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updated javadoc
[jabaws.git] / website / full_javadoc / constant-values.html
diff --git a/website/full_javadoc/constant-values.html b/website/full_javadoc/constant-values.html
index 85d4d02..0a54e96 100644 (file)
--- a/website/full_javadoc/constant-values.html
+++ b/website/full_javadoc/constant-values.html
@@ -2,12 +2,12 @@
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 Constant Field Values\r
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@@ -103,6 +103,30 @@ compbio.data.*</FONT></TH>
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 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
+<TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.data.msa.<A HREF="compbio/data/msa/JABAService.html" title="interface in compbio.data.msa">JABAService</A></TH>\r
+</TR>\r
+<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
+<A NAME="compbio.data.msa.JABAService.SERVICE_NAMESPACE"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
+<TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/data/msa/JABAService.html#SERVICE_NAMESPACE">SERVICE_NAMESPACE</A></CODE></TD>\r
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+</TR>\r
+<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
+<A NAME="compbio.data.msa.JABAService.V2_SERVICE_NAMESPACE"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
+<TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/data/msa/JABAService.html#V2_SERVICE_NAMESPACE">V2_SERVICE_NAMESPACE</A></CODE></TD>\r
+<TD ALIGN="right"><CODE>"http://msa.data.compbio/01/12/2010/"</CODE></TD>\r
+</TR>\r
+</FONT></TD>\r
+</TR>\r
+</TABLE>\r
+\r
+<P>\r
+\r
+<P>\r
+\r
+<TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
+<TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.data.sequence.<A HREF="compbio/data/sequence/ClustalAlignmentUtil.html" title="class in compbio.data.sequence">ClustalAlignmentUtil</A></TH>\r
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 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
@@ -118,6 +142,48 @@ compbio.data.*</FONT></TH>
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 <P>\r
+\r
+<TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
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+<TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.data.sequence.<A HREF="compbio/data/sequence/ScoreManager.html" title="class in compbio.data.sequence">ScoreManager</A></TH>\r
+</TR>\r
+<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
+<A NAME="compbio.data.sequence.ScoreManager.SINGLE_ENTRY_KEY"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
+<TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/data/sequence/ScoreManager.html#SINGLE_ENTRY_KEY">SINGLE_ENTRY_KEY</A></CODE></TD>\r
+<TD ALIGN="right"><CODE>"Alignment"</CODE></TD>\r
+</TR>\r
+</FONT></TD>\r
+</TR>\r
+</TABLE>\r
+\r
+<P>\r
+\r
+<P>\r
+\r
+<TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
+<TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
+<TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.data.sequence.<A HREF="compbio/data/sequence/SMERFSConstraints.html" title="enum in compbio.data.sequence">SMERFSConstraints</A></TH>\r
+</TR>\r
+<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
+<A NAME="compbio.data.sequence.SMERFSConstraints.DEFAULT_GAP_THRESHOLD"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;double</CODE></FONT></TD>\r
+<TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/data/sequence/SMERFSConstraints.html#DEFAULT_GAP_THRESHOLD">DEFAULT_GAP_THRESHOLD</A></CODE></TD>\r
+<TD ALIGN="right"><CODE>0.1</CODE></TD>\r
+</TR>\r
+<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
+<A NAME="compbio.data.sequence.SMERFSConstraints.DEFAULT_WINDOW_SIZE"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;int</CODE></FONT></TD>\r
