git://source.jalview.org / jabaws.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
remove old project javadoc
[jabaws.git] / website / full_javadoc / compbio / metadata / Parameter.html
diff --git a/website/full_javadoc/compbio/metadata/Parameter.html b/website/full_javadoc/compbio/metadata/Parameter.html
deleted file mode 100644 (file)
index 9e6d56f..0000000
--- a/website/full_javadoc/compbio/metadata/Parameter.html
+++ /dev/null
@@ -1,572 +0,0 @@
-<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
-<!--NewPage-->\r
-<HTML>\r
-<HEAD>\r
-<!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_24) on Fri Aug 12 14:32:35 BST 2011 -->\r
-<TITLE>\r
-Parameter\r
-</TITLE>\r
-\r
-<META NAME="date" CONTENT="2011-08-12">\r
-\r
-<LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
-\r
-<SCRIPT type="text/javascript">\r
-function windowTitle()\r
-{\r
-    if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
-        parent.document.title="Parameter";\r
-    }\r
-}\r
-</SCRIPT>\r
-<NOSCRIPT>\r
-</NOSCRIPT>\r
-\r
-</HEAD>\r
-\r
-<BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
-<HR>\r
-\r
-\r
-<!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
-<A NAME="navbar_top"><!-- --></A>\r
-<A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
-<TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
-<TR>\r
-<TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
-<A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
-<TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
-  <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
-  <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
-  <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
-  <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Class</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
-  <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="class-use/Parameter.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
-  <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
-  <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
-  <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
-  <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
-  </TR>\r
-</TABLE>\r
-</TD>\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
-</EM>\r
-</TD>\r
-</TR>\r
-\r
-<TR>\r
-<TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
-&nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata"><B>PREV CLASS</B></A>&nbsp;\r
-&nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
-<TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
-  <A HREF="../../index.html?compbio/metadata/Parameter.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
-&nbsp;<A HREF="Parameter.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
-&nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
-  <!--\r
-  if(window==top) {\r
-    document.writeln('<A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
-  }\r
-  //-->\r
-</SCRIPT>\r
-<NOSCRIPT>\r
-  <A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
-</NOSCRIPT>\r
-\r
-\r
-</FONT></TD>\r
-</TR>\r
-<TR>\r
-<TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
-  SUMMARY:&nbsp;NESTED&nbsp;|&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_summary">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
-<TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
-DETAIL:&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_detail">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_detail">METHOD</A></FONT></TD>\r
-</TR>\r
-</TABLE>\r
-<A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
-<!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
-\r
-<HR>\r
-<!-- ======== START OF CLASS DATA ======== -->\r
-<H2>\r
-<FONT SIZE="-1">\r
-compbio.metadata</FONT>\r
-<BR>\r
-Class Parameter&lt;T&gt;</H2>\r
-<PRE>\r
-<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">java.lang.Object</A>\r
-  <IMG SRC="../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">compbio.metadata.Option</A>&lt;T&gt;\r
-      <IMG SRC="../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><B>compbio.metadata.Parameter&lt;T&gt;</B>\r
-</PRE>\r
-<DL>\r
-<DT><B>All Implemented Interfaces:</B> <DD><A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata">Argument</A>&lt;T&gt;</DD>\r
-</DL>\r
-<HR>\r
-<DL>\r
-<DT><PRE>public class <B>Parameter&lt;T&gt;</B><DT>extends <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;T&gt;</DL>\r
-</PRE>\r
-\r
-<P>\r
-A single value containing an option supported by the web service e.g.
