cd, sc-gop)-gext;
-      cur[j].I = max(ci, sc-gop)-gext;
-    }
-    swap((void **)&last, (void **)&cur);
-  }
-  for (i = 0; i <= ey-y+1; i++) last[i].I = cur[i].I;
-  if (*row1 != last) swap((void **)row1, (void **)row2);
-}
-
-static void
-global_down(st_ptr *row1, st_ptr *row2,
-           int x, int y, int ex, int ey,
-           int **wgts, int gop, int gext, int shift,
-           unsigned char *dnap, unsigned char *pro,
-           int N) {
-  int i, j, k, sc, del, *tmp, e,  t, e1,e2,e3, ci,cd, s1, s2, s3, *wt;
-  st_ptr cur, last;
-
-  cur = (*row1); last = *row2;
-  sc = -gop-gext;
-  for (j = ey-y; j >= 0; j--) {
-    if ((ey-y+1-j) % 3) {last[j].C = sc; sc-=gext; last[j].I = sc-gop;}
-    else  last[j].I =  last[j].C = -10000;
-  } 
-  last[ey-y+1].C = 0;
-  cur[ey-y+1].D = cur[ey-y].D = cur[ey-y-1].D = -10000;
-  last[ey-y+1].D = last[ey-y].D = last[ey-y-1].D = -10000;
-  if (N) last[ey-y+1].I = -gext; else last[ey-y+1].I = -gop-gext;
-  for (i = ex-x; i >= 0; i--) {
-    wt = &wgts[pro[i+x]][0]; e2 = last[ey-y+1].C; 
-    e1 = s2 = s3 = -10000; 
-    for (j = ey-y+1; j >= 0; j--) {
-      t = j+y;
-      s1 = wt[dnap[t-1]];
-      sc = -10000;
-      if (t+3 > ey) {
-       if (t+2==ey) sc = e2+s2;
-       else if (t+1==ey) sc = e2-shift+s1;
-      } else {
-       e3 = e2; e2 = e1;
-       e1 = last[j+2].C;
-       sc = max(max(e1+s1, e3+s3)-shift, e2+s2);
-      }
-      if (sc < (cd= cur[j].D)) {
-       sc = cd; 
-       cur[j-3].D = cd-gext;
-      } else cur[j-3].D =max(cd, sc-gop)-gext;
-      if (sc < (ci= last[j].I)) {
-       sc = ci; del = 0;
-       cur[j].I = ci - gext;
-      } else cur[j].I = max(sc-gop,ci)-gext;
-      cur[j].C = sc;
-      s3 = s2; s2 = s1;
-    }
-    swap((void **)&last, (void **)&cur);
-  }
-  for (i = 0; i <= ey-y+1; i++) last[i].I = cur[i].I;
-  if (*row1 != last) swap((void **)row1, (void **)row2);
-}
-
-static void
-init_row2(int *row, int ld) {
-  int i;
-  for (i = 0; i < ld; i++) row[i] = 0;
-}
-
-static void
-init_ROW(st_ptr row, int ld) {
-  int i;
-  for (i = 0; i < ld; i++) row[i].I = row[i].D = row[i].C = 0;
-}
-
-static match_ptr
-combine(match_ptr x1, match_ptr x2, int st) {
-  match_ptr x;
-
-  if (x1 == NULL) return x2;
-  for (x = x1; x->next; x = x->next);
-  x->next = x2;
-  if (st) {
-    for (x = x2; x; x = x->next) {
-      x->j++;
-      if (x->l == 3 || x->l == 4) break;
-    }
-    x->l--;
-  }
-  return x1;
-}
-
-/*
-   global use the two upwards and downwards score only linear
-   space global alignment subroutine to recursively build the
-   alignment.
-*/
-
-match_ptr
-global(int x, int y, int ex, int ey, 
-       int **wgts, int gop, int gext, int shift,
-       unsigned char *dnap, 
-       unsigned char *pro,
-       int N1, int N2,
-       st_ptr *up_stp, st_ptr *dn_stp, st_ptr *tp_stp
-       )
-{
-  int m;
-  int m1, m2;
-  match_ptr x1, x2, mm1, mm2;
-  /*printf("%d %d %d %d\n", x,y, ex, ey);*/
-  /*
-    if the space required is limited, we can do a quadratic space
-    algorithm to find the alignment.
-  */
-  if (ex <= x) {
-    mm1  = NULL; mm2= NULL;
-    for (m = y+3; m <= ey; m+=3) {
-      x1 = (match_ptr) ckalloc(sizeof(match_node));
-      x1->l = 5; x1->next = mm1; 
-      if (mm1== NULL) mm2 = x1;
-      mm1 = x1;
-    }
-    if (ex == x) {
-      if ((ey-y) % 3 != 0) {
-       x1 = (match_ptr) ckalloc(sizeof(match_node));
-       x1->l = ((ey-y) % 3) +1; x1->next = NULL;
-       if (mm2) mm2->next = x1;
-       else mm1 = x1;
-      } else {
-       if (mm2) mm2->l = 4;
-      }
-    }
-    return mm1;
-  }
-  if (ey <= y) {
-    mm1  = NULL;
-    for (m = x; m <= ex; m++) {
-      x1 = (match_ptr) ckalloc(sizeof(match_node));
-      x1->l = 0; x1->next = mm1; mm1 = x1;
-    }
-    return mm1;
-  }
-  if (ex -x < SGW1-1 && ey-y < SGW2-1) 
-    return small_global(x,y,ex,ey,
-                       wgts, gop, gext, shift,
-                       dnap, pro, N1, N2);
-  m = (x+ex)/2;
-  /*     
-        Do the score only global alignment from row x to row m, m is
-        the middle row of x and ex. Store the information of row m in
-        upC, upD, and upI.
