build.gradle

   1 import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceTokens
   2 import org.gradle.internal.os.OperatingSystem
   3 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.*
   4 import groovy.transform.ExternalizeMethods
   5
   6
   7 plugins {
   8   id 'java'
   9   id 'application'
  10   id 'eclipse'
  11   id 'com.diffplug.gradle.oomph.ide' version '3.18.0'
  12 }
  13
  14 repositories {
  15   jcenter()
  16   mavenCentral()
  17   mavenLocal()
  18   flatDir {
  19     dirs gradlePluginsDir
  20   }
  21 }
  22
  23 mainClassName = launcherClass
  24 def classes = "$jalviewDir/$classesDir"
  25
  26 // configure classpath/args for j8/j11 compilation
  27
  28 def jalviewDirAbsolutePath = file(jalviewDir).getAbsolutePath()
  29 def libDir
  30 def libDistDir
  31 def compile_source_compatibility
  32 def compile_target_compatibility
  33
  34 ext {
  35   buildProperties = jalviewDir + "/" + classesDir +"/" + buildPropertiesFile
  36
  37   gitHash = ""
  38   gitBranch = ""
  39
  40   jalviewjsServer = ""
  41 }
  42
  43 def JAVA_INTEGER_VERSION
  44 //def additional_compiler_args = []
  45 // this property is for the Java library used in eclipse
  46 def eclipse_java_runtime_name
  47 if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
  48   JAVA_INTEGER_VERSION = "8"
  49   //libDir = j8libDir
  50   libDir = j11libDir
  51   libDistDir = j8libDir
  52   compile_source_compatibility = 1.8
  53   compile_target_compatibility = 1.8
  54   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-1.8"
  55 } else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
  56   JAVA_INTEGER_VERSION = "11"
  57   libDir = j11libDir
  58   libDistDir = j11libDir
  59   compile_source_compatibility = 11
  60   compile_target_compatibility = 11
  61   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
  62   /* compile without modules -- using classpath libraries
  63   additional_compiler_args += [
  64   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
  65   '--add-modules', j11modules
  66   ]
  67   */
  68 } else if (JAVA_VERSION.equals("12") || JAVA_VERSION.equals("13")) {
  69   JAVA_INTEGER_VERSION = JAVA_VERSION
  70   libDir = j11libDir
  71   libDistDir = j11libDir
  72   compile_source_compatibility = JAVA_VERSION
  73   compile_target_compatibility = JAVA_VERSION
  74   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
  75   /* compile without modules -- using classpath libraries
  76   additional_compiler_args += [
  77   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
  78   '--add-modules', j11modules
  79   ]
  80   */
  81 } else {
  82   throw new GradleException("JAVA_VERSION=$JAVA_VERSION not currently supported by Jalview")
  83 }
  84
  85 sourceSets {
  86
  87   main {
  88     java {
  89       srcDirs "$jalviewDir/$sourceDir"
  90       outputDir = file("$classes")
  91     }
  92
  93     resources {
  94       srcDirs "$jalviewDir/$resourceDir"
  95     }
  96
  97     compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
  98     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
  99
 100     runtimeClasspath = compileClasspath
 101   }
 102
 103 }
 104
 105 eclipse {
 106   project {
 107     name = eclipse_project_name
 108
 109     natures 'org.eclipse.jdt.core.javanature',
 110     'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectnature'
 111
 112     buildCommand 'org.eclipse.jdt.core.javabuilder'
 113     buildCommand 'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectbuilder'
 114   }
 115
 116   classpath {
 117     //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.outputDir
 118     def removeThese = []
 119     configurations.each{ if (it.isCanBeResolved()) {
 120         removeThese += it
 121       }
 122     }
 123
 124     minusConfigurations += removeThese
 125     plusConfigurations = [ ]
 126     file {
 127
 128       whenMerged { cp ->
 129         def removeTheseToo = []
 130         HashMap<String, Boolean> addedSrcPath = new HashMap<>();
 131         cp.entries.each { entry ->
 132           if (entry.kind == 'src') {
