Delete unneeded directory
[jabaws.git] / website / archive / binaries / mac / src / fasta34 / pthr_subs2.c
diff --git a/website/archive/binaries/mac/src/fasta34/pthr_subs2.c b/website/archive/binaries/mac/src/fasta34/pthr_subs2.c
deleted file mode 100644 (file)
index 79375e5..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,261 +0,0 @@
-
-/* copyright (c) 1996, 1997, 1998, 1999 William R. Pearson and the
-   U. of Virginia */
-
-/* modified to do more initialization of work_info here, rather than in main() */
-
-/* $Name: fa_34_26_5 $ - $Id: pthr_subs2.c,v 1.9 2006/06/22 02:35:05 wrp Exp $ */
-
-/* this file isolates the pthreads calls from the main program */
-
-#include <stdio.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <string.h>
-#include <time.h>
-#include <sys/types.h>
-#include <signal.h>
-
-#include "defs.h"
-#include "structs.h"           /* mngmsg, libstruct */
-#include "param.h"             /* pstruct, thr_str, buf_head, rstruct */
-
-#include <pthread.h>
-#define XTERNAL
-#include "thr.h"
-#undef XTERNAL
-#include "pthr_subs.h"
-
-extern void work_thread (struct thr_str *);
-
-/* start the threads working */
-
-void init_thr(int nthreads, struct thr_str *work_info,
-             struct mngmsg m_msg, struct pstruct *ppst,
-             unsigned char *aa0, int max_work_buf)
-{
-  int status, i;
-  pthread_attr_t thread_attr;
-
-  if (nthreads > MAX_WORKERS) {
-    fprintf ( stderr," cannot start %d threads, max: %d\n",
-             nthreads, MAX_WORKERS);
-    exit(1);
-  }
-
-  /* set up work_info[] structure, set parameters */
-
-  for (i=0; i<nthreads; i++) {
-    work_info[i].n0 = m_msg.n0;
-    work_info[i].nm0 = m_msg.nm0;
-    work_info[i].qframe = m_msg.qframe;
-    work_info[i].qshuffle = m_msg.qshuffle;
-    work_info[i].ppst = ppst;
-    work_info[i].aa0 = aa0;
-    work_info[i].max_work_buf=max_work_buf;
-    work_info[i].worker=i;
-    work_info[i].max_tot=m_msg.max_tot;
-  }
-
-  /* mutex and condition variable initialisation */
-
-  status = pthread_mutex_init(&reader_mutex, NULL);
-  check(status,"Reader_mutex init bad status\n");
-   
-  status = pthread_mutex_init(&worker_mutex, NULL);
-  check(status,"Worker_mutex init bad status\n");
-
-  status = pthread_cond_init(&reader_cond_var, NULL);
-  check(status,"Reader_cond_var init bad status\n");
-
-  status = pthread_cond_init(&worker_cond_var, NULL);
-  check(status,"Worker_cond_var init bad status\n");
-
-  status = pthread_mutex_init(&start_mutex, NULL);
-  check(status,"Start_mutex init bad status\n");
-
-  status = pthread_cond_init(&start_cond_var, NULL);
-  check(status,"Start_cond_var init bad status\n");
-
-  /* change stacksize on threads */    /***************************/
-
-  status = pthread_attr_init( &thread_attr );
-  check(status,"attribute create bad status\n");
-
-#ifdef IRIX
-  if (pthread_attr_setscope( &thread_attr, 2) != NULL) 
-    status = pthread_attr_setscope( &thread_attr,PTHREAD_SCOPE_PROCESS);
-  check(status,"set scope on IRIX bad status\n");
-#endif
-
-#ifdef FASTA_setscope
-  status = pthread_attr_setscope( &thread_attr, PTHREAD_SCOPE_SYSTEM);
-  check(status,"set scope bad status\n");
-#endif
-
-  /* start the worker threads */
-
-  for (i=0; i < nthreads; i++) {
-    /**********************/
-    status=pthread_create(&threads[i],&thread_attr,
-                         (void *(*)(void *))&work_thread,&work_info[i]);
-    check(status,"Pthread_create failed\n");
-  }
-}
-
-/* start_mutex/start_cont_var provides exclusive access to 
-   extern int start_thread */
-
-void start_thr()
-{
-  int status;
-
-  /* tell threads to proceed */
-
-  status = pthread_mutex_lock(&start_mutex);
-  check(status,"Start_mutex lock bad status in main\n");
-
-  start_thread = 0;  /* lower predicate */
-
-  status = pthread_cond_broadcast(&start_cond_var);
-  status = pthread_mutex_unlock(&start_mutex);
-  check(status,"Start_mutex unlock bad status in main\n");
-}
-
-void get_rbuf(struct buf_head **cur_buf, int max_work_buf)
-{
-  int status;
-
-  status = pthread_mutex_lock(&reader_mutex);  /* lock reader_buf structure */
-
-  check(status,"Reader_mutex lock in master bad status\n");
-
