Set right permissions for Jpred binaries

Made the binary executable at ningal

New set of presets for Jpred

New Jpred parameters and new set of Jpred presets

Fix problem with wrong casting Alignment -> JpredAlignment

Add SS prediction for multiple aligment into jpred.pl. Before this was a part of another script

Remove un-necessary Axis servlets

More commands...

Fix problem with the JpredWS service. Now Jws2Client is able to test the service

Log file for preparing of new version of wsdl and xsd files for all services

Improved Bld file

New version of wsdl and xsd files for all services

Re-formatting the file

File with main building commands

Add "safe type casting" warnings

Fix problem with unknown services ("forward" compatibility)

Add "safe type cast" warnings

Add lost description of RNAalifold from ViennaRNA

Merge branch 'JABAWS_Release_2_5' into develop

Conflicts:
.project
WEB-INF/sun-jaxws.xml
conf/Executable.properties
testsrc/compbio/data/sequence/SequenceUtilTester.java
webservices/compbio/data/msa/Category.java
webservices/compbio/ws/client/Jws2Client.java
webservices/compbio/ws/client/Services.java
webservices/compbio/ws/client/WSTester.java
webservices/compbio/ws/server/WSUtil.java
webservices/compbio/ws/server/resource/AAConWS.wsdl
webservices/compbio/ws/server/resource/AAConWS_schema1.xsd
webservices/compbio/ws/server/resource/ClustalWS.wsdl
webservices/compbio/ws/server/resource/ClustalWS_schema1.xsd
webservices/compbio/ws/server/resource/DisemblWS.wsdl
webservices/compbio/ws/server/resource/DisemblWS_schema1.xsd
webservices/compbio/ws/server/resource/GlobPlotWS.wsdl
webservices/compbio/ws/server/resource/GlobPlotWS_schema1.xsd
webservices/compbio/ws/server/resource/IUPredWS.wsdl
webservices/compbio/ws/server/resource/IUPredWS_schema1.xsd
webservices/compbio/ws/server/resource/JronnWS.wsdl
webservices/compbio/ws/server/resource/JronnWS_schema1.xsd
webservices/compbio/ws/server/resource/MafftWS.wsdl
webservices/compbio/ws/server/resource/MafftWS_schema1.xsd
webservices/compbio/ws/server/resource/MuscleWS.wsdl
webservices/compbio/ws/server/resource/MuscleWS_schema1.xsd
webservices/compbio/ws/server/resource/RegistryWS.wsdl
webservices/compbio/ws/server/resource/RegistryWS_schema1.xsd
webservices/compbio/ws/server/resource/TcoffeeWS.wsdl
webservices/compbio/ws/server/resource/TcoffeeWS_schema1.xsd
wsbuild.xml

Merge branch 'JABAWS_Release_2_5' of https://source.jalview.org/git/jabaws into JABAWS_Release_2_5

Regenerate wsdl-s

Switch to olde namespace

Different code style

Switch JpredWS from SequenceAnnotation to MsaWS

Fix problem with path to the UNIREF database

Change project name

Fix problem with test data for RNAalifold

Replace logo files

Change version: 2.0.1 -> 2.5

Fix logging problem

Add missing binaty and statis library

Add missing doc files

Replace Progs/RNAalifold with x64 binary and add all other programs

Roll back JpredWS JABAWS namespace: from V3 to V2. V3 will be a Matrix

Fix a bug with wrong namespace

Use "right" namespace, i.e. the name from JABAService

Change JAXWS java code and wsdl for changed methods in RegistryWS

Other necessary changes

New version of the JABAWS client

Add new method

Add new V3 namespace

Add method for reporting JABAWS namespace

report both operating and non-operating services

Changes which allow JpredWS test

Improved help message

merged conf/Executable.properties

Parameter bug fixed, Jalview will now run some parameters

A secondary parameters file with some Jalview friendly parameters

JWS-71 - nominal Limits for RNAFold service - necessary so 'drmaa
library not found' exception isn't raised when submitting to cluster

Clean-up, refactoring, commenting. Parameters file containts only options since Jalview still can't deal with them

JWS-69 RNAalifold Linux Binary

Merge branch 'RNAalifold' of https://source.jalview.org/git/jabaws into RNAalifold

conf/Executable.properties and compilebin.sh updated for linux.

Category.java updated to include new category for RNA folding. RNAalifoldParameters.xml cut down to a number of parameters which I think are needed and which work easily with Jalview

WSTester updated to work plus hopefully all the other changes that need to go into the remote.

Import RNAalifold removed from RNAStructReader. @XmlSeeAlso line added
to ScoreManager.

Reverted some testing changes in TestRNAalifoldWS so that it will run
successfully.

Reverted some changes I made for testing back to their original states.

A third commit where there should have been one.... Everything is here
now I hope.

Update the last commit which missed some files. RNAStructScoreManager
replacing RNAStruct. Webservices returns ScoreManager!?!-

RNAStruct replaced by RNAStructScoreManager. Why does webservice
getAnnotation method still return a ScoreManager Not an
RNAStructScoreManager?!?

Webservices Actually working with ScoreManager

Webservice working with ScoreManager

Webservice Updated for scoremanager but I think I broke something on the way.

Alifold results are now parsed and stored in a ScoreManager object

Webservice which implements FoldWS and returns String. Parameters.xml file
updated in line with the RunnerConfig schema.

Merge branch 'JABAWS_Release_2_5' of https://source.jalview.org/git/jabaws into JABAWS_Release_2_5

improve instruction for new web services

Fix problem with unknown global constants

Re-generated wsdl for old web services

JpredWS code and codes which provide support for JpredWS

Regenerated classes. No significant changes

Prepare JABAWS for generation of wsdl for Jpred

Add untracked dir

Add a file with the runnig command and environment in each wrok dir

Improve coding style

Change header

change header

Add untracked dir

Add a file with the runnig command and environment in each wrok dir

Improve coding style

change header

Change header

1st working Jpred tester

Check and correct several runner testers

Remove unused global varibles

Add test of parser of Jpred output

uncomment limit files in order to make some tests successful

Add results of tests of Jpred

Add Jpred result files

Webservice works! but only supports some parameters. Replacing RNAstuct
with String.

Necessary modifications in JABAWS for Jpred

Describe new parameters of Jpred

Modify Jpred for JABAWS

Simple datamodel for RNAalifold.exe output and method to convert from
fasta to clustal format and write clustal input files.

Parameters Tester updated. Untested webservice code. generate xsd/wsdl?

Basic Testing Setup, no getResults method yet

Add Java wrapper class for Jpred

Re-format configuration files

add results of one Jpred test

Add converion Jpred output from align/jnet to fasta