--- /dev/null
+/* Concurrent read version */
+/* 20-June-1986 universal pam file */
+
+/* $Name: fa_34_26_5 $ - $Id: upam.h,v 1.19 2006/02/07 17:58:19 wrp Exp $ */
+
+/* modified to accomodate both lower and upper case amino acid numbers
+ as a result MAXSQ = 50
+*/
+
+#ifndef UPAM_GBL_DEF
+#define UPAM_GBL_DEF
+
+#define EOSEQ 0
+#define MAXSQ 50
+#define MAXUC 24
+#define MAXLC 48
+
+#define MAXHASH 32
+#define NMAP MAXHASH+1
+
+#ifndef XTERNAL
+
+int pamoff=0;
+
+/*extern int gdelval, ggapval;*/
+
+/* char sqnam[]="aa"; */
+/* char sqtype[]="protein"; */
+
+char aa[MAXSQ+1] = {"\0ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*\0"};
+char aax[MAXSQ+1] = {"\0ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*arndcqeghilkmfpstwyvbzx*\0"};
+
+int naa = 24; /* this should be calculated from aa[] */
+int naax = 48;
+
+/* haa[] used to map all valid amino acid codes into a hash value;
+ now, there is an additional hash value - not-mapped - NM */
+
+/* this has been expanded to accomodate '*' */
+int haa[MAXSQ+1] = {
+ NMAP,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,3,7,NMAP,NMAP,
+ 1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,3,7,NMAP,NMAP};
+
+int haax[MAXSQ+1] = {
+ NMAP,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,3,7,NMAP,
+ NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,
+ NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,
+ NMAP};
+
+/*
+ PAM 250 substitution matrix, scale = ln(2)/3 = 0.231049
+ Expected score = -0.844, Entropy = 0.354 bits
+ Lowest score = -8, Highest score = 17
+*/
+int apam250[450] = {
+ 2,
+-2, 6,
+ 0, 0, 2,
+ 0,-1, 2, 4,
+-2,-4,-4,-5,12,
+ 0, 1, 1, 2,-5, 4,
+ 0,-1, 1, 3,-5, 2, 4,
+ 1,-3, 0, 1,-3,-1, 0, 5,
+-1, 2, 2, 1,-3, 3, 1,-2, 6,
+-1,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-3,-2, 5,
+-2,-3,-3,-4,-6,-2,-3,-4,-2, 2, 6,
+-1, 3, 1, 0,-5, 1, 0,-2, 0,-2,-3, 5,
+-1, 0,-2,-3,-5,-1,-2,-3,-2, 2, 4, 0, 6,
+-4,-4,-4,-6,-4,-5,-5,-5,-2, 1, 2,-5, 0, 9,
+ 1, 0,-1,-1,-3, 0,-1,-1, 0,-2,-3,-1,-2,-5, 6,
+ 1, 0, 1, 0, 0,-1, 0, 1,-1,-1,-3, 0,-2,-3, 1, 2,
+ 1,-1, 0, 0,-2,-1, 0, 0,-1, 0,-2, 0,-1,-3, 0, 1, 3,
+-6, 2,-4,-7,-8,-5,-7,-7,-3,-5,-2,-3,-4, 0,-6,-2,-5,17,
+-3,-4,-2,-4, 0,-4,-4,-5, 0,-1,-1,-4,-2, 7,-5,-3,-3, 0,10,
+ 0,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-1,-2, 4, 2,-2, 2,-1,-1,-1, 0,-6,-2, 4,