 133             if (addedSrcPath.getAt(entry.path) || !(entry.path == "src" || entry.path == "test")) {
 134               removeTheseToo += entry
 135             } else {
 136               addedSrcPath.putAt(entry.path, true)
 137             }
 138           }
 139         }
 140         cp.entries.removeAll(removeTheseToo)
 141
 142         cp.entries += new Output(eclipse_bin_dir+"/main")
 143         cp.entries += new Library(fileReference(helpParentDir))
 144         cp.entries += new Library(fileReference(resourceDir))
 145
 146         HashMap<String, Boolean> addedLibPath = new HashMap<>();
 147
 148         // changing from sourcesets.main.classpath to specific Java version lib
 149         //sourceSets.main.compileClasspath.each{
 150         fileTree("$jalviewDir/$libDistDir").include("**/*.jar").include("*.jar").each {
 151           //don't want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 152           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 153             // don't add dirs to classpath
 154             return
 155           }
 156           def itPath = it.toString()
 157           if (itPath.startsWith(jalviewDirAbsolutePath+"/")) {
 158             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 159           }
 160           if (addedLibPath.get(itPath)) {
 161             //println("Not adding duplicate entry "+itPath)
 162           } else {
 163             //println("Adding entry "+itPath)
 164             cp.entries += new Library(fileReference(itPath))
 165             addedLibPath.put(itPath, true)
 166           }
 167         }
 168       } // whenMerged
 169
 170     } // file
 171
 172     containers 'org.eclipse.buildship.core.gradleclasspathcontainer'
 173   } // classpath
 174
 175   jdt {
 176     // for the IDE, use java 11 compatibility
 177     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 178     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 179     javaRuntimeName = eclipse_java_runtime_name
 180
 181     /*
 182     file {
 183     withProperties { props ->
 184     def jalview_prefs = new Properties()
 185     def ins = new FileInputStream(jalviewDirAbsolutePath+"/"+eclipse_extra_jdt_prefs_file)
 186     jalview_prefs.load(ins)
 187     ins.close()
 188     jalview_prefs.forEach { t, v ->
 189     if (props.getAt(t) == null) {
 190     props.putAt(t, v)
 191     }
 192     }
 193     }
 194     }
 195      */
 196   } // jdt
 197
 198   //synchronizationTasks eclipseClasspath
 199   //autoBuildTasks eclipseClasspath
 200 } // eclipse
 201
 202 /*
 203 compileJava {
 204
 205   doFirst {
 206     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 207     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 208     //options.compilerArgs = additional_compiler_args
 209     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 210   }
 211
 212 }
 213
 214 clean {
 215   delete sourceSets.main.java.outputDir
 216 }
 217 */
 218
 219 task jalviewjsUnzipFiles {
 220   def zipFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_libjs_dir).include("*.zip")
 221   zipFiles += jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_swingjs_zip
 222
 223   doLast {
 224     zipFiles.each { file_zip ->
 225       copy {
 226         from zipTree(file_zip)
 227         into jalviewjs_site_dir
 228       }
 229     }
 230   }
 231
 232   inputs.files zipFiles
 233   outputs.dir jalviewjs_site_dir
 234 }
 235
 236 def eclipseBinary
 237 def eclipseDropinsDir
 238 def eclipsePluginsDir
 239 task jalviewjsEclipsePaths {
 240   def eclipseRoot = jalviewjs_eclipse_root
 241   if (eclipseRoot.startsWith("~")) {
 242     eclipseRoot = System.getProperty("user.home") + eclipseRoot.substring(1)
 243   }
 244         if (OperatingSystem.current().isMacOsX()) {
 245     eclipseRoot += "/Eclipse.app"
 246                 eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/Contents/Eclipse/dropins"
 247                 eclipsePluginsDir = eclipseRoot+"/Contents/Eclipse/plugins"
 248                 eclipseBinary = eclipseRoot+"/Contents/MacOS/eclipse"
 249         } else if (OperatingSystem.current().isWindows()) { // check these paths!!
