git://source.jalview.org / jabaws.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Delete unneeded directory
[jabaws.git] / website / archive / binaries / mac / src / muscle / globals.cpp
diff --git a/website/archive/binaries/mac/src/muscle/globals.cpp b/website/archive/binaries/mac/src/muscle/globals.cpp
deleted file mode 100644 (file)
index b1a51a0..0000000
--- a/website/archive/binaries/mac/src/muscle/globals.cpp
+++ /dev/null
@@ -1,289 +0,0 @@
-#if    WIN32\r
-#include <windows.h>\r
-#include <share.h>\r
-#endif\r
-\r
-#include "muscle.h"\r
-#include <stdio.h>\r
-#include <stdlib.h>\r
-#include <stdarg.h>\r
-#include <string.h>\r
-#include <math.h>\r
-#include <assert.h>\r
-#include <time.h>\r
-#include <errno.h>\r
-\r
-#ifndef        MAX_PATH\r
-#define        MAX_PATH        260\r
-#endif\r
-\r
-static char g_strListFileName[MAX_PATH];\r
-static bool g_bListFileAppend = false;\r
-\r
-static SEQWEIGHT g_SeqWeight = SEQWEIGHT_Undefined;\r
-\r
-void SetSeqWeightMethod(SEQWEIGHT Method)\r
-       {\r
-       g_SeqWeight = Method;\r
-       }\r
-\r
-SEQWEIGHT GetSeqWeightMethod()\r
-       {\r
-       return g_SeqWeight;\r
-       }\r
-\r
-void SetListFileName(const char *ptrListFileName, bool bAppend)\r
-       {\r
-       assert(strlen(ptrListFileName) < MAX_PATH);\r
-       strcpy(g_strListFileName, ptrListFileName);\r
-       g_bListFileAppend = bAppend;\r
-       }\r
-\r
-void Log(const char szFormat[], ...)\r
-       {\r
-       if (0 == g_strListFileName[0])\r
-               return;\r
-\r
-       static FILE *f = NULL;\r
-       const char *mode;\r
-       if (g_bListFileAppend)\r
-               mode = "a";\r
-       else\r
-               mode = "w";\r
-       if (NULL == f)\r
-               f = _fsopen(g_strListFileName, mode, _SH_DENYNO);\r
-       if (NULL == f)\r
-               {\r
-               perror(g_strListFileName);\r
-               exit(EXIT_NotStarted);\r
-               }\r
-\r
-       char szStr[4096];\r
-       va_list ArgList;\r
-       va_start(ArgList, szFormat);\r
-       vsprintf(szStr, szFormat, ArgList);\r
-       fprintf(f, "%s", szStr);\r
-       fflush(f);\r
-       }\r
-\r
-const char *GetTimeAsStr()\r
-       {\r
-       static char szStr[32];\r
-       time_t t;\r
-       time(&t);\r
-       struct tm *ptmCurrentTime = localtime(&t);\r
-       strcpy(szStr, asctime(ptmCurrentTime));\r
-       assert('\n' == szStr[24]);\r
-       szStr[24] = 0;\r
-       return szStr;\r
-       }\r
-\r
-// Exit immediately with error message, printf-style.\r
-void Quit(const char szFormat[], ...)\r
-       {\r
-       va_list ArgList;\r
-       char szStr[4096];\r
-\r
-       va_start(ArgList, szFormat);\r
-       vsprintf(szStr, szFormat, ArgList);\r
-\r
-       fprintf(stderr, "\n*** ERROR ***  %s\n", szStr);\r
-\r
-       Log("\n*** FATAL ERROR ***  ");\r
-       Log("%s\n", szStr);\r
-       Log("Stopped %s\n", GetTimeAsStr());\r
-\r
-#ifdef WIN32\r
-       if (IsDebuggerPresent())\r
-               {\r
-               int iBtn = MessageBox(NULL, szStr, "muscle", MB_ICONERROR | MB_OKCANCEL);\r
-               if (IDCANCEL == iBtn)\r
-                       Break();\r
-               }\r
-#endif\r
-       exit(EXIT_FatalError);\r
-       }\r
-\r
-void Warning(const char szFormat[], ...)\r
-       {\r
-       va_list ArgList;\r
-       char szStr[4096];\r
-\r
-       va_start(ArgList, szFormat);\r
-       vsprintf(szStr, szFormat, ArgList);\r
-\r
-       fprintf(stderr, "\n*** WARNING *** %s\n", szStr);\r
-       Log("\n*** WARNING ***  %s\n", szStr);\r
-       }\r
-\r
-// Remove leading and trailing blanks from string\r
-void TrimBlanks(char szStr[])\r
-       {\r
-       TrimLeadingBlanks(szStr);\r
-       TrimTrailingBlanks(szStr);\r
-       }\r
-\r
-void TrimLeadingBlanks(char szStr[])\r
-       {\r
-       size_t n = strlen(szStr);\r
-       while (szStr[0] == ' ')\r
-               {\r
-               memmove(szStr, szStr+1, n);\r
-               szStr[--n] = 0;\r
-               }\r
-       }\r
-\r
-void TrimTrailingBlanks(char szStr[])\r
-       {\r
-       size_t n = strlen(szStr);\r
-       while (n > 0 && szStr[n-1] == ' ')\r
-               szStr[--n] = 0;\r
-       }\r
-\r
-bool Verbose()\r
-       {\r
-       return true;\r
-       }\r
-\r
-SCORE StrToScore(const char *pszStr)\r
