examples/groovy/colourSchemes.groovy

   1 import java.awt.Color;
   2 import jalview.schemes.ResidueColourScheme;
   3 import jalview.schemes.ColourSchemes;
   4 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
   5 import java.util.Map;
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7
   8 /*
   9  * Example script that registers two new alignment colour schemes
  10  */
  11
  12 /*
  13  * Class that defines a colour scheme where odd columns are red,
  14  * even numbered columns are blue, and gaps are yellow
  15  */
  16 class Stripy extends ResidueColourScheme {
  17     Stripy() { }
  18     String getSchemeName() { "stripy" }
  19     Stripy getInstance(AnnotatedCollectionI coll, Map map) { new Stripy() }
  20     Color findColour(char res, int col, SequenceI seq) {
  21       // determine the colour
  22       Color colour = findColour(res, col)
  23       // let Jalview apply conservation or consensus shading
  24       adjustColour(res, col, colour);
  25     }
  26     Color findColour(char res, int col) {
  27         if (res == ' ' || res == '-' || res == '.')
  28         {
  29             Color.yellow
  30          } else if (col % 2 == 0)
  31          {
  32             Color.blue
  33          } else
  34          {
  35             Color.red
  36          }
  37     }
  38 }
  39
  40 /*
  41  * Class that defines a colour scheme graduated
  42  * (approximately) by amino acid weight
  43  */
  44 class ByWeight extends ResidueColourScheme {
  45     int min = 75
  46     int max = 204
  47     ByWeight() { }
  48     boolean isPeptideSpecific() {true}
  49     String getSchemeName() { "By Weight" }
  50     ByWeight getInstance(AnnotatedCollectionI coll, Map map) { new ByWeight() }
  51     Color makeColour(int weight) {
  52       int i = 255 * (weight - min) / (max - min);
  53       new Color(i, 0, i);
  54     }
  55     Color findColour(char res, int col, SequenceI seq) {
  56       // determine the colour
  57       Color colour = findColour(res, col)
  58       // let Jalview apply any conservation or consensus shading
  59       adjustColour(res, col, colour);
  60     }
  61     Color findColour(char res, int col) {
  62         switch (res) {
  63           case ' ':
  64           case '-':
  65           case '.':
  66             Color.white
  67              break
  68           case 'A':
  69             makeColour(89)
  70             break
  71           case 'R':
  72             makeColour(174)
  73             break
  74           case 'N':
  75           case 'D':
  76           case 'B':
  77           case 'I':
  78           case 'L':
  79             makeColour(132)
  80             break
  81           case 'C':
  82             makeColour(121)
  83             break
  84           case 'Q':
  85           case 'E':
  86           case 'Z':
  87           case 'K':
  88           case 'M':
  89             makeColour(146)
  90             break
  91           case 'G':
  92             makeColour(75)
  93             break
  94           case 'H':
  95             makeColour(155)
  96             break
  97           case 'F':
  98             makeColour(165)
  99             break
 100           case 'P':
 101             makeColour(115)
 102             break
 103           case 'S':
 104             makeColour(105)
 105             break
 106           case 'T':
 107             makeColour(119)
 108             break
 109           case 'W':
 110             makeColour(204)
 111             break
 112           case 'Y':
 113             makeColour(181)
 114             break
 115           case 'V':
 116             makeColour(117)
 117             break
 118           default:
 119             makeColour(150)
 120         }
 121       }
 122 }
 123
 124 ColourSchemes.instance.registerColourScheme(new Stripy())
 125 ColourSchemes.instance.registerColourScheme(new ByWeight())