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updated javadoc
[jabaws.git] / website / dm_javadoc / compbio / data / msa / MsaWS.html
diff --git a/website/dm_javadoc/compbio/data/msa/MsaWS.html b/website/dm_javadoc/compbio/data/msa/MsaWS.html
index 122814d..303f784 100644 (file)
--- a/website/dm_javadoc/compbio/data/msa/MsaWS.html
+++ b/website/dm_javadoc/compbio/data/msa/MsaWS.html
@@ -2,12 +2,12 @@
 <!--NewPage-->\r
 <HTML>\r
 <HEAD>\r
-<!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_21) on Wed Nov 24 12:17:18 GMT 2010 -->\r
+<!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_24) on Fri Aug 12 14:32:03 BST 2011 -->\r
 <TITLE>\r
 MsaWS\r
 </TITLE>\r
 \r
-<META NAME="date" CONTENT="2010-11-24">\r
+<META NAME="date" CONTENT="2011-08-12">\r
 \r
 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
 \r
@@ -55,8 +55,8 @@ function windowTitle()
 \r
 <TR>\r
 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
-&nbsp;PREV CLASS&nbsp;\r
-&nbsp;NEXT CLASS</FONT></TD>\r
+&nbsp;<A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html" title="interface in compbio.data.msa"><B>PREV CLASS</B></A>&nbsp;\r
+&nbsp;<A HREF="../../../compbio/data/msa/RegistryWS.html" title="interface in compbio.data.msa"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
   <A HREF="../../../index.html?compbio/data/msa/MsaWS.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 &nbsp;<A HREF="MsaWS.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
@@ -93,9 +93,12 @@ compbio.data.msa</FONT>
 Interface MsaWS&lt;T&gt;</H2>\r
 <DL>\r
 <DT><DT><B>Type Parameters:</B><DD><CODE>T</CODE> - executable type / web service type</DL>\r
+<DL>\r
+<DT><B>All Superinterfaces:</B> <DD><A HREF="../../../compbio/data/msa/JABAService.html" title="interface in compbio.data.msa">JABAService</A>, <A HREF="../../../compbio/data/msa/JManagement.html" title="interface in compbio.data.msa">JManagement</A>, <A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html" title="interface in compbio.data.msa">Metadata</A>&lt;T&gt;</DD>\r
+</DL>\r
 <HR>\r
 <DL>\r
-<DT><PRE>public interface <B>MsaWS&lt;T&gt;</B></DL>\r
+<DT><PRE>public interface <B>MsaWS&lt;T&gt;</B><DT>extends <A HREF="../../../compbio/data/msa/JABAService.html" title="interface in compbio.data.msa">JABAService</A>, <A HREF="../../../compbio/data/msa/JManagement.html" title="interface in compbio.data.msa">JManagement</A>, <A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html" title="interface in compbio.data.msa">Metadata</A>&lt;T&gt;</DL>\r
 </PRE>\r
 \r
 <P>\r
@@ -104,15 +107,33 @@ Multiple Sequence Alignment (MSA) Web Services Interface
 \r
 <P>\r
 <DL>\r
-<DT><B>Version:</B></DT>\r
-  <DD>1.0 September 2009</DD>\r
 <DT><B>Author:</B></DT>\r
-  <DD>pvtroshin</DD>\r
+  <DD>pvtroshin
+ 
+         Date November 2010</DD>\r
 </DL>\r
 <HR>\r
 \r
 <P>\r
+<!-- =========== FIELD SUMMARY =========== -->\r
 \r
+<A NAME="field_summary"><!-- --></A>\r
+<TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
+<TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
+<TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
+<B>Field Summary</B></FONT></TH>\r
+</TR>\r
+</TABLE>\r
+&nbsp;<A NAME="fields_inherited_from_class_compbio.data.msa.JABAService"><!-- --></A>\r
+<TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
+<TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
+<TH ALIGN="left"><B>Fields inherited from interface compbio.data.msa.<A HREF="../../../compbio/data/msa/JABAService.html" title="interface in compbio.data.msa">JABAService</A></B></TH>\r
+</TR>\r
+<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
+<TD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/JABAService.html#SERVICE_NAMESPACE">SERVICE_NAMESPACE</A>, <A HREF="../../../compbio/data/msa/JABAService.html#V2_SERVICE_NAMESPACE">V2_SERVICE_NAMESPACE</A></CODE></TD>\r
+</TR>\r
+</TABLE>\r
+&nbsp;\r
 <!-- ========== METHOD SUMMARY =========== -->\r
 \r
 <A NAME="method_summary"><!-- --></A>\r
@@ -131,14 +152,6 @@ Multiple Sequence Alignment (MSA) Web Services Interface
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#cancelJob(java.lang.String)">cancelJob</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId)</CODE>\r
-\r
-<BR>\r
-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Stop running the job <code>jobId</code> but leave its output untouched</TD>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#customAlign(java.util.List, java.util.List)">customAlign</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences,\r