-  /* no reader bufs:  wait for signal to proceed */
-  while (num_reader_bufs == 0) {
-    pthread_cond_wait(&reader_cond_var,&reader_mutex);
-  }
-
-  *cur_buf = reader_buf[reader_buf_readp];  /* get the buffer address */
-  reader_buf_readp = (reader_buf_readp+1)%(max_work_buf);  /* increment index */
-  num_reader_bufs--;
-
-  status = pthread_mutex_unlock(&reader_mutex);  /* unlock structure */
-  check(status,"Reader_mutex unlock in master bad status\n");
-}
-
-void put_rbuf(struct buf_head *cur_buf, int max_work_buf)
-{
-  int status;
-
-  /* give the buffer to a thread, and wait for more */
-  status = pthread_mutex_lock(&worker_mutex);  /* lock worker_buf_structure */
-  check(status,"Worker_mutex lock in master bad status\n");
-
-  /*  Put buffer onto available for workers list */
-  worker_buf[worker_buf_readp] = cur_buf;
-  worker_buf_readp = (worker_buf_readp+1)%(max_work_buf);
-  num_worker_bufs++;   /* increment number of buffers available to workers */
-
-  /*  Signal one worker to wake and start work */
-  status = pthread_cond_signal(&worker_cond_var);
-
-  status = pthread_mutex_unlock(&worker_mutex);
-  check(status,"Worker_mutex unlock in master bad status\n"); 
-}
-
-void put_rbuf_done(int nthreads, struct buf_head *cur_buf, int max_work_buf)
-{
-  int status, i;
-  void *exit_value;
-
-  /* give the buffer to a thread, and wait for more */
-  status = pthread_mutex_lock(&worker_mutex);  /* lock worker_buf_structure */
-  check(status,"Worker_mutex lock in master bad status\n");
-
-  /*  Put buffer onto available for workers list */
-  worker_buf[worker_buf_readp] = cur_buf;
-  worker_buf_readp = (worker_buf_readp+1)%(max_work_buf);
-  num_worker_bufs++;   /* increment number of buffers available to workers */
-
-  /*  Signal one worker to wake and start work */
-
-  reader_done = 1;
-  status = pthread_cond_broadcast(&worker_cond_var);
-
-  status = pthread_mutex_unlock(&worker_mutex);
-  check(status,"Worker_mutex unlock in master bad status\n"); 
-
-  /* wait for all buffers available (means all do_workers are done) */
-  for (i=0; i < nthreads; i++) {
-    status = pthread_join( threads[i], &exit_value);
-    check(status,"Pthread_join bad status\n");
-  } 
-}
-
-/* wait for extern int start_thread == 0 */
-
-void wait_thr()
-{
-  int status;
-
-  /* Wait on master to give start signal */
-  status = pthread_mutex_lock(&start_mutex);
-  check(status,"Start_mutex lock bad status in worker\n");
-
-  while (start_thread) {
-         status = pthread_cond_wait(&start_cond_var, &start_mutex);
-         check(status,"Start_cond_wait bad status in worker\n");
-  }
-
-  status = pthread_mutex_unlock(&start_mutex);
-  check(status,"Start_mutex unlock bad status in worker\n");
-}
-
-int get_wbuf(struct buf_head **cur_buf, int max_work_buf)
-{
-  int status;
-
-  /* get a buffer to work on */
-  status = pthread_mutex_lock(&worker_mutex);
-  check(status,"First worker_mutex lock in worker bad status\n");
-
-  /*  No worker_bufs available:  wait for reader to produce some */
-  while (num_worker_bufs == 0) {
-    /*  Exit if reader has finished */
-    if (reader_done) {
-      pthread_mutex_unlock(&worker_mutex);
-      return 0;
-    }
-    pthread_cond_wait(&worker_cond_var,&worker_mutex);
-  } /* end while */
-
-  /*  Get the buffer from list */
-  *cur_buf = worker_buf[worker_buf_workp];
-  worker_buf_workp = (worker_buf_workp+1)%(max_work_buf);
-  num_worker_bufs--;
-
-  status = pthread_mutex_unlock(&worker_mutex);
-  check(status,"First worker_mutex unlock in worker bad status\n");
-  return 1;
-}
-
-void put_wbuf(struct buf_head *cur_buf, int max_work_buf)
-{
-  int status;
-
-  /* put buffer back on list for reader */
-  status = pthread_mutex_lock(&reader_mutex);
-  check(status,"Reader_mutex lock in worker bad status\n");
-    
-  reader_buf[reader_buf_workp] = cur_buf;
-  reader_buf_workp = (reader_buf_workp+1)%(max_work_buf);
-  num_reader_bufs++;
-
-  /* No reader_bufs available:  wake reader */
-  if (num_reader_bufs == 1) {
-    pthread_cond_signal(&reader_cond_var);
-  }
-
-  status = pthread_mutex_unlock(&reader_mutex);
-  check(status,"Reader_mutex unlock in worker bad status\n");
-}