Update manual and other static html page for JABAWS 2.0.1
[jabaws.git] / website / man_configuration.html
index e158187..b2e6a02 100644 (file)
@@ -3,50 +3,51 @@
 "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">\r
 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">\r
 <head>\r
-<meta name="Last-modified" content="Mon, 4 Apr 2011 12:00:00 GMT"/>\r
+<meta name="Last-modified" content="Fri, 28 Jun 2013 12:00:00 GMT"/>\r
 <title>Java Bioinformatics Analyses Web Services (JABAWS) Server Configuration manual</title>\r
-<link href="ws.css" rel="stylesheet" type="text/css" media=\r
-"screen, projection, handheld, tv" />\r
-<link rel="stylesheet" type="text/css" media="print" href=\r
-"print.css" />\r
+<link href="ws.css" rel="stylesheet" type="text/css" media="screen, projection, handheld, tv" />\r
+<link rel="stylesheet" type="text/css" media="print" href="print.css" />\r
 <script type="text/javascript" src="prototype-1.6.0.3.js"></script>\r
 </head>\r
+\r
 <body>\r
 <div id="page">\r
 <div id="banner">\r
-<table> \r
-<tr><td style="width:158px;"><a href="http://www.dundee.ac.uk"><img src="images/uod_lt_long.gif"  alt="University of Dundee" width="158" height="90" class="logo"  title="University of Dundee" longdesc="http://www.dundee.ac.uk"/></a></td>\r
-<td class="bg"><img src="images/jabaws21.png" alt="JABAWS-2.1" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.1"/></td>\r
-<td class="bg"><img src="images/banner_right.png" alt="Disorder" width="200" height="80"/></td>\r
-</tr>\r
+<table>\r
+  <tr>\r
+    <td style="width:158px;"><a href="http://www.dundee.ac.uk"><img src="images/uod_lt_long.gif" width="158" height="90" alt="University of Dundee" class="logo" title="University of Dundee" longdesc="http://www.dundee.ac.uk"/></a></td>\r
+    <td class="bg"><img src="images/jabaws201-2.png" width="263" height="60" alt="JABAWS-2.0.01" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0.1"/></td>\r
+    <td class="bg"><img src="images/banner_right.png" alt="Disorder" width="200" height="80"/></td>\r
+  </tr>\r
 </table>\r
-</div><!-- banner end-->\r
+</div>\r
+<!-- banner end-->\r
+\r
 \r
 <div id="wrapper">\r
 <div id="panel"><a href="index.html">Home</a> \r
   <a href="quick_start.html">Getting Started</a> \r
   <a class="selected" href="man_about.html">Manual</a> \r
-       <div id="submenu">\r
-               <a href="man_about.html">About</a>\r
-               <a href="man_servervm.html" title="JABAWS Server as Virtual Appliance">Server VA</a>\r
-               <a href="man_awscloud.html" title="JABAWS Server in the Amazon EC2 Cloud">Server in the Cloud</a>\r
-               <a href="man_serverwar.html" title="JABAWS Server as Web Application aRchive">Server WAR</a>\r
-               <a class="selected" href="man_configuration.html" >Server<br/>\r
-               Configuration</a>\r
-               <a href="man_client.html" title="JABAWS Command Line Client">CMD Client</a>\r
-               <a href="man_stats.html" title="JABAWS Usage Statistics">Usage Statistics</a>\r
-               <a href="man_dev.html" title="Accessing JABAWS from your program">Accessing<br/>\r
-               JABAWS</a>      \r
-               <a href="man_server_dev.html" >JABAWS Development</a>\r
-       </div>\r
-<a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/download">Download</a> \r
-<a href="PublicAnnualStat" title="JABAWS usage statistics">Usage Statistics</a>\r
- <a href="ServiceStatus" title="JABAWS webservices status. Click to test all web services. Please be patient while the services are being checked">Services Status</a>\r
-<a href="contacts.html">Contact Us</a>\r
-<a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk" title="University of Dundee, The Barton Group" >Barton Group</a>\r
+  <div id="submenu">\r
+      <a href="man_about.html">About</a>\r
+      <a href="man_servervm.html" title="JABAWS Server as Virtual Appliance">Server VA</a>\r
+      <a href="man_awscloud.html" title="JABAWS Server in the Amazon EC2 Cloud">Server in the Cloud</a>\r
+      <a href="man_serverwar.html" title="JABAWS Server as Web Application aRchive">Server WAR</a>\r
+      <a class="selected" href="man_configuration.html" >Server Configuration</a>\r
+      <a href="man_client.html" title="JABAWS Command Line Client">CMD Client</a>\r
+      <a href="man_stats.html" title="JABAWS Usage Statistics">Usage Statistics</a>\r
+      <a href="man_dev.html" title="Accessing JABAWS from your program">Accessing JABAWS</a>\r
+      <a href="man_server_dev.html" >JABAWS Development</a>\r
+  </div>\r
+  <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/download">Download</a> \r
+  <a href="PublicAnnualStat" title="JABAWS usage statistics">Usage Statistics</a>\r
+  <a href="ServiceStatus" title="JABAWS webservices status. Click to test all web services. Please be patient while the services are being checked">Services Status</a>\r
+  <a href="contacts.html">Contact Us</a>\r
+  <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk" title="University of Dundee, The Barton Group" >Barton Group</a>\r
 </div>\r
-\r
 <!-- panel end-->\r
+\r
+\r
 <div id="content">\r
 <h2 id="headtitle">JABAWS MANUAL</h2>\r
 \r
   <li><a href="#locEngConf">Local Engine Configuration</a></li>\r
   <li><a href="#clustEngConf">Cluster Engine Configuration</a></li>\r
   <li><a href="#exec">Executable Configuration</a></li>\r
-  <li><a href="#setexecenv">Defining Environment Variables for\r
-    Executables</a></li>\r
-  <li><a href="#mafftconf">Configure JABAWS to Work\r
-with Mafft</a></li>\r
+  <li><a href="#setexecenv">Defining Environment Variables for Executables</a></li>\r
+  <li><a href="#mafftconf">Configure JABAWS to Work with Mafft</a></li>\r
   <li><a href="#settinglimit">Limiting the size of the job accepted by JABAWS Server </a></li>\r
   <li><a href="#diffbin">Using a different version of the alignment program with JABAWS</a></li>\r
   <li><a href="#mixuse">Load balancing </a></li>\r
@@ -413,16 +412,10 @@ class="hightlight">log4j.properties</span> and uncomment section of
 </ol>\r
 <p> Google Analytics can be disabled or adjusted by removing/editing <span class="hightlight">conf/GA.properties</span> Google Analytics (GA) settings file. We would appreciate it greatly if you could leave it on!</p>\r
 <p>All calls to GA are very lightweight, completed asynchronously, create very little overhead and do not influence the server response time or performance.</p>\r
-</div>\r
-<!-- content end-->\r
-<div id="copyright">Last update: 16 September 2011<br />\r
- Peter Troshin, Jim Procter and Geoff Barton, The Barton Group, University of\r
-Dundee, UK</div>\r
-</div>\r
-\r
-<!-- wrapper end-->\r
-</div>\r
-<!-- page end-->\r
+</div><!-- content end-->\r
+<div id="copyright">Last update: 28 June 2013<br/>Peter Troshin, Jim Procter and Geoff Barton, The Barton Group, University of Dundee, UK</div>\r
+</div><!-- wrapper end-->\r
+</div><!-- page end-->\r
 \r
 <!-- Google analitics -->\r
 <script type="text/javascript">\r