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updated javadoc
[jabaws.git] / website / full_javadoc / compbio / engine / client / RunConfiguration.html
diff --git a/website/full_javadoc/compbio/engine/client/RunConfiguration.html b/website/full_javadoc/compbio/engine/client/RunConfiguration.html
index 56783a6..79c9837 100644 (file)
--- a/website/full_javadoc/compbio/engine/client/RunConfiguration.html
+++ b/website/full_javadoc/compbio/engine/client/RunConfiguration.html
@@ -2,12 +2,12 @@
 <!--NewPage-->\r
 <HTML>\r
 <HEAD>\r
-<!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_14) on Wed Feb 17 16:46:49 GMT 2010 -->\r
+<!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_24) on Fri Aug 12 14:32:35 BST 2011 -->\r
 <TITLE>\r
 RunConfiguration\r
 </TITLE>\r
 \r
-<META NAME="date" CONTENT="2010-02-17">\r
+<META NAME="date" CONTENT="2011-08-12">\r
 \r
 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
 \r
@@ -92,12 +92,12 @@ compbio.engine.client</FONT>
 <BR>\r
 Class RunConfiguration</H2>\r
 <PRE>\r
-java.lang.Object\r
+<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">java.lang.Object</A>\r
   <IMG SRC="../../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><B>compbio.engine.client.RunConfiguration</B>\r
 </PRE>\r
 <HR>\r
 <DL>\r
-<DT><PRE>public class <B>RunConfiguration</B><DT>extends java.lang.Object</DL>\r
+<DT><PRE>public class <B>RunConfiguration</B><DT>extends <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></DL>\r
 </PRE>\r
 \r
 <P>\r
@@ -122,7 +122,7 @@ Value class for persisting ConfExecutable instances
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>static&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>static&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/engine/client/RunConfiguration.html#rconfigFile">rconfigFile</A></B></CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -163,14 +163,14 @@ Value class for persisting ConfExecutable instances
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/engine/client/RunConfiguration.html#equals(java.lang.Object)">equals</A></B>(java.lang.Object&nbsp;obj)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/engine/client/RunConfiguration.html#equals(java.lang.Object)">equals</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A>&nbsp;obj)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/engine/client/RunConfiguration.html#getError()">getError</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -178,7 +178,7 @@ Value class for persisting ConfExecutable instances
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/engine/client/RunConfiguration.html#getInput()">getInput</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -186,7 +186,7 @@ Value class for persisting ConfExecutable instances
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/engine/client/RunConfiguration.html#getOutput()">getOutput</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -202,7 +202,7 @@ Value class for persisting ConfExecutable instances
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/engine/client/RunConfiguration.html#getRunnerClassName()">getRunnerClassName</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -219,7 +219,7 @@ Value class for persisting ConfExecutable instances
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>static&nbsp;<A HREF="../../../compbio/engine/client/RunConfiguration.html" title="class in compbio.engine.client">RunConfiguration</A></CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/engine/client/RunConfiguration.html#load(java.io.InputStream)">load</A></B>(java.io.InputStream&nbsp;input)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/engine/client/RunConfiguration.html#load(java.io.InputStream)">load</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/io/InputStream.html?is-external=true" title="class or interface in java.io">InputStream</A>&nbsp;input)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
@@ -227,7 +227,7 @@ Value class for persisting ConfExecutable instances
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/engine/client/RunConfiguration.html#setError(java.lang.String)">setError</A></B>(java.lang.String&nbsp;error)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/engine/client/RunConfiguration.html#setError(java.lang.String)">setError</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;error)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
@@ -235,7 +235,7 @@ Value class for persisting ConfExecutable instances
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/engine/client/RunConfiguration.html#setInput(java.lang.String)">setInput</A></B>(java.lang.String&nbsp;input)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/engine/client/RunConfiguration.html#setInput(java.lang.String)">setInput</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;input)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
@@ -243,7 +243,7 @@ Value class for persisting ConfExecutable instances
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/engine/client/RunConfiguration.html#setOutput(java.lang.String)">setOutput</A></B>(java.lang.String&nbsp;output)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/engine/client/RunConfiguration.html#setOutput(java.lang.String)">setOutput</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;output)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
@@ -258,7 +258,7 @@ Value class for persisting ConfExecutable instances
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/engine/client/RunConfiguration.html#toString()">toString</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -276,10 +276,10 @@ Value class for persisting ConfExecutable instances
 &nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_java.lang.Object"><!-- --></A>\r
 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
-<TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.Object</B></TH>\r
+<TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></B></TH>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD><CODE>getClass, notify, notifyAll, wait, wait, wait</CODE></TD>\r
+<TD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#getClass()" title="class or interface in java.lang">getClass</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notify()" title="class or interface in java.lang">notify</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notifyAll()" title="class or interface in java.lang">notifyAll</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait()" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long)" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long, int)" title="class or interface in java.lang">wait</A></CODE></TD>\r
 </TR>\r
 </TABLE>\r
 &nbsp;\r
@@ -298,7 +298,7 @@ Value class for persisting ConfExecutable instances
 <A NAME="rconfigFile"><!-- --></A><H3>\r
 rconfigFile</H3>\r
 <PRE>\r
