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Make muscle executable compilation not static to fix problem on Macs
[jabaws.git] / website / dm_javadoc / compbio / metadata / PresetManager.html
diff --git a/website/dm_javadoc/compbio/metadata/PresetManager.html b/website/dm_javadoc/compbio/metadata/PresetManager.html
index 465d36a..33d8198 100644 (file)
--- a/website/dm_javadoc/compbio/metadata/PresetManager.html
+++ b/website/dm_javadoc/compbio/metadata/PresetManager.html
@@ -2,12 +2,12 @@
 <!--NewPage-->\r
 <HTML>\r
 <HEAD>\r
-<!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_21) on Thu Nov 18 15:38:37 GMT 2010 -->\r
+<!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_21) on Tue Dec 21 18:32:59 GMT 2010 -->\r
 <TITLE>\r
 PresetManager\r
 </TITLE>\r
 \r
-<META NAME="date" CONTENT="2010-11-18">\r
+<META NAME="date" CONTENT="2010-12-21">\r
 \r
 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
 \r
@@ -92,14 +92,14 @@ compbio.metadata</FONT>
 <BR>\r
 Class PresetManager&lt;T&gt;</H2>\r
 <PRE>\r
-java.lang.Object\r
+<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">java.lang.Object</A>\r
   <IMG SRC="../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><B>compbio.metadata.PresetManager&lt;T&gt;</B>\r
 </PRE>\r
 <DL>\r
 <DT><DT><B>Type Parameters:</B><DD><CODE>T</CODE> - type of executable.</DL>\r
 <HR>\r
 <DL>\r
-<DT><PRE>public class <B>PresetManager&lt;T&gt;</B><DT>extends java.lang.Object</DL>\r
+<DT><PRE>public class <B>PresetManager&lt;T&gt;</B><DT>extends <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></DL>\r
 </PRE>\r
 \r
 <P>\r
@@ -126,7 +126,7 @@ Collection of presets and methods to manipulate them @see <A HREF="../../compbio
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>static&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>static&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html#LOCAL_ENGINE_LIMIT_PRESET">LOCAL_ENGINE_LIMIT_PRESET</A></B></CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -161,14 +161,14 @@ Collection of presets and methods to manipulate them @see <A HREF="../../compbio
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="type parameter in PresetManager">T</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html#getPresetByName(java.lang.String)">getPresetByName</A></B>(java.lang.String&nbsp;presetName)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html#getPresetByName(java.lang.String)">getPresetByName</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;presetName)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="type parameter in PresetManager">T</A>&gt;&gt;</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="type parameter in PresetManager">T</A>&gt;&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html#getPresets()">getPresets</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -176,7 +176,7 @@ Collection of presets and methods to manipulate them @see <A HREF="../../compbio
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html#getRunnerClassName()">getRunnerClassName</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -185,7 +185,7 @@ Collection of presets and methods to manipulate them @see <A HREF="../../compbio
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html#setPresets(java.util.List)">setPresets</A></B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="type parameter in PresetManager">T</A>&gt;&gt;&nbsp;presets)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html#setPresets(java.util.List)">setPresets</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="type parameter in PresetManager">T</A>&gt;&gt;&nbsp;presets)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
@@ -193,14 +193,14 @@ Collection of presets and methods to manipulate them @see <A HREF="../../compbio
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html#setRunnerClassName(java.lang.String)">setRunnerClassName</A></B>(java.lang.String&nbsp;runnerClassName)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html#setRunnerClassName(java.lang.String)">setRunnerClassName</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;runnerClassName)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html#toString()">toString</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -219,10 +219,10 @@ Collection of presets and methods to manipulate them @see <A HREF="../../compbio
 &nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_java.lang.Object"><!-- --></A>\r
 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
-<TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.Object</B></TH>\r
+<TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></B></TH>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD><CODE>clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait</CODE></TD>\r
+<TD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#equals(java.lang.Object)" title="class or interface in java.lang">equals</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#getClass()" title="class or interface in java.lang">getClass</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#hashCode()" title="class or interface in java.lang">hashCode</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notify()" title="class or interface in java.lang">notify</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notifyAll()" title="class or interface in java.lang">notifyAll</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait()" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long)" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long, int)" title="class or interface in java.lang">wait</A></CODE></TD>\r
