examples/javascript/jvcontroller.js

   1 /**
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19
  20
  21     //var currentPage = (readCookie("current_page")) ? readCookie("current_page") : "applets";
  22     var currentPage = "applets";
  23     var signedJars = "jalviewApplet.jar,JmolApplet-12.2.4.jar,java-json.jar,json_simple-1.1.jar";
  24     var unsignedJars = "u_jalviewApplet.jar,u_JmolApplet-12.2.4.jar,u_java-json.jar,u_json_simple-1.1.jar";
  25     setOrUpdateCookie('jv_applet_mode', 'false', '1');
  26     //var isSignedAppletMode = readCookie("jv_applet_mode");
  27     var appletJars = (isSignedAppletMode === 'true') ? signedJars : unsignedJars;
  28     //alert(unsigned);
  29
  30
  31     function createAppletTag(code, name, archive, width, height, params){
  32         var app = document.createElement('applet');
  33         app.code= code;
  34         app.width = width;
  35         app.height = height;
  36         app.archive = archive;
  37
  38         var arrayLength = params.length;
  39         for (var i = 0; i < arrayLength; i++) {
  40             //console.log('name : '+ params[i][0] + ' code : '+ params[i][1]);
  41             var param = document.createElement('param');
  42             param.name = params[i][0];
  43             param.value = params[i][1];
  44             app.appendChild(param);
  45         }
  46         return app;
  47     }
  48
  49     function readCookie(name) {
  50         var nameEQ = name + "=";
  51         var ca = document.cookie.split(';');
  52         for(var i=0;i < ca.length;i++) {
  53             var c = ca[i];
  54             while (c.charAt(0)==' ') c = c.substring(1,c.length);
  55             if (c.indexOf(nameEQ) == 0) return c.substring(nameEQ.length,c.length);
  56         }
  57         return null;
  58     }
  59
  60     function setOrUpdateCookie(name, value, days) {
  61         var expires;
  62         if (days) {
  63             var date = new Date();
  64             date.setTime(date.getTime() + (days * 24 * 60 * 60 * 1000));
  65             expires = "; expires=" + date.toGMTString();
  66         }
  67         else {
  68             expires = "";
  69         }
  70         document.cookie = name + "=" + value + expires + "; path=/";
  71     }
  72
  73    $(function(){
  74        //alert("cur page : " + currentPage);
  75        $('#header').load("includes/header_jv.html");
  76        $('#content').load(currentPage+".html");
  77        $('#nav').load("includes/nav_jv.html");
  78        $('#footer').load("includes/footer_jv.html");
  79        $('#'+ currentPage).addClass('active-trail active');
  80    });
  81
  82   $(document).ready(function(){
  83     //var currentPage = (readCookie("current_page")) ? readCookie("current_page") : "applets.html";
  84     //updateLinks(currentPage);
  85     var params = [["file","uniref50.fa"],
  86                   ["treeFile","ferredoxin.nw"],
  87                   ["userDefinedColour","C=yellow; R,K,H=FF5555; D,E=5555F"],
  88                   ["sortByTree","True"],
  89                   ["showSequenceLogo","true"],
  90                   ["showGroupConsensus","true"],
  91                   ["showFullId","false"],
  92                   ["linkLabel_1","Uniprot"],
  93                   ["linkUrl_1","http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$"],
  94                   ["linkLabel_2","EMBL-EBI Search"],
  95                   ["linkUrl_2","http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"],
  96                   ["APPLICATION_URL","http://www.jalview.org/services/launchApp"]];
  97     var app = createAppletTag('jalview.bin.JalviewLite','',appletJars,'140','35', params);
  98     console.log('—————————> app ———————>  ' + app);
  99     //var appDiv = document.getElementById("applet_div");
 100     //var appDiv = document.getElementById("applet_div");
 101     //appDiv.appendChild(app);
 102     $("<div class='newbox'>I'm new box by appendTo</div>").appendTo('.applet_div');
 103     //$(‘.applet_div').append(app);
 104   });
 105
 106 function doSubmit(target){
 107    //setOrUpdateCookie('current_page', target, '1');
 108    //alert('current page : ' + readCookie("current_page"));
 109    var currentPage = target+'.html';
 110    $('#content').load(currentPage);
 111    updateLinks(target);
 112 }
 113
 114 function updateLinks(target) {
 115     var ul = document.getElementById("menu");
 116     var items = ul.getElementsByTagName("li");
 117     for (var i = 0; i < items.length; ++i) {
 118         removeClass(items[i], "active-trail active");
 119     }
 120    $('#'+ target).addClass('active-trail active');
 121 }
 122
 123 function hasClass(ele,cls) {
 124   return !!ele.className.match(new RegExp('(\\s|^)'+cls+'(\\s|$)'));
 125 }
 126
 127 function addClass(ele,cls) {
 128   if (!hasClass(ele,cls)) ele.className += " "+cls;
 129 }
 130
 131 function removeClass(ele,cls) {
 132   if (hasClass(ele,cls)) {
 133     var reg = new RegExp('(\\s|^)'+cls+'(\\s|$)');
 134     ele.className=ele.className.replace(reg,' ');
 135   }
 136 }