+++ /dev/null
-#define DEFAULTGOP_B -1530
-#define DEFAULTGEP_B -00
-#define DEFAULTOFS_B -123 /* +10 -- -50 teido ka ? */
-
-void BLOSUMmtx( int n, double **matrix, double *freq, char *amino, char *amino_grp )
-{
- /*
- char locaminod[26] = "GASTPLIMVDNEQFYWKRHCXXX.-U";
- */
-// char locaminod[] = "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX.-U";
- char locaminod[] = "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX.-J";
- char locgrpd[] =
- {
- 0, 3, 2, 2, 5, 2, 2, 0, 3, 1, 1, 3, 1, 4, 0, 0, 0, 4, 4, 1, 2, 2,
- 6, 6, 6, 1,
- };
- double freqd[20] =
- {
- 0.077,
- 0.051,
- 0.043,
- 0.052,
- 0.020,
- 0.041,
- 0.062,
- 0.074,
- 0.023,
- 0.052,
- 0.091,
- 0.059,
- 0.024,
- 0.040,
- 0.051,
- 0.069,
- 0.059,
- 0.014,
- 0.032,
- 0.066,
- };
-
- double tmpmtx30[] =
- {
- 4,
- -1, 8,
- 0, -2, 8,
- 0, -1, 1, 9,
- -3, -2, -1, -3, 17,
- 1, 3, -1, -1, -2, 8,
- 0, -1, -1, 1, 1, 2, 6,
- 0, -2, 0, -1, -4, -2, -2, 8,
- -2, -1, -1, -2, -5, 0, 0, -3, 14,
- 0, -3, 0, -4, -2, -2, -3, -1, -2, 6,
- -1, -2, -2, -1, 0, -2, -1, -2, -1, 2, 4,
- 0, 1, 0, 0, -3, 0, 2, -1, -2, -2, -2, 4,
- 1, 0, 0, -3, -2, -1, -1, -2, 2, 1, 2, 2, 6,
- -2, -1, -1, -5, -3, -3, -4, -3, -3, 0, 2, -1, -2, 10,
- -1, -1, -3, -1, -3, 0, 1, -1, 1, -3, -3, 1, -4, -4, 11,
- 1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, -1, -2, 0, -2, -1, -1, 4,
- 1, -3, 1, -1, -2, 0, -2, -2, -2, 0, 0, -1, 0, -2, 0, 2, 5,
- -5, 0, -7, -4, -2, -1, -1, 1, -5, -3, -2, -2, -3, 1, -3, -3, -5, 20,
- -4, 0, -4, -1, -6, -1, -2, -3, 0, -1, 3, -1, -1, 3, -2, -2, -1, 5, 9,
- 1, -1, -2, -2, -2, -3, -3, -3, -3, 4, 1, -2, 0, 1, -4, -1, 1, -3, 1, 5,
- 0, -2, 4, 5, -2, -1, 0, 0, -2, -2, -1, 0, -2, -3, -2, 0, 0, -5, -3, -2, 5,
- 0, 0, -1, 0, 0, 4, 5, -2, 0, -3, -1, 1, -1, -4, 0, -1, -1, -1, -2, -3, 0, 4,
- 0, -1, 0, -1, -2, 0, -1, -1, -1, 0, 0, 0, 0, -1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, -1, 0, -1,
- };
-
- double tmpmtx45[] =
- {
- 5,
- -2, 7,
- -1, 0, 6,
- -2, -1, 2, 7,
- -1, -3, -2, -3, 12,
- -1, 1, 0, 0, -3, 6,
- -1, 0, 0, 2, -3, 2, 6,
- 0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 7,
- -2, 0, 1, 0, -3, 1, 0, -2, 10,
- -1, -3, -2, -4, -3, -2, -3, -4, -3, 5,
- -1, -2, -3, -3, -2, -2, -2, -3, -2, 2, 5,
- -1, 3, 0, 0, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -3, 5,
- -1, -1, -2, -3, -2, 0, -2, -2, 0, 2, 2, -1, 6,
- -2, -2, -2, -4, -2, -4, -3, -3, -2, 0, 1, -3, 0, 8,
- -1, -2, -2, -1, -4, -1, 0, -2, -2, -2, -3, -1, -2, -3, 9,
- 1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -3, -1, -2, -2, -1, 4,
- 0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 2, 5,
- -2, -2, -4, -4, -5, -2, -3, -2, -3, -2, -2, -2, -2, 1, -3, -4, -3, 15,
- -2, -1, -2, -2, -3, -1, -2, -3, 2, 0, 0, -1, 0, 3, -3, -2, -1, 3, 8,
- 0, -2, -3, -3, -1, -3, -3, -3, -3, 3, 1, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -3, -1, 5,
- };