-  */
-  global_up(up_stp, tp_stp, x, y, m, ey, 
-           wgts, gop, gext, shift,
-           dnap, pro, N1);
-
-  /* 
-     Do the score only global alignment downwards from row ex
-     to row m+1, store information of row m+1 in downC downI and downD
-  */
-  global_down(dn_stp, tp_stp,  m+1, y, ex, ey, 
-             wgts, gop, gext, shift,
-             dnap, pro, N2);
-
-  /*
-    Use these information of row m and m+1, to find the crossing
-    point of the best alignment with the middle row. The crossing
-    point is given by m1 and m2. Then we recursively call global
-    itself to compute alignments in two smaller regions found by
-    the crossing point and combine the two alignments to form a
-    whole alignment. Return that alignment.
-  */
-  if (find_best(*up_stp, *dn_stp, &m1, &m2, ey-y+1, y, gop)) {
-    x1 = global(x, y, m, m1, wgts, gop, gext, shift, dnap, pro, N1, 0,
-               up_stp, dn_stp, tp_stp);
-    x2 = global(m+1, m2, ex, ey, wgts, gop, gext, shift, dnap, pro, 0, N2,
-               up_stp, dn_stp, tp_stp);
-    if (m1 == m2) x1 = combine(x1,x2,1);
-    else x1 = combine(x1, x2,0);
-  } else {
-    x1 = global(x, y, m-1, m1, wgts, gop, gext, shift,  dnap, pro, N1, 1,
-               up_stp, dn_stp, tp_stp);
-    x2 = global(m+2, m2, ex, ey, wgts, gop, gext, shift, dnap, pro, 1, N2,
-               up_stp, dn_stp, tp_stp);
-    mm1 = (match_ptr) ckalloc(sizeof(match_node));
-    mm1->i = m; mm1->l = 0; mm1->j = m1;
-    mm2 = (match_ptr) ckalloc(sizeof(match_node));
-    mm2->i = m+1; mm2->l = 0; mm2->j = m1;
-    mm1->next = mm2; mm2->next = x2;
-    x1 = combine(x1, mm1, 0);
-  }
-  return x1;
-}
-
-static int
-find_best(st_ptr up, st_ptr down,
-         int *m1, int *m2,
-         int ld, int y, int gop) {
-  int i, best = -100000, j = 0, s1, s2, s3, s4, st;
-  up++;
-  for (i = 1; i < ld; i++) {
-    s2 = up[i-1].C + down[i].C;
-    s4 = up[i-1].I + down[i].I + gop;
-    if (best < s2) {
-      best = s2; j = i; st = 1;
-    }
-    if (best < s4) {
-      best = s4; j = i; st = 0;
-    }
-  }
-  *m1 = j-1+y;
-  *m2 = j+y;
-  /*printf("find best score =%d\n", best);*/
-  return st;
-} 
-
-/*
-   An alignment is represented as a linked list whose element
-   is of type match_node. Each element represent an edge in the
-   path of the alignment graph. The fields of match_node are
-   l ---  gives the type of the edge.
-   i, j --- give the end position.
-*/
-
-static match_ptr
-small_global(int x, int y, int ex, int ey,
-            int **wgts, int gop, int gext, int shift,
-            unsigned char *dnap, unsigned char *pro,
-            int N1, int N2) {
-  static int C[SGW1+1][SGW2+1], st[SGW1+1][SGW2+1], D[SGW2+7], I[SGW2+1];
-  int i, j, e, sc, score, del, k, t, *wt, ci, cd;
-  int *cI, *cD, *cC, *lC, *cst, e2, e3, e4;
-  match_ptr mp, first;
-
-  /*printf("small_global %d %d %d %d\n", x, y, ex, ey);*/
-  sc = -gop-gext; C[0][0] = 0;
-  if (N1) I[0] = -gext; else I[0] = sc;
-  for (j = 1; j <= ey-y+1; j++) {
-    if (j % 3== 0) {
-      C[0][j] = sc; sc -= gext; I[j] = sc-gop;
-    } else I[j] = C[0][j] = -10000;
-    st[0][j] = 5;
-  }
-  lC = &C[0][0]; cD = D; D[0] = D[1] = D[2] = -10000;
-  cI = I;
-  for (i = 1; i <= ex-x+1; i++) {
-    cC = &C[i][0];     
-    wt = &wgts[pro[i+x-1]][0]; cst = &st[i][0];
-    for (j = 0; j <=ey-y+1; j++) {
-      sc = -10000; del = 0;
-      ci = cI[j];
-      cd= cD[j];
-      t = j+y;
-      if (t < 3) score = -10000;
-      else score = wt[dnap[t-3]];
-      if (j >= 4) {
-       e2 = lC[j-2]-shift; sc = lC[j-3]; e4 = lC[j-4]-shift;
-       del = 3;
-       if (e2 > sc) { sc = e2; del = 2;}
-       if (e4 >= sc) { sc = e4; del = 4;}
-      } else {
-       if (j ==3) {sc= lC[0]; del = 3;}
-       else if (j == 2) {sc = lC[0]-shift; del = 2;}
-      }
-      sc = sc+score;
-      if (sc < ci) {
-       sc = ci; del = 0; 
-      }
-      if (sc <= cd) {
-       sc = cd;
-       del = 5;
-      }
-      cC[j] = sc;
-      sc -= gop;
-      if (sc < cd) {
-       del += 10;
-       cD[j+3] = cd - gext;
-      } else cD[j+3] = sc -gext;
-      if (sc < ci) {
-       del += 20;