 250                 eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 251                 eclipsePluginsDir = eclipseRoot+"/plugins"
 252                 eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 253         } else { // linux or unix
 254                 eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 255                 eclipsePluginsDir = eclipseRoot+"/plugins"
 256                 eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 257         }
 258   println("ECLIPSE ROOT: "+eclipseRoot)
 259 }
 260
 261 task jalviewjsEclipseCopyDropins (type: Copy) {
 262   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 263   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_dropins_dir)
 264   def outputDir = eclipseDropinsDir
 265
 266   from inputFiles
 267   into outputDir
 268   def outputFiles = []
 269   rename { filename ->
 270     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 271     null
 272   }
 273   outputs.files outputFiles
 274   inputs.files inputFiles
 275 }
 276
 277 task jalviewjsEclipseCopyPlugins (type: Copy) {
 278   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 279   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_plugins_dir)
 280   def outputDir = eclipsePluginsDir
 281
 282   from inputFiles
 283   into outputDir
 284   def outputFiles = []
 285   rename { filename ->
 286     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 287     null
 288   }
 289   outputs.files outputFiles
 290   inputs.files inputFiles
 291 }
 292
 293 def tempEclipseWorkspace = ""
 294
 295 task jalviewjsSetTempEclipseWorkspace {
 296   tempEclipseWorkspace = file(jalviewjs_eclipse_workspace)
 297   if (!tempEclipseWorkspace.exists()) {
 298     tempEclipseWorkspace = File.createTempDir()
 299     tempEclipseWorkspace.deleteOnExit()
 300   }
 301   println("ECLIPSE WORKSPACE: "+tempEclipseWorkspace.getPath())
 302 }
 303
 304 oomphIde {
 305   repoEclipseLatest()
 306   jdt {
 307   }
 308   repo    'http://download.eclipse.org/buildship/updates/e45/milestones/3.x/'
 309         feature 'org.eclipse.buildship'
 310 }
 311
 312 task jalviewjsEclipseSetup {
 313   dependsOn jalviewjsEclipseCopyDropins
 314   dependsOn jalviewjsEclipseCopyPlugins
 315   dependsOn jalviewjsSetTempEclipseWorkspace
 316 }
 317
 318
 319 task jalviewjsCreateJ2sSettings(type: WriteProperties) {
 320   outputFile (jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings)
 321   def props = project.properties.sort { it.key }
 322   props.each { prop, val ->
 323     if (prop.startsWith("j2s.") && val != null) {
 324       property(prop,val)
 325     }
 326   }
 327   outputs.file(outputFile)
 328 }
 329
 330 task jalviewjsCopyResources (type: Copy) {
 331   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_resource_dir)
 332   def outputDir = jalviewjs_site_dir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir
 333
 334   from inputFiles
 335   into outputDir
 336   def outputFiles = []
 337   rename { filename ->
 338     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 339     null
 340   }
 341   outputs.files outputFiles
 342   inputs.files inputFiles
 343 }
 344
 345 task jalviewjsCopySiteResources (type: Copy) {
 346   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_site_resource_dir)
 347   def outputDir = jalviewjs_site_dir
 348
 349   from inputFiles
 350   into outputDir
 351   def outputFiles = []
 352   rename { filename ->
 353     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 354     null
 355   }
 356   outputs.files outputFiles
 357   inputs.files inputFiles
 358 }
 359
 360 task cleanJalviewjs {
 361   /*
 362   delete jalviewDir+"/"+jalviewjs_site_dir
 363   delete jalviewDir+"/"+eclipse_bin_dir
 364   delete file(tempEclipseWorkspace.getAbsolutePath()+"/.metadata")
 365   delete jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings
 366   */
 367 }
 368
 369 task jalviewjsProjectImport(type: Exec) {
 370   // work out how to do this!
