build.gradle

   1 import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceTokens
   2 //import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceRegexp
   3 import org.gradle.internal.os.OperatingSystem
   4 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.*
   5
   6
   7 import groovy.transform.ExternalizeMethods
   8
   9 buildscript {
  10   dependencies {
  11     classpath 'org.openclover:clover:4.3.1'
  12     classpath 'org.apache.commons:commons-compress:1.18'
  13   }
  14 }
  15
  16 plugins {
  17   id 'java'
  18   id 'application'
  19   id 'eclipse'
  20   id 'com.github.johnrengelman.shadow' version '4.0.3'
  21   id 'com.install4j.gradle' version '7.0.9'
  22 }
  23
  24 repositories {
  25   jcenter()
  26   mavenCentral()
  27   mavenLocal()
  28   flatDir {
  29     dirs gradlePluginsDir
  30   }
  31 }
  32
  33 mainClassName = launcherClass
  34 def cloverInstrDir = file("$buildDir/$cloverSourcesInstrDir")
  35 def classes = "$jalviewDir/$classesDir"
  36
  37 if (clover.equals("true")) {
  38   use_clover = true
  39   classes = "$buildDir/$cloverClassesDir"
  40 } else {
  41   use_clover = false
  42   classes = "$jalviewDir/$classesDir"
  43 }
  44
  45 // configure classpath/args for j8/j11 compilation
  46
  47 def jalviewDirAbsolutePath = file(jalviewDir).getAbsolutePath()
  48 def libDir
  49 def libDistDir
  50 def compile_source_compatibility
  51 def compile_target_compatibility
  52
  53 ext {
  54   // where the getdown channel will be built.
  55   // TODO: consider allowing this expression to  be overridden by -P arg
  56   getdownWebsiteDir = jalviewDir + '/' + getdown_website_dir + '/' + JAVA_VERSION
  57   getdownAppDir = getdownWebsiteDir + '/' + getdown_app_dir
  58   //getdownJ11libDir = getdownWebsiteDir + '/' + getdown_j11lib_dir
  59   getdownResourceDir = getdownWebsiteDir + '/' + getdown_resource_dir
  60   getdownLauncher = jalviewDir + '/' + getdown_launcher
  61   getdownFilesDir = jalviewDir + '/' + getdown_files_dir + '/' + JAVA_VERSION + '/'
  62   getdown_app_base = getdown_channel_base+"/"+getdown_channel_name+"/"+JAVA_VERSION+"/"
  63   modules_compileClasspath = fileTree(dir: "$jalviewDir/$j11modDir", include: ["*.jar"])
  64   modules_runtimeClasspath = modules_compileClasspath
  65   gitHash = ""
  66   gitBranch = ""
  67 }
  68
  69 def JAVA_INTEGER_VERSION
  70 def additional_compiler_args = []
  71 // these are getdown.txt properties defined dependent on the JAVA_VERSION
  72 def getdown_alt_java_min_version
  73 // this property is assigned below and expanded to multiple lines in the getdown task
  74 def getdown_alt_multi_java_location
  75 // this property is for the Java library used in eclipse
  76 def eclipse_java_runtime_name
  77 if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
  78   JAVA_INTEGER_VERSION = "8"
  79   //libDir = j8libDir
  80   libDir = j11libDir
  81   libDistDir = j8libDir
  82   compile_source_compatibility = 1.8
  83   compile_target_compatibility = 1.8
  84   getdown_alt_java_min_version = getdown_alt_java8_min_version
  85   getdown_alt_multi_java_location = getdown_alt_java8_txt_multi_java_location
  86   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-1.8"
  87 } else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
  88   JAVA_INTEGER_VERSION = "11"
  89   libDir = j11libDir
  90   libDistDir = j11libDir
  91   compile_source_compatibility = 11
  92   compile_target_compatibility = 11
  93   getdown_alt_java_min_version = getdown_alt_java11_min_version
  94   getdown_alt_multi_java_location = getdown_alt_java11_txt_multi_java_location
  95   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
  96   additional_compiler_args += [
  97     '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
  98     '--add-modules', j11modules
  99   ]
 100 } else {
 101   throw new GradleException("JAVA_VERSION=$JAVA_VERSION not currently supported by Jalview")
 102 }
 103
 104 sourceSets {
 105
 106   main {
 107     java {
 108       srcDirs "$jalviewDir/$sourceDir"
 109       outputDir = file("$classes")
 110     }
 111
 112     resources {
 113       srcDirs "$jalviewDir/$resourceDir"
 114     }
 115
 116     jar.destinationDir = file("$jalviewDir/$packageDir")
 117
 118     compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
 119     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
 120
 121     runtimeClasspath = compileClasspath
 122   }
 123   clover {
 124     java {
 125       srcDirs = [ cloverInstrDir ]
 126       outputDir = file("${buildDir}/${cloverClassesDir}")
 127     }
 128
 129     resources {
 130       srcDirs = sourceSets.main.resources.srcDirs