+ 0,-1, 2, 3,-4, 1, 2, 0, 1,-2,-3, 1,-2,-5,-1, 0, 0,-5,-3,-2, 2,
+ 0, 0, 1, 3,-5, 3, 3,-1, 2,-2,-3, 0,-2,-5, 0, 0,-1,-6,-4,-2, 2, 3,
+ 0,-1, 0,-1,-3,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-2,-1, 0, 0,-4,-2,-1,-1,-1,-1,
+ 0,-1, 0,-1,-3,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-2,-1, 0, 0,-4,-2,-1,-1,-1,-1, 8};
+
+/*
+ This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93]
+ PAM 120 substitution matrix, scale = ln(2)/2 = 0.346574
+ Expected score = -1.64, Entropy = 0.979 bits
+ Lowest score = -8, Highest score = 12
+*/
+int apam120[450] = {
+ 3,
+ -3, 6,
+ 0,-1, 4,
+ 0,-3, 2, 5,
+ -3,-4,-5,-7, 9,
+ -1, 1, 0, 1,-7, 6,
+ 0,-3, 1, 3,-7, 2, 5,
+ 1,-4, 0, 0,-5,-3,-1, 5,
+ -3, 1, 2, 0,-4, 3,-1,-4, 7,
+ -1,-2,-2,-3,-3,-3,-3,-4,-4, 6,
+ -3,-4,-4,-5,-7,-2,-4,-5,-3, 1, 5,
+ -2, 2, 1,-1,-7, 0,-1,-3,-2,-2,-4, 5,
+ -2,-1,-3,-4,-6,-1,-4,-4,-4, 1, 3, 0, 8,
+ -4,-4,-4,-7,-6,-6,-6,-5,-2, 0, 0,-6,-1, 8,
+ 1,-1,-2,-2,-3, 0,-1,-2,-1,-3,-3,-2,-3,-5, 6,
+ 1,-1, 1, 0,-1,-2,-1, 1,-2,-2,-4,-1,-2,-3, 1, 3,
+ 1,-2, 0,-1,-3,-2,-2,-1,-3, 0,-3,-1,-1,-4,-1, 2, 4,
+ -7, 1,-5,-8,-8,-6,-8,-8,-5,-7,-5,-5,-7,-1,-7,-2,-6, 12,
+ -4,-6,-2,-5,-1,-5,-4,-6,-1,-2,-3,-6,-4, 4,-6,-3,-3,-1, 8,
+ 0,-3,-3,-3,-2,-3,-3,-2,-3, 3, 1,-4, 1,-3,-2,-2, 0,-8,-3, 5,
+ 0,-2, 3, 4,-6, 0, 3, 0, 1,-3,-4, 0,-4,-5,-2, 0, 0,-6,-3,-3, 4,
+ -1,-1, 0, 3,-7, 4, 4,-2, 1,-3,-3,-1,-2,-6,-1,-1,-2,-7,-5,-3, 2, 4,
+ -1,-2,-1,-2,-4,-1,-1,-2,-2,-1,-2,-2,-2,-3,-2,-1,-1,-5,-3,-1,-1,-1,-2,
+ -1,-2,-1,-2,-4,-1,-1,-2,-2,-1,-2,-2,-2,-3,-2,-1,-1,-5,-3,-1,-1,-1,-2, 6};
+
+/*
+# VTML160
+#
+# This matrix was produced with scripts written by
+# Tobias Mueller and Sven Rahmann [June-2001].
+#
+# VTML160 substitution matrix, Units = Third-Bits
+# Expected Score = -1.297840 Third-Bits
+# Lowest Score = -7, Highest Score = 16
+#
+# Entropy H = 0.562489 Bits
+#
+# 30-Jun-2001
+*/
+int avt160[450] = {
+ 5,
+ -2, 7,
+ -1, 0, 7,
+ -1, -3, 3, 7,
+ 1, -3, -3, -5, 13,
+ -1, 2, 0, 1, -4, 6,
+ -1, -1, 0, 3, -5, 2, 6,
+ 0, -3, 0, -1, -2, -3, -2, 8,
+ -2, 1, 1, 0, -2, 2, -1, -3, 9,
+ -1, -4, -4, -6, -1, -4, -5, -7, -4, 6,
+ -2, -3, -4, -6, -4, -2, -4, -6, -3, 3, 6,
+ -1, 4, 0, 0, -4, 2, 1, -2, 0, -4, -3, 5,
+ -1, -2, -3, -5, -1, -1, -3, -5, -3, 2, 4, -2, 8,
+ -3, -5, -5, -7, -4, -4, -6, -6, 0, 0, 2, -5, 1, 9,
+ 0, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -3, -2, -4, -3, -1, -4, -5, 9,