+<TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/data/sequence/SMERFSConstraints.html#DEFAULT_WINDOW_SIZE">DEFAULT_WINDOW_SIZE</A></CODE></TD>\r
+<TD ALIGN="right"><CODE>7</CODE></TD>\r
+</TR>\r
+</FONT></TD>\r
+</TR>\r
+</TABLE>\r
+\r
+<P>\r
+\r
+<P>\r
 <A NAME="compbio.engine"><!-- --></A>\r
 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
@@ -134,7 +200,7 @@ compbio.engine.*</FONT></TH>
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <A NAME="compbio.engine.client.ConfExecutable.CLUSTER_TASK_ID_PREFIX"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/client/ConfExecutable.html#CLUSTER_TASK_ID_PREFIX">CLUSTER_TASK_ID_PREFIX</A></CODE></TD>\r
 <TD ALIGN="right"><CODE>"@"</CODE></TD>\r
 </TR>\r
@@ -152,7 +218,7 @@ compbio.engine.*</FONT></TH>
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <A NAME="compbio.engine.client.EnvVariableProcessor.PATH"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/client/EnvVariableProcessor.html#PATH">PATH</A></CODE></TD>\r
 <TD ALIGN="right"><CODE>"PATH"</CODE></TD>\r
 </TR>\r
@@ -170,7 +236,7 @@ compbio.engine.*</FONT></TH>
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <A NAME="compbio.engine.client.RunConfiguration.rconfigFile"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/client/RunConfiguration.html#rconfigFile">rconfigFile</A></CODE></TD>\r
 <TD ALIGN="right"><CODE>"RunnerConfig.xml"</CODE></TD>\r
 </TR>\r
@@ -184,13 +250,25 @@ compbio.engine.*</FONT></TH>
 \r
 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
-<TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.engine.cluster.drmaa.<A HREF="compbio/engine/cluster/drmaa/ClusterSession.html" title="class in compbio.engine.cluster.drmaa">ClusterSession</A></TH>\r
+<TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.engine.client.<A HREF="compbio/engine/client/SkeletalExecutable.html" title="class in compbio.engine.client">SkeletalExecutable</A>&lt;<A HREF="compbio/engine/client/SkeletalExecutable.html" title="type parameter in SkeletalExecutable">T</A>&gt;</TH>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<A NAME="compbio.engine.cluster.drmaa.ClusterSession.JOBID"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
-<TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/cluster/drmaa/ClusterSession.html#JOBID">JOBID</A></CODE></TD>\r
-<TD ALIGN="right"><CODE>"JOBID"</CODE></TD>\r
+<A NAME="compbio.engine.client.SkeletalExecutable.ERROR"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
+<TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/client/SkeletalExecutable.html#ERROR">ERROR</A></CODE></TD>\r
+<TD ALIGN="right"><CODE>"error.txt"</CODE></TD>\r
+</TR>\r
+<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
+<A NAME="compbio.engine.client.SkeletalExecutable.INPUT"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
+<TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/client/SkeletalExecutable.html#INPUT">INPUT</A></CODE></TD>\r
+<TD ALIGN="right"><CODE>"input.txt"</CODE></TD>\r
+</TR>\r
+<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
+<A NAME="compbio.engine.client.SkeletalExecutable.OUTPUT"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
+<TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/client/SkeletalExecutable.html#OUTPUT">OUTPUT</A></CODE></TD>\r
+<TD ALIGN="right"><CODE>"result.txt"</CODE></TD>\r
 </TR>\r
 </FONT></TD>\r
 </TR>\r
@@ -202,31 +280,13 @@ compbio.engine.*</FONT></TH>
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 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
-<TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.engine.cluster.dundee.<A HREF="compbio/engine/cluster/dundee/_QueueConstraints.html" title="class in compbio.engine.cluster.dundee">_QueueConstraints</A></TH>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<A NAME="compbio.engine.cluster.dundee._QueueConstraints.FIRST_MEMORY_LIMIT"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;int</CODE></FONT></TD>\r
