--- /dev/null
+#define DEFAULTGOP_B -1530
+#define DEFAULTGEP_B -00
+#define DEFAULTOFS_B -123 /* +10 -- -50 teido ka ? */
+
+void BLOSUMmtx( int n, double **matrix, double *freq, char *amino, char *amino_grp )
+{
+ /*
+ char locaminod[26] = "GASTPLIMVDNEQFYWKRHCXXX.-U";
+ */
+// char locaminod[] = "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX.-U";
+ char locaminod[] = "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX.-J";
+ char locgrpd[] =
+ {
+ 0, 3, 2, 2, 5, 2, 2, 0, 3, 1, 1, 3, 1, 4, 0, 0, 0, 4, 4, 1, 2, 2,
+ 6, 6, 6, 1,
+ };
+ double freqd[20] =
+ {
+ 0.077,
+ 0.051,
+ 0.043,
+ 0.052,
+ 0.020,
+ 0.041,
+ 0.062,
+ 0.074,
+ 0.023,
+ 0.052,
+ 0.091,
+ 0.059,
+ 0.024,
+ 0.040,
+ 0.051,
+ 0.069,
+ 0.059,
+ 0.014,
+ 0.032,
+ 0.066,
+ };
+
+ double tmpmtx30[] =
+ {
+ 4,
+ -1, 8,
+ 0, -2, 8,
+ 0, -1, 1, 9,
+ -3, -2, -1, -3, 17,
+ 1, 3, -1, -1, -2, 8,
+ 0, -1, -1, 1, 1, 2, 6,
+ 0, -2, 0, -1, -4, -2, -2, 8,
+ -2, -1, -1, -2, -5, 0, 0, -3, 14,
+ 0, -3, 0, -4, -2, -2, -3, -1, -2, 6,
+ -1, -2, -2, -1, 0, -2, -1, -2, -1, 2, 4,
+ 0, 1, 0, 0, -3, 0, 2, -1, -2, -2, -2, 4,
+ 1, 0, 0, -3, -2, -1, -1, -2, 2, 1, 2, 2, 6,
+ -2, -1, -1, -5, -3, -3, -4, -3, -3, 0, 2, -1, -2, 10,
+ -1, -1, -3, -1, -3, 0, 1, -1, 1, -3, -3, 1, -4, -4, 11,
+ 1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, -1, -2, 0, -2, -1, -1, 4,
+ 1, -3, 1, -1, -2, 0, -2, -2, -2, 0, 0, -1, 0, -2, 0, 2, 5,
+ -5, 0, -7, -4, -2, -1, -1, 1, -5, -3, -2, -2, -3, 1, -3, -3, -5, 20,
+ -4, 0, -4, -1, -6, -1, -2, -3, 0, -1, 3, -1, -1, 3, -2, -2, -1, 5, 9,
+ 1, -1, -2, -2, -2, -3, -3, -3, -3, 4, 1, -2, 0, 1, -4, -1, 1, -3, 1, 5,
+ 0, -2, 4, 5, -2, -1, 0, 0, -2, -2, -1, 0, -2, -3, -2, 0, 0, -5, -3, -2, 5,
+ 0, 0, -1, 0, 0, 4, 5, -2, 0, -3, -1, 1, -1, -4, 0, -1, -1, -1, -2, -3, 0, 4,
+ 0, -1, 0, -1, -2, 0, -1, -1, -1, 0, 0, 0, 0, -1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, -1, 0, -1,
+ };
+
+ double tmpmtx45[] =
+ {
+ 5,
+ -2, 7,
+ -1, 0, 6,
+ -2, -1, 2, 7,
+ -1, -3, -2, -3, 12,
+ -1, 1, 0, 0, -3, 6,
+ -1, 0, 0, 2, -3, 2, 6,
+ 0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 7,
+ -2, 0, 1, 0, -3, 1, 0, -2, 10,