 371   dependsOn eclipseProject
 372   dependsOn eclipseClasspath
 373   dependsOn eclipseJdt
 374   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 375   dependsOn jalviewjsEclipseSetup
 376   executable(eclipseBinary)
 377   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "com.seeq.eclipse.importprojects.headlessimport", "-data", tempEclipseWorkspace.getPath(), "-import", jalviewDirAbsolutePath])
 378
 379   def projdir = tempEclipseWorkspace.getPath()+"/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.projects/jalview/org.eclipse.jdt.core/"
 380   inputs.file(jalviewDir+"/.project")
 381   outputs.dir(projdir)
 382 }
 383
 384 task jalviewjsTranspile(type: Exec) {
 385   dependsOn jalviewjsCreateJ2sSettings
 386   dependsOn jalviewjsProjectImport
 387   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 388   executable(eclipseBinary)
 389   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", tempEclipseWorkspace, "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ])
 390   inputs.dir(sourceDir)
 391   outputs.dir(eclipse_bin_dir+"/main")
 392   outputs.file(eclipse_bin_dir+"/main/jalview/bin/Jalview.class")
 393   outputs.dir(jalviewjs_site_dir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir)
 394 }
 395
 396 task jalviewjsBuildSite {
 397   dependsOn jalviewjsUnzipFiles
 398   dependsOn jalviewjsCopyResources
 399   dependsOn jalviewjsCopySiteResources
 400   dependsOn jalviewjsTranspile
 401 }
 402
 403 task jalviewjsSiteTar(type: Tar) {
 404   dependsOn jalviewjsBuildSite
 405   def outputFilename = "site.tar.gz"
 406   try {
 407     archiveFileName = outputFilename
 408   } catch (Exception e) {
 409     archiveName = outputFilename
 410   }
 411
 412   compression Compression.GZIP
 413
 414   from jalviewjs_site_dir
 415   into jalviewjs_site_dir // this is inside the tar file
 416
 417   inputs.dir(jalviewjs_site_dir)
 418 }
 419
 420 task jalviewjs {
 421   dependsOn jalviewjsBuildSite
 422 }
 423
 424 def jalviewjsServer = null
 425 task jalviewjsServerStart {
 426   doLast {
 427
 428     if (jalviewjsServer != null) {
 429       println("SERVER ALREADY RUNNING. Go to "+jalviewjsServer.getResourceUrl(jalviewjs_server_resource)+" . Run  gradle jalviewjsServerStop  to stop.")
 430     } else {
 431
 432       SimpleHttpFileServerFactory factory = new SimpleHttpFileServerFactory()
 433       def port = Integer.valueOf(jalviewjs_server_port)
 434       def start = port
 435       def running = false
 436       while(port < start+1000 && !running) {
 437         try {
 438           jalviewjsServer = factory.start(new File(jalviewDirAbsolutePath+"/"+jalviewjs_site_dir), port)
 439           running = true
 440           println("SERVER STARTED. Go to "+jalviewjsServer.getResourceUrl(jalviewjs_server_resource)+" . Run  gradle jalviewjsServerStop  to stop.")
 441           //println("Ctrl-c to stop.");java.lang.Thread.sleep(Integer.valueOf(jalviewjs_server_wait)*1000);
 442         } catch (Exception e) {
 443           port++;
 444         }
 445       }
 446
 447     }
 448
 449   }
 450
 451 }
 452
 453 /* server persists in gradle daemon but reference is not accessible across builds
 454 task jalviewjsServerStop {
 455   doLast {
 456
 457     if (jalviewjsServer != null) {
 458
 459       println("SERVER ON PORT "+jalviewjsServer.getPort()+" STOPPING. Run  gradle jalviewjsServerStart  to start again.")
 460       jalviewjsServer.stop()
 461
 462     } else {
 463       println("SERVER NOT RUNNING. Run  gradle jalviewjsServerStart  to start.")
 464     }
 465
 466   }
 467 }
 468 */