 </TR>\r
 </TABLE>\r
 &nbsp;\r
@@ -241,7 +241,7 @@ Collection of presets and methods to manipulate them @see <A HREF="../../compbio
 <A NAME="LOCAL_ENGINE_LIMIT_PRESET"><!-- --></A><H3>\r
 LOCAL_ENGINE_LIMIT_PRESET</H3>\r
 <PRE>\r
-public static final java.lang.String <B>LOCAL_ENGINE_LIMIT_PRESET</B></PRE>\r
+public static final <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>LOCAL_ENGINE_LIMIT_PRESET</B></PRE>\r
 <DL>\r
 <DL>\r
 <DT><B>See Also:</B><DD><A HREF="../../constant-values.html#compbio.metadata.PresetManager.LOCAL_ENGINE_LIMIT_PRESET">Constant Field Values</A></DL>\r
@@ -277,7 +277,7 @@ public <B>PresetManager</B>()</PRE>
 <A NAME="getPresets()"><!-- --></A><H3>\r
 getPresets</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="type parameter in PresetManager">T</A>&gt;&gt; <B>getPresets</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="type parameter in PresetManager">T</A>&gt;&gt; <B>getPresets</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -288,7 +288,7 @@ public java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="cla
 <A NAME="setPresets(java.util.List)"><!-- --></A><H3>\r
 setPresets</H3>\r
 <PRE>\r
-public void <B>setPresets</B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="type parameter in PresetManager">T</A>&gt;&gt;&nbsp;presets)</PRE>\r
+public void <B>setPresets</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="type parameter in PresetManager">T</A>&gt;&gt;&nbsp;presets)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -299,7 +299,7 @@ public void <B>setPresets</B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/
 <A NAME="getRunnerClassName()"><!-- --></A><H3>\r
 getRunnerClassName</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.lang.String <B>getRunnerClassName</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getRunnerClassName</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 \r
@@ -311,7 +311,7 @@ public java.lang.String <B>getRunnerClassName</B>()</PRE>
 <A NAME="setRunnerClassName(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 setRunnerClassName</H3>\r
 <PRE>\r
-public void <B>setRunnerClassName</B>(java.lang.String&nbsp;runnerClassName)</PRE>\r
+public void <B>setRunnerClassName</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;runnerClassName)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -322,7 +322,7 @@ public void <B>setRunnerClassName</B>(java.lang.String&nbsp;runnerClassName)</PR
 <A NAME="getPresetByName(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 getPresetByName</H3>\r
 <PRE>\r
-public <A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="type parameter in PresetManager">T</A>&gt; <B>getPresetByName</B>(java.lang.String&nbsp;presetName)</PRE>\r
+public <A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="type parameter in PresetManager">T</A>&gt; <B>getPresetByName</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;presetName)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>presetName</CODE> - \r
@@ -335,7 +335,7 @@ public <A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.meta
 validate</H3>\r
 <PRE>\r
 public void <B>validate</B>(<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="type parameter in PresetManager">T</A>&gt;&nbsp;options)\r
-              throws javax.xml.bind.ValidationException</PRE>\r
+              throws <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/javax/xml/bind/ValidationException.html?is-external=true" title="class or interface in javax.xml.bind">ValidationException</A></PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Checks whether preset option and parameter are defined in RunnerConfig
  object.
@@ -345,7 +345,7 @@ public void <B>validate</B>(<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" t
 <DD><DL>\r
 \r
 <DT><B>Throws:</B>\r
-<DD><CODE>javax.xml.bind.ValidationException</CODE> - if preset is found to be invalid.</DL>\r
+<DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/javax/xml/bind/ValidationException.html?is-external=true" title="class or interface in javax.xml.bind">ValidationException</A></CODE> - if preset is found to be invalid.</DL>\r
 </DD>\r
 </DL>\r
 <HR>\r
@@ -353,10 +353,10 @@ public void <B>validate</B>(<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" t
 <A NAME="toString()"><!-- --></A><H3>\r
 toString</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.lang.String <B>toString</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>toString</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
-<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE>toString</CODE> in class <CODE>java.lang.Object</CODE></DL>\r
+<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#toString()" title="class or interface in java.lang">toString</A></CODE> in class <CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></CODE></DL>\r
 </DD>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r