README

   1 Jalview Readme
   2 For Jims Branch!
   3 --------------
   4
   5
   6 The source is available as a tar file and comes complete with the GNU General Public License.
   7
   8 To build the application you will need a J2SDK 1.5+.
   9
  10 An Ant build file (build.xml) is provided, you will need to install Apache Ant first.
  11 Run ant to view usage which will display a list of useful build targets.
  12
  13 You may also be able to use Borland JBuilder to build Jalview. A JBuilder project file
  14 (JalviewX.jpx, JalviewApplet.jpx) for both application and applet is provided,
  15 but the library dependencies are almost certainly out of date. See the build.xml
  16 for current dependencies.
  17
  18 For more help, read the file doc/building.html
  19
  20
  21 ##################
  22
  23 To run application:
  24
  25 java -Djava.ext.dirs=JALVIEW_HOME/lib -cp JALVIEW_HOME/jalview.jar jalview.bin.Jalview
  26
  27 Replace JALVIEW_HOME with the full path to Jalview Installation Directory.
  28
  29 ##################
  30
  31
  32 If you use a proxy server add
  33
  34 -Dhttp.proxyServer=YOUR.SERVER -Dhttp.proxyPort=YOURPORT
  35
  36 If the proxy server requires authentication, add
  37
  38 -Dhttp.proxyUser=USERNAME -Dhttp.proxyPassword=PASSWORD