-<TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/cluster/dundee/_QueueConstraints.html#FIRST_MEMORY_LIMIT">FIRST_MEMORY_LIMIT</A></CODE></TD>\r
-<TD ALIGN="right"><CODE>14000</CODE></TD>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<A NAME="compbio.engine.cluster.dundee._QueueConstraints.LONG_TIME_LIMIT"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;int</CODE></FONT></TD>\r
-<TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/cluster/dundee/_QueueConstraints.html#LONG_TIME_LIMIT">LONG_TIME_LIMIT</A></CODE></TD>\r
-<TD ALIGN="right"><CODE>24</CODE></TD>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<A NAME="compbio.engine.cluster.dundee._QueueConstraints.MAX_MEMORY_LIMIT"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;int</CODE></FONT></TD>\r
-<TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/cluster/dundee/_QueueConstraints.html#MAX_MEMORY_LIMIT">MAX_MEMORY_LIMIT</A></CODE></TD>\r
-<TD ALIGN="right"><CODE>30000</CODE></TD>\r
+<TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.engine.cluster.drmaa.<A HREF="compbio/engine/cluster/drmaa/ClusterSession.html" title="class in compbio.engine.cluster.drmaa">ClusterSession</A></TH>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<A NAME="compbio.engine.cluster.dundee._QueueConstraints.SHORT_TIME_LIMIT"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;int</CODE></FONT></TD>\r
-<TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/cluster/dundee/_QueueConstraints.html#SHORT_TIME_LIMIT">SHORT_TIME_LIMIT</A></CODE></TD>\r
-<TD ALIGN="right"><CODE>8</CODE></TD>\r
+<A NAME="compbio.engine.cluster.drmaa.ClusterSession.JOBID"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
+<TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/cluster/drmaa/ClusterSession.html#JOBID">JOBID</A></CODE></TD>\r
+<TD ALIGN="right"><CODE>"JOBID"</CODE></TD>\r
 </TR>\r
 </FONT></TD>\r
 </TR>\r
@@ -242,7 +302,7 @@ compbio.engine.*</FONT></TH>
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <A NAME="compbio.engine.conf._Key.DELIM"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/conf/_Key.html#DELIM">DELIM</A></CODE></TD>\r
 <TD ALIGN="right"><CODE>"#"</CODE></TD>\r
 </TR>\r
@@ -260,7 +320,7 @@ compbio.engine.*</FONT></TH>
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <A NAME="compbio.engine.conf.DirectoryManager.DELIM"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/conf/DirectoryManager.html#DELIM">DELIM</A></CODE></TD>\r
 <TD ALIGN="right"><CODE>"#"</CODE></TD>\r
 </TR>\r
@@ -278,13 +338,13 @@ compbio.engine.*</FONT></TH>
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <A NAME="compbio.engine.local.ExecutableWrapper.PROC_ERR_FILE"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/local/ExecutableWrapper.html#PROC_ERR_FILE">PROC_ERR_FILE</A></CODE></TD>\r
 <TD ALIGN="right"><CODE>"procError.txt"</CODE></TD>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <A NAME="compbio.engine.local.ExecutableWrapper.PROC_OUT_FILE"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/local/ExecutableWrapper.html#PROC_OUT_FILE">PROC_OUT_FILE</A></CODE></TD>\r
 <TD ALIGN="right"><CODE>"procOutput.txt"</CODE></TD>\r
 </TR>\r
@@ -311,7 +371,7 @@ compbio.metadata.*</FONT></TH>
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <A NAME="compbio.metadata.PresetManager.LOCAL_ENGINE_LIMIT_PRESET"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/metadata/PresetManager.html#LOCAL_ENGINE_LIMIT_PRESET">LOCAL_ENGINE_LIMIT_PRESET</A></CODE></TD>\r
 <TD ALIGN="right"><CODE>"# LocalEngineExecutionLimit #"</CODE></TD>\r
 </TR>\r
@@ -338,7 +398,7 @@ compbio.runner.*</FONT></TH>
