JAL-3516 SwingJS fix
[jalview.git] / THIRDPARTYLIBS
1 The Jalview Desktop relies on a number of third-party libraries.
2 These can be found in the lib directory, with additional compile
3 time dependencies in the utils directory.
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5 A number of sources have also been adapted for incorporation into Jalview's source tree
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7 ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2 includes sources originally developed by Scooter Morris and Nadezhda Doncheva for the Cytoscape StructureViz2 plugin. It is released under the Berkley license and we hereby acknowledge its original copyright is held by the UCSF Computer Graphics Laboratory
8  and the software was developed with support by the NIH National Center for Research Resources, grant P41-RR01081. 
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10  jalview.ext.android includes code taken from the Android Open Source Project (https://android.googlesource.com/platform/frameworks/base/+/master/core/java/android/util).
11  The Apache 2.0 Licence (http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0) is acknowledged in the source code.
12  org.stackoverflowusers.file.WindowsShortcuts was downloaded from http://github.com/codebling/WindowsShortcuts via https://stackoverflow.com/questions/309495/windows-shortcut-lnk-parser-in-java 
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14 Licensing information for each library is given below:
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16 JGoogleAnalytics_0.3.jar        APL 2.0 License - http://code.google.com/p/jgoogleanalytics/
17 Jmol-14.6.4_2016.10.26.jar      GPL/LGPLv2 http://sourceforge.net/projects/jmol/files/
18 VARNAv3-93.jar GPL licenced software by K�vin Darty, Alain Denise and Yann Ponty. http://varna.lri.fr
19 activation.jar  
20 apache-mime4j-0.6.jar
21 axis.jar
22 castor-1.1-cycle-xml.jar
23 commons-codec-1.3.jar
24 commons-discovery.jar
25 commons-logging-1.1.1.jar
26 commons-logging.jar
27 commons-net-3.3.jar
28 groovy-all-2.4.6-indy.jar       APL 2.0 License - downloaded and extracted from https://dl.bintray.com/groovy/maven/apache-groovy-binary-2.4.6.zip
29 httpclient-4.0.3.jar
30 httpcore-4.0.1.jar
31 httpmime-4.0.3.jar
32 jaxrpc.jar
33 jhall.jar
34 jswingreader-0.3.jar : Apache license - built from http://jswingreader.sourceforge.net/ svn/trunk v12
35 log4j-1.2.8.jar
36 mail.jar
37 miglayout-4.0-swing.jar BSD http://www.migcalendar.com/miglayout/versions/4.0/license.txt
38 min-jaba-client.jar
39 regex.jar
40 saaj.jar
41 vamsas-client.jar
42 wsdl4j.jar
43 xercesImpl.jar
44 xml-apis.jar
45 json_simple-1.1.jar : Apache 2.0 license : downloaded from https://code.google.com/p/json-simple/downloads/list (will move to 1.1.1 version when jalview is mavenised and osgi-ised)
46 jfreesvg-2.1.jar : GPL v3 licensed library from the JFree suite: http://www.jfree.org/jfreesvg/
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48 quaqua: v.8.0 (latest stable) by Randel S Hofer. LGPL and BSD Modified license: downloaded from http://www.randelshofer.ch/quaqua/ 
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50 vaqua5-patch: This is a patched version of VAqua v5 (latest stable) by Alan Snyder et al. GPLv3 with Classpath exception, also includes contributions from Quaqua: http://violetlib.org/vaqua/overview.html - see doc/patching-vaqua.txt for patch details, and http://issues.jalview.org/browse/JAL-2988 for details of the bug that the patch addresses.
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52 lib/htsjdk-2.12.jar: built from maven master at https://github.com/samtools/htsjdk MIT License to Broad Institute
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54 lib/biojava-core-4.1.0.jar LGPLv2.1 - latest license at https://github.com/biojava/biojava/blob/master/LICENSE
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56 lib/biojava-ontology-4.1.0.jar LGPLv2.1 - latest license at https://github.com/biojava/biojava/blob/master/LICENSE
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59 Libraries for Test Suite
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61 utils/classgraph-4.1.6.jar: BSD License - allows recovery of classpath for programmatic construction of a Java command line to launch Jalview
62                       version 4.1.6 downloaded from https://mvnrepository.com/artifact/io.github.classgraph/classgraph/4.1.6
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65 Additional dependencies
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67 examples/javascript/deployJava.js : http://java.com/js/deployJava.js
68 examples/javascript/jquery*.js : BSD license
69 examples/javascript/jshashtable-2.1.js : Apache License
70 examples/javascript/facebox-1.3.js : MTI License - http://www.opensource.org/licenses/mit-license.php
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