Mac binaries

[jabaws.git] / website / archive / binaries / mac / src / probcons / Makefile

diff --git a/website/archive/binaries/mac/src/probcons/Makefile b/website/archive/binaries/mac/src/probcons/Makefile
new file mode 100644 (file)
index 0000000..75fc47a
--- /dev/null
+++ b/website/archive/binaries/mac/src/probcons/Makefile
@@ -0,0 +1,56 @@
+################################################################################
+# Makefile for probcons
+################################################################################
+
+################################################################################
+# 1) Choose C++ compiler.
+################################################################################
+
+CXX = g++
+
+################################################################################
+# 2) Set C++ flags.
+#    a) DEBUG mode -- no optimizations, enable SafeVector checking, no inlining
+#    b) PROFILE mode -- for gprof
+#    c) RELEASE mode
+################################################################################
+
+OTHERFLAGS = -DNumInsertStates=2 -DVERSION="1.12"
+
+# debug mode    
+#CXXFLAGS = -g -W -Wall -pedantic -DENABLE_CHECKS -fno-inline $(OTHERFLAGS)
+
+# profile mode
+#CXXFLAGS = -pg -W -Wall -pedantic $(OTHERFLAGS)
+
+# release mode
+#CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS) -mmmx -msse -msse2 -mfpmath=sse -march=pentium4 -mcpu=pentium4 -funroll-loops -fomit-frame-pointer 
+CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS) -funroll-loops
+
+################################################################################
+# 3) Dependencies
+################################################################################
+
+TARGETS = probcons compare project makegnuplot
+
+.PHONY : all
+all : $(TARGETS)
+
+probcons : MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h Main.cc
+       $(CXX) $(CXXFLAGS) -lm -o probcons Main.cc 
+
+compare : MultiSequence.h Sequence.h FileBuffer.h SafeVector.h CompareToRef.cc
+       $(CXX) $(CXXFLAGS) -o compare CompareToRef.cc
+
+fixref : MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h FixRef.cc
+       $(CXX) $(CXXFLAGS) -o fixref FixRef.cc
+
+project : MultiSequence.h Sequence.h SafeVector.h ProjectPairwise.cc
+       $(CXX) $(CXXFLAGS) -o project ProjectPairwise.cc
+
+makegnuplot : MakeGnuPlot.cc
+       $(CXX) $(CXXFLAGS) -o makegnuplot MakeGnuPlot.cc
+
+.PHONY : clean
+clean:
+       rm -f $(TARGETS)