-       cI[j] = ci-gext;
-      } else cI[j] = sc-gext;
-      *(cst++) = del;
-    }
-    lC = cC;
-  }
-  if (N2 && ci +gop > cC[ey-y+1]) {
-    st[ex-x+1][ey-y+1] = 0;
-    /*printf("small score = %d\n", ci+gop);*/
-  } /*else printf("small score =%d\n", cC[ey-y+1]);*/
-  first = NULL; e = 1;
-  for (i = ex+1, j = ey+1; i > x || j > y; i--) {
-    mp = (match_ptr) ckalloc(sizeof(match_node));
-    mp->i = i-1;
-    k  = (t=st[i-x][j-y])%10;
-    mp->j = j-1;
-    if (e == 5 && (t/10)%2 == 1) k = 5;
-    if (e == 0 && (t/20)== 1) k = 0;
-    if (k == 5) { j -= 3; i++; e=5;}
-    else {j -= k;if (k==0) e= 0; else e = 1;}
-    mp->l = k;
-    mp->next = first;
-    first = mp;
-  }
-
-  /*   for (i = 0; i <= ex-x; i++) {
-       for (j = 0; j <= ey-y; j++) 
-       printf("%d ", C[i][j]);
-       printf("\n");
-       }
-  */
-  return first;        
-}
-
-
-#define XTERNAL
-#include "upam.h"
-
-extern void display_alig(a, dna, pro,length, ld)
-int *a;
-unsigned char *dna, *pro;
-int length, ld;
-{
-       int len = 0, i, j, x, y, lines, k;
-       static char line1[100], line2[100], line3[100],
-                tmp[10] = "         ";
-       unsigned char *dna1, c1, c2, c3, *st;
-
-       dna1 = ckalloc((size_t)ld);
-       for (st = dna, i = 0; i < ld; i++, st++) dna1[i] = aa[*st];
-       line1[0] = line2[0] = line3[0] = '\0'; x= a[0]; y = a[1]-1;
-       for (len = 0, j = 2, lines = 0; j < length; j++) {
-               i = a[j];
-               /*printf("%d %d %d\n", i, len, b->j);*/
-               if (i > 0 && i < 5) tmp[i-2] = aa[pro[x++]];
-               if (i == 5) {
-                   i = 3; tmp[0] = tmp[1] = tmp[2] = '-';
-                   if (a[j+1] == 2) tmp[2] = ' ';
-               }
-               if (i > 0) {
-                   strncpy(&line1[len], (const char *)&dna1[y], i); y+=i;
-               } else {line1[len] = '-'; i = 1; tmp[0] = aa[pro[x++]];}
-               strncpy(&line2[len], tmp, i);
-               for (k = 0; k < i; k++) {
-                       if (tmp[k] != ' ' && tmp[k] != '-') {
-                               if (k == 2) tmp[k] = '\\';
-                               else if (k == 1) tmp[k] = '|';
-                               else tmp[k] = '/';
-                       } else tmp[k] = ' ';
-               }
-               if (i == 1) tmp[0] = ' ';
-               strncpy(&line3[len], tmp, i); 
-               tmp[0] = tmp[1] =  tmp[2] = ' ';
-               len += i;
-               line1[len] = line2[len] =line3[len]  = '\0'; 
-               if (len >= WIDTH) {
-                   printf("\n%5d", WIDTH*lines++);
-                   for (k = 10; k <= WIDTH; k+=10) 
-                       printf("    .    :");
-                   if (k-5 < WIDTH) printf("    .");
-                   c1 = line1[WIDTH]; c2 = line2[WIDTH]; c3 = line3[WIDTH];
-                   line1[WIDTH] = line2[WIDTH] = line3[WIDTH] = '\0';
-                   printf("\n     %s\n     %s\n     %s\n", line1, line3, line2);
-                   line1[WIDTH] = c1; line2[WIDTH] = c2; line3[WIDTH] = c3;
-                   strncpy(line1, &line1[WIDTH], sizeof(line1)-1);
-                   strncpy(line2, &line2[WIDTH], sizeof(line2)-1);
-                   strncpy(line3, &line3[WIDTH], sizeof(line3)-1);
-                   len = len - WIDTH;
-               }
-        }
-       printf("\n%5d", WIDTH*lines);
-       for (k = 10; k < len; k+=10) 
-           printf("    .    :");
-       if (k-5 < len) printf("    .");
-       printf("\n     %s\n     %s\n     %s\n", line1, line3, line2);
-}
-
-
-/* alignment store the operation that align the protein and dna sequence.
-   The code of the number in the array is as follows:
-   0:     delete of an amino acid.
-   2:     frame shift, 2 nucleotides match with an amino acid
-   3:     match an  amino acid with a codon
-   4:     the other type of frame shift
-   5:     delete of a codon
-   
-
-   Also the first two element of the array stores the starting point 
-   in the protein and dna sequences in the local alignment.
-
-   Display looks like where WIDTH is assumed to be divisible by 10.
