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JWS-112 Bumping version of Mafft to version 7.310.
[jabaws.git] / binaries / src / mafft / core / rna.c
diff --git a/binaries/src/mafft/core/rna.c b/binaries/src/mafft/core/rna.c
index 7a98058..7317870 100644 (file)
--- a/binaries/src/mafft/core/rna.c
+++ b/binaries/src/mafft/core/rna.c
@@ -9,9 +9,10 @@
 
 
 
-static float singleribosumscore( int n1, int n2, char **s1, char **s2, double *eff1, double *eff2, int p1, int p2 )
+#if 0
+static double singleribosumscore( int n1, int n2, char **s1, char **s2, double *eff1, double *eff2, int p1, int p2 )
 {
-       float val;
+       double val;
        int i, j;
        int code1, code2;
 
@@ -23,15 +24,15 @@ static float singleribosumscore( int n1, int n2, char **s1, char **s2, double *e
                code2 = amino_n[(int)s2[j][p2]];
                if( code2 > 3 ) code2 = 36;
 
-//             fprintf( stderr, "'l'%c-%c: %f\n", s1[i][p1], s2[j][p2], (float)ribosumdis[code1][code2] );
+//             fprintf( stderr, "'l'%c-%c: %f\n", s1[i][p1], s2[j][p2], (double)ribosumdis[code1][code2] );
 
-               val += (float)ribosumdis[code1][code2] * eff1[i] * eff2[j];
+               val += (double)ribosumdis[code1][code2] * eff1[i] * eff2[j];
        }
        return( val );
 }
-static float pairedribosumscore53( int n1, int n2, char **s1, char **s2, double *eff1, double *eff2, int p1, int p2, int c1, int c2 )
+static double pairedribosumscore53( int n1, int n2, char **s1, char **s2, double *eff1, double *eff2, int p1, int p2, int c1, int c2 )
 {
-       float val;
+       double val;
        int i, j;
        int code1o, code1u, code2o, code2u, code1, code2;
 
@@ -51,19 +52,19 @@ static float pairedribosumscore53( int n1, int n2, char **s1, char **s2, double
                else code2 = 4 + code2o * 4 + code2u;
 
 
-//             fprintf( stderr, "%c%c-%c%c: %f\n", s1[i][p1], s1[i][c1], s2[j][p2], s2[j][c2], (float)ribosumdis[code1][code2] );
+//             fprintf( stderr, "%c%c-%c%c: %f\n", s1[i][p1], s1[i][c1], s2[j][p2], s2[j][c2], (double)ribosumdis[code1][code2] );
 
                if( code1 == 36 || code2 == 36 )
-                       val += (float)n_dis[code1o][code2o] * eff1[i] * eff2[j];
+                       val += (double)n_dis[code1o][code2o] * eff1[i] * eff2[j];
                else
-                       val += (float)ribosumdis[code1][code2] * eff1[i] * eff2[j];
+                       val += (double)ribosumdis[code1][code2] * eff1[i] * eff2[j];
        }
        return( val );
 }
 
-static float pairedribosumscore35( int n1, int n2, char **s1, char **s2, double *eff1, double *eff2, int p1, int p2, int c1, int c2 )
+static double pairedribosumscore35( int n1, int n2, char **s1, char **s2, double *eff1, double *eff2, int p1, int p2, int c1, int c2 )
 {
-       float val;
+       double val;
        int i, j;
        int code1o, code1u, code2o, code2u, code1, code2;
 
@@ -83,15 +84,16 @@ static float pairedribosumscore35( int n1, int n2, char **s1, char **s2, double
                else code2 = 4 + code2u * 4 + code2o;
 
 
-//             fprintf( stderr, "%c%c-%c%c: %f\n", s1[i][p1], s1[i][c1], s2[j][p2], s2[j][c2], (float)ribosumdis[code1][code2] );
+//             fprintf( stderr, "%c%c-%c%c: %f\n", s1[i][p1], s1[i][c1], s2[j][p2], s2[j][c2], (double)ribosumdis[code1][code2] );
 
                if( code1 == 36 || code2 == 36 )
-                       val += (float)n_dis[code1o][code2o] * eff1[i] * eff2[j];
+                       val += (double)n_dis[code1o][code2o] * eff1[i] * eff2[j];
                else
-                       val += (float)ribosumdis[code1][code2] * eff1[i] * eff2[j];
+                       val += (double)ribosumdis[code1][code2] * eff1[i] * eff2[j];
        }
        return( val );
 }
+#endif
 
 
 static void mccaskillextract( char **seq, char **nogap, int nseq, RNApair **pairprob, RNApair ***single, int **sgapmap, double *eff )
@@ -100,7 +102,7 @@ static void mccaskillextract( char **seq, char **nogap, int nseq, RNApair **pair
        int nogaplgth;
        int i, j;
        int left, right, adpos;
-       float prob;
+       double prob;
        static TLS int *pairnum;
        RNApair *pt, *pt2;
 
