Updated configs for testing local/cluster mode in the internal webservices2 boxe.
[jabaws.git] / conf / Executable.properties
index 2bdc9a2..ac2fb9d 100644 (file)
@@ -5,10 +5,10 @@
 ###########################################################################################\r
 \r
 ### Properties supported by executables.\r
-### <execname> is one of the available applications: \r
+### <execname> is one of the available applications:\r
 ### [clustalw, mafft, muscle, propcons, tcoffee, iupred, jronn, globplot, disembl, aacon, jpred]\r
 \r
-### Path to the native executable on Windows must be either absolute, \r
+### Path to the native executable on Windows must be either absolute,\r
 ### or relative to JABAWS web application\r
 # local.<execname>.bin.windows = binaries/windows/clustalw2.exe\r
 \r
 ### must be either absolute, or relative to JABAWS web application\r
 # local.<execname>.bin = binaries/src/clustalw/src/clustalw2\r
 \r
-### Path to the native executable on the cluster (must be accessible from all \r
-### cluster nodes which will run JABAWS jobs). The path must be absolute. \r
+### Path to the native executable on the Cluster (must be accessible from all\r
+### Cluster nodes which will run JABAWS jobs). The path must be absolute.\r
 # cluster.<execname>.bin = /home/jabaws/binaries/src/clustalw/src/clustalw2\r
 \r
 ### At least one of the path to the native executable should be defined.\r
 \r
-### If an application supports presets, the preset file can have either  \r
-### absolute or relative to the JABAWS web application path to the file. \r
+### If an application supports presets, the preset file can have either\r
+### absolute or relative to the JABAWS web application path to the file.\r
 ### The file is optional.\r
 # <execname>.presets.file = conf/settings/ClustalPresets.xml\r
 \r
-### If an application supports parameters, the parameter file can have either \r
-### absolute or relative to the JABAWS web application path to the file. \r
+### If an application supports parameters, the parameter file can have either\r
+### absolute or relative to the JABAWS web application path to the file.\r
 ### The file is optional.\r
 # <execname>.parameters.file = conf/settings/ClustalParameters.xml\r
 \r
-## Application limits, absolute or relative to \r
+## Application limits, absolute or relative to\r
 ## the JABAWS web application path to the file. Optional.\r
-## Use this if you want to limit the size of the job to be accepted by a \r
-## Webservice. The limits files we use in Dundee are provided with JABAWS. \r
+## Use this if you want to limit the size of the job to be accepted by a\r
+## Webservice. The limits files we use in Dundee are provided with JABAWS.\r
 # <execname>.limits.file=conf/settings/ClustalLimits.xml\r
 \r
-## Flags passed to the cluster batch manager for the application. Optional.\r
-## This example sets a maximum execution time to 24 hours and maximum amount of \r
-## memory per task to 6Gb for SGE and OGE cluster batch managers.\r
-## Please note that all the examples of this parameter below are correct for \r
-## Sun Grid Engine or Open Grid Engine (untested) only! If you use a different \r
-## batch manager you would need to specify different flags.  \r
+## Flags passed to the Cluster batch manager for the application. Optional.\r
+## This example sets a maximum execution time to 24 hours and maximum amount of\r
+## memory per task to 6Gb for SGE and OGE Cluster batch managers.\r
+## Please note that all the examples of this parameter below are correct for\r
+## Sun Grid Engine or Open Grid Engine (untested) only! If you use a different\r
+## batch manager you would need to specify different flags.\r
 # <execname>.cluster.settings = -l h_cpu=24:00:00 -l h_vmem=6000M -l ram=6000M\r
 \r
-## Environmental variables required by native executables. Optional. \r
-## Format: VARIABLE_NAME1#VARIABLE_VALUE1;VARIABLE_NAME2#VARIABLE_VALUE2; \r
+## Environmental variables required by native executables. Optional.\r
+## Format: VARIABLE_NAME1#VARIABLE_VALUE1;VARIABLE_NAME2#VARIABLE_VALUE2;\r
 # <execname>.bin.env = MAFFT_BINARIES#binaries/src/mafft/binaries;FASTA_4_MAFFT#binaries/src/fasta34/fasta34;\r
 \r