-
-    0    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
-     CCTATGATACTGGGATACTGGAACGTCCGCGGACTGACACACCCGATCCGCATGCTCCTG
-      P  M  I  L  G  Y  W  N  V  R  G  L  T  H  P  I  R  M  L  L 
-
-   60    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
-     GAATACACAGACTCAAGCTATGATGAGAAGAGATACACCATGGGTGACGCTCCCGACTTT
-      E  Y  T  D  S  S  Y  D  E  K  R  Y  T  M  G  D  A  P  D  F 
-*/
-
-
-/* fatal - print message and die */
-void fatal(msg)
-char *msg;
-{
-       fprintf(stderr, "%s\n", msg);
-       exit(1);
-}
-
-int do_walign (const unsigned char *aa0, int n0,
-              const unsigned char *aa1, int n1,
-              int frame,
-              struct pstruct *ppst, 
-              struct f_struct *f_str, 
-              struct a_res_str *a_res,
-              int *have_ares)
-{
-  int score;
-  int i, last_n1, itemp, n10;
-  int n_aa, n_nt, hoff, nt_min, nt_max, w_fact;
-  unsigned char *fs, *fd;
-  struct rstruct rst;
-  int itx;
-  
-#ifndef TFAST  /* FASTX */
-  n_aa = n1;
-  n_nt = n0;
-
-  /*  check for large differences in sequence length */
-  nt_min = 0; nt_max = n_nt;
-  if (n_nt > 6 * n_aa) {
-    /* find out where the diagonal is - get hoff
-       hoff < 0 => seq0 is in the middle of seq1 
-    */
-    do_fastx(f_str->aa0x, n0, aa1, n1, ppst, f_str, &rst, &hoff);
-    if (rst.score[0] > 2 * rst.score[2]) {w_fact = 4;} 
-    else w_fact = 2;
-
-    if (hoff > n_aa) { /* hoff > 0 => seq1 is in the middle of seq0 */
-      nt_min = max(0,(hoff-w_fact*n_aa)*3);
-      nt_max = min((hoff+w_fact*n_aa)*3,n_nt);
-    }
-    else {
-      nt_max = min(3*w_fact*n_aa,n_nt);
-    }
-  }
-
-  a_res->res = f_str->res;
-
-  score = pro_dna(aa1, n1, f_str->aa0y+nt_min, nt_max-nt_min, ppst->pam2[0],
-#ifdef OLD_FASTA_GAP
-                 -(ppst->gdelval - ppst->ggapval),
-#else
-                 -ppst->gdelval,
-#endif
-                 -ppst->ggapval,
-                 -ppst->gshift,
-                 f_str->max_res, a_res);
-
-  /* correct for nt_min missing residues in alignment */
-
-#else  /* TFASTX */
-
-  /*
-  for (i=0; i<n1; i++) {
-    fputc(ppst->sq[f_str->aa1x[i]],stderr);
-    if (i%60==59) fputc('\n',stderr);
-  }
-  fprintf(stderr,"\n-----\n");
-  */
-
-  last_n1 = 0;
-  for (itx=3*frame; itx<3+3*frame; itx++) {
-    n10 = saatran(aa1,&f_str->aa1x[last_n1],n1,itx);
-/*
-  for (i=0; i<n10; i++) {
-  fprintf(stderr,"%c",pst.sq[aa10[last_n1+i]]);
-  if ((i%60)==59) fprintf(stderr,"\n");
-  }
-  fprintf(stderr,"\n");
-*/
-    last_n1 += n10+1;
-  }
-  n10 = last_n1-1;
-
-  /* create aa1y from aa1x */
-  for (fs=f_str->aa1x,itemp=0; itemp <3; itemp++,fs++) {
-    for (fd= &f_str->aa1y[itemp]; *fs!=EOSEQ; fd += 3, fs++) *fd = *fs;
-    *fd=EOSEQ;
-  }
-  /*
-  for (i=0; i<n1; i++) {
-    fputc(ppst->sq[f_str->aa1y[i]],stderr);
-    if (i%60==59) fputc('\n',stderr);
-  }
-  fprintf(stderr,"\n-----\n");
-  */
-
-  n_aa = n0;
-  n_nt = n1;
-
-  /*  check for large differences in sequence length */
-  nt_min = 0; nt_max = n_nt;
-  if (n_nt > 6 * n_aa) {
-    /* find out where the diagonal is - get hoff
-       hoff < 0 => seq0 is in the middle of seq1 
-    */
-    do_fastx(aa0, n0, f_str->aa1x, n10, ppst, f_str, &rst, &hoff);
-    if (rst.score[0] > 2 * rst.score[2]) {w_fact = 4;} 
-    else w_fact = 2;
-
-    if ( hoff > n_aa) { /* hoff > 0 => seq1 is in the middle of seq0 */
-      nt_min = max(0,(hoff-w_fact*n_aa)*3);
-      nt_max = min((hoff+w_fact*n_aa)*3,n_nt);
-    }
-    else {
-      nt_max = min(3*w_fact*n_aa,n_nt);
-    }
-  }
-
-  a_res->res = f_str->res;
-
-  score = pro_dna(aa0, n0, f_str->aa1y+nt_min, nt_max-nt_min, ppst->pam2[0],
-#ifdef OLD_FASTA_GAP
-                 -(ppst->gdelval - ppst->ggapval),
-#else
-                 -ppst->gdelval,
-#endif
-                 -ppst->ggapval,
-                 -ppst->gshift,
-                 f_str->max_res, a_res);
-
-#endif /* TFASTX */
-
-  /* pro_dna always compares protein to DNA, and returns protein
-     coordinates in a_res->min0,max0 */
-
-  a_res->min1 += nt_min;
-  a_res->max1 += nt_min;
-
-  /* display_alig(f_str->res,f_str->aa0y,aa1,*nres,n0); */
-
-  *have_ares = 1;
-  return score;
-}
-
-/* aln_func_vals - set up aln.qlfact, qlrev, llfact, llmult, frame, llrev */
-/* call from calcons, calc_id, calc_code */
-void 
-aln_func_vals(int frame, struct a_struct *aln) {
-
-#ifndef TFAST
-  aln->llrev = 0;
-  aln->llfact = 1;
-  aln->llmult = 1;
-  aln->qlfact = 3;
-  aln->frame = 0;
-  if (frame > 0) aln->qlrev = 1;
-  else aln->qlrev = 0;
-#else  /* TFASTX */
-  aln->qlfact = 1;
-  aln->qlrev = 0;
-  aln->llfact = 3;
-  aln->llmult = 1;
-  aln->frame = 0;
-  if (frame > 0) aln->llrev = 1;
-  else aln->llrev = 0;
-#endif /* TFASTX */
-}
-
-/* this function is required for programs like tfastx/y/s that do
-   translations on DNA sequences and save them in f_str->aa1??