             <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="type parameter in MsaWS">T</A>&gt;&gt;&nbsp;options)</CODE>\r
@@ -148,38 +161,6 @@ Multiple Sequence Alignment (MSA) Web Services Interface
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/JobStatus.html" title="enum in compbio.metadata">JobStatus</A></CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getJobStatus(java.lang.String)">getJobStatus</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId)</CODE>\r
-\r
-<BR>\r
-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Return the status of the job.</TD>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/Limit.html" title="class in compbio.metadata">Limit</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="type parameter in MsaWS">T</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getLimit(java.lang.String)">getLimit</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;presetName)</CODE>\r
-\r
-<BR>\r
-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Get a Limit for a preset.</TD>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/LimitsManager.html" title="class in compbio.metadata">LimitsManager</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="type parameter in MsaWS">T</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getLimits()">getLimits</A></B>()</CODE>\r
-\r
-<BR>\r
-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;List Limits supported by a web service.</TD>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="class in compbio.metadata">PresetManager</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="type parameter in MsaWS">T</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getPresets()">getPresets</A></B>()</CODE>\r
-\r
-<BR>\r
-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Get presets supported by a web service</TD>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/Alignment.html" title="class in compbio.data.sequence">Alignment</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getResult(java.lang.String)">getResult</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId)</CODE>\r
 \r
@@ -188,14 +169,6 @@ Multiple Sequence Alignment (MSA) Web Services Interface
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="type parameter in MsaWS">T</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getRunnerOptions()">getRunnerOptions</A></B>()</CODE>\r
-\r
-<BR>\r
-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Get options supported by a web service</TD>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#presetAlign(java.util.List, compbio.metadata.Preset)">presetAlign</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences,\r
             <A HREF="../../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="type parameter in MsaWS">T</A>&gt;&nbsp;preset)</CODE>\r
@@ -203,15 +176,23 @@ Multiple Sequence Alignment (MSA) Web Services Interface
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Align a list of sequences with preset.</TD>\r
 </TR>\r
+</TABLE>\r
+&nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_compbio.data.msa.JManagement"><!-- --></A>\r
+<TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
+<TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
+<TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from interface compbio.data.msa.<A HREF="../../../compbio/data/msa/JManagement.html" title="interface in compbio.data.msa">JManagement</A></B></TH>\r
+</TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/ChunkHolder.html" title="class in compbio.metadata">ChunkHolder</A></CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#pullExecStatistics(java.lang.String, long)">pullExecStatistics</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId,\r
-                   long&nbsp;position)</CODE>\r
-\r
-<BR>\r
-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Reads 1kb chunk from the statistics file which is specific to a given web
- service from the <code>position</code>.</TD>\r
+<TD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/JManagement.html#cancelJob(java.lang.String)">cancelJob</A>, <A HREF="../../../compbio/data/msa/JManagement.html#getJobStatus(java.lang.String)">getJobStatus</A>, <A HREF="../../../compbio/data/msa/JManagement.html#pullExecStatistics(java.lang.String, long)">pullExecStatistics</A></CODE></TD>\r
