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[jabaws.git] / website / dm_javadoc / compbio / data / msa / MsaWS.html
diff --git a/website/dm_javadoc/compbio/data/msa/MsaWS.html b/website/dm_javadoc/compbio/data/msa/MsaWS.html
index 2578550..122814d 100644 (file)
--- a/website/dm_javadoc/compbio/data/msa/MsaWS.html
+++ b/website/dm_javadoc/compbio/data/msa/MsaWS.html
@@ -2,12 +2,12 @@
 <!--NewPage-->\r
 <HTML>\r
 <HEAD>\r
-<!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_21) on Thu Nov 18 15:38:37 GMT 2010 -->\r
+<!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_21) on Wed Nov 24 12:17:18 GMT 2010 -->\r
 <TITLE>\r
 MsaWS\r
 </TITLE>\r
 \r
-<META NAME="date" CONTENT="2010-11-18">\r
+<META NAME="date" CONTENT="2010-11-24">\r
 \r
 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
 \r
@@ -123,8 +123,8 @@ Multiple Sequence Alignment (MSA) Web Services Interface
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#align(java.util.List)">align</A></B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences)</CODE>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#align(java.util.List)">align</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Align a list of sequences with default settings.</TD>\r
@@ -132,16 +132,16 @@ Multiple Sequence Alignment (MSA) Web Services Interface
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#cancelJob(java.lang.String)">cancelJob</A></B>(java.lang.String&nbsp;jobId)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#cancelJob(java.lang.String)">cancelJob</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Stop running the job <code>jobId</code> but leave its output untouched</TD>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#customAlign(java.util.List, java.util.List)">customAlign</A></B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences,\r
-            java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="type parameter in MsaWS">T</A>&gt;&gt;&nbsp;options)</CODE>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#customAlign(java.util.List, java.util.List)">customAlign</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences,\r
+            <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="type parameter in MsaWS">T</A>&gt;&gt;&nbsp;options)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Align a list of sequences with options.</TD>\r
@@ -149,7 +149,7 @@ Multiple Sequence Alignment (MSA) Web Services Interface
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/JobStatus.html" title="enum in compbio.metadata">JobStatus</A></CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getJobStatus(java.lang.String)">getJobStatus</A></B>(java.lang.String&nbsp;jobId)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getJobStatus(java.lang.String)">getJobStatus</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Return the status of the job.</TD>\r
@@ -157,7 +157,7 @@ Multiple Sequence Alignment (MSA) Web Services Interface
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/Limit.html" title="class in compbio.metadata">Limit</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="type parameter in MsaWS">T</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getLimit(java.lang.String)">getLimit</A></B>(java.lang.String&nbsp;presetName)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getLimit(java.lang.String)">getLimit</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;presetName)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Get a Limit for a preset.</TD>\r
@@ -181,7 +181,7 @@ Multiple Sequence Alignment (MSA) Web Services Interface
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/Alignment.html" title="class in compbio.data.sequence">Alignment</A></CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getResult(java.lang.String)">getResult</A></B>(java.lang.String&nbsp;jobId)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getResult(java.lang.String)">getResult</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Return the result of the job.</TD>\r
@@ -196,8 +196,8 @@ Multiple Sequence Alignment (MSA) Web Services Interface
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#presetAlign(java.util.List, compbio.metadata.Preset)">presetAlign</A></B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences,\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#presetAlign(java.util.List, compbio.metadata.Preset)">presetAlign</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences,\r
             <A HREF="../../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="type parameter in MsaWS">T</A>&gt;&nbsp;preset)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -206,7 +206,7 @@ Multiple Sequence Alignment (MSA) Web Services Interface
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/ChunkHolder.html" title="class in compbio.metadata">ChunkHolder</A></CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#pullExecStatistics(java.lang.String, long)">pullExecStatistics</A></B>(java.lang.String&nbsp;jobId,\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#pullExecStatistics(java.lang.String, long)">pullExecStatistics</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId,\r
                    long&nbsp;position)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -230,10 +230,10 @@ Multiple Sequence Alignment (MSA) Web Services Interface
 <A NAME="align(java.util.List)"><!-- --></A><H3>\r
 align</H3>\r
 <PRE>\r
-java.lang.String <B>align</B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences)\r
-                       throws <A HREF="../../../compbio/metadata/UnsupportedRuntimeException.html" title="class in compbio.metadata">UnsupportedRuntimeException</A>,\r
-                              <A HREF="../../../compbio/metadata/LimitExceededException.html" title="class in compbio.metadata">LimitExceededException</A>,\r
-                              <A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A></PRE>\r
+<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>align</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences)\r
+             throws <A HREF="../../../compbio/metadata/UnsupportedRuntimeException.html" title="class in compbio.metadata">UnsupportedRuntimeException</A>,\r
+                    <A HREF="../../../compbio/metadata/LimitExceededException.html" title="class in compbio.metadata">LimitExceededException</A>,\r
+                    <A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A></PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Align a list of sequences with default settings.
