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[jabaws.git] / website / dm_javadoc / compbio / metadata / RunnerConfig.html
diff --git a/website/dm_javadoc/compbio/metadata/RunnerConfig.html b/website/dm_javadoc/compbio/metadata/RunnerConfig.html
index 01c7b2c..a03dfef 100644 (file)
--- a/website/dm_javadoc/compbio/metadata/RunnerConfig.html
+++ b/website/dm_javadoc/compbio/metadata/RunnerConfig.html
@@ -2,12 +2,12 @@
 <!--NewPage-->\r
 <HTML>\r
 <HEAD>\r
-<!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_21) on Thu Dec 09 12:00:28 GMT 2010 -->\r
+<!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_24) on Wed Dec 07 12:08:24 GMT 2011 -->\r
 <TITLE>\r
 RunnerConfig\r
 </TITLE>\r
 \r
-<META NAME="date" CONTENT="2010-12-09">\r
+<META NAME="date" CONTENT="2011-12-07">\r
 \r
 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
 \r
@@ -92,7 +92,7 @@ compbio.metadata</FONT>
 <BR>\r
 Class RunnerConfig&lt;T&gt;</H2>\r
 <PRE>\r
-<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">java.lang.Object</A>\r
+java.lang.Object\r
   <IMG SRC="../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><B>compbio.metadata.RunnerConfig&lt;T&gt;</B>\r
 </PRE>\r
 <DL>\r
@@ -100,7 +100,7 @@ Class RunnerConfig&lt;T&gt;</H2>
 <HR>\r
 <DL>\r
 <DT><PRE><FONT SIZE="-1">@NotThreadSafe\r
-</FONT>public class <B>RunnerConfig&lt;T&gt;</B><DT>extends <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></DL>\r
+</FONT>public class <B>RunnerConfig&lt;T&gt;</B><DT>extends java.lang.Object</DL>\r
 </PRE>\r
 \r
 <P>\r
@@ -170,7 +170,7 @@ The list of <A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in comp
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#equals(java.lang.Object)">equals</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A>&nbsp;obj)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#equals(java.lang.Object)">equals</A></B>(java.lang.Object&nbsp;obj)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
@@ -178,7 +178,7 @@ The list of <A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in comp
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getArgument(java.lang.String)">getArgument</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;name)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getArgument(java.lang.String)">getArgument</A></B>(java.lang.String&nbsp;name)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Returns the argument by its name if found, NULL otherwise.</TD>\r
@@ -186,14 +186,14 @@ The list of <A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in comp
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getArgumentByOptionName(java.lang.String)">getArgumentByOptionName</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;optionName)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getArgumentByOptionName(java.lang.String)">getArgumentByOptionName</A></B>(java.lang.String&nbsp;optionName)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Returns the argument by option name, NULL if the argument is not found</TD>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt;</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getArguments()">getArguments</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -202,7 +202,7 @@ The list of <A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in comp
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt;</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getOptions()">getOptions</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -210,7 +210,7 @@ The list of <A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in comp
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt;</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getParameters()">getParameters</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -218,7 +218,7 @@ The list of <A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in comp
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getPrmSeparator()">getPrmSeparator</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -226,7 +226,7 @@ The list of <A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in comp
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getRunnerClassName()">getRunnerClassName</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -235,7 +235,7 @@ The list of <A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in comp
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#removeArgument(java.lang.String)">removeArgument</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;name)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#removeArgument(java.lang.String)">removeArgument</A></B>(java.lang.String&nbsp;name)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Removes the argument <A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata"><CODE>Argument</CODE></A> if found.</TD>\r
@@ -243,7 +243,7 @@ The list of <A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in comp
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#removeArgumentByOptionName(java.lang.String)">removeArgumentByOptionName</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;optionName)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#removeArgumentByOptionName(java.lang.String)">removeArgumentByOptionName</A></B>(java.lang.String&nbsp;optionName)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Removes the argument which can be a Parameter or an Option instance by
@@ -253,7 +253,7 @@ The list of <A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in comp
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#setOptions(java.util.List)">setOptions</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt;&nbsp;parameters)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#setOptions(java.util.List)">setOptions</A></B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt;&nbsp;parameters)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Adds the list of options or parameters to the internal list of options</TD>\r
@@ -261,7 +261,7 @@ The list of <A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in comp
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#setParameters(java.util.List)">setParameters</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt;&nbsp;parameters)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#setParameters(java.util.List)">setParameters</A></B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt;&nbsp;parameters)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Sets the list of parameters as internal list</TD>\r