- seqType=protein. Where seqType is a optionName and protein is one of
- possibleValues\r
-<P>\r
-\r
-<P>\r
-<DL>\r
-<DT><B>Version:</B></DT>\r
-  <DD>1.0 November 2009</DD>\r
-<DT><B>Author:</B></DT>\r
-  <DD>pvtroshin</DD>\r
-<DT><B>See Also:</B><DD><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Option</CODE></A>, \r
-<A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata"><CODE>Argument</CODE></A></DL>\r
-<HR>\r
-\r
-<P>\r
-\r
-<!-- ======== CONSTRUCTOR SUMMARY ======== -->\r
-\r
-<A NAME="constructor_summary"><!-- --></A>\r
-<TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
-<TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
-<TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
-<B>Constructor Summary</B></FONT></TH>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#Parameter(java.lang.String, java.lang.String)">Parameter</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;name,\r
-          <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;description)</CODE>\r
-\r
-<BR>\r
-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
-</TR>\r
-</TABLE>\r
-&nbsp;\r
-<!-- ========== METHOD SUMMARY =========== -->\r
-\r
-<A NAME="method_summary"><!-- --></A>\r
-<TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
-<TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
-<TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
-<B>Method Summary</B></FONT></TH>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#addOptionNames(java.lang.String...)">addOptionNames</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>...&nbsp;value)</CODE>\r
-\r
-<BR>\r
-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Adds an option to the optionName list</TD>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#addPossibleValues(java.lang.String...)">addPossibleValues</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>...&nbsp;value)</CODE>\r
-\r
-<BR>\r
-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#equals(java.lang.Object)">equals</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A>&nbsp;obj)</CODE>\r
-\r
-<BR>\r
-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#getOptionName()">getOptionName</A></B>()</CODE>\r
-\r
-<BR>\r
-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#getPossibleValues()">getPossibleValues</A></B>()</CODE>\r
-\r
-<BR>\r
-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;List is more convenient to work with</TD>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/ValueConstrain.html" title="class in compbio.metadata">ValueConstrain</A></CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#getValidValue()">getValidValue</A></B>()</CODE>\r
-\r
-<BR>\r
-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;int</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#hashCode()">hashCode</A></B>()</CODE>\r
-\r
-<BR>\r
-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#setDefaultValue(java.lang.String)">setDefaultValue</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;defaultVal)</CODE>\r
-\r
-<BR>\r
-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Sets one of the values defined in optionList as default.</TD>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#setOptionName(java.lang.String)">setOptionName</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;optionName)</CODE>\r
-\r
-<BR>\r
-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#setOptionNames(java.util.Set)">setOptionNames</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;&nbsp;optionName)</CODE>\r
-\r
-<BR>\r
-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#setPossibleValues(java.util.Set)">setPossibleValues</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;&nbsp;possibleValues)</CODE>\r
-\r
-<BR>\r
-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#setValidValue(compbio.metadata.ValueConstrain)">setValidValue</A></B>(<A HREF="../../compbio/metadata/ValueConstrain.html" title="class in compbio.metadata">ValueConstrain</A>&nbsp;validValue)</CODE>\r
-\r
-<BR>\r
-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#toCommand(java.lang.String)">toCommand</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;nameValueSeparator)</CODE>\r
-\r
-<BR>\r
-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Convert the option to the command string.</TD>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
-<CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#toString()">toString</A></B>()</CODE>\r
-\r
-<BR>\r
-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
-</TR>\r
-</TABLE>\r
-&nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_compbio.metadata.Option"><!-- --></A>\r
-<TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
-<TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
-<TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class compbio.metadata.<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A></B></TH>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#getDefaultValue()">getDefaultValue</A>, <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#getDescription()">getDescription</A>, <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#getFurtherDetails()">getFurtherDetails</A>, <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#getName()">getName</A>, <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#getOptionNames()">getOptionNames</A>, <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#isRequired()">isRequired</A>, <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setDescription(java.lang.String)">setDescription</A>, <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setFurtherDetails(java.net.URL)">setFurtherDetails</A>, <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setName(java.lang.String)">setName</A>, <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setRequired(boolean)">setRequired</A>, <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setValue(java.lang.String)">setValue</A></CODE></TD>\r