 131     }
 132     compileClasspath = configurations.cloverRuntime + files( sourceSets.clover.java.outputDir )
 133     compileClasspath += files(sourceSets.main.java.outputDir)
 134     compileClasspath += sourceSets.main.compileClasspath
 135     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$utilsDir", include: ["**/*.jar"])
 136     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
 137
 138     runtimeClasspath = compileClasspath
 139   }
 140
 141   test {
 142     java {
 143       srcDirs "$jalviewDir/$testSourceDir"
 144       outputDir = file("$jalviewDir/$testOutputDir")
 145     }
 146
 147     resources {
 148       srcDirs = sourceSets.main.resources.srcDirs
 149     }
 150
 151     compileClasspath = files( sourceSets.test.java.outputDir )
 152
 153     if (use_clover) {
 154       compileClasspath += sourceSets.clover.compileClasspath
 155     } else {
 156       compileClasspath += files(sourceSets.main.java.outputDir)
 157     }
 158
 159     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$utilsDir", include: ["**/*.jar"])
 160     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
 161
 162     runtimeClasspath = compileClasspath
 163   }
 164 }
 165
 166 // clover bits
 167 dependencies {
 168   if (use_clover) {
 169     cloverCompile 'org.openclover:clover:4.3.1'
 170     testCompile 'org.openclover:clover:4.3.1'
 171   }
 172 }
 173
 174 configurations {
 175   cloverRuntime
 176   cloverRuntime.extendsFrom cloverCompile
 177 }
 178
 179 eclipse {
 180   project {
 181     name = "Jalview with gradle build"
 182
 183     natures 'org.eclipse.jdt.core.javanature',
 184         'org.eclipse.jdt.groovy.core.groovyNature',
 185         'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectnature'
 186
 187     buildCommand 'org.eclipse.jdt.core.javabuilder'
 188     buildCommand 'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectbuilder'
 189   }
 190
 191   classpath {
 192     //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.outputDir
 193     def removeThese = []
 194     configurations.each{ if (it.isCanBeResolved()) {
 195         removeThese += it
 196       }
 197     }
 198
 199     minusConfigurations += removeThese
 200     plusConfigurations = [ ]
 201     file {
 202
 203       whenMerged { cp ->
 204         def removeTheseToo = []
 205         HashMap<String, Boolean> addedSrcPath = new HashMap<>();
 206         cp.entries.each { entry ->
 207           if (entry.kind == 'src') {
 208             if (addedSrcPath.getAt(entry.path) || !(entry.path == "src" || entry.path == "test")) {
 209               removeTheseToo += entry
 210             } else {
 211               addedSrcPath.putAt(entry.path, true)
 212             }
 213           }
 214         }
 215         cp.entries.removeAll(removeTheseToo)
 216
 217         print ("CP="+cp.inspect())
 218
 219         cp.entries += new Output("bin/main")
 220         cp.entries += new Library(fileReference(helpParentDir))
 221         cp.entries += new Library(fileReference(resourceDir))
 222
 223         HashMap<String, Boolean> addedLibPath = new HashMap<>();
 224
 225         // changing from sourcesets.main.classpath to specific Java version lib
 226         //sourceSets.main.compileClasspath.each{
 227         fileTree("$jalviewDir/$libDistDir").include("**/*.jar").include("*.jar").each {
 228           //don't want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 229           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 230             // don't add dirs to classpath
 231             return
 232           }
 233           def itPath = it.toString()
 234           if (itPath.startsWith(jalviewDirAbsolutePath+"/")) {
 235             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 236           }
 237           if (addedLibPath.get(itPath)) {
 238             //println("Not adding duplicate entry "+itPath)
 239           } else {
 240             //println("Adding entry "+itPath)
 241             cp.entries += new Library(fileReference(itPath))
 242             addedLibPath.put(itPath, true)
 243           }
 244         }
 245
 246         // changing from sourcesets.main.classpath to specific Java version lib
 247         //sourceSets.test.compileClasspath.each{
 248         fileTree(dir: "$jalviewDir/$utilsDir", include: ["**/*.jar"]).each {
 249           //if ((it.isDirectory() || ! it.exists()) && ! (it.equals(sourceSets.main.java.outputDir))) {
 250           //no longer want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 251           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 252             // don't add dirs to classpath
