git://source.jalview.org / jabaws.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Merge branch 'JABAWS_Release_2_0'
[jabaws.git] / TODO.txt
diff --git a/TODO.txt b/TODO.txt
index a0a2706..4dc9f9b 100644 (file)
--- a/TODO.txt
+++ b/TODO.txt
@@ -1,110 +1,120 @@
-TODO: \r
+reset execution statistic in VM!\r
+\r
++ regerate javadoc\r
++ server war - obtaining command line binaries \r
+\r
+Write help on \r
+ + execution stats\r
+ + new menu bar background \r
+ - new page background(?)\r
+ - merge developers help pages\r
+ - new VM \r
+ - new properties e.g. jar\r
+ - registry\r
+ - change log \r
+ - main page should point to JABA 1   \r
+ - Document the Limits for presets\r
+ - JAVA DOCS\r
+ - defaults changed - e.g. limits are disabled - explain how to enable\r
+ - cluster settings are commented out \r
+ - Describe requirements \r
+Python > 2.2\r
+Perl > 5.0\r
+Java > 6\r
+For compilation \r
+C++\r
+C\r
+Gnu make\r
+   \r
+- Check progress tracking on large sequence.\r
+\r
+- Add more detailed tests for webservices? \r
+\r
++ TODO write some help on the executable.properties within this file! \r
+\r
+- check that after binaries relocation build tasks point to correct locations!\r
 \r
 \r
-add to help text: To disable a web service remove it from WEB-INF/sun-jaxws.xml descriptor\r
 \r
 \r
-add to help: VirtualBox 4.0.4 works fine with JABAWS update links \r
+add to help text: To disable a web service remove it from WEB-INF/sun-jaxws.xml descriptor\r
 \r
 rename jaba.war to jabaws.war and make sure jabaws context path is used throughout. \r
 \r
 \r
 rename jaba.war to jabaws.war and make sure jabaws context path is used throughout. \r
 \r
-Current stat collector has to rely on file dates! \r
-\r
-Test all WS as names from Executables were removed\r
-\r
-Add default names for input and output in every executable and use them consistently\r
-throughts (e.g. in all WS). Best of all use the same name from SceletalExectuable \r
-For statistics. \r
-\r
-FIXME: \r
-Conecting to JABAWS version 2 service\r
-09-Feb-2011 15:27:53 compbio.ws.client.Jws2Client connect\r
-INFO: Connected successfully!\r
-Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException\r
-       at compbio.ws.client.MetadataHelper.getParametersList(MetadataHelper.java:30)\r
-       at compbio.ws.client.Jws2Client.<init>(Jws2Client.java:179)\r
-       at compbio.ws.client.Jws2Client.main(Jws2Client.java:483)\r
-       \r
-ScoreManager should output scores properly \r
-\r
-Allow empty Parameters and Preset files! \r
-\r
-Check the WS input and reject it on submission rather then of access with error message\r
-\r
-Globprot need a proper reference to bio python and sav_gol binaries -> they should be \r
-somehow taken from disembl. \r
-\r
-Add registry service to query services status\r
-\r
-Refactor web services checker to enable a programmatic access to its methods.\r
-Rename it to avoid confusion with jabaws client\r
-\r
-Finish the client\r
-\r
-Add interface for Jalview annotation \r
-Add the method to return Jalview Annotation to SequenceAnnotation IF  \r
-\r
-Develop generic Interface to return Jalview annotation for easy to add new \r
-services (?) \r
 \r
 \r
-Replace conservation.Method with server.ws.Method \r
-and try building WS. If this does not work - get rid of Method\r
-\r
-Output file parsing for stat reporting\r
-cluster engine stat of www-jws2 user\r
+? Replace conservation.Method with server.ws.Method and try building WS. If this does not work - get rid of Method\r
 \r
 integrate the above to tweak the size of the local job\r
 \r
 \r
 integrate the above to tweak the size of the local job\r
 \r
-Add AACon ws\r
-Add iupred ws http://iupred.enzim.hu/\r
-Add globprot ws - does not report raw scores, just regions\r
-Add ronn ws\r
-\r
-Philogeny Mrbayes + Philip\r
- \r
-USE CASE - TURN ALIGNMENT INTO PROFILE AND SEARCH SEQUENCE DATABASE USECASE\r
-- Receive user alignment \r
-- use hmmerbuild to turn it to profile\r
-- use hmmersearch to search the database \r
-\r
-#END OF - TURN ALIGNMENT INTO PROFILE AND SEARCH SEQUENCE DATABASE USECASE \r
-\r
-New data model for representing psiblast,blast,phmmer,jackhmmer results\r
-\r
-new parsers for the above programmes output (Stockholm MSA format?)\r
-\r
-Think hard on what to do with large output files? \r
-e.g. serve the hits table in full, but retrieve alignments on demand.\r
-What actually needs to be sent?   \r
-\r
-Add facility to distribute other results of the calculations like the trees and \r
-annotation file for probcons. \r
-\r
-# END OF SEARCHING SEQUENCE DATABASE USECASE\r
