examples/linkedapplets_ng.html

   1 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   4  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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  11  *
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  16  *
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  18 -->
  19 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
  20 <head>
  21 <title>Linked Jalview Applets Demo</title>
  22   <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />
  23
  24  <link href="css/reset.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
  25  <link href="css/style.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
  26 <script src="http://www.java.com/js/deployJava.js"></script>
  27 <script src="javascript/jalview.js" language="javascript"></script>
  28 <script>  //deployJava.debug="true";
  29
  30   function lJvApp() {
  31     var jvapp = document.getElementById("jvapp");
  32     var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");
  33     setConsole(document.getElementById("stdout"));
  34     //jvapp.setSeparator(""+jvapp.getSeparator());
  35     linkJvJmol(jvapp);
  36   };
  37
  38   function lJvFollow() {
  39     var jvapp = document.getElementById("jvapp");
  40     var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");
  41     //jvfollower.setSeparator(""+jvfollower.getSeparator());
  42     linkJvJmol(jvfollower);
  43   };
  44 </script>
  45
  46   <!--[if IE 6]>
  47  <link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/ie6.css" />
  48 <![endif]-->
  49
  50 <!--[if IE 7]>
  51  <link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/ie7.css" />
  52 <![endif]-->
  53
  54 <!-- dd menu -->
  55 <script type="text/javascript">
  56 <!--
  57 var timeout         = 500;
  58 var closetimer  = 0;
  59 var ddmenuitem      = 0;
  60
  61 // open hidden layer
  62 function mopen(id)
  63 {
  64  // cancel close timer
  65  mcancelclosetime();
  66
  67  // close old layer
  68  if(ddmenuitem) ddmenuitem.style.visibility = 'hidden';
  69
  70  // get new layer and show it
  71  ddmenuitem = document.getElementById(id);
  72  ddmenuitem.style.visibility = 'visible';
  73
  74 }
  75 // close showed layer
  76 function mclose()
  77 {
  78  if(ddmenuitem) ddmenuitem.style.visibility = 'hidden';
  79 }
  80
  81 // go close timer
  82 function mclosetime()
  83 {
  84  closetimer = window.setTimeout(mclose, timeout);
  85 }
  86
  87 // cancel close timer
  88 function mcancelclosetime()
  89 {
  90  if(closetimer)
  91  {
  92   window.clearTimeout(closetimer);
  93   closetimer = null;
  94  }
  95 }
  96
  97 // close layer when click-out
  98 document.onclick = mclose;
  99 // -->
 100 </script>
 101
 102 </head>
 103
 104
 105 <body>
 106
 107
 108 <div id="header">
 109 <div id="logo"><a href="/" title="Home"></a></div>
 110 <ul id="buttons">
 111 <li id="applet"><a href="applets.html" title="applet"></a></li>
 112 <li id="desktop"><a href="/webstart/jalview.jnlp" title="desktop"></a></li>
 113 </ul>
 114 </div>
 115
 116
 117 <div id ="nav">
 118 <div id="navInner">
 119
 120 <ul id="sddm">
 121  <li><a href="#">Home</a></li>
 122  <li><a href="#" onmouseover="mopen('m1')" onmouseout="mclosetime()">About</a>
 123   <div id="m1" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 124   <a href="#">Documentation</a>
 125   <a href="#">Publications</a>
 126   <a href="#">Credits</a>
 127   <a href="#">Screenshots</a>
 128   </div>
 129  </li>
 130  <li><a href="#">FAQ</a></li>
 131  <li><a href="#" onmouseover="mopen('m3')" onmouseout="mclosetime()" class="community">Community</a>
 132   <div id="m3" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 133   <a href="#">News Mailing List</a>
 134   <a href="#">Discussion Mailing List</a>
 135   <a href="#">Links</a>
 136   <a href="#">Community News</a>
 137   </div>
 138  </li>
 139  <li><a href="#" onmouseover="mopen('m4')" onmouseout="mclosetime()" class="development">Development</a>
 140   <div id="m4" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 141   <a href="#">Release History</a>
 142   <a href="#">Jalview Bug Tracker</a>
 143   <a href="#">Jalview Git Web</a>
 144   <a href="#">Development News</a>
 145   </div>
 146  </li>
 147  <li><a href="#" onmouseover="mopen('m5')" onmouseout="mclosetime()" class="training">Training</a>
 148   <div id="m5" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 149   <a href="#">Training Courses</a>
 150   <a href="#">Training News</a>
 151   </div>
 152  </li>
 153  <li><a href="#" class="download-right">Download</a></li>
 154 </ul>
 155 <div style="clear:both"></div>
 156 </div>
 157
 158 </div>
 159
 160
 161 <div id="pageWrap">
 162
 163 <div id="sideNav">
 164 <ul>
 165 <li><a href="applets.html">JalviewLite Examples</a></li>
 166 <li><a href="appletParameters.html">Applet Parameters</a></li>
 167 <li><a href="jalviewLiteJs.html">Javascript API</a></li>
 168 <li><a href="formComplete.html">in-page API demo</a></li>
 169 <li class="jvlite-nav-small"><a href="linkedApplets_ng.html">Two JalviewLites demo</a></li>
 170 <li><a href="embeddedWJmol.html">Jalview and Jmol demo</a></li>
 171 </ul>
 172 </div>
 173
 174 <div id="content" class="content">
 175     <strong>JalviewLite Linked Applets Demo<br></strong>
 176     <p>The two applets below use <a href="JalviewLiteJs.html">JalviewLite's javascript API</a> to exchange events about the currently selected region and mouse position in the alignment.