-## Parameter supported by the executable Jar files, such as jronn and aacon, \r
-## point to the location of the jar file. Also, local.<execname>.bin, \r
-## local.<execname>.bin.windows properties are optional for these, if not \r
-## provided they will be replaced to the java executable path from JAVA_HOME \r
-## environmental variable. \r
+## Parameter supported by the executable Jar files, such as jronn and aacon,\r
+## point to the location of the jar file. Also, local.<execname>.bin,\r
+## local.<execname>.bin.windows properties are optional for these, if not\r
+## provided they will be replaced to the java executable path from JAVA_HOME\r
+## environmental variable.\r
 #<execname>.jar.file = binaries/windows/bj3.0.4p-jronn.jar\r
 \r
-\r
-\r
-\r
 ###########################################################################################\r
 #                             CLUSTAL W CONFIGURATION                                     #\r
 ###########################################################################################\r
 local.clustalw.bin.windows = binaries/windows/clustalw2.exe\r
 local.clustalw.bin         = binaries/src/clustalw/src/clustalw2\r
-#cluster.clustalw.bin       =/home/jabaws/binaries/src/clustalw/src/clustalw2\r
-### This parameter specifies the directory where the matrices files are stored\r
+cluster.clustalw.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws/binaries/src/clustalw/src/clustalw2\r
+### This parameters specifies the directory where the matrices files are stored\r
 clustalw.-matrix.path      = binaries/matrices\r
 clustalw.presets.file      = conf/settings/ClustalPresets.xml\r
 clustalw.parameters.file   = conf/settings/ClustalParameters.xml\r
-clustalw.limits.file      = conf/settings/ClustalLimits.xml\r
-#clustalw.cluster.settings =-l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
+clustalw.limits.file       = conf/settings/ClustalLimits.xml\r
+clustalw.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
 \r
 \r
 ###########################################################################################\r
-#                             CLUSTAL OMEGA CONFIGURATION                                 #\r
+#                                  CLUSTAL OMEGA CONFIGURATION                            #\r
 ###########################################################################################\r
 local.clustalo.bin.windows = binaries/windows/clustalo/clustalo.exe\r
 local.clustalo.bin         = binaries/src/clustalo/src/clustalo\r
-#cluster.clustalo.bin       = /home/jabaws/binaries/src/clustalo/src/clustalo\r
-### This parameter specifies the directory where the matrices files are stored\r
+cluster.clustalo.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws-dev/binaries/src/clustalo/src/clustalo\r
+### This parameters specifies the directory where the matrices files are stored\r
 #clustalo.presets.file      = conf/settings/ClustaloPresets.xml\r
 clustalo.parameters.file   = conf/settings/ClustaloParameters.xml\r
 clustalo.limits.file       = conf/settings/ClustaloLimits.xml\r
-### ClustalO can be run on multiple CPUs on the cluster. This parameter specifies CPU #NN\r
+### ClustalO can be executed on multiple CPUs. This parameter specifies the number of CPUs:\r
 clustalo.cluster.cpunum    = 4\r
-### This reserves a slot with CPUNUM on the cluster for the task\r
-#clustalo.cluster.settings  = -q 64bit-pri.q -pe smp 4 -l ram=1700M -l h_cpu=24:00:00\r
+### This reserves a slot with CPUNUM on the Cluster for the task\r
+clustalo.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -pe smp 4 -l h_cpu=24:00:00 -l ram=3400M\r
 \r
 \r
 ###########################################################################################\r
-#                               MUSCLE CONFIGURATION                                      #\r
+#                                  MUSCLE CONFIGURATION                                   #\r
 ###########################################################################################\r
 local.muscle.bin.windows = binaries/windows/muscle.exe\r
 local.muscle.bin         = binaries/src/muscle/muscle\r
-#cluster.muscle.bin       = /home/jabaws/binaries/src/muscle/muscle\r