-*/
-
-void
-pre_cons(const unsigned char *aa1, int n1, int frame, struct f_struct *f_str) {
-#ifdef TFAST
-  int i, last_n1, itemp, n10;
-  unsigned char *fs, *fd;
-  int itx;
-
-  last_n1 = 0;
-  for (itx=3*frame; itx<3+3*frame; itx++) {
-    n10 = saatran(aa1,&f_str->aa1x[last_n1],n1,itx);
-/*
-  for (i=0; i<n10; i++) {
-  fprintf(stderr,"%c",pst.sq[aa10[last_n1+i]]);
-  if ((i%60)==59) fprintf(stderr,"\n");
-  }
-  fprintf(stderr,"\n");
-*/
-    last_n1 += n10+1;
-  }
-  n10 = last_n1-1;
-
-  /* create aa1y from aa1x */
-  for (fs=f_str->aa1x,itemp=0; itemp <3; itemp++,fs++) {
-    for (fd= &f_str->aa1y[itemp]; *fs!=EOSEQ; fd += 3, fs++) *fd = *fs;
-    *fd=EOSEQ;
-  }
-#endif
-}
-
-
-/*
-   Alignment: store the operation that align the protein and dna sequence.
-   The code of the number in the array is as follows:
-   0:     delete of an amino acid.
-   2:     frame shift, 2 nucleotides match with an amino acid
-   3:     match an  amino acid with a codon
-   4:     the other type of frame shift
-   5:     delete of a codon
-
-   The first two elements of the array stores the starting point 
-   in the protein and dna sequences in the local alignment.
-*/
-
-#include "a_mark.h"
-
-int calcons(const unsigned char *aa0, int n0,
-           const unsigned char *aa1, int n1,
-           int *nc,
-           struct a_struct *aln, 
-           struct a_res_str a_res, 
-           struct pstruct pst,
-           char *seqc0, char *seqc1, char *seqca,
-           struct f_struct *f_str)
-{
-  int i0, i1, i, j;
-  int lenc, not_c, itmp, ngap_p, ngap_d, nfs;
-  char *sp0, *sp1, *spa, *sq;
-  const unsigned char *ap0, *ap1;
-  int *rp, *rpmax;
-  
-  if (pst.ext_sq_set) {sq = pst.sqx;}
-  else {sq = pst.sq;}
-
-
-
-#ifndef TFAST  /* FASTX */
-  aln->amin1 = aln->smin1 = a_res.min0;        /* prot */
-  aln->amin0 = aln->smin0 = a_res.min1;        /* DNA */
-
-  ap0 = f_str->aa0y;   /* translated DNA */
-  ap1 = aa1;           /* protein */
-
-  sp0 = seqc0;
-  sp1 = seqc1;
-#else          /* TFASTX */
-  aln->amin0 = aln->smin0 = a_res.min0;        /* DNA */
-  aln->amin1 = aln->smin1 = a_res.min1;        /* prot */
-
-  ap1 = aa0;   /* protein */
-  ap0 = f_str->aa1y;   /* translated DNA */
-
-  sp1 = seqc0;
-  sp0 = seqc1;
-#endif
-
-  rp = a_res.res;
-  rpmax = rp+a_res.nres;
-
-  spa = seqca;
-
-  lenc = not_c = aln->nident = aln->nsim = ngap_p = ngap_d = nfs= 0;
-  i0 = a_res.min1;
-  i1 = a_res.min0;
-
-  while (rp < rpmax) {
-    /*    fprintf(stderr,"%d %d %d (%c) %d (%c)\n"
-         ,(int)(rp-res),*rp,i0,sq[ap0[i0]],i1,sq[ap1[i1]]);
-    */
-    switch (*rp++) {
-    case 0:    /* aa insertion */
-      *sp0++ = '-';
-      *sp1++ = sq[ap1[i1++]];
-      *spa++ = M_DEL;
-      lenc++;
-      ngap_d++;
-      break;
-    case 2:    /* -1 frameshift */
-      nfs++;
-      *sp0++ = '/';
-      i0 -= 1;
-      *sp1++ = '-';
-      *spa++ = M_DEL;
-      not_c++;
-
-      if ((itmp=pst.pam2[0][ap0[i0]][ap1[i1]])<0) { *spa = M_NEG; }
-      else if (itmp == 0) { *spa = M_ZERO;}
-      else {*spa = M_POS;}
-      if (*spa == M_POS || *spa == M_ZERO) { aln->nsim++;}
-
-      *sp0 = sq[ap0[i0]];
-      i0 += 3;
-      *sp1 = sq[ap1[i1++]];
-      if (toupper(*sp0) == toupper(*sp1)) {aln->nident++; *spa = M_IDENT;}
-      sp0++; sp1++; spa++;
-      lenc++;
-      break;
-    case 3:    /* codon/aa match */
-      if ((itmp=pst.pam2[0][ap0[i0]][ap1[i1]])<0) { *spa = M_NEG; }
-      else if (itmp == 0) { *spa = M_ZERO;}
-      else {*spa = M_POS;}
-      if (*spa == M_POS || *spa == M_ZERO) { aln->nsim++;}
-
-      *sp0 = sq[ap0[i0]];
-      i0 += 3;
-      *sp1 = sq[ap1[i1++]];
-      if (toupper(*sp0) == toupper(*sp1)) {aln->nident++; *spa = M_IDENT;}
-      sp0++; sp1++; spa++;
-      lenc++;
-      break;
-    case 4:    /* +1 frameshift */
-      nfs++;
-      *sp0++ = '\\';
-      i0 += 1;
-      *sp1++ = '-';
-      *spa++ = M_DEL;
-      not_c++;
-
-      if ((itmp=pst.pam2[0][ap0[i0]][ap1[i1]])<0) { *spa = M_NEG; }
