examples/groovy/PIDmatrix.groovy

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels
  23 import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams
  24
  25 // generate matrix for current selection using standard Jalview PID
  26
  27 printSimilarityMatrix(true,true,SimilarityParams.Jalview)
  28
  29 /**
  30  * this function prints a sequence similarity matrix in PHYLIP format.
  31  * printSimilarityMatrix(selected-only, include-ids, pidMethod)
  32  *
  33  * Allowed values for pidMethod:
  34  *
  35  * Jalview's Comparison.PID method includes matching gaps
  36  * and counts over the length of the shorter gapped sequence
  37  * SimilarityParams.Jalview;
  38  *
  39  * 'SeqSpace' mode PCA calculation does not count matching
  40  * gaps but uses longest gapped sequence length
  41  *  SimilarityParams.SeqSpace;
  42  *
  43  * PID calcs from the Raghava-Barton paper
  44  * SimilarityParams.PID1: ignores gap-gap, does not score gap-residue,
  45  * includes gap-residue in lengths, matches on longer of two sequences.
  46  *
  47  * SimilarityParams.PID2: ignores gap-gap,ignores gap-residue,
  48  * matches on longer of two sequences
  49  *
  50  * SimilarityParams.PID3: ignores gap-gap,ignores gap-residue,
  51  * matches on shorter of sequences only
  52  *
  53  * SimilarityParams.PID4: ignores gap-gap,does not score gap-residue,
  54  * includes gap-residue in lengths,matches on shorter of sequences only.
  55  */
  56
  57 void printSimilarityMatrix(boolean selview=false, boolean includeids=true, SimilarityParams pidMethod) {
  58
  59   def currentAlignFrame = Jalview.getCurrentAlignFrame()
  60
  61   jalview.gui.AlignViewport av = currentAlignFrame.getCurrentView()
  62
  63   jalview.datamodel.AlignmentView seqStrings = av.getAlignmentView(selview)
  64
  65   if (!selview || av.getSelectionGroup()==null) {
  66     start = 0
  67     end = av.getAlignment().getWidth()
  68     seqs = av.getAlignment().getSequencesArray()
  69   } else {
  70     start = av.getSelectionGroup().getStartRes()
  71     end = av.getSelectionGroup().getEndRes() + 1
  72     seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment())
  73   }
  74
  75   distanceCalc = ScoreModels.getInstance().getScoreModel("PID",
  76       (jalview.api.AlignmentViewPanel) currentAlignFrame.alignPanel)
  77
  78   def distance=distanceCalc.findSimilarities(
  79       seqStrings.getSequenceStrings(jalview.util.Comparison.GAP_DASH),pidMethod)
  80
  81   // output the PHYLIP Matrix
  82
  83   print distance.width()+" "+distance.height()+"\n"
  84
  85   p = 0
  86
  87   for (v in 1..distance.height()) {
  88
  89     if (includeids) {
  90       print seqs[p++].getDisplayId(false)+" "
  91     }
  92
  93     for (r in 1..distance.width()) {
  94       print distance.getValue(v-1,r-1)+" "
  95     }
  96
  97     print "\n"
  98   }
  99 }