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Refactored client class to accomodate new WS interface and reduce the complexity
[jabaws.git] / website / dm_javadoc / compbio / ws / client / Jws2Client.html
diff --git a/website/dm_javadoc/compbio/ws/client/Jws2Client.html b/website/dm_javadoc/compbio/ws/client/Jws2Client.html
index 3908c59..85d990f 100644 (file)
--- a/website/dm_javadoc/compbio/ws/client/Jws2Client.html
+++ b/website/dm_javadoc/compbio/ws/client/Jws2Client.html
@@ -2,12 +2,12 @@
 <!--NewPage-->\r
 <HTML>\r
 <HEAD>\r
-<!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_21) on Thu Nov 18 15:38:37 GMT 2010 -->\r
+<!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_21) on Wed Nov 24 12:17:18 GMT 2010 -->\r
 <TITLE>\r
 Jws2Client\r
 </TITLE>\r
 \r
-<META NAME="date" CONTENT="2010-11-18">\r
+<META NAME="date" CONTENT="2010-11-24">\r
 \r
 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
 \r
@@ -92,12 +92,12 @@ compbio.ws.client</FONT>
 <BR>\r
 Class Jws2Client</H2>\r
 <PRE>\r
-java.lang.Object\r
+<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">java.lang.Object</A>\r
   <IMG SRC="../../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><B>compbio.ws.client.Jws2Client</B>\r
 </PRE>\r
 <HR>\r
 <DL>\r
-<DT><PRE>public class <B>Jws2Client</B><DT>extends java.lang.Object</DL>\r
+<DT><PRE>public class <B>Jws2Client</B><DT>extends <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></DL>\r
 </PRE>\r
 \r
 <P>\r
@@ -133,7 +133,7 @@ A command line client for JAva Bioinformatics Analysis Web Services
 </TR>\r
 </TABLE>\r
 </CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#connect(java.lang.String, compbio.ws.client.Services)">connect</A></B>(java.lang.String&nbsp;host,\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#connect(java.lang.String, compbio.ws.client.Services)">connect</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;host,\r
         <A HREF="../../../compbio/ws/client/Services.html" title="enum in compbio.ws.client">Services</A>&nbsp;service)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -141,16 +141,16 @@ A command line client for JAva Bioinformatics Analysis Web Services
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>static&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#getHost(java.lang.String[])">getHost</A></B>(java.lang.String[]&nbsp;cmd)</CODE>\r
+<CODE>static&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#getHost(java.lang.String[])">getHost</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>[]&nbsp;cmd)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Extracts host name from the command line</TD>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>static&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#getServiceName(java.lang.String[])">getServiceName</A></B>(java.lang.String[]&nbsp;cmd)</CODE>\r
+<CODE>static&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#getServiceName(java.lang.String[])">getServiceName</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>[]&nbsp;cmd)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Extracts service name from the command line</TD>\r
@@ -158,7 +158,7 @@ A command line client for JAva Bioinformatics Analysis Web Services
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>static&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#main(java.lang.String[])">main</A></B>(java.lang.String[]&nbsp;args)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#main(java.lang.String[])">main</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>[]&nbsp;args)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Starts command line client, if no parameter are supported print help.</TD>\r
@@ -166,7 +166,7 @@ A command line client for JAva Bioinformatics Analysis Web Services
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>static&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#validURL(java.lang.String)">validURL</A></B>(java.lang.String&nbsp;urlstr)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#validURL(java.lang.String)">validURL</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;urlstr)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Attempt to construct the URL object from the string</TD>\r
@@ -175,10 +175,10 @@ A command line client for JAva Bioinformatics Analysis Web Services
 &nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_java.lang.Object"><!-- --></A>\r
 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
-<TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.Object</B></TH>\r
+<TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></B></TH>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD><CODE>clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait</CODE></TD>\r