-      else if (itmp == 0) { *spa = M_ZERO;}
-      else {*spa = M_POS;}
-      if (*spa == M_POS || *spa == M_ZERO) { aln->nsim++;}
-
-      *sp0 = sq[ap0[i0]];
-      i0 += 3;
-      *sp1 = sq[ap1[i1++]];
-      if (toupper(*sp0) == toupper(*sp1)) {aln->nident++; *spa = M_IDENT;}
-      sp0++; sp1++; spa++;
-      lenc++;
-      break;
-    case 5:    /* codon insertion */
-      *sp0++ = sq[ap0[i0]];
-      i0 += 3;
-      *sp1++ = '-';
-      *spa++ = M_DEL;
-      lenc++;
-      ngap_p++;
-      break;
-    }
-  }
-  *spa = '\0';
-
-#ifndef TFAST  /* FASTX */
-  aln->amax0 = i0;
-  aln->amax1 = i1;
-  aln->ngap_q = ngap_d;
-  aln->ngap_l = ngap_p;
-#else
-  aln->amax1 = i0;
-  aln->amax0 = i1;
-  aln->amin1 = aln->smin1;
-  aln->amin0 = aln->smin0;
-  aln->ngap_q = ngap_p;
-  aln->ngap_l = ngap_d;
-#endif
-  aln->nfs = nfs;
-
-  if (lenc < 0) lenc = 1;
-  *nc = lenc;
-/*     now we have the middle, get the right end */
-  return lenc+not_c;
-}
-
-int calcons_a(const unsigned char *aa0, unsigned char *aa0a, int n0,
-             const unsigned char *aa1, int n1,
-             int *nc,
-             struct a_struct *aln,
-             struct a_res_str a_res, 
-             struct pstruct pst,
-             char *seqc0, char *seqc0a, char *seqc1, char *seqca,
-             char *ann_arr, struct f_struct *f_str)
-{
-  int i0, i1, i, j;
-  int lenc, not_c, itmp, ngap_p, ngap_d, nfs;
-  char *sp0, *sp0a, *sp1, *spa, *sq;
-  const unsigned char *ap0, *ap1;
-  int *rp, *rpmax;
-  
-  if (pst.ext_sq_set) {sq = pst.sqx;}
-  else {sq = pst.sq;}
-
-#ifndef TFAST  /* FASTX */
-  aln->amin1 = aln->smin1 = a_res.min0;        /* prot */
-  aln->amin0 = aln->smin0 = a_res.min1;        /* DNA */
-
-  ap0 = f_str->aa0y;   /* translated DNA */
-  ap1 = aa1;           /* protein */
-#else          /* TFASTX */
-  aln->amin0 = aln->smin0 = a_res.min0;        /* DNA */
-  aln->amin1 = aln->smin1 = a_res.min1;        /* prot */
-
-  ap1 = aa0;
-  ap0 = f_str->aa1y;
-#endif
-
-  rp = a_res.res;
-  rpmax = &a_res.res[a_res.nres];
-
-#ifndef TFAST
-  sp0 = seqc0;
-  sp1 = seqc1;
-#else
-  sp1 = seqc0;
-  sp0 = seqc1;
-#endif
-  spa = seqca;
-  sp0a = seqc0a;
-
-  lenc = not_c = aln->nident = aln->nsim = ngap_p = ngap_d = nfs= 0;
-  i0 = a_res.min1;
-  i1 = a_res.min0;
-
-  while (rp < rpmax) {
-    /*    fprintf(stderr,"%d %d %d (%c) %d (%c)\n"
-         ,(int)(rp-res),*rp,i0,sq[ap0[i0]],i1,sq[ap1[i1]]);
-    */
-    switch (*rp++) {
-    case 0:    /* aa insertion */
-      *sp0++ = '-';
-      *sp1++ = sq[ap1[i1++]];
-      *spa++ = M_DEL;
-      *sp0a++ = ' ';
-      lenc++;
-      ngap_d++;
-      break;
-    case 2:    /* -1 frameshift */
-      nfs++;
-      *sp0++ = '/';
-      i0 -= 1;
-      *sp1++ = '-';
-      *spa++ = M_DEL;
-      *sp0a++ = ' ';
-      not_c++;
-
-      if ((itmp=pst.pam2[0][ap0[i0]][ap1[i1]])<0) { *spa = M_NEG; }
-      else if (itmp == 0) { *spa = M_ZERO;}
-      else {*spa = M_POS;}
-      if (*spa == M_POS || *spa == M_ZERO) { aln->nsim++;}
-
-#ifndef TFAST
-      *sp0a++ = ' ';
-#else
-      *sp0a++ = ann_arr[aa0a[i1]];
-#endif
-      *sp0 = sq[ap0[i0]];
-      i0 += 3;
-      *sp1 = sq[ap1[i1++]];
-      if (toupper(*sp0) == toupper(*sp1)) {aln->nident++; *spa = M_IDENT;}
-      sp0++; sp1++; spa++;
-      lenc++;
-      break;
-    case 3:    /* codon/aa match */
-      if ((itmp=pst.pam2[0][ap0[i0]][ap1[i1]])<0) { *spa = M_NEG; }
-      else if (itmp == 0) { *spa = M_ZERO;}
-      else {*spa = M_POS;}
-      if (*spa == M_POS || *spa == M_ZERO) { aln->nsim++;}
-
-#ifndef TFAST
-      *sp0a++ = ' ';
-#else
-      *sp0a++ = ann_arr[aa0a[i1]];
-#endif
-      *sp0 = sq[ap0[i0]];
-      i0 += 3;
-      *sp1 = sq[ap1[i1++]];
-      if (toupper(*sp0) == toupper(*sp1)) {aln->nident++; *spa = M_IDENT;}
-      sp0++; sp1++; spa++;
-      lenc++;
-      break;
-    case 4:    /* +1 frameshift */
-      nfs++;
-      *sp0a++ = ' ';
-      *sp0++ = '\\';
-      i0 += 1;
-      *sp1++ = '-';
-      *spa++ = M_DEL;