 253             return false // groovy "break" in .each loop
 254           }
 255           def itPath = it.toString()
 256           if (itPath.startsWith(jalviewDirAbsolutePath+"/")) {
 257             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 258           }
 259           if (addedLibPath.get(itPath)) {
 260             // don't duplicate
 261           } else {
 262             def lib = new Library(fileReference(itPath))
 263             // this doesn't work... yet.  Adding test=true attribute using withXml below
 264             //def attrs = new Node(null, 'attributes', ["test":"true"])
 265             //lib.appendNode(attrs) //
 266             cp.entries += lib
 267             addedLibPath.put(itPath, true)
 268           }
 269         }
 270       }
 271
 272       // withXml changes ignored by buildship, these add the "test=true" attribute
 273       withXml {
 274         def node = it.asNode()
 275
 276         def srcTestAttributes
 277         node.children().each{ cpe ->
 278           def attributes = cpe.attributes()
 279           if (attributes.get("kind") == "src" && attributes.get("path") == "test") {
 280             srcTestAttributes = cpe.find { a -> a.name() == "attributes" }
 281             return
 282           }
 283         }
 284         def addTestAttribute = true
 285         srcTestAttributes.each{a ->
 286           if (a.name() == "attribute" && a.attributes().getAt("name") == "test") {
 287             addTestAttribute = false
 288           }
 289         }
 290         if (addTestAttribute) {
 291           srcTestAttributes.append(new Node(null, "attribute", [name:"test", value:"true"]))
 292         }
 293
 294         node.children().each{ cpe ->
 295           def attributes = cpe.attributes()
 296           if (attributes.get("kind") == "lib" && attributes.get("path").startsWith("utils/")) {
 297             cpe.appendNode('attributes')
 298                 .appendNode('attribute', [name:"test", value:"true"])
 299           }
 300         }
 301       } // withXML
 302     } // file
 303
 304     containers 'org.eclipse.buildship.core.gradleclasspathcontainer'
 305   } // classpath
 306
 307   jdt {
 308     // for the IDE, use java 11 compatibility
 309     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 310     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 311     javaRuntimeName = eclipse_java_runtime_name
 312
 313     file {
 314       withProperties { props ->
 315         def jalview_prefs = new Properties()
 316         def ins = new FileInputStream(jalviewDirAbsolutePath+"/"+eclipse_extra_jdt_prefs_file)
 317         jalview_prefs.load(ins)
 318         ins.close()
 319         jalview_prefs.forEach { t, v ->
 320           if (props.getAt(t) == null) {
 321             props.putAt(t, v)
 322           }
 323         }
 324       }
 325     }
 326   }
 327
 328   //synchronizationTasks eclipseClasspath
 329   //autoBuildTasks eclipseClasspath
 330 }
 331
 332 task cloverInstr() {
 333   // only instrument source, we build test classes as normal
 334   inputs.files files (sourceSets.main.allJava) // , fileTree(dir:"$jalviewDir/$testSourceDir", include: ["**/*.java"]))
 335   outputs.dir cloverInstrDir
 336
 337   doFirst {
 338     delete cloverInstrDir
 339     def argsList = ["--initstring", "${buildDir}/clover/clover.db",
 340       "-d", "${buildDir}/${cloverSourcesInstrDir}"]
 341     argsList.addAll(inputs.files.files.collect({ file ->
 342       file.absolutePath
 343     }))
 344     String[] args = argsList.toArray()
 345     println("About to instrument "+args.length +" files")
 346     com.atlassian.clover.CloverInstr.mainImpl(args)
 347   }
 348 }
 349
 350
 351 task cloverReport {
 352   group = "Verification"
 353   description = "Createst the Clover report"
 354   inputs.dir "${buildDir}/clover"
 355   outputs.dir "${reportsDir}/clover"
 356   onlyIf {
 357     file("${buildDir}/clover/clover.db").exists()
 358   }
 359   doFirst {
 360     def argsList = ["--initstring", "${buildDir}/clover/clover.db",
 361       "-o", "${reportsDir}/clover"]
 362     String[] args = argsList.toArray()
 363     com.atlassian.clover.reporters.html.HtmlReporter.runReport(args)
 364
 365     // and generate ${reportsDir}/clover/clover.xml
 366     args = ["--initstring", "${buildDir}/clover/clover.db",
 367       "-o", "${reportsDir}/clover/clover.xml"].toArray()
 368     com.atlassian.clover.reporters.xml.XMLReporter.runReport(args)
 369   }
 370 }
 371
 372 // end clover bits
 373
 374
 375 compileJava {
 376
 377   doFirst {