@@ -154,7 +156,7 @@ static void mccaskillextract( char **seq, char **nogap, int nseq, RNApair **pair
        {
                if( pairprob[i][j].bestpos > -1 )
                {
-//                     pairprob[i][j].bestscore /= (float)nseq;
+//                     pairprob[i][j].bestscore /= (double)nseq;
 //                     fprintf( stderr, "pair of %d = %d (%f) %c:%c\n", i, pairprob[i][j].bestpos, pairprob[i][j].bestscore, seq[0][i], seq[0][pairprob[i][j].bestpos] );
                }
        }
@@ -188,7 +190,7 @@ void rnaalifoldcall( char **seq, int nseq, RNApair **pairprob )
        char gett[1000];
        FILE *fp;
        int left, right, dumm;
-       float prob;
+       double prob;
        static TLS int pid;
        static TLS char fnamein[100];
        static TLS char cmd[1000];
@@ -247,7 +249,7 @@ void rnaalifoldcall( char **seq, int nseq, RNApair **pairprob )
                if( gett[0] == ',' ) break;
                if( gett[0] != ' ' ) continue;
 
-               sscanf( gett, "%d %d %d %f", &left, &right, &dumm, &prob );
+               sscanf( gett, "%d %d %d %lf", &left, &right, &dumm, &prob );
                left--;
                right--;
 
@@ -325,7 +327,7 @@ static void utot( int n, int l, char **s )
 }
 
 
-void foldrna( int nseq1, int nseq2, char **seq1, char **seq2, double *eff1, double *eff2, RNApair ***grouprna1, RNApair ***grouprna2, float **impmtx, int *gapmap1, int *gapmap2, RNApair *additionalpair )
+void foldrna( int nseq1, int nseq2, char **seq1, char **seq2, double *eff1, double *eff2, RNApair ***grouprna1, RNApair ***grouprna2, double **impmtx, int *gapmap1, int *gapmap2, RNApair *additionalpair )
 {
        int i, j;
 //     int ui, uj;
@@ -337,13 +339,13 @@ void foldrna( int nseq1, int nseq2, char **seq1, char **seq2, double *eff1, doub
        static TLS RNApair *pairpt1, *pairpt2;
        int lgth1 = strlen( seq1[0] );
        int lgth2 = strlen( seq2[0] );
-       static TLS float **impmtx2;
-       static TLS float **map;
+       static TLS double **impmtx2;
+       static TLS double **map;
 //     double lenfac;
-       float prob;
+       double prob;
        int **sgapmap1, **sgapmap2;
-       char *nogapdum;
-       float **tbppmtx;
+//     char *nogapdum;
+       double **tbppmtx;
 
 
 //     fprintf( stderr, "nseq1=%d, lgth1=%d\n", nseq1, lgth1 );
@@ -357,7 +359,7 @@ void foldrna( int nseq1, int nseq2, char **seq1, char **seq2, double *eff1, doub
        odir2 = AllocateCharVec( lgth2+10 );
        sgapmap1 = AllocateIntMtx( nseq1, lgth1+1 );
        sgapmap2 = AllocateIntMtx( nseq2, lgth2+1 );
-       nogapdum = AllocateCharVec( MAX( lgth1, lgth2 ) );
+//     nogapdum = AllocateCharVec( MAX( lgth1, lgth2 ) );
        pairprob1 = (RNApair **)calloc( lgth1, sizeof( RNApair *) );
        pairprob2 = (RNApair **)calloc( lgth2, sizeof( RNApair *) );
        map = AllocateFloatMtx( lgth1, lgth2 );
@@ -437,42 +439,7 @@ void foldrna( int nseq1, int nseq2, char **seq1, char **seq2, double *eff1, doub
                }
                else if( RNAscoremtx == 'r' )
                {
-                       for( i=0; i<lgth1; i++ ) for( j=0; j<lgth2; j++ ) 
-                       {
-                               tbppmtx[i][j] = 1.0;
-                               impmtx2[i][j] = 0.0;
-                       }
-                       for( i=0; i<lgth1; i++ ) for( pairpt1=pairprob1[i]; pairpt1->bestpos!=-1; pairpt1++ )
-                       {
-                               for( j=0; j<lgth2; j++ ) for( pairpt2=pairprob2[j]; pairpt2->bestpos!=-1; pairpt2++ )
-                               {
-                                       uido = pairpt1->bestpos;
-                                       ujdo = pairpt2->bestpos;
-                                       prob = pairpt1->bestscore * pairpt2->bestscore;
-                                       if( uido > -1  && ujdo > -1 )
-                                       {
-                                               if( uido > i && j > ujdo )
-                                               {
-                                                       impmtx2[i][j] += prob * pairedribosumscore53( nseq1, nseq2, oseq1, oseq2, eff1, eff2, i, j, uido, ujdo ) * consweight_multi;
-                                                       tbppmtx[i][j] -= prob;
-                                               }
-                                               else if( i < uido && j < ujdo )
-                                               {
-                                                       impmtx2[i][j] += prob * pairedribosumscore35( nseq1, nseq2, oseq1, oseq2, eff1, eff2, i, j, uido, ujdo ) * consweight_multi;
-                                                       tbppmtx[i][j] -= prob;
-                                               }
-                                       }
-                               }
-                       }
-       
-       
-                       for( i=0; i<lgth1; i++ )
-                       {
-                               for( j=0; j<lgth2; j++ )
-                               {
-                                       impmtx2[i][j] += tbppmtx[i][j] * singleribosumscore( nseq1, nseq2, oseq1, oseq2, eff1, eff2, i, j ) * consweight_multi;
-                               }
-                       }
+                       fprintf( stderr, "Unexpected error.  Please contact kazutaka.katoh@aist.go.jp\n" );
                }