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Make muscle executable compilation not static to fix problem on Macs
[jabaws.git] / website / dm_javadoc / compbio / metadata / Preset.html
diff --git a/website/dm_javadoc/compbio/metadata/Preset.html b/website/dm_javadoc/compbio/metadata/Preset.html
index c2ded88..e193fec 100644 (file)
--- a/website/dm_javadoc/compbio/metadata/Preset.html
+++ b/website/dm_javadoc/compbio/metadata/Preset.html
@@ -2,12 +2,12 @@
 <!--NewPage-->\r
 <HTML>\r
 <HEAD>\r
-<!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_21) on Thu Nov 18 15:38:37 GMT 2010 -->\r
+<!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_21) on Tue Dec 21 18:32:59 GMT 2010 -->\r
 <TITLE>\r
 Preset\r
 </TITLE>\r
 \r
-<META NAME="date" CONTENT="2010-11-18">\r
+<META NAME="date" CONTENT="2010-12-21">\r
 \r
 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
 \r
@@ -92,14 +92,14 @@ compbio.metadata</FONT>
 <BR>\r
 Class Preset&lt;T&gt;</H2>\r
 <PRE>\r
-java.lang.Object\r
+<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">java.lang.Object</A>\r
   <IMG SRC="../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><B>compbio.metadata.Preset&lt;T&gt;</B>\r
 </PRE>\r
 <DL>\r
 <DT><DT><B>Type Parameters:</B><DD><CODE>T</CODE> - executable type</DL>\r
 <HR>\r
 <DL>\r
-<DT><PRE>public class <B>Preset&lt;T&gt;</B><DT>extends java.lang.Object</DL>\r
+<DT><PRE>public class <B>Preset&lt;T&gt;</B><DT>extends <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></DL>\r
 </PRE>\r
 \r
 <P>\r
@@ -145,14 +145,14 @@ Collection of Options and Parameters with their values
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html#equals(java.lang.Object)">equals</A></B>(java.lang.Object&nbsp;obj)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html#equals(java.lang.Object)">equals</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A>&nbsp;obj)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="type parameter in Preset">T</A>&gt;&gt;</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="type parameter in Preset">T</A>&gt;&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html#getArguments(compbio.metadata.RunnerConfig)">getArguments</A></B>(<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="type parameter in Preset">T</A>&gt;&nbsp;rconfig)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -160,7 +160,7 @@ Collection of Options and Parameters with their values
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html#getDescription()">getDescription</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -168,7 +168,7 @@ Collection of Options and Parameters with their values
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html#getName()">getName</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -176,7 +176,7 @@ Collection of Options and Parameters with their values
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.util.List&lt;java.lang.String&gt;</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html#getOptions()">getOptions</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -193,7 +193,7 @@ Collection of Options and Parameters with their values
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html#setDescription(java.lang.String)">setDescription</A></B>(java.lang.String&nbsp;description)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html#setDescription(java.lang.String)">setDescription</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;description)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
@@ -201,7 +201,7 @@ Collection of Options and Parameters with their values
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html#setName(java.lang.String)">setName</A></B>(java.lang.String&nbsp;name)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html#setName(java.lang.String)">setName</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;name)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
@@ -209,14 +209,14 @@ Collection of Options and Parameters with their values
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html#setOptions(java.util.List)">setOptions</A></B>(java.util.List&lt;java.lang.String&gt;&nbsp;option)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html#setOptions(java.util.List)">setOptions</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;&nbsp;option)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html#toString()">toString</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -226,10 +226,10 @@ Collection of Options and Parameters with their values
 &nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_java.lang.Object"><!-- --></A>\r
 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
-<TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.Object</B></TH>\r
+<TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></B></TH>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD><CODE>clone, finalize, getClass, notify, notifyAll, wait, wait, wait</CODE></TD>\r
+<TD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#getClass()" title="class or interface in java.lang">getClass</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notify()" title="class or interface in java.lang">notify</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notifyAll()" title="class or interface in java.lang">notifyAll</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait()" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long)" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long, int)" title="class or interface in java.lang">wait</A></CODE></TD>\r
