examples-jbake/templates/jvl_linkedapplets_ng.ftl

   1 <script src="http://www.java.com/js/deployJava.js"></script>
   2 <script src="javascript/jalview.js" language="javascript"></script>
   3 <script>  //deployJava.debug="true";
   4
   5   function lJvApp() {
   6     var jvapp = document.getElementById("jvapp");
   7     var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");
   8     setConsole(document.getElementById("stdout"));
   9     //jvapp.setSeparator(""+jvapp.getSeparator());
  10     linkJvJmol(jvapp);
  11   };
  12
  13   function lJvFollow() {
  14     var jvapp = document.getElementById("jvapp");
  15     var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");
  16     //jvfollower.setSeparator(""+jvfollower.getSeparator());
  17     linkJvJmol(jvfollower);
  18   };
  19 </script>
  20     <strong>JalviewLite Linked Applets Demo<br></strong>
  21     <p>The two applets below use <a href="JalviewLiteJs.html">JalviewLite's javascript API</a> to exchange events about the currently selected region and mouse position in the alignment.
  22     </p>
  23         <script>
  24   var attributes = {
  25     code : 'jalview.bin.JalviewLite',
  26     archive : 'jalviewApplet.jar',
  27     width : 800,
  28     height : 300,
  29     mayscript : 'True', scriptable: 'True',
  30     id : 'jvapp'
  31   };
  32   var parameters = {
  33     oninit : "lJvApp",
  34     automaticScrolling : "true",
  35     file : "plantfdx.fa",
  36     annotations : "plantfdx.annotations",
  37     debug : "true",
  38     wrap : "false",
  39     // separator : "^",
  40     showAnnotation : "true",
  41     embedded : "true",
  42     showFullId : "false",
  43     RGB : "F2F2FF",
  44     linkLabel_1 : "EMBL-EBI Search",
  45     linkUrl_1 : "http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"
  46     ,
  47     linkLabel_2 : "Uniprot"
  48     ,
  49     linkUrl_2 : "http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$",
  50     permissions : 'all-permissions',
  51     APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp"
  52   };
  53
  54   deployJava.runApplet(attributes, parameters, '1.6+');
  55 </script>
  56 <script>
  57   var attributes = {
  58     code : 'jalview.bin.JalviewLite',
  59     archive : 'jalviewApplet.jar',
  60     width : 800,
  61     height : 300,
  62     mayscript : 'True', scriptable: 'True',
  63     id : "jvfollower"
  64   };
  65   var parameters = {
  66     oninit : "lJvFollow",
  67     file : "plantfdx.fa",
  68     annotations : "plantfdx.annotations",
  69     automaticScrolling : "true",
  70     debug : "true",
  71     wrap : "false",
  72     // separator : "^",
  73     showAnnotation : "true",
  74     embedded : "true",
  75     showFullId : "false",
  76     RGB : "F2F2FF",
  77     linkLabel_1 : "EMBL-EBI Search",
  78     linkUrl_1 : "http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"
  79     ,
  80     linkLabel_2 : "Uniprot"
  81     ,
  82     linkUrl_2 : "http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$",
  83     permissions : 'all-permissions',
  84    APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp"
  85   };
  86   deployJava.runApplet(attributes, parameters, '1.6+');
  87 </script>
  88     <p>
  89 <!--      <a href="javascript:linkJvJmol()">Click Me If you don't see any messages below</a>
  90       <br>
  91        --><form name="console" id="console"><textarea name="output"
  92         id="stdout" rows="20" cols="80">Messages  will appear here.</textarea></form>
  93       <br>
  94 </p>