- double tmpmtx50[] =
- {
- 5,
- -2, 7,
- -1, -1, 7,
- -2, -2, 2, 8,
- -1, -4, -2, -4, 13,
- -1, 1, 0, 0, -3, 7,
- -1, 0, 0, 2, -3, 2, 6,
- 0, -3, 0, -1, -3, -2, -3, 8,
- -2, 0, 1, -1, -3, 1, 0, -2, 10,
- -1, -4, -3, -4, -2, -3, -4, -4, -4, 5,
- -2, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -4, -3, 2, 5,
- -1, 3, 0, -1, -3, 2, 1, -2, 0, -3, -3, 6,
- -1, -2, -2, -4, -2, 0, -2, -3, -1, 2, 3, -2, 7,
- -3, -3, -4, -5, -2, -4, -3, -4, -1, 0, 1, -4, 0, 8,
- -1, -3, -2, -1, -4, -1, -1, -2, -2, -3, -4, -1, -3, -4, 10,
- 1, -1, 1, 0, -1, 0, -1, 0, -1, -3, -3, 0, -2, -3, -1, 5,
- 0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 2, 5,
- -3, -3, -4, -5, -5, -1, -3, -3, -3, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -4, -3, 15,
- -2, -1, -2, -3, -3, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, 0, 4, -3, -2, -2, 2, 8,
- 0, -3, -3, -4, -1, -3, -3, -4, -4, 4, 1, -3, 1, -1, -3, -2, 0, -3, -1, 5,
- };
- double tmpmtx62[] =
- {
- 6,
- -2, 8,
- -2, -1, 8,
- -3, -2, 2, 9,
- -1, -5, -4, -5, 13,
- -1, 1, 0, 0, -4, 8,
- -1, 0, 0, 2, -5, 3, 7,
- 0, -3, -1, -2, -4, -3, -3, 8,
- -2, 0, 1, -2, -4, 1, 0, -3, 11,
- -2, -4, -5, -5, -2, -4, -5, -6, -5, 6,
- -2, -3, -5, -5, -2, -3, -4, -5, -4, 2, 6,
- -1, 3, 0, -1, -5, 2, 1, -2, -1, -4, -4, 7,
- -1, -2, -3, -5, -2, -1, -3, -4, -2, 2, 3, -2, 8,
- -3, -4, -4, -5, -4, -5, -5, -5, -2, 0, 1, -5, 0, 9,
- -1, -3, -3, -2, -4, -2, -2, -3, -3, -4, -4, -2, -4, -5, 11,
- 2, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -4, -4, 0, -2, -4, -1, 6,
- 0, -2, 0, -2, -1, -1, -1, -2, -3, -1, -2, -1, -1, -3, -2, 2, 7,
- -4, -4, -6, -6, -3, -3, -4, -4, -4, -4, -2, -4, -2, 1, -5, -4, -4, 16,
- -3, -3, -3, -5, -4, -2, -3, -5, 3, -2, -2, -3, -1, 4, -4, -3, -2, 3, 10,
- 0, -4, -4, -5, -1, -3, -4, -5, -5, 4, 1, -3, 1, -1, -4, -2, 0, -4, -2, 6,
- };
- double tmpmtx80[] =
- {
- 7,
- -3, 9,
- -3, -1, 9,
- -3, -3, 2, 10,
- -1, -6, -5, -7, 13,
- -2, 1, 0, -1, -5, 9,
- -2, -1, -1, 2, -7, 3, 8,
- 0, -4, -1, -3, -6, -4, -4, 9,
- -3, 0, 1, -2, -7, 1, 0, -4, 12,
- -3, -5, -6, -7, -2, -5, -6, -7, -6, 7,
- -3, -4, -6, -7, -3, -4, -6, -7, -5, 2, 6,
- -1, 3, 0, -2, -6, 2, 1, -3, -1, -5, -4, 8,
- -2, -3, -4, -6, -3, -1, -4, -5, -4, 2, 3, -3, 9,
- -4, -5, -6, -6, -4, -5, -6, -6, -2, -1, 0, -5, 0, 10,
- -1, -3, -4, -3, -6, -3, -2, -5, -4, -5, -5, -2, -4, -6, 12,
- 2, -2, 1, -1, -2, -1, -1, -1, -2, -4, -4, -1, -3, -4, -2, 7,
- 0, -2, 0, -2, -2, -1, -2, -3, -3, -2, -3, -1, -1, -4, -3, 2, 8,
- -5, -5, -7, -8, -5, -4, -6, -6, -4, -5, -4, -6, -3, 0, -7, -6, -5, 16,
- -4, -4, -4, -6, -5, -3, -5, -6, 3, -3, -2, -4, -3, 4, -6, -3, -3, 3, 11,
- -1, -4, -5, -6, -2, -4, -4, -6, -5, 4, 1, -4, 1, -2, -4, -3, 0, -5, -3, 7,
- };
- double tmpmtx0[] =
- {
- 2.4,
- -0.6, 4.7,
- -0.3, 0.3, 3.8,
- -0.3, -0.3, 2.2, 4.7,
- 0.5, -2.2, -1.8, -3.2, 11.5,
- -0.2, 1.5, 0.7, 0.9, -2.4, 2.7,
- 0.0, 0.4, 0.9, 2.7, -3.0, 1.7, 3.6,