+ -1, -3, -2, -4, -3, -2, -3, -4, -3, 5,
+ -1, -2, -3, -3, -2, -2, -2, -3, -2, 2, 5,
+ -1, 3, 0, 0, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -3, 5,
+ -1, -1, -2, -3, -2, 0, -2, -2, 0, 2, 2, -1, 6,
+ -2, -2, -2, -4, -2, -4, -3, -3, -2, 0, 1, -3, 0, 8,
+ -1, -2, -2, -1, -4, -1, 0, -2, -2, -2, -3, -1, -2, -3, 9,
+ 1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -3, -1, -2, -2, -1, 4,
+ 0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 2, 5,
+ -2, -2, -4, -4, -5, -2, -3, -2, -3, -2, -2, -2, -2, 1, -3, -4, -3, 15,
+ -2, -1, -2, -2, -3, -1, -2, -3, 2, 0, 0, -1, 0, 3, -3, -2, -1, 3, 8,
+ 0, -2, -3, -3, -1, -3, -3, -3, -3, 3, 1, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -3, -1, 5,
+ };
+ double tmpmtx50[] =
+ {
+ 5,
+ -2, 7,
+ -1, -1, 7,
+ -2, -2, 2, 8,
+ -1, -4, -2, -4, 13,
+ -1, 1, 0, 0, -3, 7,
+ -1, 0, 0, 2, -3, 2, 6,
+ 0, -3, 0, -1, -3, -2, -3, 8,
+ -2, 0, 1, -1, -3, 1, 0, -2, 10,
+ -1, -4, -3, -4, -2, -3, -4, -4, -4, 5,
+ -2, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -4, -3, 2, 5,
+ -1, 3, 0, -1, -3, 2, 1, -2, 0, -3, -3, 6,
+ -1, -2, -2, -4, -2, 0, -2, -3, -1, 2, 3, -2, 7,
+ -3, -3, -4, -5, -2, -4, -3, -4, -1, 0, 1, -4, 0, 8,
+ -1, -3, -2, -1, -4, -1, -1, -2, -2, -3, -4, -1, -3, -4, 10,
+ 1, -1, 1, 0, -1, 0, -1, 0, -1, -3, -3, 0, -2, -3, -1, 5,
+ 0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 2, 5,
+ -3, -3, -4, -5, -5, -1, -3, -3, -3, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -4, -3, 15,
+ -2, -1, -2, -3, -3, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, 0, 4, -3, -2, -2, 2, 8,
+ 0, -3, -3, -4, -1, -3, -3, -4, -4, 4, 1, -3, 1, -1, -3, -2, 0, -3, -1, 5,
+ };
+ double tmpmtx62[] =
+ {
+ 6,
+ -2, 8,
+ -2, -1, 8,
+ -3, -2, 2, 9,
+ -1, -5, -4, -5, 13,
+ -1, 1, 0, 0, -4, 8,
+ -1, 0, 0, 2, -5, 3, 7,
+ 0, -3, -1, -2, -4, -3, -3, 8,
+ -2, 0, 1, -2, -4, 1, 0, -3, 11,
+ -2, -4, -5, -5, -2, -4, -5, -6, -5, 6,
+ -2, -3, -5, -5, -2, -3, -4, -5, -4, 2, 6,
+ -1, 3, 0, -1, -5, 2, 1, -2, -1, -4, -4, 7,
+ -1, -2, -3, -5, -2, -1, -3, -4, -2, 2, 3, -2, 8,
+ -3, -4, -4, -5, -4, -5, -5, -5, -2, 0, 1, -5, 0, 9,
+ -1, -3, -3, -2, -4, -2, -2, -3, -3, -4, -4, -2, -4, -5, 11,