 378     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 379     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 380     options.compilerArgs = additional_compiler_args
 381     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 382   }
 383
 384 }
 385
 386 compileTestJava {
 387   if (use_clover) {
 388     dependsOn compileCloverJava
 389     classpath += configurations.cloverRuntime
 390   } else {
 391     classpath += sourceSets.main.runtimeClasspath
 392   }
 393   doFirst {
 394     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 395     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 396     options.compilerArgs = additional_compiler_args
 397     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 398   }
 399 }
 400
 401
 402 compileCloverJava {
 403
 404   doFirst {
 405     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 406     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 407     options.compilerArgs += additional_compiler_args
 408     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 409   }
 410   classpath += configurations.cloverRuntime
 411 }
 412
 413 clean {
 414   delete sourceSets.main.java.outputDir
 415 }
 416
 417 cleanTest {
 418   delete sourceSets.test.java.outputDir
 419   delete cloverInstrDir
 420 }
 421
 422 def getDate(format) {
 423   def date = new Date()
 424   //return date.format("dd MMMM yyyy")
 425   return date.format(format)
 426 }
 427
 428 task setGitVals {
 429   def hashStdOut = new ByteArrayOutputStream()
 430   exec {
 431     commandLine "git", "rev-parse", "--short", "HEAD"
 432     standardOutput = hashStdOut
 433     ignoreExitValue true
 434   }
 435
 436   def branchStdOut = new ByteArrayOutputStream()
 437   exec {
 438     commandLine "git", "rev-parse", "--abbrev-ref", "HEAD"
 439     standardOutput = branchStdOut
 440     ignoreExitValue true
 441   }
 442
 443   project.ext.gitHash = hashStdOut.toString().trim()
 444   project.ext.gitBranch = branchStdOut.toString().trim()
 445
 446   outputs.upToDateWhen { false }
 447 }
 448
 449 task createBuildProperties(type: WriteProperties) {
 450   dependsOn setGitVals
 451   inputs.dir("$jalviewDir/$sourceDir")
 452   inputs.dir("$classes")
 453   inputs.dir("$jalviewDir/$resourceDir")
 454   outputFile "$classes/$buildPropertiesFile"
 455   // taking time specific comment out to allow better incremental builds
 456   //comment "--Jalview Build Details--\n"+getDate("yyyy-MM-dd HH:mm:ss")
 457   comment "--Jalview Build Details--\n"+getDate("yyyy-MM-dd")
 458   property "BUILD_DATE", getDate("dd MMMM yyyy")
 459   property "VERSION", JALVIEW_VERSION
 460   property "INSTALLATION", INSTALLATION+" git-commit:"+project.ext.gitHash+" ["+project.ext.gitBranch+"]"
 461   outputs.file(outputFile)
 462 }
 463
 464 def buildingHTML = "$jalviewDir/$docDir/building.html"
 465 task deleteBuildingHTML(type: Delete) {
 466   delete buildingHTML
 467 }
 468
 469 task convertBuildingMD(type: Exec) {
 470   dependsOn deleteBuildingHTML
 471   def buildingMD = "$jalviewDir/$docDir/building.md"
 472   def css = "$jalviewDir/$docDir/github.css"
 473
 474   def pandoc = pandoc_exec
 475   def hostname = "hostname".execute().text.trim()
 476   if (! file(pandoc).exists() && hostname.equals("jv-bamboo")) {
 477     pandoc = System.getProperty("user.home")+"/buildtools/pandoc/bin/pandoc"
 478   }
 479
 480   if (file(pandoc).exists()) {
 481     commandLine pandoc, '-s', '-o', buildingHTML, '--metadata', 'pagetitle="Building Jalview from Source"', '--toc', '-H', css, buildingMD
 482   } else {
 483     commandLine "true"
 484   }
 485
 486   ignoreExitValue true
 487
 488   inputs.file(buildingMD)
 489   inputs.file(css)
 490   outputs.file(buildingHTML)
 491 }
 492 clean {
 493   delete buildingHTML
 494 }
 495
 496 task syncDocs(type: Sync) {
 497   dependsOn convertBuildingMD
 498   def syncDir = "$classes/$docDir"
 499   from fileTree("$jalviewDir/$docDir")
 500   into syncDir
 501
 502 }
 503
 504 def helpFile = "$classes/$helpDir/help.jhm"
 505
 506 task copyHelp(type: Copy) {
 507   def inputDir = "$jalviewDir/$helpParentDir/$helpDir"
 508   def outputDir = "$classes/$helpDir"
 509   from(inputDir) {
 510     exclude '**/*.gif'
 511     exclude '**/*.jpg'
 512     exclude '**/*.png'
 513     filter(ReplaceTokens, beginToken: '$$', endToken: '$$', tokens: ['Version-Rel': JALVIEW_VERSION])
 514   }
 515   from(inputDir) {
 516     include '**/*.gif'
 517     include '**/*.jpg'
 518     include '**/*.png'
 519   }
 520   into outputDir
 521
 522   inputs.dir(inputDir)
 523   outputs.files(helpFile)
 524   outputs.dir(outputDir)
 525 }
 526
 527 task syncLib(type: Sync) {
 528   def syncDir = "$classes/$libDistDir"