-### This parameter specifies the directory where the matrices files are stored\r
+cluster.muscle.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws-dev/binaries/src/muscle/muscle\r
+### This parameters specifies the directory where the matrices files are stored\r
 muscle.-matrix.path      = binaries/matrices\r
 muscle.presets.file      = conf/settings/MusclePresets.xml\r
 muscle.parameters.file   = conf/settings/MuscleParameters.xml\r
 muscle.limits.file       = conf/settings/MuscleLimits.xml\r
-#muscle.cluster.settings  = -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
+muscle.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
 \r
 \r
 ###########################################################################################\r
-#                               MAFFT CONFIGURATION                                       #\r
+#                                  MAFFT CONFIGURATION                                    #\r
 ###########################################################################################\r
-local.mafft.bin        = binaries/src/mafft/scripts/mafft\r
-#cluster.mafft.bin      = /home/jabaws/binaries/src/mafft/scripts/mafft\r
+local.mafft.bin         = binaries/src/mafft/scripts/mafft\r
+cluster.mafft.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws-dev/binaries/src/mafft/scripts/mafft\r
 # These paths will be converted to absolute if relative.\r
-mafft.bin.env          = MAFFT_BINARIES#binaries/src/mafft/binaries;FASTA_4_MAFFT#binaries/src/fasta34/fasta34;\r
+mafft.bin.env           = MAFFT_BINARIES#binaries/src/mafft/binaries;FASTA_4_MAFFT#binaries/src/fasta34/fasta34;\r
 ### This parameters specifies the directory where the matrices files are stored\r
-mafft.--aamatrix.path  = binaries/matrices\r
-mafft.presets.file     = conf/settings/MafftPresets.xml\r
-mafft.parameters.file  = conf/settings/MafftParameters.xml\r
-mafft.limits.file      = conf/settings/MafftLimits.xml\r
-#mafft.cluster.settings = -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
+mafft.--aamatrix.path   = binaries/matrices\r
+mafft.presets.file      = conf/settings/MafftPresets.xml\r
+mafft.parameters.file   = conf/settings/MafftParameters.xml\r
+mafft.limits.file       = conf/settings/MafftLimits.xml\r
+mafft.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
 \r
 \r
 ###########################################################################################\r
-#                      TCOFFEE CONFIGURATION                                              #\r
+#                                  TCOFFEE CONFIGURATION                                  #\r
 ###########################################################################################\r
-local.tcoffee.bin        = binaries/src/tcoffee/t_coffee_source/t_coffee\r
-#cluster.tcoffee.bin      = /home/jabaws/binaries/src/tcoffee/t_coffee_source/t_coffee\r
+local.tcoffee.bin         = binaries/src/tcoffee/t_coffee_source/t_coffee\r
+cluster.tcoffee.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws-dev/binaries/src/tcoffee/t_coffee_source/t_coffee\r
 # This variable is required by tcoffee\r
-tcoffee.bin.env          = HOME_4_TCOFFEE#jobsout;\r
-tcoffee.presets.file     = conf/settings/TcoffeePresets.xml\r
-tcoffee.parameters.file  = conf/settings/TcoffeeParameters.xml\r
-tcoffee.limits.file      = conf/settings/TcoffeeLimits.xml\r
-### Tcoffee can be executed on multiple CPUs if run on the cluster. This parameter defines CPUs #N\r
-#tcoffee.cluster.cpunum   = 4\r
-### This paramer defines queue setting with CPUNUM on the cluster\r
-#tcoffee.cluster.settings = -q 64bit-pri.q -pe smp 4 -l ram=1700M -l h_cpu=24:00:00\r
+tcoffee.bin.env           = HOME_4_TCOFFEE#jobsout;\r
+tcoffee.presets.file      = conf/settings/TcoffeePresets.xml\r
+tcoffee.parameters.file   = conf/settings/TcoffeeParameters.xml\r
+tcoffee.limits.file       = conf/settings/TcoffeeLimits.xml\r
+### Tcoffee can be executed on multiple CPUs. This parameter specifies the number of CPUs:\r
+tcoffee.cluster.cpunum    = 4\r
+### This reserves a slot with CPUNUM on the Cluster for the task\r
+tcoffee.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -pe smp 4 -l h_cpu=24:00:00 -l ram=3400M\r