+ 2, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -4, -4, 0, -2, -4, -1, 6,
+ 0, -2, 0, -2, -1, -1, -1, -2, -3, -1, -2, -1, -1, -3, -2, 2, 7,
+ -4, -4, -6, -6, -3, -3, -4, -4, -4, -4, -2, -4, -2, 1, -5, -4, -4, 16,
+ -3, -3, -3, -5, -4, -2, -3, -5, 3, -2, -2, -3, -1, 4, -4, -3, -2, 3, 10,
+ 0, -4, -4, -5, -1, -3, -4, -5, -5, 4, 1, -3, 1, -1, -4, -2, 0, -4, -2, 6,
+ };
+ double tmpmtx80[] =
+ {
+ 7,
+ -3, 9,
+ -3, -1, 9,
+ -3, -3, 2, 10,
+ -1, -6, -5, -7, 13,
+ -2, 1, 0, -1, -5, 9,
+ -2, -1, -1, 2, -7, 3, 8,
+ 0, -4, -1, -3, -6, -4, -4, 9,
+ -3, 0, 1, -2, -7, 1, 0, -4, 12,
+ -3, -5, -6, -7, -2, -5, -6, -7, -6, 7,
+ -3, -4, -6, -7, -3, -4, -6, -7, -5, 2, 6,
+ -1, 3, 0, -2, -6, 2, 1, -3, -1, -5, -4, 8,
+ -2, -3, -4, -6, -3, -1, -4, -5, -4, 2, 3, -3, 9,
+ -4, -5, -6, -6, -4, -5, -6, -6, -2, -1, 0, -5, 0, 10,
+ -1, -3, -4, -3, -6, -3, -2, -5, -4, -5, -5, -2, -4, -6, 12,
+ 2, -2, 1, -1, -2, -1, -1, -1, -2, -4, -4, -1, -3, -4, -2, 7,
+ 0, -2, 0, -2, -2, -1, -2, -3, -3, -2, -3, -1, -1, -4, -3, 2, 8,
+ -5, -5, -7, -8, -5, -4, -6, -6, -4, -5, -4, -6, -3, 0, -7, -6, -5, 16,
+ -4, -4, -4, -6, -5, -3, -5, -6, 3, -3, -2, -4, -3, 4, -6, -3, -3, 3, 11,
+ -1, -4, -5, -6, -2, -4, -4, -6, -5, 4, 1, -4, 1, -2, -4, -3, 0, -5, -3, 7,
+ };
+ double tmpmtx0[] =
+ {
+ 2.4,
+ -0.6, 4.7,
+ -0.3, 0.3, 3.8,
+ -0.3, -0.3, 2.2, 4.7,
+ 0.5, -2.2, -1.8, -3.2, 11.5,
+ -0.2, 1.5, 0.7, 0.9, -2.4, 2.7,
+ 0.0, 0.4, 0.9, 2.7, -3.0, 1.7, 3.6,
+ 0.5, -1.0, 0.4, 0.1, -2.0, -1.0, -0.8, 6.6,
+ -0.8, 0.6, 1.2, 0.4, -1.3, 1.2, 0.4, -1.4, 6.0,
+ -0.8, -2.4, -2.8, -3.8, -1.1, -1.9, -2.7, -4.5, -2.2, 4.0,
+ -1.2, -2.2, -3.0, -4.0, -1.5, -1.6, -2.8, -4.4, -1.9, 2.8, 4.0,
+ -0.4, 2.7, 0.8, 0.5, -2.8, 1.5, 1.2, -1.1, 0.6, -2.1, -2.1, 3.2,
+ -0.7, -1.7, -2.2, -3.0, -0.9, -1.0, -2.0, -3.5, -1.3, 2.5, 2.8, -1.4, 4.3,
+ -2.3, -3.2, -3.1, -4.5, -0.8, -2.6, -3.9, -5.2, -0.1, 1.0, 2.0, -3.3, 1.6, 7.0,
+ 0.3, -0.9, -0.9, -0.7, -3.1, -0.2, -0.5, -1.6, -1.1, -2.6, -2.3, -0.6, -2.4, -3.8, 7.6,
+ 1.1, -0.2, 0.9, 0.5, 0.1, 0.2, 0.2, 0.4, -0.2, -1.8, -2.1, 0.1, -1.4, -2.8, 0.4, 2.2,
+ 0.6, -0.2, 0.5, 0.0, -0.5, 0.0, -0.1, -1.1, -0.3, -0.6, -1.3, 0.1, -0.6, -2.2, 0.1, 1.5, 2.5,