 529   from fileTree("$jalviewDir/$libDistDir")
 530   into syncDir
 531 }
 532
 533 task syncResources(type: Sync) {
 534   from "$jalviewDir/$resourceDir"
 535   include "**/*.*"
 536   exclude "install4j"
 537   into "$classes"
 538   preserve {
 539     include "**"
 540   }
 541 }
 542
 543 task prepare {
 544   dependsOn syncResources
 545   dependsOn syncDocs
 546   dependsOn copyHelp
 547 }
 548
 549
 550 //testReportDirName = "test-reports" // note that test workingDir will be $jalviewDir
 551 test {
 552   dependsOn prepare
 553   dependsOn compileJava
 554   if (use_clover) {
 555     dependsOn cloverInstr
 556   }
 557
 558   print("Running tests " + (use_clover?"WITH":"WITHOUT") + " clover [clover="+use_clover+"]\n")
 559
 560   useTestNG() {
 561     includeGroups testngGroups
 562     preserveOrder true
 563     useDefaultListeners=true
 564   }
 565
 566   workingDir = jalviewDir
 567   //systemProperties 'clover.jar' System.properties.clover.jar
 568   sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 569   targetCompatibility = compile_target_compatibility
 570   jvmArgs += additional_compiler_args
 571   print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 572 }
 573
 574 task buildIndices(type: JavaExec) {
 575   dependsOn copyHelp
 576   classpath = sourceSets.main.compileClasspath
 577   main = "com.sun.java.help.search.Indexer"
 578   workingDir = "$classes/$helpDir"
 579   def argDir = "html"
 580   args = [ argDir ]
 581   inputs.dir("$workingDir/$argDir")
 582
 583   outputs.dir("$classes/doc")
 584   outputs.dir("$classes/help")
 585   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/DOCS")
 586   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/DOCS.TAB")
 587   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/OFFSETS")
 588   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/POSITIONS")
 589   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/SCHEMA")
 590   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/TMAP")
 591 }
 592
 593 task compileLinkCheck(type: JavaCompile) {
 594   options.fork = true
 595   classpath = files("$jalviewDir/$utilsDir")
 596   destinationDir = file("$jalviewDir/$utilsDir")
 597   source = fileTree(dir: "$jalviewDir/$utilsDir", include: ["HelpLinksChecker.java", "BufferedLineReader.java"])
 598
 599   inputs.file("$jalviewDir/$utilsDir/HelpLinksChecker.java")
 600   inputs.file("$jalviewDir/$utilsDir/HelpLinksChecker.java")
 601   outputs.file("$jalviewDir/$utilsDir/HelpLinksChecker.class")
 602   outputs.file("$jalviewDir/$utilsDir/BufferedLineReader.class")
 603 }
 604
 605 def helplinkscheckeroutputfile = file("$jalviewDir/$utilsDir/HelpLinksChecker.out")
 606 task linkCheck(type: JavaExec) {
 607   dependsOn prepare, compileLinkCheck
 608   classpath = files("$jalviewDir/$utilsDir")
 609   main = "HelpLinksChecker"
 610   workingDir = jalviewDir
 611   def help = "$classes/$helpDir"
 612   args = [ "$classes/$helpDir", "-nointernet" ]
 613
 614   doFirst {
 615     helplinkscheckeroutputfile.createNewFile()
 616     standardOutput new FileOutputStream(helplinkscheckeroutputfile, false)
 617   }
 618
 619   outputs.file(helplinkscheckeroutputfile)
 620 }
 621
 622 task cleanPackageDir(type: Delete) {
 623   delete fileTree("$jalviewDir/$packageDir").include("*.jar")
 624 }
 625
 626 jar {
 627   dependsOn linkCheck
 628   dependsOn buildIndices
 629   dependsOn createBuildProperties
 630
 631   manifest {
 632     attributes "Main-Class": mainClass,
 633     "Permissions": "all-permissions",
 634     "Application-Name": "Jalview Desktop",
 635     "Codebase": application_codebase
 636   }
 637
 638   destinationDir = file("$jalviewDir/$packageDir")
 639   archiveName = rootProject.name+".jar"
 640
 641   exclude "cache*/**"
 642   exclude "*.jar"
 643   exclude "*.jar.*"
 644   exclude "**/*.jar"
 645   exclude "**/*.jar.*"
 646
 647   inputs.dir("$classes")
 648   outputs.file("$jalviewDir/$packageDir/$archiveName")
 649 }
 650
 651 task copyJars(type: Copy) {
 652   from fileTree("$classes").include("**/*.jar").include("*.jar").files
 653   into "$jalviewDir/$packageDir"
 654 }
 655
 656 // doing a Sync instead of Copy as Copy doesn't deal with "outputs" very well
 657 task syncJars(type: Sync) {
 658   from fileTree("$jalviewDir/$libDistDir").include("**/*.jar").include("*.jar").files
 659   into "$jalviewDir/$packageDir"
 660   preserve {
 661     include jar.archiveName
 662   }
 663 }
 664
 665 task makeDist {
 666   group = "build"
 667   description = "Put all required libraries in dist"
 668   // order of "cleanPackageDir", "copyJars", "jar" important!
