examples/groovy/exportconsensus.groovy

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 // export a consensus sequence
  23 // execute this script via command line for an alignment - e.g.
  24 // jalview -groovy exportconsensus.groovy -headless -open examples/uniref50.fa
  25
  26 def alf = Jalview.getAlignFrames();
  27 for (ala in alf)
  28 {
  29   // ala is an jalview.gui.AlignFrame object
  30   jalview.datamodel.SequenceI seq = ala.viewport.getConsensusSeq();
  31   print new jalview.io.FastaFile().print(((jalview.datamodel.SequenceI[]) [seq]),false)+"\n";
  32 }