+ 1, -1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, -1, -3, -3, -1, -3, -3, 0, 4,
+ 1, -1, 0, -1, 0, -1, -1, -2, -1, -1, -2, -1, -1, -3, -1, 2, 5,
+ -5, -4, -5, -7, -7, -6, -7, -5, -1, -2, -1, -5, -4, 3, -5, -4, -6, 16,
+ -3, -3, -2, -5, -1, -4, -3, -5, 3, -2, -1, -3, -2, 6, -6, -2, -3, 4, 10,
+ 0, -4, -4, -4, 1, -3, -3, -5, -3, 4, 2, -3, 1, -1, -3, -2, 0, -5, -3, 5,
+ -1, -2, 5, 6, -4, 0, 2, -1, 0, -5, -5, 0, -4, -6, -2, 1, 0, -6, -3, -4, 5,
+ -1, 0, 0, 3, -5, 4, 5, -2, 0, -4, -3, 2, -3, -5, -1, 0, -1, -7, -4, -3, 2, 5,
+ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
+ -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, 6};
+
+/*
+ Matrix made by matblas from blosum50.iij
+ BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/3 Bit Units
+ Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
+ Cluster Percentage: >= 50
+ Entropy = 0.4808, Expected = -0.3573
+*/
+int abl50[450] = {
+ 5,
+ -2, 7,
+ -1,-1, 7,
+ -2,-2, 2, 8,
+ -1,-4,-2,-4,13,
+ -1, 1, 0, 0,-3, 7,
+ -1, 0, 0, 2,-3, 2, 6,
+ 0,-3, 0,-1,-3,-2,-3, 8,
+ -2, 0, 1,-1,-3, 1, 0,-2,10,
+ -1,-4,-3,-4,-2,-3,-4,-4,-4, 5,
+ -2,-3,-4,-4,-2,-2,-3,-4,-3, 2, 5,
+ -1, 3, 0,-1,-3, 2, 1,-2, 0,-3,-3, 6,
+ -1,-2,-2,-4,-2, 0,-2,-3,-1, 2, 3,-2, 7,
+ -3,-3,-4,-5,-2,-4,-3,-4,-1, 0, 1,-4, 0, 8,
+ -1,-3,-2,-1,-4,-1,-1,-2,-2,-3,-4,-1,-3,-4,10,
+ 1,-1, 1, 0,-1, 0,-1, 0,-1,-3,-3, 0,-2,-3,-1, 5,
+ 0,-1, 0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-1,-1,-2,-1, 2, 5,
+ -3,-3,-4,-5,-5,-1,-3,-3,-3,-3,-2,-3,-1, 1,-4,-4,-3,15,
+ -2,-1,-2,-3,-3,-1,-2,-3, 2,-1,-1,-2, 0, 4,-3,-2,-2, 2, 8,
+ 0,-3,-3,-4,-1,-3,-3,-4,-4, 4, 1,-3, 1,-1,-3,-2, 0,-3,-1, 5,
+ -2,-1, 4, 5,-3, 0, 1,-1, 0,-4,-4, 0,-3,-4,-2, 0, 0,-5,-3,-4, 5,
+ -1, 0, 0, 1,-3, 4, 5,-2, 0,-3,-3, 1,-1,-4,-1, 0,-1,-2,-2,-3, 2, 5,
+ -1,-1,-1,-1,-2,-1,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1, 0,-3,-1,-1,-1,-1,-1,
+ -1,-1,-1,-1,-2,-1,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1, 0,-3,-1,-1,-1,-1,-1, 7};
+
+/*
+ A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * */
+int a_md10[450]= {
+ 11, /* A */
+-12, 12, /* R */
+-12,-13, 13, /* N */
+-11,-18, -3, 12, /* D */
+-13,-10,-14,-20, 17, /* C */
+-13, -5,-11,-13,-19, 13, /* Q */
+-10,-15,-12, -2,-22, -5, 12, /* E */
+ -8, -9,-11, -9,-12,-16, -9, 11, /* G */