 669   jar.mustRunAfter cleanPackageDir
 670   syncJars.mustRunAfter cleanPackageDir
 671   dependsOn cleanPackageDir
 672   dependsOn syncJars
 673   dependsOn jar
 674   outputs.dir("$jalviewDir/$packageDir")
 675 }
 676
 677 task cleanDist {
 678   dependsOn cleanPackageDir
 679   dependsOn cleanTest
 680   dependsOn clean
 681 }
 682
 683 shadowJar {
 684   group = "distribution"
 685   dependsOn makeDist
 686   from ("$jalviewDir/$libDistDir") {
 687     include("*.jar")
 688   }
 689   mainClassName = shadowJarMainClass
 690   mergeServiceFiles()
 691   classifier = "all-"+JAVA_VERSION
 692   minimize()
 693 }
 694
 695 task getdownWebsite() {
 696   group = "distribution"
 697   description = "Create the getdown minimal app folder, and website folder for this version of jalview. Website folder also used for offline app installer"
 698   dependsOn makeDist
 699   def getdownWebsiteResourceFilenames = []
 700   def getdownTextString = ""
 701   def getdownResourceDir = project.ext.getdownResourceDir
 702   def getdownAppDir = project.ext.getdownAppDir
 703   def getdownResourceFilenames = []
 704   doFirst {
 705     // go through properties looking for getdown_txt_...
 706     def props = project.properties.sort { it.key }
 707     props.put("getdown_txt_java_min_version", getdown_alt_java_min_version)
 708     props.put("getdown_txt_multi_java_location", getdown_alt_multi_java_location)
 709
 710     if (getdown_local == "true") {
 711       getdown_app_base = file(getdownWebsiteDir).toURI().toString()
 712     }
 713     props.put("getdown_txt_appbase", getdown_app_base)
 714     props.each{ prop, val ->
 715       if (prop.startsWith("getdown_txt_") && val != null) {
 716         if (prop.startsWith("getdown_txt_multi_")) {
 717           def key = prop.substring(18)
 718           val.split(",").each{ v ->
 719             def line = key + " = " + v + "\n"
 720             getdownTextString += line
 721           }
 722         } else {
 723           // file values rationalised
 724           if (val.indexOf('/') > -1) {
 725             def r = null
 726             if (val.indexOf('/') == 0) {
 727               // absolute path
 728               r = file(val)
 729             } else if (val.indexOf('/') > 0) {
 730               // relative path (relative to jalviewDir)
 731               r = file( jalviewDir + '/' + val )
 732             }
 733             if (r.exists()) {
 734               val = getdown_resource_dir + '/' + r.getName()
 735               getdownWebsiteResourceFilenames += val
 736               getdownResourceFilenames += r.getPath()
 737             }
 738           }
 739           def line = prop.substring(12) + " = " + val + "\n"
 740           getdownTextString += line
 741         }
 742       }
 743     }
 744
 745     getdownWebsiteResourceFilenames.each{ filename ->
 746       getdownTextString += "resource = "+filename+"\n"
 747     }
 748     getdownResourceFilenames.each{ filename ->
 749       copy {
 750         from filename
 751         into project.ext.getdownResourceDir
 752       }
 753     }
 754
 755     def codeFiles = []
 756     makeDist.outputs.files.each{ f ->
 757       if (f.isDirectory()) {
 758         def files = fileTree(dir: f, include: ["*"]).getFiles()
 759         codeFiles += files
 760       } else if (f.exists()) {
 761         codeFiles += f
 762       }
 763     }
 764     codeFiles.sort().each{f ->
 765       def line = "code = " + getdown_app_dir + '/' + f.getName() + "\n"
 766       getdownTextString += line
 767       copy {
 768         from f.getPath()
 769         into project.ext.getdownAppDir
 770       }
 771     }
 772
 773     // NOT USING MODULES YET, EVERYTHING SHOULD BE IN dist
 774     /*
 775      if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
 776      def j11libFiles = fileTree(dir: "$jalviewDir/$j11libDir", include: ["*.jar"]).getFiles()
 777      j11libFiles.sort().each{f ->
 778      def line = "code = " + getdown_j11lib_dir + '/' + f.getName() + "\n"
 779      getdownTextString += line
 780      copy {
 781      from f.getPath()
 782      into project.ext.getdownJ11libDir
 783      }
 784      }
 785      }
 786      */
 787
 788     // getdown-launcher.jar should not be in main application class path so the main application can move it when updated.  Listed as a resource so it gets updated.
