THIRDPARTYLIBS

   1 The Jalview Desktop relies on a number of third-party libraries.
   2 These can be found in the lib directory, with additional compile
   3 time dependencies in the utils directory.
   4
   5 A number of sources have also been adapted for incorporation into Jalview's source tree
   6
   7 ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2 includes sources originally developed by Scooter Morris and Nadezhda Doncheva for the Cytoscape StructureViz2 plugin. It is released under the Berkley license and we hereby acknowledge its original copyright is held by the UCSF Computer Graphics Laboratory
   8  and the software was developed with support by the NIH National Center for Research Resources, grant P41-RR01081.
   9
  10  jalview.ext.android includes code taken from the Android Open Source Project (https://android.googlesource.com/platform/frameworks/base/+/master/core/java/android/util).
  11  The Apache 2.0 Licence (http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0) is acknowledged in the source code.
  12  org.stackoverflowusers.file.WindowsShortcuts was downloaded from http://github.com/codebling/WindowsShortcuts via https://stackoverflow.com/questions/309495/windows-shortcut-lnk-parser-in-java
  13
  14 Licensing information for each library is given below:
  15
  16 JGoogleAnalytics_0.3.jar        APL 2.0 License - http://code.google.com/p/jgoogleanalytics/
  17 Jmol-14.6.4_2016.10.26.jar      GPL/LGPLv2 http://sourceforge.net/projects/jmol/files/
  18 VARNAv3-93.jar GPL licenced software by K�vin Darty, Alain Denise and Yann Ponty. http://varna.lri.fr
  19 activation.jar
  20 apache-mime4j-0.6.jar
  21 axis.jar
  22 castor-1.1-cycle-xml.jar
  23 commons-codec-1.3.jar
  24 commons-discovery.jar
  25 commons-logging-1.1.1.jar
  26 commons-logging.jar
  27 commons-net-3.3.jar
  28 groovy-all-2.4.6-indy.jar       APL 2.0 License - downloaded and extracted from https://dl.bintray.com/groovy/maven/apache-groovy-binary-2.4.6.zip
  29 httpclient-4.0.3.jar
  30 httpcore-4.0.1.jar
  31 httpmime-4.0.3.jar
  32 jaxrpc.jar
  33 jdas-1.0.4.jar : Apache License - built from http://code.google.com/p/jdas/ (29th Feb 2012)
  34 jhall.jar
  35 jswingreader-0.3.jar : Apache license - built from http://jswingreader.sourceforge.net/ svn/trunk v12
  36 log4j-1.2.8.jar
  37 mail.jar
  38 miglayout-4.0-swing.jar BSD http://www.migcalendar.com/miglayout/versions/4.0/license.txt
  39 min-jaba-client.jar
  40 regex.jar
  41 saaj.jar
  42 spring-core-3.0.5.RELEASE.jar : Apache License: jdas runtime dependencies retrieved via maven
  43 spring-web-3.0.5.RELEASE.jar : Apache License: jdas runtime dependencies retrieved via maven
  44 vamsas-client.jar
  45 wsdl4j.jar
  46 xercesImpl.jar
  47 xml-apis.jar
  48 json_simple-1.1.jar : Apache 2.0 license : downloaded from https://code.google.com/p/json-simple/downloads/list (will move to 1.1.1 version when jalview is mavenised and osgi-ised)
  49 jfreesvg-2.1.jar : GPL v3 licensed library from the JFree suite: http://www.jfree.org/jfreesvg/
  50
  51 quaqua: v.8.0 (latest stable) by Randel S Hofer. LGPL and BSD Modified license: downloaded from http://www.randelshofer.ch/quaqua/
  52
  53 vaqua: v4 (latest stable) by Alan Snyder et al. GPLv2 with Classpathe xception, also includes contributions from Quaqua: ownloaded from http://violetlib.org/vaqua/overview.html
  54
  55 lib/htsjdk-1.120-SNAPSHOT.jar: (currently not required for 2.10) built from maven master at https://github.com/samtools/htsjdk MIT License to Broad Institute
  56
  57 lib/biojava-core-4.1.0.jar LGPLv2.1 - latest license at https://github.com/biojava/biojava/blob/master/LICENSE
  58
  59 lib/biojava-ontology-4.1.0.jar LGPLv2.1 - latest license at https://github.com/biojava/biojava/blob/master/LICENSE
  60
  61
  62 Additional dependencies
  63
  64 examples/javascript/deployJava.js : http://java.com/js/deployJava.js
  65 examples/javascript/jquery*.js : BSD license
  66 examples/javascript/jshashtable-2.1.js : Apache License
  67 examples/javascript/facebox-1.3.js : MTI License - http://www.opensource.org/licenses/mit-license.php
  68