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[jabaws.git] / website / dm_javadoc / compbio / ws / client / Jws2Client.html
diff --git a/website/dm_javadoc/compbio/ws/client/Jws2Client.html b/website/dm_javadoc/compbio/ws/client/Jws2Client.html
deleted file mode 100644 (file)
index 85d990f..0000000
--- a/website/dm_javadoc/compbio/ws/client/Jws2Client.html
+++ /dev/null
@@ -1,360 +0,0 @@
-<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
-<!--NewPage-->\r
-<HTML>\r
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-<!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_21) on Wed Nov 24 12:17:18 GMT 2010 -->\r
-<TITLE>\r
-Jws2Client\r
-</TITLE>\r
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-<META NAME="date" CONTENT="2010-11-24">\r
-\r
-<LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
-\r
-<SCRIPT type="text/javascript">\r
-function windowTitle()\r
-{\r
-    if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
-        parent.document.title="Jws2Client";\r
-    }\r
-}\r
-</SCRIPT>\r
-<NOSCRIPT>\r
-</NOSCRIPT>\r
-\r
-</HEAD>\r
-\r
-<BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
-<HR>\r
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-\r
-<!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
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-<A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
-<TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
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-<A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
-<TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
-  <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
-  <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
-  <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
-  <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Class</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
-  <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="class-use/Jws2Client.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
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-  <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
-  <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
-  <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
-  </TR>\r
-</TABLE>\r
-</TD>\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
-</EM>\r
-</TD>\r
-</TR>\r
-\r
-<TR>\r
-<TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
-&nbsp;PREV CLASS&nbsp;\r
-&nbsp;<A HREF="../../../compbio/ws/client/Services.html" title="enum in compbio.ws.client"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
-<TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
-  <A HREF="../../../index.html?compbio/ws/client/Jws2Client.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
-&nbsp;<A HREF="Jws2Client.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
-&nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
-  <!--\r
-  if(window==top) {\r
-    document.writeln('<A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
-  }\r
-  //-->\r
-</SCRIPT>\r
-<NOSCRIPT>\r
-  <A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
-</NOSCRIPT>\r
-\r
-\r
-</FONT></TD>\r
-</TR>\r
-<TR>\r
-<TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
-  SUMMARY:&nbsp;NESTED&nbsp;|&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;CONSTR&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
-<TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
-DETAIL:&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;CONSTR&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_detail">METHOD</A></FONT></TD>\r
-</TR>\r
-</TABLE>\r
-<A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
-<!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
-\r
-<HR>\r
-<!-- ======== START OF CLASS DATA ======== -->\r
-<H2>\r
-<FONT SIZE="-1">\r
-compbio.ws.client</FONT>\r
-<BR>\r
-Class Jws2Client</H2>\r
-<PRE>\r
-<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">java.lang.Object</A>\r
-  <IMG SRC="../../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><B>compbio.ws.client.Jws2Client</B>\r
-</PRE>\r
-<HR>\r
-<DL>\r
-<DT><PRE>public class <B>Jws2Client</B><DT>extends <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></DL>\r
-</PRE>\r
-\r
-<P>\r
-A command line client for JAva Bioinformatics Analysis Web Services\r
-<P>\r
-\r
-<P>\r
-<DL>\r
-<DT><B>Version:</B></DT>\r
-  <DD>1.0</DD>\r
-<DT><B>Author:</B></DT>\r
-  <DD>pvtroshin</DD>\r
-</DL>\r
-<HR>\r
-\r
-<P>\r
-\r
-<!-- ========== METHOD SUMMARY =========== -->\r
-\r
-<A NAME="method_summary"><!-- --></A>\r
-<TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
-<TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
-<TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
-<B>Method Summary</B></FONT></TH>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>static\r
-<TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
-<TR ALIGN="right" VALIGN="">\r
-<TD NOWRAP><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&lt;T&gt; <A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;T&gt;</CODE></FONT></TD>\r
-</TR>\r
-</TABLE>\r
-</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#connect(java.lang.String, compbio.ws.client.Services)">connect</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;host,\r
-        <A HREF="../../../compbio/ws/client/Services.html" title="enum in compbio.ws.client">Services</A>&nbsp;service)</CODE>\r
-\r
-<BR>\r
-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Connects to a web service by the host and the service name</TD>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>static&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#getHost(java.lang.String[])">getHost</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>[]&nbsp;cmd)</CODE>\r
-\r
-<BR>\r
-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Extracts host name from the command line</TD>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>static&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#getServiceName(java.lang.String[])">getServiceName</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>[]&nbsp;cmd)</CODE>\r
-\r
-<BR>\r
-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Extracts service name from the command line</TD>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>static&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#main(java.lang.String[])">main</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>[]&nbsp;args)</CODE>\r
-\r
-<BR>\r
-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Starts command line client, if no parameter are supported print help.</TD>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>static&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#validURL(java.lang.String)">validURL</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;urlstr)</CODE>\r
-\r
-<BR>\r
-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Attempt to construct the URL object from the string</TD>\r
-</TR>\r
-</TABLE>\r
-&nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_java.lang.Object"><!-- --></A>\r
-<TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
-<TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
