git://source.jalview.org / jabaws.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
updates to jaba2 from jaba release branch
[jabaws.git] / dundee-conf / settings / MuscleParameters.xml
diff --git a/dundee-conf/settings/MuscleParameters.xml b/dundee-conf/settings/MuscleParameters.xml
new file mode 100644 (file)
index 0000000..11c36d8
--- /dev/null
+++ b/dundee-conf/settings/MuscleParameters.xml
@@ -0,0 +1,289 @@
+<?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
+<runnerConfig>\r
+ <runnerClassName>compbio.runner.muscle.Muscle</runnerClassName>\r
+    <options isRequired="false">\r
+        <name>Group sequences</name>\r
+        <description>Group sequences by similarity (this is the default) or preserve the input order</description>\r
+        <optionNames>-group</optionNames>\r
+        <optionNames>-stable</optionNames>\r
+        <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
+        <defaultValue>-stable</defaultValue>\r
+    </options>\r
+    <options isRequired="false">\r
+        <name>Anchor optimisation</name>\r
+        <description>Enable/disable anchor optimization in tree dependent refinement iterations</description>\r
+        <optionNames>-anchors</optionNames>\r
+        <optionNames>-noanchors</optionNames>\r
+        <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
+        <defaultValue>-anchors</defaultValue>\r
+    </options>\r
+    <options isRequired="false">\r
+        <name>Root alignment computation method</name>\r
+        <description>Use Steven Brenner's method for computing the root alignment.</description>\r
+        <optionNames>-brenner</optionNames>\r
+        <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
+    </options>\r
+       <!-- This option make sense only in conjunction with -tree which we do not currently support\r
+   <options isRequired="false">\r
+        <name>Fast clustering of input sequences</name>\r
+        <description>Perform fast clustering of input sequences.</description>\r
+        <optionNames>-cluster</optionNames>\r
+        <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
+   </options>\r
+   -->\r
+   <options isRequired="false">\r
+        <name>dimer</name>\r
+        <description>Use dimer approximation for the SP score (faster, slightly less accurate)</description>\r
+        <optionNames>-dimer</optionNames>\r
+        <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
+   </options>\r
+    <options isRequired="false">\r
+        <name>Diagonal</name>\r
+        <description>Use diagonal optimizations. Faster, especially for closely related sequences, but may be less accurate.</description>\r
+        <optionNames>-diags</optionNames>\r
+    </options>\r
+    <options isRequired="false">\r
+        <name>Diagonal 1</name>\r
+        <description>Use diagonal optimizations in first iteration (faster for similar sequences)</description>\r
+        <optionNames>-diags1</optionNames>\r
+    </options>\r
+   <options isRequired="false">\r
+        <name>Profile scoring method</name>\r
+        <description>le - use log-expectation profile score VTML240 (default for amino acid sequences.)\r
+                                sp - use sum-of-pairs protein profile score (PAM200).\r
+                                sv - use sum-of-pairs profile score (VTML240)</description>\r
+        <optionNames>-le</optionNames>\r
+        <optionNames>-sp</optionNames>\r
+        <optionNames>-sv</optionNames>\r
+        <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
+               <defaultValue>-le</defaultValue>\r
+    </options>\r
+    <prmSeparator> </prmSeparator>\r
+       <parameters isRequired="false">\r
+        <name>Sequence type</name>\r
+        <description>Sequence type - Amino acid/Nucleotide </description>\r
+        <optionNames>-seqtype</optionNames>\r
+        <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
+        <defaultValue>auto</defaultValue>\r
+        <possibleValues>auto</possibleValues>\r
+        <possibleValues>protein</possibleValues>\r
+        <possibleValues>nucleo</possibleValues>\r
+    </parameters>\r
+       <parameters isRequired="false">\r
+        <name>Maxiters</name>\r
+        <description>Maximum number of iterations (integer, default 16)</description>\r
+        <optionNames>-maxiters</optionNames>\r
+        <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
+        <defaultValue>16</defaultValue>\r
+        <validValue>\r
+               <type>Integer</type>\r
+            <min>1</min>\r
+            <max>100</max>\r
+        </validValue>\r
+    </parameters>\r
+       <parameters isRequired="false">\r
+        <name>Matrix</name>\r
+        <description>Substitution Matrix to use</description>\r
+        <optionNames>-matrix</optionNames>\r
+        <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
+        <defaultValue>BLOSUM62</defaultValue>\r
+               <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>\r
+               <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>\r
+               <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>\r
+               <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>\r
+               <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>\r
+               <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>\r
+               <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>\r
+               <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>\r
+               <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>\r
+               <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>\r
+               <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>\r
+               <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>\r
+               <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>\r
+               <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>\r
+               <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>\r
+               <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>\r
+               <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>\r
+               <possibleValues>GONNET</possibleValues>\r
+               <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>\r
+               <possibleValues>MATCH</possibleValues>\r
+               <possibleValues>NUC.4.2</possibleValues>\r
+               <possibleValues>NUC.4.4</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM10</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM100</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM110</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM120</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM130</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM140</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM150</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM160</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM170</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM180</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM190</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM20</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM200</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM210</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM220</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM230</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM240</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM250</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM260</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM270</