+++ /dev/null
-#include "muscle.h"\r
-#include "msa.h"\r
-\r
-static int Blosum62[23][23] =\r
- {\r
-// A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W X Y Z \r
- +4, -2, +0, -2, -1, -2, +0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, +1, +0, +0, -3, -1, -2, -1, // A\r
- -2, +6, -3, +6, +2, -3, -1, -1, -3, -1, -4, -3, +1, -1, +0, -2, +0, -1, -3, -4, -1, -3, +2, // B\r
- +0, -3, +9, -3, -4, -2, -3, -3, -1, -3, -1, -1, -3, -3, -3, -3, -1, -1, -1, -2, -1, -2, -4, // C\r
- -2, +6, -3, +6, +2, -3, -1, -1, -3, -1, -4, -3, +1, -1, +0, -2, +0, -1, -3, -4, -1, -3, +2, // D\r
- -1, +2, -4, +2, +5, -3, -2, +0, -3, +1, -3, -2, +0, -1, +2, +0, +0, -1, -2, -3, -1, -2, +5, // E\r
- \r
- -2, -3, -2, -3, -3, +6, -3, -1, +0, -3, +0, +0, -3, -4, -3, -3, -2, -2, -1, +1, -1, +3, -3, // F\r
- +0, -1, -3, -1, -2, -3, +6, -2, -4, -2, -4, -3, +0, -2, -2, -2, +0, -2, -3, -2, -1, -3, -2, // G\r
- -2, -1, -3, -1, +0, -1, -2, +8, -3, -1, -3, -2, +1, -2, +0, +0, -1, -2, -3, -2, -1, +2, +0, // H\r
- -1, -3, -1, -3, -3, +0, -4, -3, +4, -3, +2, +1, -3, -3, -3, -3, -2, -1, +3, -3, -1, -1, -3, // I\r
- -1, -1, -3, -1, +1, -3, -2, -1, -3, +5, -2, -1, +0, -1, +1, +2, +0, -1, -2, -3, -1, -2, +1, // K\r
- \r
- -1, -4, -1, -4, -3, +0, -4, -3, +2, -2, +4, +2, -3, -3, -2, -2, -2, -1, +1, -2, -1, -1, -3, // L\r
- -1, -3, -1, -3, -2, +0, -3, -2, +1, -1, +2, +5, -2, -2, +0, -1, -1, -1, +1, -1, -1, -1, -2, // M\r
- -2, +1, -3, +1, +0, -3, +0, +1, -3, +0, -3, -2, +6, -2, +0, +0, +1, +0, -3, -4, -1, -2, +0, // N\r
- -1, -1, -3, -1, -1, -4, -2, -2, -3, -1, -3, -2, -2, +7, -1, -2, -1, -1, -2, -4, -1, -3, -1, // P\r
- -1, +0, -3, +0, +2, -3, -2, +0, -3, +1, -2, +0, +0, -1, +5, +1, +0, -1, -2, -2, -1, -1, +2, // Q\r
- \r
- -1, -2, -3, -2, +0, -3, -2, +0, -3, +2, -2, -1, +0, -2, +1, +5, -1, -1, -3, -3, -1, -2, +0, // R\r
- +1, +0, -1, +0, +0, -2, +0, -1, -2, +0, -2, -1, +1, -1, +0, -1, +4, +1, -2, -3, -1, -2, +0, // S\r
- +0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -1, -1, +0, -1, -1, -1, +1, +5, +0, -2, -1, -2, -1, // T\r
- +0, -3, -1, -3, -2, -1, -3, -3, +3, -2, +1, +1, -3, -2, -2, -3, -2, +0, +4, -3, -1, -1, -2, // V\r
- -3, -4, -2, -4, -3, +1, -2, -2, -3, -3, -2, -1, -4, -4, -2, -3, -3, -2, -3,+11, -1, +2, -3, // W\r
- \r
- -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, // X\r
- -2, -3, -2, -3, -2, +3, -3, +2, -1, -2, -1, -1, -2, -3, -1, -2, -2, -2, -1, +2, -1, +7, -2, // Y\r
- -1, +2, -4, +2, +5, -3, -2, +0, -3, +1, -3, -2, +0, -1, +2, +0, +0, -1, -2, -3, -1, -2, +5, // Z\r
- };\r
-\r
-static int toi_tab[26] =\r
- {\r
- 0, // A\r
- 1, // B\r
- 2, // C\r
- 3, // D\r
- 4, // E\r
- 5, // F\r
- 6, // G\r
- 7, // H\r
- 8, // I\r
- -1, // J\r
- 9, // K\r
- 10, // L\r
- 11, // M\r
- 12, // N\r
- -1, // O\r
- 13, // P\r
- 14, // Q\r
- 15, // R\r
- 16, // S\r
- 17, // T\r
- 17, // U\r
- 18, // V\r
- 19, // W\r
- 20, // X\r
- 21, // Y\r
- 22, // Z\r
- };\r
-\r
-static int toi(char c)\r
- {\r
- c = toupper(c);\r
- return toi_tab[c - 'A'];\r
- }\r
-\r
-static int BlosumScore(char c1, char c2)\r