@@ -269,7 +269,7 @@ The list of <A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in comp
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#setPrmSeparator(java.lang.String)">setPrmSeparator</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;prmSeparator)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#setPrmSeparator(java.lang.String)">setPrmSeparator</A></B>(java.lang.String&nbsp;prmSeparator)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Sets name value separator character</TD>\r
@@ -277,14 +277,14 @@ The list of <A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in comp
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#setRunnerClassName(java.lang.String)">setRunnerClassName</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;runnerClassName)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#setRunnerClassName(java.lang.String)">setRunnerClassName</A></B>(java.lang.String&nbsp;runnerClassName)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Set the name of a runner class</TD>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#toString()">toString</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -302,10 +302,10 @@ The list of <A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in comp
 &nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_java.lang.Object"><!-- --></A>\r
 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
-<TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></B></TH>\r
+<TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.Object</B></TH>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#getClass()" title="class or interface in java.lang">getClass</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#hashCode()" title="class or interface in java.lang">hashCode</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notify()" title="class or interface in java.lang">notify</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notifyAll()" title="class or interface in java.lang">notifyAll</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait()" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long)" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long, int)" title="class or interface in java.lang">wait</A></CODE></TD>\r
+<TD><CODE>getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait</CODE></TD>\r
 </TR>\r
 </TABLE>\r
 &nbsp;\r
@@ -352,7 +352,7 @@ public <A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbi
 <A NAME="getOptions()"><!-- --></A><H3>\r
 getOptions</H3>\r
 <PRE>\r
-public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt; <B>getOptions</B>()</PRE>\r
+public java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt; <B>getOptions</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Returns the list of the Options supported by the executable of type T\r
 <P>\r
@@ -392,7 +392,7 @@ public void <B>addOption</B>(<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title=
 <A NAME="getArguments()"><!-- --></A><H3>\r
 getArguments</H3>\r
 <PRE>\r
-public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt; <B>getArguments</B>()</PRE>\r
+public java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt; <B>getArguments</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Returns list of <A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Parameter</CODE></A> and <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Option</CODE></A> supported by current
  runner\r
@@ -407,7 +407,7 @@ public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-ext
 <A NAME="getPrmSeparator()"><!-- --></A><H3>\r
 getPrmSeparator</H3>\r
 <PRE>\r
-public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getPrmSeparator</B>()</PRE>\r
+public java.lang.String <B>getPrmSeparator</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 \r
@@ -419,7 +419,7 @@ public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-e
 <A NAME="setPrmSeparator(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 setPrmSeparator</H3>\r
 <PRE>\r
-public void <B>setPrmSeparator</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;prmSeparator)</PRE>\r
+public void <B>setPrmSeparator</B>(java.lang.String&nbsp;prmSeparator)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Sets name value separator character\r
 <P>\r
@@ -432,7 +432,7 @@ public void <B>setPrmSeparator</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/ap
 <A NAME="setOptions(java.util.List)"><!-- --></A><H3>\r
 setOptions</H3>\r
 <PRE>\r
-public void <B>setOptions</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt;&nbsp;parameters)</PRE>\r
+public void <B>setOptions</B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt;&nbsp;parameters)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Adds the list of options or parameters to the internal list of options\r
 <P>\r
@@ -445,7 +445,7 @@ public void <B>setOptions</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/jav
 <A NAME="getRunnerClassName()"><!-- --></A><H3>\r
 getRunnerClassName</H3>\r
 <PRE>\r
-public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getRunnerClassName</B>()</PRE>\r
+public java.lang.String <B>getRunnerClassName</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 \r
@@ -457,7 +457,7 @@ public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-e
 <A NAME="setRunnerClassName(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 setRunnerClassName</H3>\r
 <PRE>\r
-public void <B>setRunnerClassName</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;runnerClassName)</PRE>\r
+public void <B>setRunnerClassName</B>(java.lang.String&nbsp;runnerClassName)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Set the name of a runner class\r
 <P>\r
@@ -470,7 +470,7 @@ public void <B>setRunnerClassName</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs
 <A NAME="setParameters(java.util.List)"><!-- --></A><H3>\r
 setParameters</H3>\r
 <PRE>\r
-public void <B>setParameters</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt;&nbsp;parameters)</PRE>\r
+public void <B>setParameters</B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt;&nbsp;parameters)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Sets the list of parameters as internal list\r