 \r
 \r
 ###########################################################################################\r
-#                      PROBCONS CONFIGURATION                                             #\r
+#                                  PROBCONS CONFIGURATION                                 #\r
 ###########################################################################################\r
 local.probcons.bin         = binaries/src/probcons/probcons\r
-#cluster.probcons.bin       = /home/jabaws/binaries/src/probcons/probcons\r
+cluster.probcons.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws-dev/binaries/src/probcons/probcons\r
 probcons.parameters.file   = conf/settings/ProbconsParameters.xml\r
 probcons.limits.file       = conf/settings/ProbconsLimits.xml\r
-### This parameter defines queue settings for PROBCON on the cluster\r
-#probcons.cluster.settings  = -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
+probcons.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
 \r
 \r
 ###########################################################################################\r
-#                      JRONN CONFIGURATION                                                #\r
+#                                  JRONN CONFIGURATION                                    #\r
 ###########################################################################################\r
-### If no local path is specified, Java is loaded from JAVA_HOME variable for local \r
-### execution. However, cluster.jronn.bin MUST be specified for running Jronn on the cluster.\r
-#local.jronn.bin.windows  = D:\\Java\\jdk1.6.0_24\\bin\\java.exe \r
-#local.jronn.bin          = /sw/java/latest/bin/java\r
-#cluster.jronn.bin        = /sw/java/latest/bin/java\r
+### If no local path is specified, Java is loaded from JAVA_HOME variable for local execution\r
+### However, cluster.jronn.bin MUST be specified for running Jronn on the Cluster.\r
+#local.jronn.bin.windows  = D:\\Java\\jdk1.6.0_24\\bin\\java.exe\r
+local.jronn.bin          = /homes/www-jws2/java/jdk/bin/java\r
+cluster.jronn.bin        = /homes/www-jws2/java/jdk/bin/java\r
 jronn.jar.file           = binaries/windows/bj3.0.4p-jronn.jar\r
 jronn.limits.file        = conf/settings/JronnLimits.xml\r
-## Jronn can use multiple CPUs. This parameter specifies the number of CPUs\r
-#jronn.cluster.cpunum     = 4\r
-### This reserves a slot with CPUNUM on the cluster for the task\r
-#jronn.cluster.settings   = -q 64bit-pri.q -pe smp 4 -l h_cpu=24:00:00\r
+### Jronn can use multiple CPUs. This parameter specifies the number of CPU:\r
+jronn.cluster.cpunum     = 4\r
+### This reserves a slot with CPUNUM on the Cluster for the task\r
+jronn.cluster.settings   = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -pe smp 4 -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
 \r
 \r
 ###########################################################################################\r
-#                      DISEMBL CONFIGURATION                                              #\r
+#                                  DISEMBL CONFIGURATION                                  #\r
 ###########################################################################################\r
-local.disembl.bin         = binaries/src/disembl/DisEMBL.py\r
-#cluster.disembl.bin       = /home/jabaws/binaries/src/disembl/DisEMBL.py\r
-disembl.limits.file       = conf/settings/DisemblLimits.xml\r
-#disembl.cluster.settings  = -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
+local.disembl.bin        = binaries/src/disembl/DisEMBL.py\r
+cluster.disembl.bin      = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws-dev/binaries/src/disembl/DisEMBL.py\r
+disembl.limits.file      = conf/settings/DisemblLimits.xml\r
+disembl.cluster.settings = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
 \r
 \r
 ###########################################################################################\r
-#                      GLOBPLOT CONFIGURATION                                             #\r
+#                                  GLOBPLOT CONFIGURATION                                 #\r