-public static final java.lang.String <B>rconfigFile</B></PRE>\r
+public static final <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>rconfigFile</B></PRE>\r
 <DL>\r
 <DL>\r
 <DT><B>See Also:</B><DD><A HREF="../../../constant-values.html#compbio.engine.client.RunConfiguration.rconfigFile">Constant Field Values</A></DL>\r
@@ -343,12 +343,12 @@ public <B>RunConfiguration</B>(<A HREF="../../../compbio/engine/client/ConfExecu
 write</H3>\r
 <PRE>\r
 public static boolean <B>write</B>(<A HREF="../../../compbio/engine/client/RunConfiguration.html" title="class in compbio.engine.client">RunConfiguration</A>&nbsp;rconf)\r
-                     throws java.io.IOException</PRE>\r
+                     throws <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/io/IOException.html?is-external=true" title="class or interface in java.io">IOException</A></PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 \r
 <DT><B>Throws:</B>\r
-<DD><CODE>java.io.IOException</CODE></DL>\r
+<DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/io/IOException.html?is-external=true" title="class or interface in java.io">IOException</A></CODE></DL>\r
 </DD>\r
 </DL>\r
 <HR>\r
@@ -356,13 +356,13 @@ public static boolean <B>write</B>(<A HREF="../../../compbio/engine/client/RunCo
 <A NAME="load(java.io.InputStream)"><!-- --></A><H3>\r
 load</H3>\r
 <PRE>\r
-public static <A HREF="../../../compbio/engine/client/RunConfiguration.html" title="class in compbio.engine.client">RunConfiguration</A> <B>load</B>(java.io.InputStream&nbsp;input)\r
-                             throws java.io.IOException</PRE>\r
+public static <A HREF="../../../compbio/engine/client/RunConfiguration.html" title="class in compbio.engine.client">RunConfiguration</A> <B>load</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/io/InputStream.html?is-external=true" title="class or interface in java.io">InputStream</A>&nbsp;input)\r
+                             throws <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/io/IOException.html?is-external=true" title="class or interface in java.io">IOException</A></PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 \r
 <DT><B>Throws:</B>\r
-<DD><CODE>java.io.IOException</CODE></DL>\r
+<DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/io/IOException.html?is-external=true" title="class or interface in java.io">IOException</A></CODE></DL>\r
 </DD>\r
 </DL>\r
 <HR>\r
@@ -370,7 +370,7 @@ public static <A HREF="../../../compbio/engine/client/RunConfiguration.html" tit
 <A NAME="setOutput(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 setOutput</H3>\r
 <PRE>\r
-public void <B>setOutput</B>(java.lang.String&nbsp;output)</PRE>\r
+public void <B>setOutput</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;output)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -403,7 +403,7 @@ public void <B>setParameters</B>(<A HREF="../../../compbio/engine/client/Command
 <A NAME="getOutput()"><!-- --></A><H3>\r
 getOutput</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.lang.String <B>getOutput</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getOutput</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -414,7 +414,7 @@ public java.lang.String <B>getOutput</B>()</PRE>
 <A NAME="setError(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 setError</H3>\r
 <PRE>\r
-public void <B>setError</B>(java.lang.String&nbsp;error)</PRE>\r
+public void <B>setError</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;error)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -425,7 +425,7 @@ public void <B>setError</B>(java.lang.String&nbsp;error)</PRE>
 <A NAME="getError()"><!-- --></A><H3>\r
 getError</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.lang.String <B>getError</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getError</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -436,7 +436,7 @@ public java.lang.String <B>getError</B>()</PRE>
 <A NAME="getInput()"><!-- --></A><H3>\r
 getInput</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.lang.String <B>getInput</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getInput</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -447,7 +447,7 @@ public java.lang.String <B>getInput</B>()</PRE>
 <A NAME="setInput(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 setInput</H3>\r
 <PRE>\r
-public void <B>setInput</B>(java.lang.String&nbsp;input)</PRE>\r
+public void <B>setInput</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;input)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -458,7 +458,7 @@ public void <B>setInput</B>(java.lang.String&nbsp;input)</PRE>
 <A NAME="getRunnerClassName()"><!-- --></A><H3>\r
 getRunnerClassName</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.lang.String <B>getRunnerClassName</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getRunnerClassName</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -469,10 +469,10 @@ public java.lang.String <B>getRunnerClassName</B>()</PRE>
 <A NAME="equals(java.lang.Object)"><!-- --></A><H3>\r
 equals</H3>\r
 <PRE>\r
-public boolean <B>equals</B>(java.lang.Object&nbsp;obj)</PRE>\r
+public boolean <B>equals</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A>&nbsp;obj)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
-<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE>equals</CODE> in class <CODE>java.lang.Object</CODE></DL>\r
+<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#equals(java.lang.Object)" title="class or interface in java.lang">equals</A></CODE> in class <CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></CODE></DL>\r
 </DD>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -486,7 +486,7 @@ hashCode</H3>
 public int <B>hashCode</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
-<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE>hashCode</CODE> in class <CODE>java.lang.Object</CODE></DL>\r
+<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#hashCode()" title="class or interface in java.lang">hashCode</A></CODE> in class <CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></CODE></DL>\r
 </DD>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -497,10 +497,10 @@ public int <B>hashCode</B>()</PRE>
 <A NAME="toString()"><!-- --></A><H3>\r
 toString</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.lang.String <B>toString</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>toString</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
-<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE>toString</CODE> in class <CODE>java.lang.Object</CODE></DL>\r
+<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#toString()" title="class or interface in java.lang">toString</A></CODE> in class <CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></CODE></DL>\r
 </DD>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r