+<TD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#clone()" title="class or interface in java.lang">clone</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#equals(java.lang.Object)" title="class or interface in java.lang">equals</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#finalize()" title="class or interface in java.lang">finalize</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#getClass()" title="class or interface in java.lang">getClass</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#hashCode()" title="class or interface in java.lang">hashCode</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notify()" title="class or interface in java.lang">notify</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notifyAll()" title="class or interface in java.lang">notifyAll</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#toString()" title="class or interface in java.lang">toString</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait()" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long)" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long, int)" title="class or interface in java.lang">wait</A></CODE></TD>\r
 </TR>\r
 </TABLE>\r
 &nbsp;\r
@@ -197,7 +197,7 @@ A command line client for JAva Bioinformatics Analysis Web Services
 <A NAME="validURL(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 validURL</H3>\r
 <PRE>\r
-public static boolean <B>validURL</B>(java.lang.String&nbsp;urlstr)</PRE>\r
+public static boolean <B>validURL</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;urlstr)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Attempt to construct the URL object from the string\r
 <P>\r
@@ -211,7 +211,7 @@ public static boolean <B>validURL</B>(java.lang.String&nbsp;urlstr)</PRE>
 <A NAME="getServiceName(java.lang.String[])"><!-- --></A><H3>\r
 getServiceName</H3>\r
 <PRE>\r
-public static java.lang.String <B>getServiceName</B>(java.lang.String[]&nbsp;cmd)</PRE>\r
+public static <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getServiceName</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>[]&nbsp;cmd)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Extracts service name from the command line\r
 <P>\r
@@ -225,7 +225,7 @@ public static java.lang.String <B>getServiceName</B>(java.lang.String[]&nbsp;cmd
 <A NAME="getHost(java.lang.String[])"><!-- --></A><H3>\r
 getHost</H3>\r
 <PRE>\r
-public static java.lang.String <B>getHost</B>(java.lang.String[]&nbsp;cmd)</PRE>\r
+public static <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getHost</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>[]&nbsp;cmd)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Extracts host name from the command line\r
 <P>\r
@@ -239,9 +239,9 @@ public static java.lang.String <B>getHost</B>(java.lang.String[]&nbsp;cmd)</PRE>
 <A NAME="connect(java.lang.String, compbio.ws.client.Services)"><!-- --></A><H3>\r
 connect</H3>\r
 <PRE>\r
-public static &lt;T&gt; <A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;T&gt; <B>connect</B>(java.lang.String&nbsp;host,\r
+public static &lt;T&gt; <A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;T&gt; <B>connect</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;host,\r
                                    <A HREF="../../../compbio/ws/client/Services.html" title="enum in compbio.ws.client">Services</A>&nbsp;service)\r
-                        throws javax.xml.ws.WebServiceException</PRE>\r
+                        throws <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/javax/xml/ws/WebServiceException.html?is-external=true" title="class or interface in javax.xml.ws">WebServiceException</A></PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Connects to a web service by the host and the service name\r
 <P>\r
@@ -249,7 +249,7 @@ public static &lt;T&gt; <A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="in
 <DT><B>Type Parameters:</B><DD><CODE>T</CODE> - web service type<DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>host</CODE> - <DD><CODE>service</CODE> - \r
 <DT><B>Returns:</B><DD>MsaWS<T>\r
 <DT><B>Throws:</B>\r
-<DD><CODE>javax.xml.ws.WebServiceException</CODE></DL>\r
+<DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/javax/xml/ws/WebServiceException.html?is-external=true" title="class or interface in javax.xml.ws">WebServiceException</A></CODE></DL>\r
 </DD>\r
 </DL>\r
 <HR>\r
@@ -257,7 +257,7 @@ public static &lt;T&gt; <A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="in
 <A NAME="main(java.lang.String[])"><!-- --></A><H3>\r
 main</H3>\r
 <PRE>\r
-public static void <B>main</B>(java.lang.String[]&nbsp;args)</PRE>\r
+public static void <B>main</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>[]&nbsp;args)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Starts command line client, if no parameter are supported print help. Two
  parameters are required for successfull call the JWS2 host name and a