- 0.5, -1.0, 0.4, 0.1, -2.0, -1.0, -0.8, 6.6,
- -0.8, 0.6, 1.2, 0.4, -1.3, 1.2, 0.4, -1.4, 6.0,
- -0.8, -2.4, -2.8, -3.8, -1.1, -1.9, -2.7, -4.5, -2.2, 4.0,
- -1.2, -2.2, -3.0, -4.0, -1.5, -1.6, -2.8, -4.4, -1.9, 2.8, 4.0,
- -0.4, 2.7, 0.8, 0.5, -2.8, 1.5, 1.2, -1.1, 0.6, -2.1, -2.1, 3.2,
- -0.7, -1.7, -2.2, -3.0, -0.9, -1.0, -2.0, -3.5, -1.3, 2.5, 2.8, -1.4, 4.3,
- -2.3, -3.2, -3.1, -4.5, -0.8, -2.6, -3.9, -5.2, -0.1, 1.0, 2.0, -3.3, 1.6, 7.0,
- 0.3, -0.9, -0.9, -0.7, -3.1, -0.2, -0.5, -1.6, -1.1, -2.6, -2.3, -0.6, -2.4, -3.8, 7.6,
- 1.1, -0.2, 0.9, 0.5, 0.1, 0.2, 0.2, 0.4, -0.2, -1.8, -2.1, 0.1, -1.4, -2.8, 0.4, 2.2,
- 0.6, -0.2, 0.5, 0.0, -0.5, 0.0, -0.1, -1.1, -0.3, -0.6, -1.3, 0.1, -0.6, -2.2, 0.1, 1.5, 2.5,
- -3.6, -1.6, -3.6, -5.2, -1.0, -2.7, -4.3, -4.0, -0.8, -1.8, -0.7, -3.5, -1.0, 3.6, -5.0, -3.3, -3.5, 14.2,
- -2.2, -1.8, -1.4, -2.8, -0.5, -1.7, -2.7, -4.0, 2.2, -0.7, 0.0, -2.1, -0.2, 5.1, -3.1, -1.9, -1.9, 4.1, 7.8,
- 0.1, -2.0, -2.2, -2.9, 0.0, -1.5, -1.9, -3.3, -2.0, 3.1, 1.8, -1.7, 1.6, 0.1, -1.8, -1.0, 0.0, -2.6, -1.1, 3.4,
- };
-
- int i, j, count;
- double av;
- double *tmpmtx;
-
- if( n == 30 ) tmpmtx = tmpmtx30;
- else if( n == 45 ) tmpmtx = tmpmtx45;
- else if( n == 50 ) tmpmtx = tmpmtx50;
- else if( n == 62 ) tmpmtx = tmpmtx62;
- else if( n == 80 ) tmpmtx = tmpmtx80;
- else if( n == 0 ) tmpmtx = tmpmtx0;
- else if( n == -1 ) tmpmtx = loadaamtx();
- else
- {
- fprintf( stderr, "blosum %d ?\n", n );
- exit( 1 );
- }
-
- count = 0;
- for( i=0; i<20; i++ )
- {
- for( j=0; j<=i; j++ )
- {
- matrix[i][j] = matrix[j][i] = (double)tmpmtx[count++];
- }
- }
- if( n == -1 && tmpmtx[400] != -1.0 )
- {
- for( i=0; i<20; i++ ) freq[i] = tmpmtx[400+i];
- av = 0.0;
- for( i=0; i<20; i++ ) av += freq[i];
- for( i=0; i<20; i++ ) freq[i] /= av;
- }
- else
- for( i=0; i<20; i++ ) freq[i] = freqd[i];
-
-#if 0
- av = 0.0;
- for( i=0; i<20; i++ )
- av += matrix[i][i];
- av /= 20;
- fprintf( stdout, "av = %f\n", av );
-
- for( i=0; i<20; i++ ) for( j=0; j<20; j++ )
- matrix[i][j] /= av;
-
- av = wav = 0;
- count = 0;
- wcount = 0.0;
- tmptmp = 0.0;
- for( i=0; i<20; i++ )
- {
- fprintf( stdout, "freq[%d] = %f\n", i, freq[i] );
- tmptmp += freq[i];
- for( j=0; j<20; j++ )
- {
- av += matrix[i][j];
- wav += freq[i] * freq[j] * matrix[i][j];
- count++;
- wcount += freq[i] * freq[j];
- }
- }
-
- av /= count;
- wav /= wcount;
- fprintf( stdout, "av = %f\n", av );
- fprintf( stdout, "wav = %f\n", wav );
- fprintf( stdout, "wcount = %f\n", wcount );
- fprintf( stdout, "tmptmp = %f\n", tmptmp );
-
- for( i=0; i<20; i++ )
- {
- for( j=0; j<=i; j++ )
- {
- fprintf( stderr, "## %d-%d, %f\n", i, j, matrix[i][j] );
- }
- }
-
- exit( 1 );
-#endif
-
- for( i=0; i<26; i++ ) amino[i] = locaminod[i];
- for( i=0; i<26; i++ ) amino_grp[(int)amino[i]] = locgrpd[i];
-}
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