+-16, -5, -5,-10,-12, -3,-15,-16, 16, /* H */
+-13,-17,-14,-19,-17,-20,-19,-21,-18, 12, /* I */
+-15,-14,-19,-21,-16,-12,-20,-21,-13, -7, 10, /* L */
+-14, -2, -6,-15,-21, -6, -8,-15,-13,-17,-18, 12, /* K */
+-13,-14,-15,-18,-15,-14,-18,-19,-15, -4, -4,-12, 16, /* M */
+-18,-22,-19,-22,-11,-22,-23,-22,-14,-11, -6,-23,-14, 14, /* F */
+ -7,-12,-17,-18,-18, -8,-17,-16,-10,-19,-10,-16,-17,-17, 13, /* P */
+ -5,-10, -4,-12, -7,-13,-15, -7,-11,-14,-13,-13,-15,-11, -6, 11, /* S */
+ -4,-12, -7,-14,-14,-13,-15,-14,-13, -7,-16,-10, -7,-19, -9, -4, 12, /* T */
+-21, -9,-21,-21,-10,-17,-21,-13,-21,-21,-13,-21,-17,-13,-21,-15,-18, 18, /* W */
+-20,-17,-12,-13, -7,-16,-21,-20, -3,-15,-16,-20,-17, -3,-20,-12,-17,-12, 15, /* Y */
+ -6,-17,-17,-15,-12,-17,-14,-13,-19, -1, -8,-18, -5,-12,-16,-14,-10,-16,-18, 11, /* V */
+-12,-15, 5, 5,-17,-12, -7,-10, -7,-16,-20,-11,-17,-21,-17, -8,-10,-22,-13,-16, 13, /* B */
+-16,-18,-17, -8,-32, 1, 9,-17,-17,-29,-26,-11,-24,-34,-21,-21,-21,-29,-29,-22, -9, 13, /* Z */
+ -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,
+ -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 9};
+
+int a_md20[450] = {
+ 10,
+-10, 12,
+ -9,-10, 13,
+ -8,-14, -1, 12,
+-10, -7,-11,-16, 17,
+-10, -3, -8, -9,-16, 13,
+ -7,-11, -9, 1,-19, -3, 11,
+ -5, -6, -8, -6, -9,-12, -7, 11,
+-12, -3, -2, -7, -9, 0,-12,-13, 15,
+-10,-14,-11,-16,-14,-16,-16,-17,-14, 12,
+-12,-11,-15,-18,-13, -9,-17,-18,-10, -4, 10,
+-11, 0, -4,-12,-17, -3, -5,-12, -9,-14,-15, 12,
+ -9,-11,-12,-15,-12,-11,-15,-16,-12, -1, -2, -9, 15,
+-15,-19,-16,-19, -8,-18,-20,-19,-11, -8, -4,-19,-10, 13,
+ -5, -9,-13,-15,-14, -5,-14,-12, -7,-15, -7,-13,-14,-14, 12,
+ -2, -8, -1, -9, -4,-10,-12, -5, -8,-11,-10,-10,-12, -8, -3, 10,
+ -1, -9, -4,-11,-10,-10,-12,-11,-10, -4,-12, -7, -4,-15, -7, -1, 11,
+-17, -6,-18,-18, -7,-14,-18,-10,-17,-17,-10,-17,-14,-10,-18,-12,-15, 18,
+-16,-14, -9,-11, -4,-12,-18,-17, 0,-12,-12,-17,-14, 0,-16, -9,-13, -9, 14,
+ -3,-14,-14,-12, -9,-14,-11,-11,-15, 2, -5,-15, -2, -9,-13,-11, -7,-13,-14, 11,
+ -9,-12, 6, 6,-14, -9, -4, -7, -4,-13,-17, -8,-13,-18,-14, -5, -7,-19,-10,-13, 12,
+-12,-13,-13, -4,-27, 4, 10,-13,-12,-24,-21, -6,-20,-29,-17,-17,-17,-24,-24,-18, -6, 12,
+ -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,
+ -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 9 };
+
+int a_md40[450] = {
