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[jabaws.git] / website / dm_javadoc / compbio / data / sequence / FastaSequence.html
diff --git a/website/dm_javadoc/compbio/data/sequence/FastaSequence.html b/website/dm_javadoc/compbio/data/sequence/FastaSequence.html
index c9a97f6..f7ead48 100644 (file)
--- a/website/dm_javadoc/compbio/data/sequence/FastaSequence.html
+++ b/website/dm_javadoc/compbio/data/sequence/FastaSequence.html
@@ -2,12 +2,12 @@
 <!--NewPage-->\r
 <HTML>\r
 <HEAD>\r
-<!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_21) on Thu Nov 18 15:38:37 GMT 2010 -->\r
+<!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_21) on Wed Nov 24 12:17:18 GMT 2010 -->\r
 <TITLE>\r
 FastaSequence\r
 </TITLE>\r
 \r
-<META NAME="date" CONTENT="2010-11-18">\r
+<META NAME="date" CONTENT="2010-11-24">\r
 \r
 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
 \r
@@ -92,13 +92,13 @@ compbio.data.sequence</FONT>
 <BR>\r
 Class FastaSequence</H2>\r
 <PRE>\r
-java.lang.Object\r
+<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">java.lang.Object</A>\r
   <IMG SRC="../../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><B>compbio.data.sequence.FastaSequence</B>\r
 </PRE>\r
 <HR>\r
 <DL>\r
 <DT><PRE><FONT SIZE="-1">@Immutable\r
-</FONT>public class <B>FastaSequence</B><DT>extends java.lang.Object</DL>\r
+</FONT>public class <B>FastaSequence</B><DT>extends <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></DL>\r
 </PRE>\r
 \r
 <P>\r
@@ -129,8 +129,8 @@ A FASTA formatted sequence. Please note that this class does not make any
 <B>Constructor Summary</B></FONT></TH>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#FastaSequence(java.lang.String, java.lang.String)">FastaSequence</A></B>(java.lang.String&nbsp;id,\r
-              java.lang.String&nbsp;sequence)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#FastaSequence(java.lang.String, java.lang.String)">FastaSequence</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;id,\r
+              <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;sequence)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Upon construction the any whitespace characters are removed from the
@@ -149,8 +149,8 @@ A FASTA formatted sequence. Please note that this class does not make any
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>static&nbsp;int</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#countMatchesInSequence(java.lang.String, java.lang.String)">countMatchesInSequence</A></B>(java.lang.String&nbsp;theString,\r
-                       java.lang.String&nbsp;theRegExp)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#countMatchesInSequence(java.lang.String, java.lang.String)">countMatchesInSequence</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;theString,\r
+                       <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;theRegExp)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
@@ -158,14 +158,14 @@ A FASTA formatted sequence. Please note that this class does not make any
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#equals(java.lang.Object)">equals</A></B>(java.lang.Object&nbsp;obj)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#equals(java.lang.Object)">equals</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A>&nbsp;obj)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#getFormatedSequence(int)">getFormatedSequence</A></B>(int&nbsp;width)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -173,7 +173,7 @@ A FASTA formatted sequence. Please note that this class does not make any
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#getFormattedFasta()">getFormattedFasta</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -181,7 +181,7 @@ A FASTA formatted sequence. Please note that this class does not make any
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#getId()">getId</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -197,7 +197,7 @@ A FASTA formatted sequence. Please note that this class does not make any
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#getOnelineFasta()">getOnelineFasta</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -205,7 +205,7 @@ A FASTA formatted sequence. Please note that this class does not make any
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#getSequence()">getSequence</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -221,7 +221,7 @@ A FASTA formatted sequence. Please note that this class does not make any
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
+<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#toString()">toString</A></B>()</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
@@ -231,10 +231,10 @@ A FASTA formatted sequence. Please note that this class does not make any
 &nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_java.lang.Object"><!-- --></A>\r
 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
-<TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.Object</B></TH>\r
+<TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></B></TH>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD><CODE>clone, finalize, getClass, notify, notifyAll, wait, wait, wait</CODE></TD>\r
