examples/groovy/JvLoadTester.groovy

   1 import jalview.gui.*;\r
   2 import jalview.io.*;\r
   3 \r
   4 def class JvLoadTest {\r
   5     FileLoader fl = null;\r
   6     def String safename = null;\r
   7     JvLoadTest(String sname) { \r
   8         if (!new File(sname).exists() || new File(sname).canWrite())\r
   9             {\r
  10                 safename = sname;\r
  11             } else {\r
  12                 System.err.println("Warning : "+sname+" isn't being used to store temporary files.");\r
  13             }   \r
  14     }\r
  15     def public boolean doTest (file) {\r
  16         fl = new FileLoader(false);\r
  17         System.gc();\r
  18         AlignFrame af = fl.LoadFileWaitTillLoaded(file\r
  19                                                   ,FormatAdapter.FILE);\r
  20         return doTest(af);\r
  21     }\r
  22     def public boolean doSequentialReadTest (file) {\r
  23         return doSequentialReadTest(file, 0);\r
  24     }\r
  25     // Return true if there is more data to read.\r
  26     def public boolean peekFp(FileParse fp) {\r
  27         try { fp.mark(); }  catch (Exception ex) { System.err.println("FAILED mark."+ex); return false; };\r
  28         try {\r
  29           def String nl;\r
  30           for (i in 1..3) { \r
  31            nl = fp.nextLine();\r
  32            if (nl==null) { return false; }\r
  33            System.out.println(nl +"\\n");\r
  34           }\r
  35         } catch (Exception e) { // end of file.\r
  36                 return false; };\r
  37         try { fp.reset(); } catch (Exception ex) { System.err.println("FAILED rewind."+ex); return false; };\r
  38         return true;\r
  39     }\r
  40     /*\r
  41       Halt after loading the mx'th entry in the filestream\r
  42     */\r
  43     def public boolean doSequentialReadTest (file, int mx) {\r
  44         // first properly open the file\r
  45         //      if (!doTest(file)) { return };\r
  46         def FileParse fp = null;\r
  47         try {\r
  48                 fp = new FileParse(file, AppletFormatAdapter.FILE);\r
  49         } catch (Exception e) { System.err.println("Couldn't open "+file+"\\n"); e.printStackTrace(); return false;};\r
  50         Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null)\r
  51             System.gc();\r
  52         while (fp!=null && fp.isValid() && (mx==0 || mx!=fp.index)) {\r
  53             if (!peekFp(fp)) return false;\r
  54             fl = new FileLoader(false);\r
  55             AlignFrame af = fl.LoadFileWaitTillLoaded(fp, null);\r
  56             System.out.println("FileParse index: "+fp.index);   \r
  57             if (af!=null && (mx==0 || mx!=fp.index))\r
  58                 {       def boolean res = doTest(af);\r
  59                 if (!res)\r
  60                     {\r
  61                         // return false;\r
  62                     }\r
  63                 } else {\r
  64                     // return false;\r
  65                 }\r
  66         }\r
  67         return true;\r
  68     }\r
  69     def public void waitTillSettled(AlignFrame af)\r
  70     {\r
  71         if (af==null) { return; }\r
  72         Thread.sleep(10);\r
  73         while (af.getViewport().updatingConsensus || af.getViewport().updatingConservation) {\r
  74             Thread.sleep(150); // wait until things settle down\r
  75         }\r
  76     }\r
  77     def public boolean doTest(AlignFrame af) {\r
  78         Object pr = af.getViewport().getAlignment().getProperty("AC");\r
  79         if (pr!=null) { System.out.println("Accession = "+(String) pr); }\r
  80         af.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null)\r
  81             def boolean done = false;\r
  82         // Just try to save - don\'t mess around with clipboard\r
  83         /*while (!done) {\r
  84           try {\r
  85           af.copy_actionPerformed(null)\r
  86           done = true;\r
  87           } catch (Exception e) {\r
  88           Thread.sleep(100); // wait until clipboard might be available again\r
  89           }\r
  90           }*/\r
  91         if (af==null) { return false; }\r
  92         waitTillSettled(af);\r
  93         // Try and save as a jalview project and reload\r
  94         try {\r
  95             //      af.saveAlignment(safename, "Jalview")\r
  96             new Jalview2XML().SaveState(new java.io.File(safename));\r
  97             Thread.sleep(100);\r
  98                 } catch (Exception ex) { \r
  99                     System.out.println("Couldn\'t save.");\r
 100                     ex.printStackTrace(System.err);\r
 101                     return false;\r
 102                 }\r
 103         waitTillSettled(af);\r
 104         try {\r
 105             Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);\r
 106         } catch (Exception ex) {}\r
 107         System.gc();\r
 108         try {\r
 109             af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(safename, FormatAdapter.FILE);    \r
 110         } \r
 111         catch (Exception ex) {\r
 112             System.out.println("Couldn't reload saved file.");\r
 113             System.gc();\r
 114             return false;\r
 115         }\r
 116         waitTillSettled(af);\r
 117 \r
 118         Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);\r
 119 \r
 120         // af.paste(true)\r
 121         // af.newView_actionPerformed(null)\r
 122         // af.newView_actionPerformed(null)\r
 123 \r
 124         return true;\r
 125     }\r
 126     def public boolean TestForAll(String dir) {\r
 127         println "For directory or file : "+dir;\r
 128         File fd = new File(dir);\r
 129         if (!fd.isDirectory()) { return doSequentialReadTest(dir); }\r
 130         fd.eachFile() { file -> TestForAll(file.getAbsolutePath()) };\r
 131     }\r
 132 }\r
 133 def JvLoadTest newJvLoadTest(String tempFile) {\r
 134         jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);\r
 135         System.gc();\r
 136         jalview.gui.Desktop.instance.desktop.showMemoryUsage(true);\r
 137         return new JvLoadTest(tempFile)\r
 138 }