-      not_c++;
-
-      if ((itmp=pst.pam2[0][ap0[i0]][ap1[i1]])<0) { *spa = M_NEG; }
-      else if (itmp == 0) { *spa = M_ZERO;}
-      else {*spa = M_POS;}
-      if (*spa == M_POS || *spa == M_ZERO) { aln->nsim++;}
-
-      *sp0 = sq[ap0[i0]];
-      i0 += 3;
-      *sp1 = sq[ap1[i1++]];
-      if (toupper(*sp0) == toupper(*sp1)) {aln->nident++; *spa = M_IDENT;}
-      sp0++; sp1++; spa++;
-      lenc++;
-      break;
-    case 5:    /* codon insertion */
-      *sp0a++ = ' ';
-      *sp0++ = sq[ap0[i0]];
-      i0 += 3;
-      *sp1++ = '-';
-      *spa++ = M_DEL;
-      lenc++;
-      ngap_p++;
-      break;
-    }
-  }
-  *sp0a = *spa = '\0';
-
-#ifndef TFAST
-  aln->amax0 = i0;
-  aln->amax1 = i1;
-  aln->ngap_q = ngap_d;
-  aln->ngap_l = ngap_p;
-#else
-  aln->amax1 = i0;
-  aln->amax0 = i1;
-  aln->ngap_q = ngap_p;
-  aln->ngap_l = ngap_d;
-#endif
-  aln->nfs = nfs;
-
-  if (lenc < 0) lenc = 1;
-  *nc = lenc;
-/*     now we have the middle, get the right end */
-  return lenc+not_c;
-}
-
-/* build an array of match/ins/del - length strings */
-int calc_code(const unsigned char *aa0, int n0,
-             const unsigned char *aa1, int n1,
-             struct a_struct *aln,
-             struct a_res_str a_res, 
-             struct pstruct pst,
-             char *al_str, int al_str_n, struct f_struct *f_str)
-{
-  int i0, i1, i, j;
-  int lenc, not_c, itmp, ngap_p, ngap_d, nfs;
-  char op_char[10];
-  int op, op_cnt;
-  char sp0, sp1, *sq;
-  const unsigned char *ap0, *ap1;
-  int *rp, *rpmax;
-  
-  if (pst.ext_sq_set) {sq = pst.sqx;}
-  else {sq = pst.sq;}
-
-
-#ifndef TFAST  /* FASTX */
-  strncpy(op_char,"- /=\\+*",sizeof(op_char));
-  aln->amin1 = aln->smin1 = a_res.min0;        /* prot */
-  aln->amin0 = aln->smin0 = a_res.min1;        /* DNA */
-
-  ap0 = f_str->aa0y;
-  ap1 = aa1;
-#else          /* TFASTX */
-  strncpy(op_char,"+ /=\\-*",sizeof(op_char));
-  aln->amin0 = aln->smin0 = a_res.min0;        /* DNA */
-  aln->amin1 = aln->smin1 = a_res.min1;        /* prot */
-
-  ap1 = aa0;
-  ap0 = f_str->aa1y;
-#endif
-
-  rp = a_res.res;
-  rpmax = &a_res.res[a_res.nres];
-
-  op_cnt = lenc = not_c = aln->nident = aln->nsim = ngap_p = ngap_d = nfs = 0;
-  op = 3; /* code for a match - all alignments start with a match */
-
-  i0 = a_res.min1;
-  i1 = a_res.min0;
-
-  while (rp < rpmax) {
-    switch (*rp++) {
-    case 0:    /* aa insertion */
-      if (op == 0) op_cnt++;
-      else {
-       update_code(al_str, al_str_n-strlen(al_str),op, op_cnt,op_char);
-       op = 0; op_cnt = 1;
-      }
-      i1++;
-      lenc++;
-      ngap_d++;
-      break;
-    case 2:    /* -1 frameshift */
-      if (pst.pam2[0][ap0[i0]][ap1[i1]]>=0) { aln->nsim++;}
-
-      update_code(al_str, al_str_n-strlen(al_str),op, op_cnt,op_char);
-      op = 2; op_cnt = 1;
-      update_code(al_str, al_str_n-strlen(al_str),op, op_cnt,op_char);
-      op = 3; op_cnt = 1;
-      nfs++;
-      i0 -= 1;
-      not_c++;
-      sp0 = sq[ap0[i0]];
-      i0 += 3;
-      sp1 = sq[ap1[i1++]];
-      if (toupper(sp0) == toupper(sp1)) aln->nident++;
-      lenc++;
-      break;
-    case 3:    /* codon/aa match */
-      if (pst.pam2[0][ap0[i0]][ap1[i1]]>=0) { aln->nsim++;}
-      sp0 = sq[ap0[i0]];
-      i0 += 3;
-      sp1 = sq[ap1[i1++]];
-      if (toupper(sp0) == toupper(sp1)) aln->nident++;
-
-      if (op == 3 || op == 6) {
-       if (sp0 != '*' && sp1 != '*') {
-         if (op == 6 ) {
-           update_code(al_str, al_str_n-strlen(al_str),op, op_cnt,op_char);
-           op_cnt = 1; op = 3;
-         }
-         else {op_cnt++;}
-       }
-       else {
-         update_code(al_str, al_str_n-strlen(al_str),op, op_cnt,op_char);
-         op_cnt = 1; op = 6;
-       }
-      }
-      else {
-       update_code(al_str, al_str_n-strlen(al_str),op, op_cnt,op_char);
-       if (op == 2 || op == 4) op_cnt = 2;
-       else op_cnt = 1;
-       op = 3;
-      }
-      lenc++;
-      break;
-    case 4:    /* +1 frameshift */