+ 9,
+ -7, 11,
+ -6, -6, 12,
+ -6,-10, 1, 11,
+ -7, -5, -8,-13, 16,
+ -7, 0, -5, -6,-12, 12,
+ -5, -8, -5, 3,-15, 0, 11,
+ -3, -4, -5, -4, -7, -9, -4, 10,
+ -9, 0, 0, -4, -6, 2, -8,-10, 14,
+ -6,-10, -8,-12,-11,-12,-12,-13,-11, 11,
+ -9, -9,-12,-14,-10, -6,-13,-14, -7, -1, 9,
+ -8, 3, -1, -8,-12, -1, -3, -9, -6,-11,-12, 11,
+ -6, -8, -9,-12, -9, -8,-11,-12, -9, 1, 1, -7, 14,
+-11,-15,-12,-15, -5,-14,-16,-15, -7, -5, -1,-16, -7, 13,
+ -2, -6, -9,-11,-11, -3,-11, -9, -4,-11, -5,-10,-10,-11, 12,
+ 0, -5, 1, -6, -2, -7, -8, -2, -6, -8, -7, -7, -8, -6, -1, 9,
+ 1, -6, -2, -8, -7, -7, -8, -7, -7, -2, -9, -5, -2,-11, -4, 1, 10,
+-14, -4,-14,-15, -4,-11,-15, -7,-13,-13, -8,-13,-11, -7,-14, -9,-12, 18,
+-13,-10, -6, -8, -2, -9,-14,-13, 2, -9, -9,-13,-11, 2,-13, -7,-10, -6, 14,
+ -1,-11,-10, -9, -7,-11, -8, -8,-12, 4, -2,-12, 0, -6, -9, -7, -4,-10,-11, 10,
+ -6, -8, 6, 6,-10, -6, -1, -4, -2,-10,-13, -5,-10,-14,-10, -3, -5,-15, -7,-10, 11,
+ -8, -8, -8, 0,-21, 6, 10, -8, -7,-18,-16, -3,-15,-23,-12,-12,-12,-19,-18,-14, -3, 11,
+ -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,
+ -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 9};
+
+/*
+ Matrix made by matblas from blosum62.iij
+ * column uses minimum score
+ BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units
+ Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
+ Cluster Percentage: >= 62
+ Entropy = 0.6979, Expected = -0.5209
+*/
+
+int abl62[450] = {
+ 4,
+ -1, 5,
+ -2, 0, 6,
+ -2,-2, 1, 6,
+ 0,-3,-3,-3, 9,
+ -1, 1, 0, 0,-3, 5,
+ -1, 0, 0, 2,-4, 2, 5,
+ 0,-2, 0,-1,-3,-2,-2, 6,
+ -2, 0, 1,-1,-3, 0, 0,-2, 8,
+ -1,-3,-3,-3,-1,-3,-3,-4,-3, 4,
+ -1,-2,-3,-4,-1,-2,-3,-4,-3, 2, 4,
+ -1, 2, 0,-1,-3, 1, 1,-2,-1,-3,-2, 5,
+ -1,-1,-2,-3,-1, 0,-2,-3,-2, 1, 2,-1, 5,
+ -2,-3,-3,-3,-2,-3,-3,-3,-1, 0, 0,-3, 0, 6,
+ -1,-2,-2,-1,-3,-1,-1,-2,-2,-3,-3,-1,-2,-4, 7,
+ 1,-1, 1, 0,-1, 0, 0, 0,-1,-2,-2, 0,-1,-2,-1, 4,
+ 0,-1, 0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-1,-1,-2,-1, 1, 5,
+ -3,-3,-4,-4,-2,-2,-3,-2,-2,-3,-2,-3,-1, 1,-4,-3,-2,11,
+ -2,-2,-2,-3,-2,-1,-2,-3, 2,-1,-1,-2,-1, 3,-3,-2,-2, 2, 7,
+ 0,-3,-3,-3,-1,-2,-2,-3,-3, 3, 1,-2, 1,-1,-2,-2, 0,-3,-1, 4,
+ -2,-1, 3, 4,-3, 0, 1,-1, 0,-3,-4, 0,-3,-3,-2, 0,-1,-4,-3,-3, 4,
+ -1, 0, 0, 1,-3, 3, 4,-2, 0,-3,-3, 1,-1,-3,-1, 0,-1,-3,-2,-2, 1, 4,