+ -3.6, -1.6, -3.6, -5.2, -1.0, -2.7, -4.3, -4.0, -0.8, -1.8, -0.7, -3.5, -1.0, 3.6, -5.0, -3.3, -3.5, 14.2,
+ -2.2, -1.8, -1.4, -2.8, -0.5, -1.7, -2.7, -4.0, 2.2, -0.7, 0.0, -2.1, -0.2, 5.1, -3.1, -1.9, -1.9, 4.1, 7.8,
+ 0.1, -2.0, -2.2, -2.9, 0.0, -1.5, -1.9, -3.3, -2.0, 3.1, 1.8, -1.7, 1.6, 0.1, -1.8, -1.0, 0.0, -2.6, -1.1, 3.4,
+ };
+
+ int i, j, count;
+ double av;
+ double *tmpmtx;
+
+ if( n == 30 ) tmpmtx = tmpmtx30;
+ else if( n == 45 ) tmpmtx = tmpmtx45;
+ else if( n == 50 ) tmpmtx = tmpmtx50;
+ else if( n == 62 ) tmpmtx = tmpmtx62;
+ else if( n == 80 ) tmpmtx = tmpmtx80;
+ else if( n == 0 ) tmpmtx = tmpmtx0;
+ else if( n == -1 ) tmpmtx = loadaamtx();
+ else
+ {
+ fprintf( stderr, "blosum %d ?\n", n );
+ exit( 1 );
+ }
+
+ count = 0;
+ for( i=0; i<20; i++ )
+ {
+ for( j=0; j<=i; j++ )
+ {
+ matrix[i][j] = matrix[j][i] = (double)tmpmtx[count++];
+ }
+ }
+ if( n == -1 && tmpmtx[400] != -1.0 )
+ {
+ for( i=0; i<20; i++ ) freq[i] = tmpmtx[400+i];
+ av = 0.0;
+ for( i=0; i<20; i++ ) av += freq[i];
+ for( i=0; i<20; i++ ) freq[i] /= av;
+ }
+ else
+ for( i=0; i<20; i++ ) freq[i] = freqd[i];
+
+#if 0
+ av = 0.0;
+ for( i=0; i<20; i++ )
+ av += matrix[i][i];
+ av /= 20;
+ fprintf( stdout, "av = %f\n", av );
+
+ for( i=0; i<20; i++ ) for( j=0; j<20; j++ )
+ matrix[i][j] /= av;
+
+ av = wav = 0;
+ count = 0;
+ wcount = 0.0;
+ tmptmp = 0.0;
+ for( i=0; i<20; i++ )
+ {
+ fprintf( stdout, "freq[%d] = %f\n", i, freq[i] );
+ tmptmp += freq[i];
+ for( j=0; j<20; j++ )
+ {
+ av += matrix[i][j];
+ wav += freq[i] * freq[j] * matrix[i][j];
+ count++;
+ wcount += freq[i] * freq[j];
+ }
+ }
+
+ av /= count;
+ wav /= wcount;
+ fprintf( stdout, "av = %f\n", av );
+ fprintf( stdout, "wav = %f\n", wav );
+ fprintf( stdout, "wcount = %f\n", wcount );
+ fprintf( stdout, "tmptmp = %f\n", tmptmp );
+
+ for( i=0; i<20; i++ )
+ {
+ for( j=0; j<=i; j++ )
+ {
+ fprintf( stderr, "## %d-%d, %f\n", i, j, matrix[i][j] );
+ }
+ }
+
+ exit( 1 );
+#endif
+
+ for( i=0; i<26; i++ ) amino[i] = locaminod[i];
+ for( i=0; i<26; i++ ) amino_grp[(int)amino[i]] = locgrpd[i];
+}
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