-      update_code(al_str, al_str_n-strlen(al_str),op, op_cnt,op_char);
-      op = 4; op_cnt = 1;
-      update_code(al_str, al_str_n-strlen(al_str),op, op_cnt,op_char);
-      op = 3; op_cnt = 1;
-
-      nfs++;
-      i0 += 1;
-      not_c++;
-      if (pst.pam2[0][ap0[i0]][ap1[i1]]>=0) { aln->nsim++;}
-      sp0 = sq[ap0[i0]];
-      i0 += 3;
-      sp1 = sq[ap1[i1++]];
-      if (toupper(sp0) == toupper(sp1)) aln->nident++;
-      lenc++;
-      break;
-    case 5:    /* codon insertion */
-      if (op == 5) op_cnt++;
-      else {
-       update_code(al_str, al_str_n-strlen(al_str),op, op_cnt,op_char);
-       op = 5; op_cnt = 1;
-      }
-      i0 += 3;
-      lenc++;
-      ngap_p++;
-      break;
-    }
-  }
-  update_code(al_str, al_str_n-strlen(al_str),op, op_cnt,op_char);
-
-#ifndef TFAST
-  aln->amax0 = i0;
-  aln->amax1 = i1;
-  aln->ngap_q = ngap_d;
-  aln->ngap_l = ngap_p;
-#else
-  aln->amax1 = i0;
-  aln->amax0 = i1;
-  aln->ngap_q = ngap_p;
-  aln->ngap_l = ngap_d;
-#endif
-  aln->nfs = nfs;
-
-  if (lenc < 0) lenc = 1;
-
-  return lenc;
-}
-
-static void
-update_code(char *al_str, int al_str_max, int op, int op_cnt, char *op_char) {
-
-  char tmp_cnt[20];
-
-  sprintf(tmp_cnt,"%c%d",op_char[op],op_cnt);
-  strncat(al_str,tmp_cnt,al_str_max-1);
-  al_str[al_str_max-1]='\0';
-}
-
-int calc_id(const unsigned char *aa0, int n0,
-           const unsigned char *aa1, int n1,
-           struct a_struct *aln,
-           struct a_res_str a_res, 
-           struct pstruct pst,
-           struct f_struct *f_str)
-{
-  int i0, i1, i, j;
-  int lenc, not_c, itmp, ngap_p, ngap_d, nfs;
-  char sp0, sp1, *sq;
-  const unsigned char *ap0, *ap1;
-  int *rp, *rpmax;
-  
-  if (pst.ext_sq_set) {sq = pst.sqx;}
-  else {sq = pst.sq;}
-
-
-#ifndef TFAST  /* FASTX */
-  aln->amin1 = aln->smin1 = a_res.min0;        /* prot */
-  aln->amin0 = aln->smin0 = a_res.min1;        /* DNA */
-
-  ap0 = f_str->aa0y;
-  ap1 = aa1;
-#else  /* TFASTX */
-  aln->amin0 = aln->smin0 = a_res.min0;        /* DNA */
-  aln->amin1 = aln->smin1 = a_res.min1;        /* prot */
-
-  ap1 = aa0;
-  ap0 = f_str->aa1y;
-#endif
-
-  rp = a_res.res;
-  rpmax = &a_res.res[a_res.nres];
-
-  lenc = not_c = aln->nident = aln->nsim = ngap_p = ngap_d = nfs = 0;
-  i0 = a_res.min1;
-  i1 = a_res.min0;
-
-  while (rp < rpmax) {
-    /*    fprintf(stderr,"%d %d %d (%c) %d (%c)\n"
-         ,(int)(rp-res),*rp,i0,sq[ap0[i0]],i1,sq[ap1[i1]]);
-    */
-    switch (*rp++) {
-    case 0:    /* aa insertion */
-      i1++;
-      lenc++;
-      ngap_d++;
-      break;
-    case 2:    /* -1 frameshift */
-      nfs++;
-      i0 -= 1;
-      not_c++;
-      if (pst.pam2[0][ap0[i0]][ap1[i1]]>=0) { aln->nsim++;}
-      sp0 = sq[ap0[i0]];
-      i0 += 3;
-      sp1 = sq[ap1[i1++]];
-      if (toupper(sp0) == toupper(sp1)) aln->nident++;
-      lenc++;
-      break;
-    case 3:    /* codon/aa match */
-      if (pst.pam2[0][ap0[i0]][ap1[i1]]>=0) { aln->nsim++;}
-      sp0 = sq[ap0[i0]];
-      i0 += 3;
-      sp1 = sq[ap1[i1++]];
-      if (toupper(sp0) == toupper(sp1)) aln->nident++;
-      lenc++;
-      break;
-    case 4:    /* +1 frameshift */
-      nfs++;
-      i0 += 1;
-      not_c++;
-      if (pst.pam2[0][ap0[i0]][ap1[i1]]>=0) { aln->nsim++;}
-      sp0 = sq[ap0[i0]];
-      i0 += 3;
-      sp1 = sq[ap1[i1++]];
-      if (toupper(sp0) == toupper(sp1)) aln->nident++;
-      lenc++;
-      break;
-    case 5:    /* codon insertion */
-      i0 += 3;
-      lenc++;
-      ngap_p++;
-      break;
-    }
-  }
-
-#ifndef TFAST
-  aln->amax0 = i0;
-  aln->amax1 = i1;
-  aln->ngap_q = ngap_d;
-  aln->ngap_l = ngap_p;
-#else
-  aln->amax1 = i0;
-  aln->amax0 = i1;
-  aln->ngap_q = ngap_p;
-  aln->ngap_l = ngap_d;
-#endif
-  aln->nfs = nfs;
-
-  if (lenc < 0) lenc = 1;
-/*     now we have the middle, get the right end */
-  return lenc;
-}
-
-#ifdef PCOMPLIB
-#include "p_mw.h"
-void
-update_params(struct qmng_str *qm_msg, struct pstruct *ppst)
-{
-  ppst->n0 = qm_msg->n0;
-}
-#endif