-</TR>\r
-</TABLE>\r
-&nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_java.lang.Object"><!-- --></A>\r
-<TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
-<TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
-<TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></B></TH>\r
-</TR>\r
-<TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#getClass()" title="class or interface in java.lang">getClass</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notify()" title="class or interface in java.lang">notify</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notifyAll()" title="class or interface in java.lang">notifyAll</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait()" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long)" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long, int)" title="class or interface in java.lang">wait</A></CODE></TD>\r
-</TR>\r
-</TABLE>\r
-&nbsp;\r
-<P>\r
-\r
-<!-- ========= CONSTRUCTOR DETAIL ======== -->\r
-\r
-<A NAME="constructor_detail"><!-- --></A>\r
-<TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
-<TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
-<TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
-<B>Constructor Detail</B></FONT></TH>\r
-</TR>\r
-</TABLE>\r
-\r
-<A NAME="Parameter(java.lang.String, java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
-Parameter</H3>\r
-<PRE>\r
-public <B>Parameter</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;name,\r
-                 <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;description)</PRE>\r
-<DL>\r
-</DL>\r
-\r
-<!-- ============ METHOD DETAIL ========== -->\r
-\r
-<A NAME="method_detail"><!-- --></A>\r
-<TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
-<TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
-<TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
-<B>Method Detail</B></FONT></TH>\r
-</TR>\r
-</TABLE>\r
-\r
-<A NAME="getValidValue()"><!-- --></A><H3>\r
-getValidValue</H3>\r
-<PRE>\r
-public <A HREF="../../compbio/metadata/ValueConstrain.html" title="class in compbio.metadata">ValueConstrain</A> <B>getValidValue</B>()</PRE>\r
-<DL>\r
-<DD><DL>\r
-</DL>\r
-</DD>\r
-</DL>\r
-<HR>\r
-\r
-<A NAME="setValidValue(compbio.metadata.ValueConstrain)"><!-- --></A><H3>\r
-setValidValue</H3>\r
-<PRE>\r
-public void <B>setValidValue</B>(<A HREF="../../compbio/metadata/ValueConstrain.html" title="class in compbio.metadata">ValueConstrain</A>&nbsp;validValue)</PRE>\r
-<DL>\r
-<DD><DL>\r
-</DL>\r
-</DD>\r
-</DL>\r
-<HR>\r
-\r
-<A NAME="toString()"><!-- --></A><H3>\r
-toString</H3>\r
-<PRE>\r
-public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>toString</B>()</PRE>\r
-<DL>\r
-<DD><DL>\r
-<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#toString()">toString</A></CODE> in class <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="type parameter in Parameter">T</A>&gt;</CODE></DL>\r
-</DD>\r
-<DD><DL>\r
-</DL>\r
-</DD>\r
-</DL>\r
-<HR>\r
-\r
-<A NAME="toCommand(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
-toCommand</H3>\r
-<PRE>\r
-public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>toCommand</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;nameValueSeparator)</PRE>\r
-<DL>\r
-<DD><B>Description copied from class: <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#toCommand(java.lang.String)">Option</A></CODE></B></DD>\r
-<DD>Convert the option to the command string.\r
-<P>\r
-<DD><DL>\r
-<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#toCommand(java.lang.String)">toCommand</A></CODE> in class <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="type parameter in Parameter">T</A>&gt;</CODE></DL>\r
-</DD>\r
-<DD><DL>\r
-\r
-<DT><B>Returns:</B><DD>If only one optionName is defined, than it is returned, if many
-         option names are defined, then the defaultValue is returned.
-         Option must have a default value if there are many optionNames to
-         be valid.</DL>\r
-</DD>\r
-</DL>\r
-<HR>\r
-\r
-<A NAME="equals(java.lang.Object)"><!-- --></A><H3>\r
-equals</H3>\r
-<PRE>\r
-public boolean <B>equals</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A>&nbsp;obj)</PRE>\r
-<DL>\r
-<DD><DL>\r
-<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#equals(java.lang.Object)">equals</A></CODE> in class <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="type parameter in Parameter">T</A>&gt;</CODE></DL>\r
-</DD>\r
-<DD><DL>\r
-</DL>\r
-</DD>\r
-</DL>\r
-<HR>\r
-\r
-<A NAME="getPossibleValues()"><!-- --></A><H3>\r
-getPossibleValues</H3>\r
-<PRE>\r
-public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt; <B>getPossibleValues</B>()</PRE>\r
-<DL>\r
-<DD>List is more convenient to work with\r
-<P>\r
-<DD><DL>\r
-<DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html#getPossibleValues()">getPossibleValues</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata">Argument</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="type parameter in Parameter">T</A>&gt;</CODE><DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#getPossibleValues()">getPossibleValues</A></CODE> in class <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="type parameter in Parameter">T</A>&gt;</CODE></DL>\r
-</DD>\r
-<DD><DL>\r
-\r
-<DT><B>Returns:</B><DD>List of String</DL>\r
-</DD>\r
-</DL>\r
-<HR>\r
-\r
-<A NAME="setPossibleValues(java.util.Set)"><!-- --></A><H3>\r
-setPossibleValues</H3>\r
-<PRE>\r
-public void <B>setPossibleValues</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;&nbsp;possibleValues)</PRE>\r
-<DL>\r
-<DD><DL>\r
-</DL>\r
-</DD>\r
-</DL>\r
-<HR>\r
-\r
-<A NAME="addPossibleValues(java.lang.String...)"><!-- --></A><H3>\r
-addPossibleValues</H3>\r
-<PRE>\r
-public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt; <B>addPossibleValues</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>...&nbsp;value)</PRE>\r
-<DL>\r
-<DD><DL>\r
-</DL>\r
-</DD>\r