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <A NAME="compbio.runner.Util.SPACE"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/Util.html#SPACE">SPACE</A></CODE></TD>\r
 <TD ALIGN="right"><CODE>" "</CODE></TD>\r
 </TR>\r
@@ -352,11 +412,131 @@ compbio.runner.*</FONT></TH>
 \r
 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
+<TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.runner.conservation.<A HREF="compbio/runner/conservation/AACon.html" title="class in compbio.runner.conservation">AACon</A></TH>\r
+</TR>\r
+<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
+<A NAME="compbio.runner.conservation.AACon.KEY_VALUE_SEPARATOR"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
+<TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/conservation/AACon.html#KEY_VALUE_SEPARATOR">KEY_VALUE_SEPARATOR</A></CODE></TD>\r
+<TD ALIGN="right"><CODE>"="</CODE></TD>\r
+</TR>\r
+<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
+<A NAME="compbio.runner.conservation.AACon.STAT_FILE"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
+<TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/conservation/AACon.html#STAT_FILE">STAT_FILE</A></CODE></TD>\r
+<TD ALIGN="right"><CODE>"stat.txt"</CODE></TD>\r
+</TR>\r
+</FONT></TD>\r
+</TR>\r
+</TABLE>\r
+\r
+<P>\r
+\r
+<P>\r
+\r
+<TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
+<TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
+<TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.runner.disorder.<A HREF="compbio/runner/disorder/Disembl.html" title="class in compbio.runner.disorder">Disembl</A></TH>\r
+</TR>\r
+<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
+<A NAME="compbio.runner.disorder.Disembl.COILS_EXPECTATION_THRESHOLD"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
+<CODE>public&nbsp;final&nbsp;double</CODE></FONT></TD>\r
+<TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/disorder/Disembl.html#COILS_EXPECTATION_THRESHOLD">COILS_EXPECTATION_THRESHOLD</A></CODE></TD>\r
+<TD ALIGN="right"><CODE>0.43</CODE></TD>\r
+</TR>\r
+<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
+<A NAME="compbio.runner.disorder.Disembl.KEY_VALUE_SEPARATOR"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
+<TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/disorder/Disembl.html#KEY_VALUE_SEPARATOR">KEY_VALUE_SEPARATOR</A></CODE></TD>\r
+<TD ALIGN="right"><CODE>" "</CODE></TD>\r
+</TR>\r
+<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
+<A NAME="compbio.runner.disorder.Disembl.LOOPS_EXPECTATION_THRESHOLD"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
+<CODE>public&nbsp;final&nbsp;double</CODE></FONT></TD>\r
+<TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/disorder/Disembl.html#LOOPS_EXPECTATION_THRESHOLD">LOOPS_EXPECTATION_THRESHOLD</A></CODE></TD>\r
+<TD ALIGN="right"><CODE>0.086</CODE></TD>\r
+</TR>\r
+<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
+<A NAME="compbio.runner.disorder.Disembl.REM_EXPECTATION_THRESHOLD"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
+<CODE>public&nbsp;final&nbsp;double</CODE></FONT></TD>\r
+<TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/disorder/Disembl.html#REM_EXPECTATION_THRESHOLD">REM_EXPECTATION_THRESHOLD</A></CODE></TD>\r
+<TD ALIGN="right"><CODE>0.5</CODE></TD>\r
+</TR>\r
+</FONT></TD>\r
+</TR>\r
+</TABLE>\r
+\r
+<P>\r
+\r
+<P>\r
+\r
+<TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
+<TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
+<TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.runner.disorder.<A HREF="compbio/runner/disorder/GlobPlot.html" title="class in compbio.runner.disorder">GlobPlot</A></TH>\r
+</TR>\r
+<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
+<A NAME="compbio.runner.disorder.GlobPlot.KEY_VALUE_SEPARATOR"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