- {\r
- int i1 = toi(c1);\r
- int i2 = toi(c2);\r
- return Blosum62[i1][i2];\r
- }\r
-\r
-/***\r
-Consider a column with 5 As and 3 Bs.\r
-There are:\r
- 5x4 pairs of As.\r
- 3x2 pairs of Bs.\r
- 5x3x2 AB pairs\r
- 8x7 = 5x4 + 3x2 + 5x3x2 pairs of letters\r
-***/\r
-static double BlosumScoreCol(const MSA &a, unsigned uColIndex)\r
- {\r
- int iCounts[23];\r
- memset(iCounts, 0, sizeof(iCounts));\r
- const unsigned uSeqCount = a.GetSeqCount();\r
- unsigned uCharCount = 0;\r
- for (unsigned uSeqIndex = 0; uSeqIndex < uSeqCount; ++uSeqIndex)\r
- {\r
- char c = a.GetChar(uSeqIndex, uColIndex);\r
- if (IsGapChar(c))\r
- continue;\r
- int iChar = toi(c);\r
- ++iCounts[iChar];\r
- ++uCharCount;\r
- }\r
- if (uCharCount < 2)\r
- return -9;\r
- int iTotalScore = 0;\r
- for (int i1 = 0; i1 < 23; ++i1)\r
- {\r
- int iCounts1 = iCounts[i1];\r
- iTotalScore += iCounts1*(iCounts1 - 1)*Blosum62[i1][i1];\r
- for (int i2 = i1 + 1; i2 < 23; ++i2)\r
- iTotalScore += iCounts[i2]*iCounts1*2*Blosum62[i1][i2];\r
- }\r
- int iPairCount = uCharCount*(uCharCount - 1);\r
- return (double) iTotalScore / (double) iPairCount;\r
- }\r
-\r
-/***\r
-Consider a column with 5 As and 3 Bs.\r
-A residue of type Q scores:\r
- 5xAQ + 3xBQ\r
-***/\r
-static void AssignColorsCol(const MSA &a, unsigned uColIndex, int **Colors)\r
- {\r
- int iCounts[23];\r
- memset(iCounts, 0, sizeof(iCounts));\r
- const unsigned uSeqCount = a.GetSeqCount();\r
- unsigned uCharCount = 0;\r
- for (unsigned uSeqIndex = 0; uSeqIndex < uSeqCount; ++uSeqIndex)\r
- {\r
- char c = a.GetChar(uSeqIndex, uColIndex);\r
- if (IsGapChar(c))\r
- continue;\r
- int iChar = toi(c);\r
- ++iCounts[iChar];\r
- ++uCharCount;\r
- }\r
- int iMostConservedType = -1;\r
- int iMostConservedCount = -1;\r
- for (unsigned i = 0; i < 23; ++i)\r
- {\r
- if (iCounts[i] > iMostConservedCount)\r
- {\r
- iMostConservedType = i;\r
- iMostConservedCount = iCounts[i];\r
- }\r
- }\r
-\r
- double dColScore = BlosumScoreCol(a, uColIndex);\r
- int c;\r
- if (dColScore >= 3.0)\r
- c = 3;\r
- //else if (dColScore >= 1.0)\r
- // c = 2;\r
- else if (dColScore >= 0.2)\r
- c = 1;\r
- else\r
- c = 0;\r
-\r
- int Color[23];\r
- for (unsigned uLetter = 0; uLetter < 23; ++uLetter)\r
- {\r
- double dScore = Blosum62[uLetter][iMostConservedType];\r
- if (dScore >= dColScore)\r
- Color[uLetter] = c;\r
- else\r
- Color[uLetter] = 0;\r
- }\r
-\r
- for (unsigned uSeqIndex = 0; uSeqIndex < uSeqCount; ++uSeqIndex)\r
- {\r
- char c = a.GetChar(uSeqIndex, uColIndex);\r
- if (IsGapChar(c))\r
- {\r
- Colors[uSeqIndex][uColIndex] = 0;\r
- continue;\r
- }\r
- int iLetter = toi(c);\r
- if (iLetter >= 0 && iLetter < 23)\r
- Colors[uSeqIndex][uColIndex] = Color[iLetter];\r
- else\r
- Colors[uSeqIndex][uColIndex] = 0;\r
- }\r
- }\r
-\r
-void AssignColors(const MSA &a, int **Colors)\r
- {\r
- const unsigned uColCount = a.GetColCount();\r
- for (unsigned uColIndex = 0; uColIndex < uColCount; ++uColIndex)\r
- AssignColorsCol(a, uColIndex, Colors);\r
- }\r
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