 789     //getdownTextString += "class = " + file(getdownLauncher).getName() + "\n"
 790     getdownTextString += "resource = " + file(getdownLauncher).getName() + "\n"
 791     getdownTextString += "class = " + mainClass + "\n"
 792
 793     def getdown_txt = file(project.ext.getdownWebsiteDir + "/getdown.txt")
 794     getdown_txt.write(getdownTextString)
 795
 796     copy {
 797       from getdown_txt
 798       into project.ext.getdownFilesDir
 799     }
 800
 801     copy {
 802       from getdownLauncher
 803       into project.ext.getdownFilesDir
 804     }
 805
 806     copy {
 807       from getdownLauncher
 808       into project.ext.getdownWebsiteDir
 809     }
 810
 811     copy {
 812       from jalviewDir + '/' + project.getProperty('getdown_txt_ui.background_image')
 813       from jalviewDir + '/' + project.getProperty('getdown_txt_ui.error_background')
 814       from jalviewDir + '/' + project.getProperty('getdown_txt_ui.progress_image')
 815       from jalviewDir + '/' + project.getProperty('getdown_txt_ui.icon')
 816       from jalviewDir + '/' + project.getProperty('getdown_txt_ui.mac_dock_icon')
 817       into project.ext.getdownFilesDir + '/' + getdown_resource_dir
 818     }
 819   }
 820
 821   inputs.dir(jalviewDir + '/' + packageDir)
 822   outputs.dir(project.ext.getdownWebsiteDir)
 823   outputs.dir(project.ext.getdownFilesDir)
 824 }
 825
 826 task getdownDigest(type: JavaExec) {
 827   group = "distribution"
 828   description = "Digest the getdown website folder"
 829   dependsOn getdownWebsite
 830   classpath = files(jalviewDir + '/' + getdown_core, jalviewDir+'/'+getdown_launcher)
 831   main = "com.threerings.getdown.tools.Digester"
 832   args project.ext.getdownWebsiteDir
 833   inputs.dir(project.ext.getdownWebsiteDir)
 834   outputs.file(project.ext.getdownWebsiteDir + '/' + "digest2.txt")
 835 }
 836
 837 task getdown() {
 838   group = "distribution"
 839   description = "Create the minimal and full getdown app folder for installers and website and create digest file"
 840   dependsOn getdownDigest
 841 }
 842
 843 clean {
 844   delete project.ext.getdownWebsiteDir
 845   delete project.ext.getdownFilesDir
 846 }
 847
 848 install4j {
 849   def install4jHomeDir = "/opt/install4j"
 850   def hostname = "hostname".execute().text.trim()
 851   if (hostname.equals("jv-bamboo")) {
 852     install4jHomeDir = System.getProperty("user.home")+"/buildtools/install4j"
 853   } else if (OperatingSystem.current().isMacOsX()) {
 854     install4jHomeDir = '/Applications/install4j.app/Contents/Resources/app'
 855     if (! file(install4jHomeDir).exists()) {
 856       install4jHomeDir = System.getProperty("user.home")+install4jHomeDir
 857     }
 858   } else if (OperatingSystem.current().isLinux()) {
 859     install4jHomeDir = System.getProperty("user.home")+"/buildtools/install4j"
 860   }
 861   installDir = file(install4jHomeDir)
 862   mediaTypes = Arrays.asList(install4jMediaTypes.split(","))
 863   if (install4jFaster.equals("true")) {
 864     faster = true
 865   }
 866 }
 867
 868 def install4jConf
 869 def macosJavaVMDir
 870 def macosJavaVMTgz
 871 def windowsJavaVMDir
 872 def windowsJavaVMTgz
 873 def install4jDir = "$jalviewDir/$install4jResourceDir"
 874 def install4jConfFile = "jalview-installers-java"+JAVA_VERSION+".install4j"
 875 install4jConf = "$install4jDir/$install4jConfFile"
 876
 877 task copyInstall4jTemplate(type: Copy) {