+<TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/disorder/GlobPlot.html#KEY_VALUE_SEPARATOR">KEY_VALUE_SEPARATOR</A></CODE></TD>\r
+<TD ALIGN="right"><CODE>" "</CODE></TD>\r
+</TR>\r
+</FONT></TD>\r
+</TR>\r
+</TABLE>\r
+\r
+<P>\r
+\r
+<P>\r
+\r
+<TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
+<TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
+<TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.runner.disorder.<A HREF="compbio/runner/disorder/Jronn.html" title="class in compbio.runner.disorder">Jronn</A></TH>\r
+</TR>\r
+<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
+<A NAME="compbio.runner.disorder.Jronn.KEY_VALUE_SEPARATOR"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
+<TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/disorder/Jronn.html#KEY_VALUE_SEPARATOR">KEY_VALUE_SEPARATOR</A></CODE></TD>\r
+<TD ALIGN="right"><CODE>" "</CODE></TD>\r
+</TR>\r
+<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
+<A NAME="compbio.runner.disorder.Jronn.STAT_FILE"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
+<TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/disorder/Jronn.html#STAT_FILE">STAT_FILE</A></CODE></TD>\r
+<TD ALIGN="right"><CODE>"stat.txt"</CODE></TD>\r
+</TR>\r
+</FONT></TD>\r
+</TR>\r
+</TABLE>\r
+\r
+<P>\r
+\r
+<P>\r
+\r
+<TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
+<TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
+<TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.runner.msa.<A HREF="compbio/runner/msa/ClustalO.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalO</A></TH>\r
+</TR>\r
+<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
+<A NAME="compbio.runner.msa.ClustalO.KEY_VALUE_SEPARATOR"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
+<TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/msa/ClustalO.html#KEY_VALUE_SEPARATOR">KEY_VALUE_SEPARATOR</A></CODE></TD>\r
+<TD ALIGN="right"><CODE>"="</CODE></TD>\r
+</TR>\r
+</FONT></TD>\r
+</TR>\r
+</TABLE>\r
+\r
+<P>\r
+\r
+<P>\r
+\r
+<TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
+<TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.runner.msa.<A HREF="compbio/runner/msa/ClustalW.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalW</A></TH>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <A NAME="compbio.runner.msa.ClustalW.KEY_VALUE_SEPARATOR"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/msa/ClustalW.html#KEY_VALUE_SEPARATOR">KEY_VALUE_SEPARATOR</A></CODE></TD>\r
 <TD ALIGN="right"><CODE>"="</CODE></TD>\r
 </TR>\r
@@ -374,7 +554,7 @@ compbio.runner.*</FONT></TH>
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <A NAME="compbio.runner.msa.Mafft.KEY_VALUE_SEPARATOR"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/msa/Mafft.html#KEY_VALUE_SEPARATOR">KEY_VALUE_SEPARATOR</A></CODE></TD>\r
 <TD ALIGN="right"><CODE>" "</CODE></TD>\r
 </TR>\r
@@ -392,7 +572,7 @@ compbio.runner.*</FONT></TH>
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <A NAME="compbio.runner.msa.Muscle.KEY_VALUE_SEPARATOR"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/msa/Muscle.html#KEY_VALUE_SEPARATOR">KEY_VALUE_SEPARATOR</A></CODE></TD>\r
 <TD ALIGN="right"><CODE>" "</CODE></TD>\r
 </TR>\r
@@ -410,7 +590,7 @@ compbio.runner.*</FONT></TH>
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <A NAME="compbio.runner.msa.Probcons.KEY_VALUE_SEPARATOR"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/msa/Probcons.html#KEY_VALUE_SEPARATOR">KEY_VALUE_SEPARATOR</A></CODE></TD>\r
 <TD ALIGN="right"><CODE>" "</CODE></TD>\r
 </TR>\r
@@ -428,7 +608,7 @@ compbio.runner.*</FONT></TH>
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <A NAME="compbio.runner.msa.Tcoffee.KEY_VALUE_SEPARATOR"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/msa/Tcoffee.html#KEY_VALUE_SEPARATOR">KEY_VALUE_SEPARATOR</A></CODE></TD>\r
 <TD ALIGN="right"><CODE>"="</CODE></TD>\r
 </TR>\r