  
@@ -256,7 +256,7 @@ java.lang.String <B>align</B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/data/s
              is misconfigured or malfunction, is reported via this
              exception. In the first case the information on the limit
              could be obtained from an exception.\r
-<DD><CODE>java.security.InvalidParameterException</CODE> - thrown if input list of FASTA sequences is null or empty\r
+<DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/security/InvalidParameterException.html?is-external=true" title="class or interface in java.security">InvalidParameterException</A></CODE> - thrown if input list of FASTA sequences is null or empty\r
 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/UnsupportedRuntimeException.html" title="class in compbio.metadata">UnsupportedRuntimeException</A></CODE> - thrown if server OS does not support native executables for a
              given web service, e.g. JABAWS is deployed on Windows and
              Mafft service is called\r
@@ -269,12 +269,12 @@ java.lang.String <B>align</B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/data/s
 <A NAME="customAlign(java.util.List, java.util.List)"><!-- --></A><H3>\r
 customAlign</H3>\r
 <PRE>\r
-java.lang.String <B>customAlign</B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences,\r
-                             java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="type parameter in MsaWS">T</A>&gt;&gt;&nbsp;options)\r
-                             throws <A HREF="../../../compbio/metadata/UnsupportedRuntimeException.html" title="class in compbio.metadata">UnsupportedRuntimeException</A>,\r
-                                    <A HREF="../../../compbio/metadata/LimitExceededException.html" title="class in compbio.metadata">LimitExceededException</A>,\r
-                                    <A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A>,\r
-                                    <A HREF="../../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></PRE>\r
+<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>customAlign</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences,\r
+                   <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="type parameter in MsaWS">T</A>&gt;&gt;&nbsp;options)\r
+                   throws <A HREF="../../../compbio/metadata/UnsupportedRuntimeException.html" title="class in compbio.metadata">UnsupportedRuntimeException</A>,\r
+                          <A HREF="../../../compbio/metadata/LimitExceededException.html" title="class in compbio.metadata">LimitExceededException</A>,\r
+                          <A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A>,\r
+                          <A HREF="../../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Align a list of sequences with options.\r
 <P>\r
@@ -296,7 +296,7 @@ java.lang.String <B>customAlign</B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/
              supported, 2) The value of the option is defined outside the
              boundaries. In both cases exception object contain the
              information on the violating Option.\r
-<DD><CODE>java.security.InvalidParameterException</CODE> - thrown if input list of FASTA sequence is null or empty\r
+<DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/security/InvalidParameterException.html?is-external=true" title="class or interface in java.security">InvalidParameterException</A></CODE> - thrown if input list of FASTA sequence is null or empty\r
 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/UnsupportedRuntimeException.html" title="class in compbio.metadata">UnsupportedRuntimeException</A></CODE> - thrown if server OS does not support native executables for a
              given web service, e.g. JABAWS is deployed on Windows and
              Mafft service is called\r
@@ -310,12 +310,12 @@ java.lang.String <B>customAlign</B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/
 <A NAME="presetAlign(java.util.List, compbio.metadata.Preset)"><!-- --></A><H3>\r
 presetAlign</H3>\r
 <PRE>\r
-java.lang.String <B>presetAlign</B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences,\r