+ 0,-1,-1,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-2, 0, 0,-2,-1,-1,-1,-1,-1,
+ 0,-1,-1,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-2, 0, 0,-2,-1,-1,-1,-1,-1, 6};
+
+/* blosum80 in 1/2 bit units (previous versions had 1/3 bit units) */
+/*
+ Matrix made by matblas from blosum80.iij
+ * column uses minimum score
+ BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units
+ Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
+ Cluster Percentage: >= 80
+ Entropy = 0.9868, Expected = -0.7442
+*/
+
+int abl80[450] = {
+ 5,
+ -2, 6,
+ -2,-1, 6,
+ -2,-2, 1, 6,
+ -1,-4,-3,-4, 9,
+ -1, 1, 0,-1,-4, 6,
+ -1,-1,-1, 1,-5, 2, 6,
+ 0,-3,-1,-2,-4,-2,-3, 6,
+ -2, 0, 0,-2,-4, 1, 0,-3, 8,
+ -2,-3,-4,-4,-2,-3,-4,-5,-4, 5,
+ -2,-3,-4,-5,-2,-3,-4,-4,-3, 1, 4,
+ -1, 2, 0,-1,-4, 1, 1,-2,-1,-3,-3, 5,
+ -1,-2,-3,-4,-2, 0,-2,-4,-2, 1, 2,-2, 6,
+ -3,-4,-4,-4,-3,-4,-4,-4,-2,-1, 0,-4, 0, 6,
+ -1,-2,-3,-2,-4,-2,-2,-3,-3,-4,-3,-1,-3,-4, 8,
+ 1,-1, 0,-1,-2, 0, 0,-1,-1,-3,-3,-1,-2,-3,-1, 5,
+ 0,-1, 0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1,-2,-1,-1,-2,-2, 1, 5,
+ -3,-4,-4,-6,-3,-3,-4,-4,-3,-3,-2,-4,-2, 0,-5,-4,-4,11,
+ -2,-3,-3,-4,-3,-2,-3,-4, 2,-2,-2,-3,-2, 3,-4,-2,-2, 2, 7,
+ 0,-3,-4,-4,-1,-3,-3,-4,-4, 3, 1,-3, 1,-1,-3,-2, 0,-3,-2, 4,
+ -2,-2, 4, 4,-4, 0, 1,-1,-1,-4,-4,-1,-3,-4,-2, 0,-1,-5,-3,-4, 4,
+ -1, 0, 0, 1,-4, 3, 4,-3, 0,-4,-3, 1,-2,-4,-2, 0,-1,-4,-3,-3, 0, 4,
+ -1,-1,-1,-2,-3,-1,-1,-2,-2,-2,-2,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-3,-2,-1,-2,-1,-1,
+ -1,-1,-1,-2,-3,-1,-1,-2,-2,-2,-2,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-3,-2,-1,-2,-1,-1, 6};
+
+/* DNA alphabet
+
+ A, C, G, T, U 1-4, 5
+ R, Y 6, 7
+ M (A or C) 8
+ W (A or T) 9
+ S (C or G) 10
+ K (G or T) 11
+ D (not C) 12
+ H (not G) 13
+ V (not T) 14
+ B (not A) 15
+ N 16
+ X 17
+*/
+
+char nt[MAXSQ+1] ={"\0ACGTURYMWSKDHVBNXACGTURYMWSKDHVBNX\0"};
+char ntx[MAXSQ+1]={"\0ACGTURYMWSKDHVBNXacgturymwskdhvbnx\0"};
+char ntc[MAXSQ+1]={"\0TGCAAYRKWSMHDBVNXtgcaayrkwsmhdbvnx\0"};
+
+/* nt complement to encoding */
+ /* A:T C:G G:C T:A U:A */
+int gc_nt[MAXSQ+1]={ 0, 4, 3, 2, 1, 1,
+ /* R:Y Y:R M:K W:W */
+ 7, 6, 11, 9,
+ /* S:S K:M D:H H:D */
+ 10, 8, 13, 12,
+ /* B:V V:B N:N X:X */
+ 15, 14, 16, 16};
+
+int nnt = 17;
+int nntx = 34;
+
+int hnt[MAXSQ+1] = {
+ NMAP,0,1,2,3,3,0,1,0,0,1,2,0,0,0,1,NMAP,
+ NMAP,0,1,2,3,3,0,1,0,0,1,2,0,0,0,1,NMAP,NMAP};