+<TD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#clone()" title="class or interface in java.lang">clone</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#finalize()" title="class or interface in java.lang">finalize</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#getClass()" title="class or interface in java.lang">getClass</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notify()" title="class or interface in java.lang">notify</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notifyAll()" title="class or interface in java.lang">notifyAll</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait()" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long)" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long, int)" title="class or interface in java.lang">wait</A></CODE></TD>\r
 </TR>\r
 </TABLE>\r
 &nbsp;\r
@@ -253,8 +253,8 @@ A FASTA formatted sequence. Please note that this class does not make any
 <A NAME="FastaSequence(java.lang.String, java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 FastaSequence</H3>\r
 <PRE>\r
-public <B>FastaSequence</B>(java.lang.String&nbsp;id,\r
-                     java.lang.String&nbsp;sequence)</PRE>\r
+public <B>FastaSequence</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;id,\r
+                     <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;sequence)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Upon construction the any whitespace characters are removed from the
  sequence\r
@@ -276,7 +276,7 @@ public <B>FastaSequence</B>(java.lang.String&nbsp;id,
 <A NAME="getId()"><!-- --></A><H3>\r
 getId</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.lang.String <B>getId</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getId</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Gets the value of id\r
 <P>\r
@@ -290,7 +290,7 @@ public java.lang.String <B>getId</B>()</PRE>
 <A NAME="getSequence()"><!-- --></A><H3>\r
 getSequence</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.lang.String <B>getSequence</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getSequence</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Gets the value of sequence\r
 <P>\r
@@ -304,8 +304,8 @@ public java.lang.String <B>getSequence</B>()</PRE>
 <A NAME="countMatchesInSequence(java.lang.String, java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 countMatchesInSequence</H3>\r
 <PRE>\r
-public static int <B>countMatchesInSequence</B>(java.lang.String&nbsp;theString,\r
-                                         java.lang.String&nbsp;theRegExp)</PRE>\r
+public static int <B>countMatchesInSequence</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;theString,\r
+                                         <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;theRegExp)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -316,7 +316,7 @@ public static int <B>countMatchesInSequence</B>(java.lang.String&nbsp;theString,
 <A NAME="getFormattedFasta()"><!-- --></A><H3>\r
 getFormattedFasta</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.lang.String <B>getFormattedFasta</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getFormattedFasta</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -327,7 +327,7 @@ public java.lang.String <B>getFormattedFasta</B>()</PRE>
 <A NAME="getOnelineFasta()"><!-- --></A><H3>\r
 getOnelineFasta</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.lang.String <B>getOnelineFasta</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getOnelineFasta</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
 \r
@@ -340,7 +340,7 @@ public java.lang.String <B>getOnelineFasta</B>()</PRE>
 <A NAME="getFormatedSequence(int)"><!-- --></A><H3>\r
 getFormatedSequence</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.lang.String <B>getFormatedSequence</B>(int&nbsp;width)</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getFormatedSequence</B>(int&nbsp;width)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Format sequence per width letter in one string. Without spaces.\r
 <P>\r
@@ -366,12 +366,12 @@ public int <B>getLength</B>()</PRE>
 <A NAME="toString()"><!-- --></A><H3>\r
 toString</H3>\r
 <PRE>\r
-public java.lang.String <B>toString</B>()</PRE>\r
+public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>toString</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>Same as oneLineFasta\r
 <P>\r
 <DD><DL>\r
-<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE>toString</CODE> in class <CODE>java.lang.Object</CODE></DL>\r
+<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#toString()" title="class or interface in java.lang">toString</A></CODE> in class <CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></CODE></DL>\r
 </DD>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -385,7 +385,7 @@ hashCode</H3>
 public int <B>hashCode</B>()</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
-<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE>hashCode</CODE> in class <CODE>java.lang.Object</CODE></DL>\r
+<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#hashCode()" title="class or interface in java.lang">hashCode</A></CODE> in class <CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></CODE></DL>\r
 </DD>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r
@@ -396,10 +396,10 @@ public int <B>hashCode</B>()</PRE>
 <A NAME="equals(java.lang.Object)"><!-- --></A><H3>\r
 equals</H3>\r
 <PRE>\r
-public boolean <B>equals</B>(java.lang.Object&nbsp;obj)</PRE>\r
+public boolean <B>equals</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A>&nbsp;obj)</PRE>\r
 <DL>\r
 <DD><DL>\r
-<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE>equals</CODE> in class <CODE>java.lang.Object</CODE></DL>\r
+<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#equals(java.lang.Object)" title="class or interface in java.lang">equals</A></CODE> in class <CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></CODE></DL>\r
 </DD>\r
 <DD><DL>\r
 </DL>\r