-                             <A HREF="../../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="type parameter in MsaWS">T</A>&gt;&nbsp;preset)\r
-                             throws <A HREF="../../../compbio/metadata/UnsupportedRuntimeException.html" title="class in compbio.metadata">UnsupportedRuntimeException</A>,\r
-                                    <A HREF="../../../compbio/metadata/LimitExceededException.html" title="class in compbio.metadata">LimitExceededException</A>,\r
-                                    <A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A>,\r
-                                    <A HREF="../../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></PRE>\r
+<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>presetAlign</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences,\r
+                   <A HREF="../../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="type parameter in MsaWS">T</A>&gt;&nbsp;preset)\r
+                   throws <A HREF="../../../compbio/metadata/UnsupportedRuntimeException.html" title="class in compbio.metadata">UnsupportedRuntimeException</A>,\r
+                          <A HREF="../../../compbio/metadata/LimitExceededException.html" title="class in compbio.metadata">LimitExceededException</A>,\r
+                          <A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A>,\r
+                          <A HREF="../../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Align a list of sequences with preset.
  
@@ -341,7 +341,7 @@ java.lang.String <B>presetAlign</B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/
              supported, 2) The value of the option is defined outside the
              boundaries. In both cases exception object contain the
              information on the violating Option.\r
-<DD><CODE>java.security.InvalidParameterException</CODE> - thrown if input list of FASTA sequence is null or empty\r
+<DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/security/InvalidParameterException.html?is-external=true" title="class or interface in java.security">InvalidParameterException</A></CODE> - thrown if input list of FASTA sequence is null or empty\r
 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/UnsupportedRuntimeException.html" title="class in compbio.metadata">UnsupportedRuntimeException</A></CODE> - thrown if server OS does not support native executables for a
              given web service, e.g. JABAWS is deployed on Windows and
              Mafft service is called\r
@@ -354,7 +354,7 @@ java.lang.String <B>presetAlign</B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/
 <A NAME="getResult(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 getResult</H3>\r
 <PRE>\r
-<A HREF="../../../compbio/data/sequence/Alignment.html" title="class in compbio.data.sequence">Alignment</A> <B>getResult</B>(java.lang.String&nbsp;jobId)\r
+<A HREF="../../../compbio/data/sequence/Alignment.html" title="class in compbio.data.sequence">Alignment</A> <B>getResult</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId)\r
                     throws <A HREF="../../../compbio/metadata/ResultNotAvailableException.html" title="class in compbio.metadata">ResultNotAvailableException</A></PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Return the result of the job. This method waits for the job
@@ -370,7 +370,7 @@ getResult</H3>
              lower level problems on the server i.e. IOException,
              FileNotFoundException problems as well as
              UnknownFileFormatException.\r
-<DD><CODE>java.security.InvalidParameterException</CODE> - thrown if jobId is empty or is not recognised e.g. in invalid
+<DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/security/InvalidParameterException.html?is-external=true" title="class or interface in java.security">InvalidParameterException</A></CODE> - thrown if jobId is empty or is not recognised e.g. in invalid
              format</DL>\r
 </DD>\r
 </DL>\r
@@ -379,7 +379,7 @@ getResult</H3>
 <A NAME="cancelJob(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 cancelJob</H3>\r
 <PRE>\r
-boolean <B>cancelJob</B>(java.lang.String&nbsp;jobId)</PRE>\r
+boolean <B>cancelJob</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Stop running the job <code>jobId</code> but leave its output untouched\r
