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updates to jaba2 from jaba release branch
[jabaws.git] / dundee-conf / settings / ClustalParameters.xml
diff --git a/dundee-conf/settings/ClustalParameters.xml b/dundee-conf/settings/ClustalParameters.xml
deleted file mode 100644 (file)
index 7e8de1d..0000000
--- a/dundee-conf/settings/ClustalParameters.xml
+++ /dev/null
@@ -1,195 +0,0 @@
-<?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
-<runnerConfig>\r
-       <runnerClassName>compbio.runner.clustal.ClustalW</runnerClassName>\r
-       <options>\r
-               <name>NOPGAP</name>\r
-               <description>Residue-specific gaps off</description>\r
-               <optionNames>-NOPGAP</optionNames>\r
-               <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html\r
-               </furtherDetails>\r
-       </options>\r
-       <options>\r
-               <name>No transition weighting</name>\r
-               <description>Disable sequence weighting</description>\r
-               <optionNames>-NOWEIGHTS</optionNames>\r
-               <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html\r
-               </furtherDetails>\r
-       </options>\r
-       <options>\r
-               <name>NOHGAP</name>\r
-               <description>Hydrophilic gaps off</description>\r
-               <optionNames>-NOHGAP</optionNames>\r
-               <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html\r
-               </furtherDetails>\r
-       </options>\r
-       <prmSeparator>=</prmSeparator>\r
-       <parameters>\r
-               <name>Transition weighting</name>\r
-               <description>Type of the sequence (PROTEIN or DNA)</description>\r
-               <optionNames>-TRANSWEIGHT</optionNames>\r
-               <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html\r
-               </furtherDetails>\r
-               <defaultValue>0.5</defaultValue>\r
-               <validValue>\r
-                       <type>Float</type>\r
-                       <min>0</min>\r
-                       <max>10</max>\r
-               </validValue>\r
-       </parameters>\r
-       <parameters>\r
-               <name>Type</name>\r
-               <description>Type of the sequence (PROTEIN or DNA)</description>\r
-               <optionNames>-TYPE</optionNames>\r
-               <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html\r
-               </furtherDetails>\r
-               <defaultValue>PROTEIN</defaultValue>\r
-               <possibleValues>PROTEIN</possibleValues>\r
-               <possibleValues>DNA</possibleValues>\r
-       </parameters>\r
-       <parameters>\r
-               <name>OUTORDER</name>\r
-               <description>As per INPUT or ALIGNED</description>\r
-               <optionNames>-OUTORDER</optionNames>\r
-               <defaultValue>INPUT</defaultValue>\r
-               <possibleValues>INPUT</possibleValues>\r
-               <possibleValues>ALIGNED</possibleValues>\r
-       </parameters>\r
-       <parameters>\r
-               <name>MATRIX</name>\r
-               <description>Protein weight matrix</description>\r
-               <optionNames>-MATRIX</optionNames>\r
-               <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html\r
-               </furtherDetails>\r
-               <defaultValue>BLOSUM62</defaultValue>\r
-               <!-- Clustal build in matrices\r
-               <possibleValues>BLOSUM</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM</possibleValues>\r
-               <possibleValues>ID</possibleValues>\r
-               <possibleValues>GONNET</possibleValues>\r
-                -->\r
-               <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>\r
-               <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>\r
-               <possibleValues>GONNET</possibleValues>\r
-               <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>\r
-               <possibleValues>MATCH</possibleValues>\r
-               <possibleValues>NUC.4.2</possibleValues>\r
-               <possibleValues>NUC.4.4</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM10</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM100</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM110</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM120</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM130</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM140</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM150</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM160</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM170</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM180</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM190</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM20</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM200</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM210</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM220</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM230</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM240</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM250</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM260</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM270</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM280</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM290</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM30</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM300</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM310</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM320</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM330</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM340</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM350</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM360</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM370</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM380</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM390</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM40</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM400</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM410</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM420</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM430</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM440</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM450</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM460</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM470</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM480</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM490</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM50</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM500</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM60</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM70</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM80</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM90</possibleValues>\r
-       </parameters>\r
-       <parameters>\r
-               <name>GAPOPEN</name>\r
-               <description>Gap opening penalty</description>\r
-               <optionNames>-GAPOPEN</optionNames>\r
-               <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html\r
-               </furtherDetails>\r
-               <defaultValue>10</defaultValue>\r
-               <validValue>\r
-                       <type>Float</type>\r
-                       <min>0</min>\r
-                       <max>1000</max>\r
-               </validValue>\r
-       </parameters>\r
-       <parameters>\r
-               <name>-GAPEXT</name>\r
-               <description>Gap extension penalty</description>\r
-               <optionNames>-GAPEXT</optionNames>\r
-               <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html\r
-               </furtherDetails>\r
-               <defaultValue>0.1</defaultValue>\r
-               <validValue>\r
-                       <type>Float</type>\r
-                       <min>0</min>\r
-                       <max>10</max>\r
-               </validValue>\r
-       </parameters>\r
-       <parameters>\r
-               <name>ENDGAPS</name>\r
-               <description>End gap separation pen</description>\r
-               <optionNames>-ENDGAPS</optionNames>\r
-               <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html\r
-               </furtherDetails>\r
-               <defaultValue>0.5</defaultValue>\r
-               <validValue>\r
-                       <type>Float</type>\r
-                       <min>0</min>\r
-                       <max>10</max>\r
-               </validValue>\r
-       </parameters>\r
-       <parameters>\r
-               <name>GAPDIST</name>\r
-               <description>Gap separation pen. range</description>\r
-               <optionNames>-GAPDIST</optionNames>\r
-               <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html\r
-               </furtherDetails>\r
-               <defaultValue>1</defaultValue>\r
-               <validValue>\r
-                       <type>Integer</type>\r
-                       <min>0</min>\r
-                       <max>50</max>\r
-               </validValue>\r
-       </parameters>\r
-</runnerConfig>\r