 ###########################################################################################\r
-local.globplot.bin         = binaries/src/globplot/GlobPlot.py\r
-#cluster.globplot.bin       = /home/jabaws/binaries/src/globplot/GlobPlot.py\r
-#globplot.bin.env           = PYTHONPATH#/home/jabaws/binaries/src/globplot/biopython-1.50\r
-globplot.limits.file       = conf/settings/GlobPlotLimits.xml\r
-#globplot.cluster.settings  = -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
+local.globplot.bin        = binaries/src/globplot/GlobPlot.py\r
+cluster.globplot.bin      = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws-dev/binaries/src/globplot/GlobPlot.py\r
+globplot.bin.env          = PYTHONPATH#/homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws-dev/binaries/src/globplot/biopython-1.50\r
+globplot.limits.file      = conf/settings/GlobPlotLimits.xml\r
+globplot.cluster.settings = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
 \r
 \r
 ###########################################################################################\r
-#                      IUPRED CONFIGURATION                                               #\r
+#                                 IUPRED CONFIGURATION                                    #\r
 ###########################################################################################\r
-local.iupred.bin.windows = binaries/windows/iupred/iupred.exe \r
+#local.iupred.bin.windows = binaries/windows/iupred/iupred.exe\r
 local.iupred.bin         = binaries/src/iupred/iupred\r
-### This must point to the directory where iupred binary is, with other files it \r
-### depends on. This path will be converted to absolute if relative at runtime. \r
+### This must point to the directory where iupred binary is, with other files it\r
+### depends on. This path will be converted to absolute if relative at runtime.\r
 iupred.bin.env           = IUPred_PATH#binaries/src/iupred\r
-#cluster.iupred.bin       = /home/jabaws/binaries/src/iupred/iupred\r
+cluster.iupred.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws-dev/binaries/src/iupred/iupred\r
 iupred.parameters.file   = conf/settings/IUPredParameters.xml\r
 iupred.limits.file       = conf/settings/IUPredLimits.xml\r
-#iupred.cluster.settings  = -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
+iupred.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
 \r
 \r
 ###########################################################################################\r
-#                       AACON CONFIGURATION                                               #\r
+#                                  AACON CONFIGURATION                                    #\r
 ###########################################################################################\r
-### This is just a path to the standard java executable \r
-#local.aacon.bin.windows  = D:\\Java\\jdk1.6.0_24\\bin\\java.exe \r
-#local.aacon.bin          = /sw/java/latest/bin/java\r
-#cluster.aacon.bin        = /sw/java/latest/bin/java\r
+### This is just a path to the standard java executable\r
+local.aacon.bin          = /homes/www-jws2/java/jdk/bin/java\r
+cluster.aacon.bin        = /homes/www-jws2/java/jdk/bin/java\r
 ### Path to the AACon library\r
 aacon.jar.file           = binaries/windows/aaconservation.jar\r
 aacon.parameters.file    = conf/settings/AAConParameters.xml\r
 aacon.presets.file       = conf/settings/AAConPresets.xml\r
 aacon.limits.file        = conf/settings/AAConLimits.xml\r
-### AACon can use multiple CPUs. This parameter defines the number of CPUs:\r
-#aacon.cluster.cpunum     = 4\r
-### This parameter defines queue settings for AACON on the cluster\r
-#aacon.cluster.settings   = -q 64bit-pri.q -pe smp 4 -l ram=1700M -l h_cpu=24:00:00\r
+### AACon can use multiple CPUs\r
+### This parameter specifies the number of CPUs to use\r
+aacon.cluster.cpunum     = 4\r
+### This reserves a slot with CPUNUM on the Cluster for the task\r
+aacon.cluster.settings   = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -pe smp 4 -l h_cpu=24:00:00 -l ram=3400M\r
 \r
 ###########################################################################################\r