 <P>\r
@@ -483,7 +483,7 @@ public void <B>setParameters</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/
 <A NAME="getParameters()"><!-- --></A><H3>\r
 getParameters</H3>\r
 <PRE>\r
-public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt; <B>getParameters</B>()</PRE>\r
+public java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt; <B>getParameters</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Returns the list of parameters supported executable of type T. Where
  <A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Parameter</CODE></A> is an <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Option</CODE></A> with value.\r
@@ -498,10 +498,10 @@ public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-ext
 <A NAME="toString()"><!-- --></A><H3>\r
 toString</H3>\r
 <PRE>\r
-public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>toString</B>()</PRE>\r
+public java.lang.String <B>toString</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
-<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#toString()" title="class or interface in java.lang">toString</A></CODE> in class <CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></CODE></DL>\r
+<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE>toString</CODE> in class <CODE>java.lang.Object</CODE></DL>\r
 </DD>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -512,10 +512,10 @@ public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-e
 <A NAME="equals(java.lang.Object)"><!-- --></A><H3>\r
 equals</H3>\r
 <PRE>\r
-public boolean <B>equals</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A>&nbsp;obj)</PRE>\r
+public boolean <B>equals</B>(java.lang.Object&nbsp;obj)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
-<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#equals(java.lang.Object)" title="class or interface in java.lang">equals</A></CODE> in class <CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></CODE></DL>\r
+<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE>equals</CODE> in class <CODE>java.lang.Object</CODE></DL>\r
 </DD>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -526,7 +526,7 @@ public boolean <B>equals</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java
 <A NAME="getArgument(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 getArgument</H3>\r
 <PRE>\r
-public <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt; <B>getArgument</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;name)</PRE>\r
+public <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt; <B>getArgument</B>(java.lang.String&nbsp;name)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Returns the argument by its name if found, NULL otherwise. Where the
  Argument is a common interface for <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Option</CODE></A> and <A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Parameter</CODE></A>
@@ -561,7 +561,7 @@ public <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.meta
 <A NAME="removeArgument(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 removeArgument</H3>\r
 <PRE>\r
-public boolean <B>removeArgument</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;name)</PRE>\r
+public boolean <B>removeArgument</B>(java.lang.String&nbsp;name)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Removes the argument <A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata"><CODE>Argument</CODE></A> if found. Where Argument is either
  <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Option</CODE></A> or <A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Parameter</CODE></A>.\r
@@ -576,7 +576,7 @@ public boolean <B>removeArgument</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/
 <A NAME="getArgumentByOptionName(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 getArgumentByOptionName</H3>\r
 <PRE>\r
-public <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt; <B>getArgumentByOptionName</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;optionName)</PRE>\r
+public <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt; <B>getArgumentByOptionName</B>(java.lang.String&nbsp;optionName)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Returns the argument by option name, NULL if the argument is not found\r
 <P>\r
@@ -606,7 +606,7 @@ public <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.meta
 <A NAME="removeArgumentByOptionName(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 removeArgumentByOptionName</H3>\r
 <PRE>\r
-public boolean <B>removeArgumentByOptionName</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;optionName)</PRE>\r
+public boolean <B>removeArgumentByOptionName</B>(java.lang.String&nbsp;optionName)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Removes the argument which can be a Parameter or an Option instance by
  the value in <optionNames> element of the runner configuration
@@ -625,7 +625,7 @@ public boolean <B>removeArgumentByOptionName</B>(<A HREF="http://java.sun.com/ja
 validate</H3>\r
 <PRE>\r
 public void <B>validate</B>()\r
-              throws <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/javax/xml/bind/ValidationException.html?is-external=true" title="class or interface in javax.xml.bind">ValidationException</A></PRE>\r
+              throws javax.xml.bind.ValidationException</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Validate the value of the argument. Checks whether the argument value is
  in the valid values range.\r
@@ -633,7 +633,7 @@ public void <B>validate</B>()
 <DD><DL>\r
 \r
 <DT><B>Throws:</B>\r
-<DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/javax/xml/bind/ValidationException.html?is-external=true" title="class or interface in javax.xml.bind">ValidationException</A></CODE> - if any of the arguments found invalid which is when
+<DD><CODE>javax.xml.bind.ValidationException</CODE> - if any of the arguments found invalid which is when
              <dl>
              <li>Parameter value outside <A HREF="../../compbio/metadata/ValueConstrain.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>ValueConstrain</CODE></A> boundary</li>
              <li>Parameter name is not listed in possible values</li>