examples/groovy/annotationForSelectedSequence.groovy

   1 // Requested by David M Garcia (v3)
   2 // very messy script to output the scores in annotation rows
   3 // for the first sequence in a selection on the topmost alignment
   4
   5 // thanks to this thread for cut'n'paste code
   6 // http://comments.gmane.org/gmane.comp.lang.groovy.user/53010
   7
   8 // Jalview issue at http://issues.jalview.org/browse/JAL-1516
   9
  10 import java.awt.datatransfer.StringSelection
  11 import static java.awt.Toolkit.*
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  13
  14 def curviewport = Jalview.getAlignframes()[Jalview.getAlignframes().length-1].getViewport();
  15
  16 // TSV output by default.
  17 // change "\t" to "," to output CSV file
  18 def sep = "\t";
  19
  20 if (curviewport.getSelectionGroup()) {
  21   // gets selection for topmost alignment
  22   def selreg = curviewport.getSelectionGroup();
  23   // get aligned positions of first sequence selected
  24   def gaps = selreg.getSequenceAt(0).gapMap();
  25   String csvfile="";
  26   String sseq=""
  27
  28   curviewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation().eachWithIndex{ aa, apos ->
  29     def count=1
  30     String csv=""
  31     gaps.eachWithIndex{col,spos -> if (col>=selreg.getStartRes() && col<=selreg.getEndRes()) {
  32       // add sequence for debugging
  33       if (count>sseq.length()) {
  34           sseq+=sep+selreg.getSequenceAt(0).getCharAt(col); count=sseq.length()+1;
  35       };
  36       // output height of histogram
  37       csv+=sep;
  38       def annot = aa.annotations[col];
  39       if (annot != null) {
  40           csv+=aa.annotations[col].value;
  41       }
  42       // Uncomment to output string shown in tooltip
  43       // csv+=sep+aa.annotations[col].description;
  44     }}
  45     if (csv.length()>0) {
  46         csvfile+=aa.label+csv+"\n"
  47     }
  48   }
  49   defaultToolkit.systemClipboard.setContents(new StringSelection(selreg.getSequenceAt(0).getName()+sseq+"\n"+csvfile), null)
  50   print "Sequence"+sseq+"\n";
  51   print csvfile;
  52   print "\nAlignment Annotation for first selected sequence copied to the clipboard.\n"
  53 } else {
  54     "Select a region in the alignment window.";
  55 }