 </TR>\r
 </TABLE>\r
 &nbsp;\r
@@ -265,7 +265,7 @@ public <B>Preset</B>()</PRE>
 <A NAME="setOptions(java.util.List)"><!-- --></A><H3>\r
 setOptions</H3>\r
 <PRE>\r
-public void <B>setOptions</B>(java.util.List&lt;java.lang.String&gt;&nbsp;option)</PRE>\r
+public void <B>setOptions</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;&nbsp;option)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -276,7 +276,7 @@ public void <B>setOptions</B>(java.util.List&lt;java.lang.String&gt;&nbsp;option
 <A NAME="setName(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 setName</H3>\r
 <PRE>\r
-public void <B>setName</B>(java.lang.String&nbsp;name)</PRE>\r
+public void <B>setName</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;name)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -287,7 +287,7 @@ public void <B>setName</B>(java.lang.String&nbsp;name)</PRE>
 <A NAME="setDescription(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 setDescription</H3>\r
 <PRE>\r
-public void <B>setDescription</B>(java.lang.String&nbsp;description)</PRE>\r
+public void <B>setDescription</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;description)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -298,7 +298,7 @@ public void <B>setDescription</B>(java.lang.String&nbsp;description)</PRE>
 <A NAME="getOptions()"><!-- --></A><H3>\r
 getOptions</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.util.List&lt;java.lang.String&gt; <B>getOptions</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt; <B>getOptions</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 \r
@@ -310,7 +310,7 @@ public java.util.List&lt;java.lang.String&gt; <B>getOptions</B>()</PRE>
 <A NAME="getName()"><!-- --></A><H3>\r
 getName</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.lang.String <B>getName</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getName</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 \r
@@ -322,7 +322,7 @@ public java.lang.String <B>getName</B>()</PRE>
 <A NAME="getDescription()"><!-- --></A><H3>\r
 getDescription</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.lang.String <B>getDescription</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getDescription</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 \r
@@ -334,8 +334,8 @@ public java.lang.String <B>getDescription</B>()</PRE>
 <A NAME="getArguments(compbio.metadata.RunnerConfig)"><!-- --></A><H3>\r
 getArguments</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="type parameter in Preset">T</A>&gt;&gt; <B>getArguments</B>(<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="type parameter in Preset">T</A>&gt;&nbsp;rconfig)\r
-                                       throws <A HREF="../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="type parameter in Preset">T</A>&gt;&gt; <B>getArguments</B>(<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="type parameter in Preset">T</A>&gt;&nbsp;rconfig)\r
+                             throws <A HREF="../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Converts list of options as String to type Option\r
 <P>\r
@@ -352,10 +352,10 @@ public java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="cla
 <A NAME="toString()"><!-- --></A><H3>\r
 toString</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.lang.String <B>toString</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>toString</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
-<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE>toString</CODE> in class <CODE>java.lang.Object</CODE></DL>\r
+<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#toString()" title="class or interface in java.lang">toString</A></CODE> in class <CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></CODE></DL>\r
 </DD>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -369,7 +369,7 @@ hashCode</H3>
 public int <B>hashCode</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
-<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE>hashCode</CODE> in class <CODE>java.lang.Object</CODE></DL>\r
+<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#hashCode()" title="class or interface in java.lang">hashCode</A></CODE> in class <CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></CODE></DL>\r
 </DD>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -380,10 +380,10 @@ public int <B>hashCode</B>()</PRE>
 <A NAME="equals(java.lang.Object)"><!-- --></A><H3>\r
 equals</H3>\r
 <PRE>\r
-public boolean <B>equals</B>(java.lang.Object&nbsp;obj)</PRE>\r
+public boolean <B>equals</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A>&nbsp;obj)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
-<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE>equals</CODE> in class <CODE>java.lang.Object</CODE></DL>\r
+<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#equals(java.lang.Object)" title="class or interface in java.lang">equals</A></CODE> in class <CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></CODE></DL>\r
 </DD>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r