 878   macosJavaVMDir = System.env.HOME+"/buildtools/jre/openjdk-java_vm/getdown/macos-jre"+JAVA_VERSION+"/jre"
 879   macosJavaVMTgz = System.env.HOME+"/buildtools/jre/openjdk-java_vm/install4j/tgz/macos-jre"+JAVA_VERSION+".tar.gz"
 880   windowsJavaVMDir = System.env.HOME+"/buildtools/jre/openjdk-java_vm/getdown/windows-jre"+JAVA_VERSION+"/jre"
 881   windowsJavaVMTgz = System.env.HOME+"/buildtools/jre/openjdk-java_vm/install4j/tgz/windows-jre"+JAVA_VERSION+".tar.gz"
 882   from (install4jDir) {
 883     include install4jTemplate
 884     rename (install4jTemplate, install4jConfFile)
 885     filter(ReplaceTokens, beginToken: '', endToken: '', tokens: ['9999999999': JAVA_VERSION])
 886     filter(ReplaceTokens, beginToken: '$$', endToken: '$$',
 887       tokens: [
 888         'JAVA_VERSION': JAVA_VERSION,
 889         'JAVA_INTEGER_VERSION': JAVA_INTEGER_VERSION,
 890         'VERSION': JALVIEW_VERSION,
 891         'MACOS_JAVA_VM_DIR': macosJavaVMDir,
 892         'MACOS_JAVA_VM_TGZ': macosJavaVMTgz,
 893         'WINDOWS_JAVA_VM_DIR': windowsJavaVMDir,
 894         'WINDOWS_JAVA_VM_TGZ': windowsJavaVMTgz,
 895         'INSTALL4JINFOPLISTFILEASSOCIATIONS': install4jInfoPlistFileAssociations,
 896         'COPYRIGHT_MESSAGE': install4jCopyrightMessage,
 897         'MACOS_BUNDLE_ID': install4jMacOSBundleId
 898       ]
 899     )
 900     if (OSX_KEYPASS=="") {
 901       filter(ReplaceTokens, beginToken: 'codeSigning macEnabled="', endToken: '"', tokens: ['true':'codeSigning macEnabled="false"'])
 902       filter(ReplaceTokens, beginToken: 'runPostProcessor="true" ',endToken: 'Processor', tokens: ['post':'runPostProcessor="false" postProcessor'])
 903     }
 904   }
 905   into install4jDir
 906   outputs.files(install4jConf)
 907
 908   doLast {
 909     // include file associations in installer
 910     def installerFileAssociationsXml = file("$install4jDir/$install4jInstallerFileAssociations").text
 911     ant.replaceregexp(
 912       byline: false,
 913       flags: "s",
 914       match: '<action name="EXTENSIONS_REPLACED_BY_GRADLE".*?</action>',
 915       replace: installerFileAssociationsXml,
 916       file: install4jConf
 917     )
 918     /*
 919     // include uninstaller applescript app files in dmg
 920     def installerDMGUninstallerXml = file("$install4jDir/$install4jDMGUninstallerAppFiles").text
 921     ant.replaceregexp(
 922       byline: false,
 923       flags: "s",
 924       match: '<file name="UNINSTALL_OLD_JALVIEW_APP_REPLACED_IN_GRADLE" file=.*?>',
 925       replace: installerDMGUninstallerXml,
 926       file: install4jConf
 927     )
 928     */
 929   }
 930 }
 931
 932 task installers(type: com.install4j.gradle.Install4jTask) {
 933   group = "distribution"
 934   description = "Create the install4j installers"
 935   dependsOn getdown
 936   dependsOn copyInstall4jTemplate
 937   projectFile = file(install4jConf)
 938   println("Using projectFile "+projectFile)
 939   variables = [majorVersion: version.substring(2, 11), build: 001, OSX_KEYSTORE: OSX_KEYSTORE, JSIGN_SH: JSIGN_SH]
 940   destination = "$jalviewDir/$install4jBuildDir/$JAVA_VERSION"
 941   buildSelected = true
 942
 943   if (OSX_KEYPASS) {
 944     macKeystorePassword=OSX_KEYPASS
 945
 946   }
 947
 948   inputs.dir(project.ext.getdownWebsiteDir)
 949   inputs.file(install4jConf)
 950   inputs.dir(macosJavaVMDir)
 951   inputs.dir(windowsJavaVMDir)
 952   outputs.dir("$jalviewDir/$install4jBuildDir/$JAVA_VERSION")
 953 }
 954
 955 clean {
 956   delete install4jConf
 957 }