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM280</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM290</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM30</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM300</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM310</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM320</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM330</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM340</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM350</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM360</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM370</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM380</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM390</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM40</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM400</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM410</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM420</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM430</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM440</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM450</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM460</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM470</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM480</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM490</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM50</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM500</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM60</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM70</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM80</possibleValues>\r
+               <possibleValues>PAM90</possibleValues>\r
+    </parameters>\r
+    <parameters>\r
+        <name>Gap open penalty</name>\r
+        <description>Gap opening penalty.  Must be negative</description>\r
+        <optionNames>-gapopen</optionNames>\r
+        <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
+        <defaultValue>-12.0</defaultValue>\r
+        <validValue>\r
+               <type>Float</type>\r
+            <min>-100</min>\r
+            <max>0</max>\r
+        </validValue>\r
+    </parameters>\r
+    <parameters>\r
+        <name>Gap extension penalty</name>\r
+        <description>Gap extension penalty.  Must be negative</description>\r
+        <optionNames>-gapextend</optionNames>\r
+        <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
+        <defaultValue>-1.0</defaultValue>\r
+        <validValue>\r
+               <type>Float</type>\r
+            <min>-100</min>\r
+            <max>0</max>\r
+        </validValue>\r
+    </parameters>\r
+    <parameters>\r
+        <name>Center</name>\r
+        <description>Center parameter. Should be negative.</description>\r
+        <optionNames>-center</optionNames>\r
+        <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
+        <defaultValue>0.0</defaultValue>\r
+        <validValue>\r
+               <type>Float</type>\r
+            <min>-100</min>\r
+            <max>0</max>\r
+        </validValue>\r
+    </parameters>\r
+    <parameters>\r
+        <name>Hydro</name>\r
+        <description>Window size for determining whether a region is hydrophobic.</description>\r
+        <optionNames>-hydro</optionNames>\r
+        <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
+        <defaultValue>5</defaultValue>\r
+        <validValue>\r
+               <type>Integer</type>\r
+            <min>0</min>\r
+            <max>100</max>\r
+        </validValue>\r
+    </parameters>\r
+    <parameters>\r
+        <name>Hydrofactor</name>\r
+        <description>Multiplier for gap open/close penalties in hydrophobic regions.</description>\r
+        <optionNames>-hydrofactor</optionNames>\r
+        <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
+        <defaultValue>1.2</defaultValue>\r
+        <validValue>\r
+               <type>Float</type>\r
+            <min>0</min>\r
+            <max>10</max>\r
+        </validValue>\r
+    </parameters>\r
+       <parameters isRequired="false">\r
+        <name>cluster1</name>\r
+        <description>Clustering method to use on the iteration 1</description>\r
+        <optionNames>-cluster1</optionNames>\r
+        <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
+        <defaultValue>upgma</defaultValue>\r
+        <possibleValues>upgma</possibleValues>\r
+    </parameters>\r
+       <parameters isRequired="false">\r
+        <name>cluster2</name>\r
+        <description>Clustering method to use on the iteration 2 and all subsequent itarations</description>\r
+        <optionNames>-cluster2</optionNames>\r
+        <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
+        <defaultValue>upgmb</defaultValue>\r
+        <possibleValues>upgmb</possibleValues>\r
+        <possibleValues>neighborjoining</possibleValues>\r
+    </parameters>\r
+    <parameters isRequired="false">\r
+        <name>Sequence weighting scheme 1</name>\r
+        <description>Sequence weighting scheme to use on the iteration 1 and 2 \r
+               none=all sequences have equal weight.\r
+               henikoff=Henikoff &amp; Henikoff weighting scheme.\r
+               henikoffpb=Modified Henikoff scheme as used in PSI-BLAST.\r
+               clustalw=CLUSTALW method.\r
+               threeway=Gotoh three-way method</description>\r
+        <optionNames>-weight1</optionNames>\r
+        <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
+        <defaultValue>clustalw</defaultValue>\r
+        <possibleValues>none</possibleValues>\r
+        <possibleValues>henikoff</possibleValues>\r
+        <possibleValues>henikoffpb</possibleValues>\r
+        <possibleValues>gsc</possibleValues>\r
+        <possibleValues>clustalw</possibleValues>\r
+        <possibleValues>threeway</possibleValues>\r
+    </parameters>\r
+    <parameters isRequired="false">\r
+        <name>Sequence weighting scheme 2</name>\r
+        <description>Sequence weighting scheme to use on the iteration 3 and all subsequent \r
+        iterations for tree-dependent refinement.\r
+               none=all sequences have equal weight.\r
+               henikoff=Henikoff &amp; Henikoff weighting scheme.\r
+               henikoffpb=Modified Henikoff scheme as used in PSI-BLAST.\r
+               clustalw=CLUSTALW method.\r
+               threeway=Gotoh three-way method</description>\r
+        <optionNames>-weight2</optionNames>\r
+        <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
+        <defaultValue>clustalw</defaultValue>\r
+        <possibleValues>none</possibleValues>\r
+        <possibleValues>henikoff</possibleValues>\r
+        <possibleValues>henikoffpb</possibleValues>\r
+        <possibleValues>gsc</possibleValues>\r
+        <possibleValues>clustalw</possibleValues>\r
+        <possibleValues>threeway</possibleValues>\r
+    </parameters>\r
+       <parameters isRequired="false">\r
+        <name>Distance1</name>\r
+        <description>Distance measure for iteration 1. Defaults Kmer6_6 (for amino ) or Kmer4_6 (for nucleo)</description>\r
+        <optionNames>-distance1</optionNames>\r
+        <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
+        <defaultValue>kmer6_6</defaultValue>\r
+        <possibleValues>kmer6_6</possibleValues>\r
+        <possibleValues>kmer20_3</possibleValues>\r
+        <possibleValues>kbit20_3</possibleValues>\r
+        <possibleValues>kmer20_4</possibleValues>\r
+        <possibleValues>kmer4_6</possibleValues>\r
+    </parameters>\r
+</runnerConfig>\r