-       {\r
-       return (SCORE) atof(pszStr);\r
-       }\r
-\r
-void StripWhitespace(char szStr[])\r
-       {\r
-       unsigned uOutPos = 0;\r
-       unsigned uInPos = 0;\r
-       while (char c = szStr[uInPos++])\r
-               if (' ' != c && '\t' != c && '\n' != c && '\r' != c)\r
-                       szStr[uOutPos++] = c;\r
-       szStr[uOutPos] = 0;\r
-       }\r
-\r
-void StripGaps(char szStr[])\r
-       {\r
-       unsigned uOutPos = 0;\r
-       unsigned uInPos = 0;\r
-       while (char c = szStr[uInPos++])\r
-               if ('-' != c)\r
-                       szStr[uOutPos++] = c;\r
-       szStr[uOutPos] = 0;\r
-       }\r
-\r
-bool IsValidSignedInteger(const char *Str)\r
-       {\r
-       if (0 == strlen(Str))\r
-               return false;\r
-       if ('+' == *Str || '-' == *Str)\r
-               ++Str;\r
-       while (char c = *Str++)\r
-               if (!isdigit(c))\r
-                       return false;\r
-       return true;\r
-       }\r
-\r
-bool IsValidInteger(const char *Str)\r
-       {\r
-       if (0 == strlen(Str))\r
-               return false;\r
-       while (char c = *Str++)\r
-               if (!isdigit(c))\r
-                       return false;\r
-       return true;\r
-       }\r
-\r
-// Is c valid as first character in an identifier?\r
-bool isidentf(char c)\r
-       {\r
-       return isalpha(c) || '_' == c;\r
-       }\r
-\r
-// Is c valid character in an identifier?\r
-bool isident(char c)\r
-       {\r
-       return isalpha(c) || isdigit(c) || '_' == c;\r
-       }\r
-\r
-bool IsValidIdentifier(const char *Str)\r
-       {\r
-       if (!isidentf(Str[0]))\r
-               return false;\r
-       while (char c = *Str++)\r
-               if (!isident(c))\r
-                       return false;\r
-       return true;\r
-       }\r
-\r
-void SetLogFile()\r
-       {\r
-       const char *strFileName = ValueOpt("loga");\r
-       if (0 != strFileName)\r
-               g_bListFileAppend = true;\r
-       else\r
-               strFileName = ValueOpt("log");\r
-       if (0 == strFileName)\r
-               return;\r
-       strcpy(g_strListFileName, strFileName);\r
-       }\r
-\r
-// Get filename, stripping any extension and directory parts.\r
-void NameFromPath(const char szPath[], char szName[], unsigned uBytes)\r
-       {\r
-       if (0 == uBytes)\r
-               return;\r
-       const char *pstrLastSlash = strrchr(szPath, '/');\r
-       const char *pstrLastBackslash = strrchr(szPath, '\\');\r
-       const char *pstrLastDot = strrchr(szPath, '.');\r
-       const char *pstrLastSep = pstrLastSlash > pstrLastBackslash ?\r
-         pstrLastSlash : pstrLastBackslash;\r
-       const char *pstrBegin = pstrLastSep ? pstrLastSep + 1 : szPath;\r
-       const char *pstrEnd = pstrLastDot ? pstrLastDot - 1 : szPath + strlen(szPath);\r
-       unsigned uNameLength = (unsigned) (pstrEnd - pstrBegin + 1);\r
-       if (uNameLength > uBytes - 1)\r
-               uNameLength = uBytes - 1;\r
-       memcpy(szName, pstrBegin, uNameLength);\r
-       szName[uNameLength] = 0;\r
-       }\r
-\r
-char *strsave(const char *s)\r
-       {\r
-       char *ptrCopy = strdup(s);\r
-       if (0 == ptrCopy)\r
-               Quit("Out of memory");\r
-       return ptrCopy;\r
-       }\r
-\r
-bool IsValidFloatChar(char c)\r
-       {\r
-       return isdigit(c) || '.' == c || 'e' == c || 'E' == c || 'd' == c ||\r
-         'D' == c || '.' == c || '+' == c || '-' == c;\r
-       }\r
-\r
-void Call_MY_ASSERT(const char *file, int line, bool b, const char *msg)\r
-       {\r
-       if (b)\r
-               return;\r
-       Quit("%s(%d): MY_ASSERT(%s)", file, line, msg);\r
-       }\r
-\r
-static size_t g_MemTotal;\r
-\r
-void MemPlus(size_t Bytes, char *Where)\r
-       {\r
-       g_MemTotal += Bytes;\r
-       Log("+%10u  %6u  %6u  %s\n",\r
-         (unsigned) Bytes,\r
-         (unsigned) GetMemUseMB(),\r
-         (unsigned) (g_MemTotal/1000000),\r
-         Where);\r
-       }\r
-\r
-void MemMinus(size_t Bytes, char *Where)\r
-       {\r
-       g_MemTotal -= Bytes;\r
-       Log("-%10u  %6u  %6u  %s\n",\r
-         (unsigned) Bytes,\r
-         (unsigned) GetMemUseMB(),\r
-         (unsigned) (g_MemTotal/1000000),\r
-         Where);\r
-       }\r