 \r
 \r
-Good toString method for Limits (test with command line client -limits)\r
-\r
-JABA DOCS\r
-(later) Define limits for presets - if required\r
 (later) Add documentation on Presets, Parameters and Limits\r
 (later) Explain how to define a limit\r
 \r
 Add test for repeated result collection from cluster engine\r
 \r
 (later) Add documentation on Presets, Parameters and Limits\r
 (later) Explain how to define a limit\r
 \r
 Add test for repeated result collection from cluster engine\r
 \r
-(low) Pack the test cases and build file to run them in one of the distributives \r
 \r
 \r
-(low) Add logging facility to WSTester so more details of the problem can be reported\r
 \r
 \r
-(low) Statistics collector for engines (number of operations/timing)\r
+DONE\r
 \r
 \r
-(later) WRAP Amps\r
+version 2\r
+\r
+DONE: Current stat collector has to rely on file dates! \r
+DONE: Help information? - relative - client to add host and context info\r
+DONE: statistics - result files \r
+DONE: Good toString method for Limits (test with command line client -limits)\r
+DONE: install JABA 1 stat server \r
+DONE: Get path to Java executable from JAVA_HOME ? (for Jronn AACon) \r
+\r
+DONE:  GET rid of binaries/help directory!\r
+DONE:  update binaries\r
+ DONE:  muscle binary version 3.8.31 for win/lin32/lin64 and sources, docs in website/prog_docs\r
+ DONE:  test Muscle on the cluster\r
+ DONE:  test Muscle compilation\r
+ DONE:  probcons up-to-date\r
+ DONE:  clustal up-to-date \r
+ DONE:  update tcoffee (8.99 latest) source code updated  docs updated \r
+ DONE:  tcoffee compilation for IA32 \r
+ DONE:  update Mafft (6.857 latest) for win/lin32/lin64 and sources, no docs updates\r
+DONE:  make sure conf files are optional!\r
+\r
+Cluster stats: \r
+ DONE: cancelled should not be reported as incomplete!\r
+ DONE: ant task to clean up clean stat db task before packing web app\r
+ DONE: pack web apps with stat db (NOT TESTED!)\r
+ DONE: change input size bites\r
+ DONE: add help info for each column in the detailed job list table\r
+ DONE: replace default -1 with ? \r
+ DONE: delete and re-import the database to fix clustal input staff    \r
+\r
+DONE:  Test all WS as names from Executables were removed\r
+DONE:  Add default names for input and output in every executable and use them consistently\r
+  throughts (e.g. in all WS). Best of all use the same name from SceletalExectuable \r
+  For statistics. \r
+\r
+DONE:  FIXED Conecting to JABAWS version 2 service\r
+  09-Feb-2011 15:27:53 compbio.ws.client.Jws2Client connect\r
+  INFO: Connected successfully!\r
+  Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException\r
+       at compbio.ws.client.MetadataHelper.getParametersList(MetadataHelper.java:30)\r
+       at compbio.ws.client.Jws2Client.<init>(Jws2Client.java:179)\r
+       at compbio.ws.client.Jws2Client.main(Jws2Client.java:483)\r
 \r
 \r
-(later) Implement utility to rerun died tasks\r
+DONE:  ScoreManager should output scores properly \r
+DONE:  Allow empty Parameters and Preset files! \r
+DONE:  Check the WS input and reject it on submission rather then of access with error message\r
 \r
 \r
-(later) Add recognition for executables for the different architectures\r
+DONE: Add registry service to query services status\r
+DONE: Refactor web services checker to enable a programmatic access to its methods.\r
+DONE: Finish the client\r
+DONE: Add AACon ws\r
+DONE: Add iupred ws http://iupred.enzim.hu/\r
+DONE: Add globprot ws - does not report raw scores, just regions\r
+DONE: Add ronn ws\r
+DONE: Define limits for presets - if required\r
+DONE: Add logging facility to WSTester so more details of the problem can be reported\r
+DONE: Statistics collector for engines (number of operations/timing)\r
 \r
 \r
-(later) use Latch to manage engine reservations. Reservations for parallel jobs? \r
 \r
 \r
-DONE\r
-WILL NOT DO: Progress bars - needs assessing how long does it take to run a task\r
+version 1\r
+\r
 DONE: LocalExecutor service must be shutdown on web application undeploy event not on JVM shutdown. \r
       This is because JVM is still running even after web application is shut down!\r
 DONE: Use absolute path for web site download links as archives are not included into distro!\r
 DONE: LocalExecutor service must be shutdown on web application undeploy event not on JVM shutdown. \r
       This is because JVM is still running even after web application is shut down!\r
 DONE: Use absolute path for web site download links as archives are not included into distro!\r