examples/groovy/JvLoadTester.groovy

   1 import jalview.gui.*;
   2 import jalview.io.*;
   3
   4 def class JvLoadTest {
   5     FileLoader fl = null;
   6     def String safename = null;
   7     JvLoadTest(String sname) {
   8         if (!new File(sname).exists() || new File(sname).canWrite())
   9             {
  10                 safename = sname;
  11             } else {
  12                 System.err.println("Warning : "+sname+" isn't being used to store temporary files.");
  13             }
  14     }
  15     def public boolean doTest (file) {
  16         fl = new FileLoader(false);
  17         System.gc();
  18         AlignFrame af = fl.LoadFileWaitTillLoaded(file
  19                                                   ,FormatAdapter.FILE);
  20         return doTest(af);
  21     }
  22     def public boolean doSequentialReadTest (file) {
  23         return doSequentialReadTest(file, 0);
  24     }
  25     // Return true if there is more data to read.
  26     def public boolean peekFp(FileParse fp) {
  27         try { fp.mark(); }  catch (Exception ex) { System.err.println("FAILED mark."+ex); return false; };
  28         try {
  29           def String nl;
  30           for (i in 1..3) {
  31            nl = fp.nextLine();
  32            if (nl==null) { return false; }
  33            System.out.println(nl +"\\n");
  34           }
  35         } catch (Exception e) { // end of file.
  36                 return false; };
  37         try { fp.reset(); } catch (Exception ex) { System.err.println("FAILED rewind."+ex); return false; };
  38         return true;
  39     }
  40     /*
  41       Halt after loading the mx'th entry in the filestream
  42     */
  43     def public boolean doSequentialReadTest (file, int mx) {
  44         // first properly open the file
  45         //      if (!doTest(file)) { return };
  46         def FileParse fp = null;
  47         try {
  48                 fp = new FileParse(file, AppletFormatAdapter.FILE);
  49         } catch (Exception e) { System.err.println("Couldn't open "+file+"\\n"); e.printStackTrace(); return false;};
  50         Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null)
  51             System.gc();
  52         while (fp!=null && fp.isValid() && (mx==0 || mx!=fp.index)) {
  53             if (!peekFp(fp)) return false;
  54             fl = new FileLoader(false);
  55             AlignFrame af = fl.LoadFileWaitTillLoaded(fp, null);
  56             System.out.println("FileParse index: "+fp.index);
  57             if (af!=null && (mx==0 || mx!=fp.index))
  58                 {       def boolean res = doTest(af);
  59                 if (!res)
  60                     {
  61                         // return false;
  62                     }
  63                 } else {
  64                     // return false;
  65                 }
  66         }
  67         return true;
  68     }
  69     def public void waitTillSettled(AlignFrame af)
  70     {
  71         if (af==null) { return; }
  72         Thread.sleep(10);
  73         while (af.getViewport().updatingConsensus || af.getViewport().updatingConservation) {
  74             Thread.sleep(150); // wait until things settle down
  75         }
  76     }
  77     def public boolean doTest(AlignFrame af) {
  78         Object pr = af.getViewport().getAlignment().getProperty("AC");
  79         if (pr!=null) { System.out.println("Accession = "+(String) pr); }
  80         af.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null)
  81             def boolean done = false;
  82         // Just try to save - don\'t mess around with clipboard
  83         /*while (!done) {
  84           try {
  85           af.copy_actionPerformed(null)
  86           done = true;
  87           } catch (Exception e) {
  88           Thread.sleep(100); // wait until clipboard might be available again
  89           }
  90           }*/
  91         if (af==null) { return false; }
  92         waitTillSettled(af);
  93         // Try and save as a jalview project and reload
  94         try {
  95             //      af.saveAlignment(safename, "Jalview")
  96             new Jalview2XML().SaveState(new java.io.File(safename));
  97             Thread.sleep(100);
  98                 } catch (Exception ex) {
  99                     System.out.println("Couldn\'t save.");
 100                     ex.printStackTrace(System.err);
 101                     return false;
 102                 }
 103         waitTillSettled(af);
 104         try {
 105             Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 106         } catch (Exception ex) {}
 107         System.gc();
 108         try {
 109             af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(safename, FormatAdapter.FILE);
 110         }
 111         catch (Exception ex) {
 112             System.out.println("Couldn't reload saved file.");
 113             System.gc();
 114             return false;
 115         }
 116         waitTillSettled(af);
 117
 118         Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 119
 120         // af.paste(true)
 121         // af.newView_actionPerformed(null)
 122         // af.newView_actionPerformed(null)
 123
 124         return true;
 125     }
 126     def public boolean TestForAll(String dir) {
 127         println "For directory or file : "+dir;
 128         File fd = new File(dir);
 129         if (!fd.isDirectory()) { return doSequentialReadTest(dir); }
 130         fd.eachFile() { file -> TestForAll(file.getAbsolutePath()) };
 131     }
 132 }
 133 def JvLoadTest newJvLoadTest(String tempFile) {
 134         jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 135         System.gc();
 136         jalview.gui.Desktop.instance.desktop.showMemoryUsage(true);
 137         return new JvLoadTest(tempFile)
 138 }