-<TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></B></TH>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#clone()" title="class or interface in java.lang">clone</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#equals(java.lang.Object)" title="class or interface in java.lang">equals</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#finalize()" title="class or interface in java.lang">finalize</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#getClass()" title="class or interface in java.lang">getClass</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#hashCode()" title="class or interface in java.lang">hashCode</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notify()" title="class or interface in java.lang">notify</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notifyAll()" title="class or interface in java.lang">notifyAll</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#toString()" title="class or interface in java.lang">toString</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait()" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long)" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long, int)" title="class or interface in java.lang">wait</A></CODE></TD>\r
-</TR>\r
-</TABLE>\r
-&nbsp;\r
-<P>\r
-\r
-<!-- ============ METHOD DETAIL ========== -->\r
-\r
-<A NAME="method_detail"><!-- --></A>\r
-<TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
-<TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
-<TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
-<B>Method Detail</B></FONT></TH>\r
-</TR>\r
-</TABLE>\r
-\r
-<A NAME="validURL(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
-validURL</H3>\r
-<PRE>\r
-public static boolean <B>validURL</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;urlstr)</PRE>\r
-<DL>\r
-<DD>Attempt to construct the URL object from the string\r
-<P>\r
-<DD><DL>\r
-<DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>urlstr</CODE> - \r
-<DT><B>Returns:</B><DD>true if it succeed false otherwise</DL>\r
-</DD>\r
-</DL>\r
-<HR>\r
-\r
-<A NAME="getServiceName(java.lang.String[])"><!-- --></A><H3>\r
-getServiceName</H3>\r
-<PRE>\r
-public static <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getServiceName</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>[]&nbsp;cmd)</PRE>\r
-<DL>\r
-<DD>Extracts service name from the command line\r
-<P>\r
-<DD><DL>\r
-<DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>cmd</CODE> - command line options\r
-<DT><B>Returns:</B><DD>service name or null if it is not defined</DL>\r
-</DD>\r
-</DL>\r
-<HR>\r
-\r
-<A NAME="getHost(java.lang.String[])"><!-- --></A><H3>\r
-getHost</H3>\r
-<PRE>\r
-public static <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getHost</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>[]&nbsp;cmd)</PRE>\r
-<DL>\r
-<DD>Extracts host name from the command line\r
-<P>\r
-<DD><DL>\r
-<DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>cmd</CODE> - command line options\r
-<DT><B>Returns:</B><DD>host name or null if it is not defined</DL>\r
-</DD>\r
-</DL>\r
-<HR>\r
-\r
-<A NAME="connect(java.lang.String, compbio.ws.client.Services)"><!-- --></A><H3>\r
-connect</H3>\r
-<PRE>\r
-public static &lt;T&gt; <A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;T&gt; <B>connect</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;host,\r
-                                   <A HREF="../../../compbio/ws/client/Services.html" title="enum in compbio.ws.client">Services</A>&nbsp;service)\r
-                        throws <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/javax/xml/ws/WebServiceException.html?is-external=true" title="class or interface in javax.xml.ws">WebServiceException</A></PRE>\r
-<DL>\r
-<DD>Connects to a web service by the host and the service name\r
-<P>\r
-<DD><DL>\r
-<DT><B>Type Parameters:</B><DD><CODE>T</CODE> - web service type<DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>host</CODE> - <DD><CODE>service</CODE> - \r
-<DT><B>Returns:</B><DD>MsaWS<T>\r
-<DT><B>Throws:</B>\r
-<DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/javax/xml/ws/WebServiceException.html?is-external=true" title="class or interface in javax.xml.ws">WebServiceException</A></CODE></DL>\r
-</DD>\r
-</DL>\r
-<HR>\r
-\r
-<A NAME="main(java.lang.String[])"><!-- --></A><H3>\r
-main</H3>\r
-<PRE>\r
-public static void <B>main</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>[]&nbsp;args)</PRE>\r
-<DL>\r
-<DD>Starts command line client, if no parameter are supported print help. Two
- parameters are required for successfull call the JWS2 host name and a
- service name.\r
-<P>\r
-<DD><DL>\r
-<DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>args</CODE> - Usage: <Class or Jar file name> -h=host_and_context
-            -s=serviceName ACTION [OPTIONS]
- 
-            -h=<host_and_context> - a full URL to the JWS2 web server
-            including context path e.g. http://10.31.1.159:8080/ws
- 
-            -s=<ServiceName> - one of [MafftWS, MuscleWS, ClustalWS,
-            TcoffeeWS, ProbconsWS] ACTIONS:
- 
-            -i=<inputFile> - full path to fasta formatted sequence file,
-            from which to align sequences
- 
-            -parameters - lists parameters supported by web service
- 
-            -presets - lists presets supported by web service
- 
-            -limits - lists web services limits Please note that if input
-            file is specified other actions are ignored
- 
-            OPTIONS: (only for use with -i action):
- 
-            -r=<presetName> - name of the preset to use
- 
-            -o=<outputFile> - full path to the file where to write an
-            alignment -f=<parameterInputFile> - the name of the file with
-            the list of parameters to use. Please note that -r and -f
-            options cannot be used together. Alignment is done with either
-            preset or a parameters from the file, but not both!</DL>\r
-</DD>\r
-</DL>\r
-<!-- ========= END OF CLASS DATA ========= -->\r
-<HR>\r
-\r
-\r
-<!-- ======= START OF BOTTOM NAVBAR ====== -->\r
-<A NAME="navbar_bottom"><!-- --></A>\r
-<A HREF="#skip-navbar_bottom" title="Skip navigation links"></A>\r
-<TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
-<TR>\r
-<TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
-<A NAME="navbar_bottom_firstrow"><!-- --></A>\r
-<TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
-  <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
-  <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
-  <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
-  <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Class</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
-  <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="class-use/Jws2Client.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
-  <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
-  <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
-  <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
-  <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
-  </TR>\r
-</TABLE>\r
-</TD>\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
-</EM>\r
-</TD>\r
-</TR>\r
-\r
-<TR>\r
-<TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
-&nbsp;PREV CLASS&nbsp;\r
-&nbsp;<A HREF="../../../compbio/ws/client/Services.html" title="enum in compbio.ws.client"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
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