 #                               JPRED CONFIGURATION                                       #\r
 ###########################################################################################\r
 #local.jpred.bin        = binaries/src/jpred/jpred.pl\r
-##cluster.jpred.bin      = /home/jabaws/binaries/src/jpred/jpred.pl\r
+#cluster.jpred.bin      = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws-dev/binaries/src/jpred/jpred.pl\r
 ## These paths will be converted to absolute if relative.\r
 #jpred.bin.env          = BLASTMAT#binaries/src/jpred/data/blast\r
 ## The varible jpred.data.uniref.path define a path to Uniref90 files used by Jpred. If\r
 ## you install the database to a different path chenge the variable here\r
-#jpred.data.uniref.path = /data/UNIREFdb\r
+#jpred.data.uniref.path = /homes/www-jpred/databases\r
 ## WARNING!!!\r
 ## Redefine jpred.data.uniref.name if you do undestand what the variable means\r
 #jpred.data.uniref.name = cluster\r
@@ -230,32 +226,32 @@ aacon.limits.file        = conf/settings/AAConLimits.xml
 #jpred.parameters.file  = conf/settings/JpredParameters.xml\r
 #jpred.limits.file      = conf/settings/JpredLimits.xml\r
 #jpred.cluster.cpunum   = 4\r
-##jpred.cluster.settings = -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
+#jpred.cluster.settings = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -pe smp 4 -l h_cpu=24:00:00 -l ram=8000M\r
 \r
 ###########################################################################################\r
 #                               RNAALIFOLD CONFIGURATION                                  #\r
 ###########################################################################################\r
 local.rnaalifold.bin.windows = binaries/windows/ViennaRNA/RNAalifold.exe\r
 local.rnaalifold.bin         = binaries/src/ViennaRNA/Progs/RNAalifold\r
-#cluster.rnaalifold.bin      = /homes/www-jws2/test-servers/tomcat7-jaba3/webapps/jabawsRNA/binaries/src/ViennaRNA/Progs/RNAalifold\r
+cluster.rnaalifold.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws-dev/binaries/src/ViennaRNA/Progs/RNAalifold\r
 rnaalifold.parameters.file   = conf/settings/RNAalifoldParameters.xml\r
 rnaalifold.limits.file       = conf/settings/RNAalifoldLimits.xml\r
-#rnaalifold.cluster.settings  = -P webservices -R y -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
+rnaalifold.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
 \r
 ###########################################################################################\r
 #                                 MSAProbs CONFIGURATION                                  #\r
 ###########################################################################################\r
 local.msaprobs.bin         = binaries/src/MSAProbs-0.9.7/MSAProbs/msaprobs\r
-#cluster.msaprobs.bin       = /homes/www-jws2/test-servers/tomcat7-jaba3/webapps/jabawsRNA/binaries/src/MSAProbs-0.9.7/MSAProbs/msaprobs\r
+cluster.msaprobs.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws-dev/binaries/src/MSAProbs-0.9.7/MSAProbs/msaprobs\r
 msaprobs.parameters.file   = conf/settings/MSAprobsParameters.xml\r
 msaprobs.limits.file       = conf/settings/MSAprobsLimits.xml\r
-#msaprobs.cluster.settings  = -P webservices -R y -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
+msaprobs.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
 \r
 ###########################################################################################\r
 #                                  GLprobs CONFIGURATION                                  #\r
 ###########################################################################################\r
 local.glprobs.bin         = binaries/src/GLProbs-1.0/glprobs\r
-#cluster.glprobs.bin       = /homes/www-jws2/test-servers/tomcat7-jaba3/webapps/jabawsRNA/binaries/src/GLProbs-1.0/glprobs\r
+cluster.glprobs.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws-dev/binaries/src/GLProbs-1.0/glprobs\r
 glprobs.parameters.file   = conf/settings/GLprobsParameters.xml\r
 glprobs.limits.file       = conf/settings/GLprobsLimits.xml\r
-#glprobs.cluster.settings  = -P webservices -R y -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
+glprobs.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r