+</TR>\r
+</TABLE>\r
+&nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_compbio.data.msa.Metadata"><!-- --></A>\r
+<TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
+<TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
+<TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from interface compbio.data.msa.<A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html" title="interface in compbio.data.msa">Metadata</A></B></TH>\r
+</TR>\r
+<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
+<TD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html#getLimit(java.lang.String)">getLimit</A>, <A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html#getLimits()">getLimits</A>, <A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html#getPresets()">getPresets</A>, <A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html#getRunnerOptions()">getRunnerOptions</A></CODE></TD>\r
 </TR>\r
 </TABLE>\r
 &nbsp;\r
@@ -243,6 +224,9 @@ align</H3>
  JobSubmissionException will be thrown.\r
 <P>\r
 <DD><DL>\r
+</DL>\r
+</DD>\r
+<DD><DL>\r
 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>sequences</CODE> - List of FastaSequence objects. The programme does not perform
             any sequence validity checks. Nor does it checks whether the
             sequences names are unique. It is responsibility of the caller
@@ -279,6 +263,9 @@ customAlign</H3>
 <DD>Align a list of sequences with options.\r
 <P>\r
 <DD><DL>\r
+</DL>\r
+</DD>\r
+<DD><DL>\r
 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>sequences</CODE> - List of FastaSequence objects. The programme does not perform
             any sequence validity checks. Nor does it checks whether the
             sequences names are unique. It is responsibility of the caller
@@ -324,6 +311,9 @@ presetAlign</H3>
  is used.\r
 <P>\r
 <DD><DL>\r
+</DL>\r
+</DD>\r
+<DD><DL>\r
 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>sequences</CODE> - List of FastaSequence objects. The programme does not perform
             any sequence validity checks. Nor does it checks whether the
             sequences names are unique. It is responsibility of the caller
@@ -361,6 +351,9 @@ getResult</H3>
  <code>jobId</code> to complete before return.\r
 <P>\r
 <DD><DL>\r
+</DL>\r
+</DD>\r
+<DD><DL>\r
 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>jobId</CODE> - a unique job identifier\r
 <DT><B>Returns:</B><DD>Alignment\r
 <DT><B>Throws:</B>\r
@@ -374,122 +367,6 @@ getResult</H3>
              format</DL>\r
 </DD>\r
 </DL>\r
-<HR>\r
-\r
-<A NAME="cancelJob(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
-cancelJob</H3>\r
-<PRE>\r
-boolean <B>cancelJob</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId)</PRE>\r
-<DL>\r
-<DD>Stop running the job <code>jobId</code> but leave its output untouched\r
-<P>\r
-<DD><DL>\r
-\r
-<DT><B>Returns:</B><DD>true if job was cancelled successfully, false otherwise\r
-<DT><B>Throws:</B>\r
-<DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/security/InvalidParameterException.html?is-external=true" title="class or interface in java.security">InvalidParameterException</A></CODE> - is thrown if jobId is empty or cannot be recognised e.g. in
-             invalid format</DL>\r
-</DD>\r
-</DL>\r
-<HR>\r
-\r
-<A NAME="getJobStatus(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
-getJobStatus</H3>\r
-<PRE>\r
-<A HREF="../../../compbio/metadata/JobStatus.html" title="enum in compbio.metadata">JobStatus</A> <B>getJobStatus</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId)</PRE>\r
-<DL>\r
-<DD>Return the status of the job.\r
-<P>\r
-<DD><DL>\r
-<DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>jobId</CODE> - - unique job identifier\r
-<DT><B>Returns:</B><DD>JobStatus - status of the job\r
-<DT><B>Throws:</B>\r
-<DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/security/InvalidParameterException.html?is-external=true" title="class or interface in java.security">InvalidParameterException</A></CODE> - is thrown if jobId is empty or cannot be recognised e.g. in
-             invalid format<DT><B>See Also:</B><DD><A HREF="../../../compbio/metadata/JobStatus.html" title="enum in compbio.metadata"><CODE>JobStatus</CODE></A></DL>\r
-</DD>\r
-</DL>\r
-<HR>\r
-\r