 <P>\r
@@ -387,7 +387,7 @@ boolean <B>cancelJob</B>(java.lang.String&nbsp;jobId)</PRE>
 \r
 <DT><B>Returns:</B><DD>true if job was cancelled successfully, false otherwise\r
 <DT><B>Throws:</B>\r
-<DD><CODE>java.security.InvalidParameterException</CODE> - is thrown if jobId is empty or cannot be recognised e.g. in
+<DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/security/InvalidParameterException.html?is-external=true" title="class or interface in java.security">InvalidParameterException</A></CODE> - is thrown if jobId is empty or cannot be recognised e.g. in
              invalid format</DL>\r
 </DD>\r
 </DL>\r
@@ -396,7 +396,7 @@ boolean <B>cancelJob</B>(java.lang.String&nbsp;jobId)</PRE>
 <A NAME="getJobStatus(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 getJobStatus</H3>\r
 <PRE>\r
-<A HREF="../../../compbio/metadata/JobStatus.html" title="enum in compbio.metadata">JobStatus</A> <B>getJobStatus</B>(java.lang.String&nbsp;jobId)</PRE>\r
+<A HREF="../../../compbio/metadata/JobStatus.html" title="enum in compbio.metadata">JobStatus</A> <B>getJobStatus</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Return the status of the job.\r
 <P>\r
@@ -404,7 +404,7 @@ getJobStatus</H3>
 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>jobId</CODE> - - unique job identifier\r
 <DT><B>Returns:</B><DD>JobStatus - status of the job\r
 <DT><B>Throws:</B>\r
-<DD><CODE>java.security.InvalidParameterException</CODE> - is thrown if jobId is empty or cannot be recognised e.g. in
+<DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/security/InvalidParameterException.html?is-external=true" title="class or interface in java.security">InvalidParameterException</A></CODE> - is thrown if jobId is empty or cannot be recognised e.g. in
              invalid format<DT><B>See Also:</B><DD><A HREF="../../../compbio/metadata/JobStatus.html" title="enum in compbio.metadata"><CODE>JobStatus</CODE></A></DL>\r
 </DD>\r
 </DL>\r
@@ -413,7 +413,7 @@ getJobStatus</H3>
 <A NAME="pullExecStatistics(java.lang.String, long)"><!-- --></A><H3>\r
 pullExecStatistics</H3>\r
 <PRE>\r
-<A HREF="../../../compbio/metadata/ChunkHolder.html" title="class in compbio.metadata">ChunkHolder</A> <B>pullExecStatistics</B>(java.lang.String&nbsp;jobId,\r
+<A HREF="../../../compbio/metadata/ChunkHolder.html" title="class in compbio.metadata">ChunkHolder</A> <B>pullExecStatistics</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId,\r
                                long&nbsp;position)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Reads 1kb chunk from the statistics file which is specific to a given web
@@ -426,7 +426,7 @@ pullExecStatistics</H3>
 <DT><B>Returns:</B><DD>ChunkHolder - which contains a chunk of data and a next position
          within the file from which no data has been read\r
 <DT><B>Throws:</B>\r
-<DD><CODE>java.security.InvalidParameterException</CODE> - thrown if jobId is empty or cannot be recognised e.g. in
+<DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/security/InvalidParameterException.html?is-external=true" title="class or interface in java.security">InvalidParameterException</A></CODE> - thrown if jobId is empty or cannot be recognised e.g. in
              invalid format and also if the position value is negative<DT><B>See Also:</B><DD><A HREF="../../../compbio/metadata/ChunkHolder.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>ChunkHolder</CODE></A></DL>\r
 </DD>\r
 </DL>\r
@@ -465,7 +465,7 @@ getPresets</H3>
 <A NAME="getLimit(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 getLimit</H3>\r
 <PRE>\r
-<A HREF="../../../compbio/metadata/Limit.html" title="class in compbio.metadata">Limit</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="type parameter in MsaWS">T</A>&gt; <B>getLimit</B>(java.lang.String&nbsp;presetName)</PRE>\r
+<A HREF="../../../compbio/metadata/Limit.html" title="class in compbio.metadata">Limit</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="type parameter in MsaWS">T</A>&gt; <B>getLimit</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;presetName)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Get a Limit for a preset.\r
 <P>\r