+int hntx[MAXSQ+1] = {
+ NMAP,0,1,2,3,3,0,1,0,0,1,2,0,0,0,1,NMAP,
+ NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,
+ NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP};
+
+int npam[450] = {
+/* A C G T U R Y M W S K D H V B N X */
+ 5, /* A */
+ -4, 5, /* C */
+ -4,-4, 5, /* G */
+ -4,-4,-4, 5, /* T */
+ -4,-4,-4, 5, 5, /* U */
+ 2,-1, 2,-1,-1, 2, /* R (A G)*/
+ -1, 2,-1, 2, 2,-2, 2, /* Y (C T)*/
+ 2, 2,-1,-1,-1,-1,-1, 2, /* M (A C)*/
+ 2,-1,-1, 2, 2, 1, 1, 1, 2, /* W (A T)*/
+ -1, 2, 2,-1,-1, 1, 1, 1,-1, 2, /* S (C G)*/
+ -1,-1, 2, 2, 2, 1, 1,-1, 1, 1, 2, /* K (G T)*/
+ 1,-2, 1, 1, 1, 1,-1,-1, 1,-1, 1, 1, /* D (!C) */
+ 1, 1,-2, 1, 1,-1, 1, 1, 1,-1,-1,-1, 1, /* H (!G) */
+ 1, 1, 1,-2,-2, 1,-1, 1,-1, 1,-1,-1,-1, 1, /* V (!T) */
+ -2, 1, 1, 1, 1,-1, 1,-1,-1, 1, 1,-1,-1,-1, 1, /* B (!A) */
+ -1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1, /* N */
+ -1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1}; /* X */
+/* A C G T U R Y M W S K D H V B N */
+
+int *pam; /* Pam matrix- 1D */
+int *pam12;
+int *pam12x;
+int pamh1[MAXSQ+1]; /* used for kfact replacement */
+
+/* Robinson & Robinson counts */
+long rrcounts[25] = {
+ 0,
+ 35155,
+ 23105,
+ 20212,
+ 24161,
+ 8669,
+ 19208,
+ 28354,
+ 33229,
+ 9906,
+ 23161,
+ 40625,
+ 25872,
+ 10101,
+ 17367,
+ 23435,
+ 32070,
+ 26311,
+ 5990,
+ 14488,
+ 29012,
+ 0, 0, 0, 0 };
+
+long rrtotal = 450431;
+#else
+
+/* extern char sqnam[]; */
+/* extern char sqtype[]; */
+/* extern int gdelval, ggapval; */
+extern int pamoff;
+extern char aa[MAXSQ+1];
+extern char aax[MAXSQ+1];
+extern char nt[MAXSQ+1];
+extern char ntx[MAXSQ+1];
+extern char ntc[MAXSQ+1];
+extern int gc_nt[MAXSQ+1];
+
+extern int naa;
+extern int naax;
+extern int nnt;
+extern int nntx;
+
+extern int haa[MAXSQ+1];
+extern int haax[MAXSQ+1];
+extern int hnt[MAXSQ+1];
+extern int hntx[MAXSQ+1];
+/* extern int had[MAXSQ+1]; */
+
+extern int apam250[450];
+extern int apam120[450];
+extern int a_md10[450];
+extern int a_md20[450];
+extern int a_md40[450];
+extern int abl50[450];
+extern int abl62[450];
+extern int abl80[450];
+extern int npam[450];
+extern int *pam;
+extern int *pam12;
+extern int *pam12x;
+extern int pamh1[MAXSQ+1];
+extern long rrcounts[25];
+extern long rrtotal;
+#endif
+#endif
git://source.jalview.org / jabaws.git / blobdiff