-<A NAME="pullExecStatistics(java.lang.String, long)"><!-- --></A><H3>\r
-pullExecStatistics</H3>\r
-<PRE>\r
-<A HREF="../../../compbio/metadata/ChunkHolder.html" title="class in compbio.metadata">ChunkHolder</A> <B>pullExecStatistics</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId,\r
-                               long&nbsp;position)</PRE>\r
-<DL>\r
-<DD>Reads 1kb chunk from the statistics file which is specific to a given web
- service from the <code>position</code>. If in time of a request less then
- 1kb data is available from the position to the end of the file, then it
- returns all the data available from the position to the end of the file.\r
-<P>\r
-<DD><DL>\r
-<DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>jobId</CODE> - - unique job identifier<DD><CODE>position</CODE> - - next position within the file to read\r
-<DT><B>Returns:</B><DD>ChunkHolder - which contains a chunk of data and a next position
-         within the file from which no data has been read\r
-<DT><B>Throws:</B>\r
-<DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/security/InvalidParameterException.html?is-external=true" title="class or interface in java.security">InvalidParameterException</A></CODE> - thrown if jobId is empty or cannot be recognised e.g. in
-             invalid format and also if the position value is negative<DT><B>See Also:</B><DD><A HREF="../../../compbio/metadata/ChunkHolder.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>ChunkHolder</CODE></A></DL>\r
-</DD>\r
-</DL>\r
-<HR>\r
-\r
-<A NAME="getRunnerOptions()"><!-- --></A><H3>\r
-getRunnerOptions</H3>\r
-<PRE>\r
-<A HREF="../../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="type parameter in MsaWS">T</A>&gt; <B>getRunnerOptions</B>()</PRE>\r
-<DL>\r
-<DD>Get options supported by a web service\r
-<P>\r
-<DD><DL>\r
-\r
-<DT><B>Returns:</B><DD>RunnerConfig the list of options and parameters supported by a
-         web service.</DL>\r
-</DD>\r
-</DL>\r
-<HR>\r
-\r
-<A NAME="getPresets()"><!-- --></A><H3>\r
-getPresets</H3>\r
-<PRE>\r
-<A HREF="../../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="class in compbio.metadata">PresetManager</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="type parameter in MsaWS">T</A>&gt; <B>getPresets</B>()</PRE>\r
-<DL>\r
-<DD>Get presets supported by a web service\r
-<P>\r
-<DD><DL>\r
-\r
-<DT><B>Returns:</B><DD>PresetManager the object contains information about presets
-         supported by a web service</DL>\r
-</DD>\r
-</DL>\r
-<HR>\r
-\r
-<A NAME="getLimit(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
-getLimit</H3>\r
-<PRE>\r
-<A HREF="../../../compbio/metadata/Limit.html" title="class in compbio.metadata">Limit</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="type parameter in MsaWS">T</A>&gt; <B>getLimit</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;presetName)</PRE>\r
-<DL>\r
-<DD>Get a Limit for a preset.\r
-<P>\r
-<DD><DL>\r
-<DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>presetName</CODE> - the name of the preset. if no name is provided, then the
-            default preset is returned. If no limit for a particular
-            preset is defined then the default preset is returned\r
-<DT><B>Returns:</B><DD>Limit</DL>\r
-</DD>\r
-</DL>\r
-<HR>\r
-\r
-<A NAME="getLimits()"><!-- --></A><H3>\r
-getLimits</H3>\r
-<PRE>\r
-<A HREF="../../../compbio/metadata/LimitsManager.html" title="class in compbio.metadata">LimitsManager</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="type parameter in MsaWS">T</A>&gt; <B>getLimits</B>()</PRE>\r
-<DL>\r
-<DD>List Limits supported by a web service.\r
-<P>\r
-<DD><DL>\r
-\r
-<DT><B>Returns:</B><DD>LimitManager</DL>\r
-</DD>\r
-</DL>\r
 <!-- ========= END OF CLASS DATA ========= -->\r
 <HR>\r
 \r
@@ -521,8 +398,8 @@ getLimits</H3>
 \r
 <TR>\r
 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
-&nbsp;PREV CLASS&nbsp;\r
-&nbsp;NEXT CLASS</FONT></TD>\r
+&nbsp;<A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html" title="interface in compbio.data.msa"><B>PREV CLASS</B></A>&nbsp;\r
+&nbsp;<A HREF="../../../compbio/data/msa/RegistryWS.html" title="interface in compbio.data.msa"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
   <A HREF="../../../index.html?compbio/data/msa/MsaWS.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 &nbsp;<A HREF="MsaWS.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r