-</DL>\r
-<HR>\r
-\r
-<A NAME="hashCode()"><!-- --></A><H3>\r
-hashCode</H3>\r
-<PRE>\r
-public int <B>hashCode</B>()</PRE>\r
-<DL>\r
-<DD><DL>\r
-<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#hashCode()">hashCode</A></CODE> in class <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="type parameter in Parameter">T</A>&gt;</CODE></DL>\r
-</DD>\r
-<DD><DL>\r
-</DL>\r
-</DD>\r
-</DL>\r
-<HR>\r
-\r
-<A NAME="setOptionNames(java.util.Set)"><!-- --></A><H3>\r
-setOptionNames</H3>\r
-<PRE>\r
-public void <B>setOptionNames</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;&nbsp;optionName)</PRE>\r
-<DL>\r
-<DD><DL>\r
-<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setOptionNames(java.util.Set)">setOptionNames</A></CODE> in class <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="type parameter in Parameter">T</A>&gt;</CODE></DL>\r
-</DD>\r
-<DD><DL>\r
-</DL>\r
-</DD>\r
-</DL>\r
-<HR>\r
-\r
-<A NAME="addOptionNames(java.lang.String...)"><!-- --></A><H3>\r
-addOptionNames</H3>\r
-<PRE>\r
-public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt; <B>addOptionNames</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>...&nbsp;value)</PRE>\r
-<DL>\r
-<DD><B>Description copied from class: <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#addOptionNames(java.lang.String...)">Option</A></CODE></B></DD>\r
-<DD>Adds an option to the optionName list\r
-<P>\r
-<DD><DL>\r
-<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#addOptionNames(java.lang.String...)">addOptionNames</A></CODE> in class <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="type parameter in Parameter">T</A>&gt;</CODE></DL>\r
-</DD>\r
-<DD><DL>\r
-\r
-<DT><B>Returns:</B><DD>modified optionName list</DL>\r
-</DD>\r
-</DL>\r
-<HR>\r
-\r
-<A NAME="getOptionName()"><!-- --></A><H3>\r
-getOptionName</H3>\r
-<PRE>\r
-public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getOptionName</B>()</PRE>\r
-<DL>\r
-<DD><DL>\r
-</DL>\r
-</DD>\r
-</DL>\r
-<HR>\r
-\r
-<A NAME="setOptionName(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
-setOptionName</H3>\r
-<PRE>\r
-public void <B>setOptionName</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;optionName)</PRE>\r
-<DL>\r
-<DD><DL>\r
-</DL>\r
-</DD>\r
-</DL>\r
-<HR>\r
-\r
-<A NAME="setDefaultValue(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
-setDefaultValue</H3>\r
-<PRE>\r
-public void <B>setDefaultValue</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;defaultVal)\r
-                     throws <A HREF="../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></PRE>\r
-<DL>\r
-<DD><B>Description copied from class: <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setDefaultValue(java.lang.String)">Option</A></CODE></B></DD>\r
-<DD>Sets one of the values defined in optionList as default. Attempting set
- the value not listed there will result in WrongParameter exception\r
-<P>\r
-<DD><DL>\r
-<DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setDefaultValue(java.lang.String)">setDefaultValue</A></CODE> in class <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="type parameter in Parameter">T</A>&gt;</CODE></DL>\r
-</DD>\r
-<DD><DL>\r
-\r
-<DT><B>Throws:</B>\r
-<DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></CODE> - is thrown if the defaultValue is not found in optionList</DL>\r
-</DD>\r
-</DL>\r
-<!-- ========= END OF CLASS DATA ========= -->\r
-<HR>\r
-\r
-\r
-<!-- ======= START OF BOTTOM NAVBAR ====== -->\r
-<A NAME="navbar_bottom"><!-- --></A>\r
-<A HREF="#skip-navbar_bottom" title="Skip navigation links"></A>\r
-<TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
-<TR>\r
-<TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
-<A NAME="navbar_bottom_firstrow"><!-- --></A>\r
-<TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
-  <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
-  <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
-  <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
-  <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Class</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
-  <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="class-use/Parameter.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
-  <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
-  <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
-  <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
-  <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
-  </TR>\r
-</TABLE>\r
-</TD>\r
-<TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
-</EM>\r
-</TD>\r
-</TR>\r
-\r
-<TR>\r
-<TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
-&nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata"><B>PREV CLASS</B></A>&nbsp;\r
-&nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
-<TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
-  <A HREF="../../index.html?compbio/metadata/Parameter.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
-&nbsp;<A HREF="Parameter.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
-&nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
-  <!--\r
-  if(window==top) {\r
-    document.writeln('<A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
-  }\r
-  //-->\r
-</SCRIPT>\r
-<NOSCRIPT>\r
-  <A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
-</NOSCRIPT>\r
-\r
-\r
-</FONT></TD>\r
-</TR>\r
-<TR>\r
-<TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
-  SUMMARY:&nbsp;NESTED&nbsp;|&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_summary">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
-<TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
-DETAIL:&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_detail">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_detail">METHOD</A></FONT></TD>\r
-</TR>\r
-</TABLE>\r
-<A NAME="skip-navbar_bottom"></A>\r
-<!-- ======== END OF BOTTOM NAVBAR ======= -->\r
-\r
-<HR>\r
-\r
-</BODY>\r
-</HTML>\r