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remove old datamodel javadoc
[jabaws.git] / website / full_javadoc / compbio / pipeline / _jpred / BlastParser.html
diff --git a/website/full_javadoc/compbio/pipeline/_jpred/BlastParser.html b/website/full_javadoc/compbio/pipeline/_jpred/BlastParser.html
index f15b429..c23eef6 100644 (file)
--- a/website/full_javadoc/compbio/pipeline/_jpred/BlastParser.html
+++ b/website/full_javadoc/compbio/pipeline/_jpred/BlastParser.html
@@ -2,12 +2,12 @@
 <!--NewPage-->\r
 <HTML>\r
 <HEAD>\r
-<!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_14) on Wed Feb 17 16:46:50 GMT 2010 -->\r
+<!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_24) on Fri Aug 12 14:32:35 BST 2011 -->\r
 <TITLE>\r
 BlastParser\r
 </TITLE>\r
 \r
-<META NAME="date" CONTENT="2010-02-17">\r
+<META NAME="date" CONTENT="2011-08-12">\r
 \r
 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
 \r
@@ -55,8 +55,8 @@ function windowTitle()
 \r
 <TR>\r
 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
-&nbsp;PREV CLASS&nbsp;\r
-&nbsp;<A HREF="../../../compbio/pipeline/_jpred/Jpred4.html" title="class in compbio.pipeline._jpred"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
+&nbsp;<A HREF="../../../compbio/pipeline/_jpred/BlastHmmerComparator.html" title="class in compbio.pipeline._jpred"><B>PREV CLASS</B></A>&nbsp;\r
+&nbsp;<A HREF="../../../compbio/pipeline/_jpred/Hit.html" title="class in compbio.pipeline._jpred"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
   <A HREF="../../../index.html?compbio/pipeline/_jpred/BlastParser.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 &nbsp;<A HREF="BlastParser.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
@@ -92,12 +92,12 @@ compbio.pipeline._jpred</FONT>
 <BR>\r
 Class BlastParser</H2>\r
 <PRE>\r
-java.lang.Object\r
+<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">java.lang.Object</A>\r
   <IMG SRC="../../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><B>compbio.pipeline._jpred.BlastParser</B>\r
 </PRE>\r
 <HR>\r
 <DL>\r
-<DT><PRE>public class <B>BlastParser</B><DT>extends java.lang.Object</DL>\r
+<DT><PRE>public class <B>BlastParser</B><DT>extends <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></DL>\r
 </PRE>\r
 \r
 <P>\r
@@ -114,7 +114,7 @@ java.lang.Object
 <B>Constructor Summary</B></FONT></TH>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/pipeline/_jpred/BlastParser.html#BlastParser()">BlastParser</A></B>()</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/pipeline/_jpred/BlastParser.html#BlastParser(java.lang.String)">BlastParser</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;file)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
@@ -132,7 +132,7 @@ java.lang.Object
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 <CODE>static&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
-<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/pipeline/_jpred/BlastParser.html#main(java.lang.String[])">main</A></B>(java.lang.String[]&nbsp;args)</CODE>\r
+<TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/pipeline/_jpred/BlastParser.html#main(java.lang.String[])">main</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>[]&nbsp;args)</CODE>\r
 \r
 <BR>\r
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;args[0] is assumed to be the name of a Blast output file</TD>\r
@@ -141,10 +141,10 @@ java.lang.Object
 &nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_java.lang.Object"><!-- --></A>\r
 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
-<TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.Object</B></TH>\r
+<TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></B></TH>\r
 </TR>\r
 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
-<TD><CODE>equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait</CODE></TD>\r
+<TD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#equals(java.lang.Object)" title="class or interface in java.lang">equals</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#getClass()" title="class or interface in java.lang">getClass</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#hashCode()" title="class or interface in java.lang">hashCode</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notify()" title="class or interface in java.lang">notify</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notifyAll()" title="class or interface in java.lang">notifyAll</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#toString()" title="class or interface in java.lang">toString</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait()" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long)" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long, int)" title="class or interface in java.lang">wait</A></CODE></TD>\r
 </TR>\r
 </TABLE>\r
 &nbsp;\r
@@ -160,11 +160,18 @@ java.lang.Object
 </TR>\r
 </TABLE>\r
 \r
-<A NAME="BlastParser()"><!-- --></A><H3>\r
+<A NAME="BlastParser(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 BlastParser</H3>\r
 <PRE>\r
-public <B>BlastParser</B>()</PRE>\r
+public <B>BlastParser</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;file)\r
+            throws <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/io/FileNotFoundException.html?is-external=true" title="class or interface in java.io">FileNotFoundException</A>,\r
+                   <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/javax/xml/stream/XMLStreamException.html?is-external=true" title="class or interface in javax.xml.stream">XMLStreamException</A></PRE>\r
 <DL>\r
+<DL>\r
+\r
+<DT><B>Throws:</B>\r
+<DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/io/FileNotFoundException.html?is-external=true" title="class or interface in java.io">FileNotFoundException</A></CODE>\r
+<DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/javax/xml/stream/XMLStreamException.html?is-external=true" title="class or interface in javax.xml.stream">XMLStreamException</A></CODE></DL>\r
 </DL>\r
 \r
 <!-- ============ METHOD DETAIL ========== -->\r
@@ -180,17 +187,17 @@ public <B>BlastParser</B>()</PRE>
 <A NAME="main(java.lang.String[])"><!-- --></A><H3>\r
 main</H3>\r
 <PRE>\r
-public static void <B>main</B>(java.lang.String[]&nbsp;args)\r
-                 throws java.io.FileNotFoundException,\r
-                        javax.xml.stream.XMLStreamException</PRE>\r
+public static void <B>main</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>[]&nbsp;args)\r
+                 throws <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/io/FileNotFoundException.html?is-external=true" title="class or interface in java.io">FileNotFoundException</A>,\r
+                        <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/javax/xml/stream/XMLStreamException.html?is-external=true" title="class or interface in javax.xml.stream">XMLStreamException</A></PRE>\r
 <DL>\r
 <DD>args[0] is assumed to be the name of a Blast output file\r
 <P>\r
 <DD><DL>\r
 \r
 <DT><B>Throws:</B>\r
-<DD><CODE>javax.xml.stream.XMLStreamException</CODE>\r
-<DD><CODE>java.io.FileNotFoundException</CODE></DL>\r
+<DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/javax/xml/stream/XMLStreamException.html?is-external=true" title="class or interface in javax.xml.stream">XMLStreamException</A></CODE>\r
+<DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/io/FileNotFoundException.html?is-external=true" title="class or interface in java.io">FileNotFoundException</A></CODE></DL>\r
 </DD>\r
 </DL>\r
 <!-- ========= END OF CLASS DATA ========= -->\r
@@ -224,8 +231,8 @@ public static void <B>main</B>(java.lang.String[]&nbsp;args)
 \r
 <TR>\r
 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
-&nbsp;PREV CLASS&nbsp;\r
-&nbsp;<A HREF="../../../compbio/pipeline/_jpred/Jpred4.html" title="class in compbio.pipeline._jpred"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
+&nbsp;<A HREF="../../../compbio/pipeline/_jpred/BlastHmmerComparator.html" title="class in compbio.pipeline._jpred"><B>PREV CLASS</B></A>&nbsp;\r
+&nbsp;<A HREF="../../../compbio/pipeline/_jpred/Hit.html" title="class in compbio.pipeline._jpred"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
   <A HREF="../../../index.html?compbio/pipeline/_jpred/BlastParser.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 &nbsp;<A HREF="BlastParser.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r