 177     </p>
 178         <script>
 179   var attributes = {
 180     code : 'jalview.bin.JalviewLite',
 181     archive : 'jalviewApplet.jar',
 182     width : 800,
 183     height : 300,
 184     mayscript : 'True', scriptable: 'True',
 185     id : 'jvapp'
 186   };
 187   var parameters = {
 188     oninit : "lJvApp",
 189     automaticScrolling : "true",
 190     file : "plantfdx.fa",
 191     annotations : "plantfdx.annotations",
 192     debug : "true",
 193     wrap : "false",
 194     // separator : "^",
 195     showAnnotation : "true",
 196     embedded : "true",
 197     showFullId : "false",
 198     RGB : "F2F2FF",
 199     linkLabel_1 : "EMBL-EBI Search",
 200     linkUrl_1 : "http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"
 201     ,
 202     linkLabel_2 : "Uniprot"
 203     ,
 204     linkUrl_2 : "http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$",
 205     APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp"
 206   };
 207
 208   deployJava.runApplet(attributes, parameters, '1.6');
 209 </script>
 210 <script>
 211   var attributes = {
 212     code : 'jalview.bin.JalviewLite',
 213     archive : 'jalviewApplet.jar',
 214     width : 800,
 215     height : 300,
 216     mayscript : 'True', scriptable: 'True',
 217     id : "jvfollower"
 218   };
 219   var parameters = {
 220     oninit : "lJvFollow",
 221     file : "plantfdx.fa",
 222     annotations : "plantfdx.annotations",
 223     automaticScrolling : "true",
 224     debug : "true",
 225     wrap : "false",
 226     // separator : "^",
 227     showAnnotation : "true",
 228     embedded : "true",
 229     showFullId : "false",
 230     RGB : "F2F2FF",
 231     linkLabel_1 : "EMBL-EBI Search",
 232     linkUrl_1 : "http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"
 233     ,
 234     linkLabel_2 : "Uniprot"
 235     ,
 236     linkUrl_2 : "http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$",
 237    APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp"
 238   };
 239   deployJava.runApplet(attributes, parameters, '1.6');
 240 </script>
 241     <p>
 242 <!--      <a href="javascript:linkJvJmol()">Click Me If you don't see any messages below</a>
 243       <br>
 244        --><form name="console" id="console"><textarea name="output"
 245         id="stdout" rows="20" cols="80">Messages  will appear here.</textarea></form>
 246       <br>
 247 </p>
 248 </div>
 249 </div>
 250 <div id ="footer">
 251 <div id="innerFooter">
 252 <div id="copyright"><p>Published under <a href="http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/">CC-SA 3.0</a></p></div>
 253 <div id="cite">
 254 <p>
 255 If you use Jalview in your work, please cite this publication:
 256 </p>
 257 <br />
 258 <p>
 259 Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
 260 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
 261 Bioinformatics 25 (9) 1189-1191 <a href="http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btp033">doi: 10.1093/bioinformatics/btp033</a>
 262 </p>
 263 </div>
 264 </div>
 265 </div>
 266
 267 <script type="text/javascript">
 268     var gaJsHost = (("https:" == document.location.protocol) ?
 269  "https://ssl." : "http://www.");
 270     document.write(unescape("%3Cscript src=\'" + gaJsHost +
 271  "google-analytics.com/ga.js\' type=\'text/javascript\'%3E%3C/script%3E"));
 272 </script>
 273 <script type="text/javascript">
 274 try{
 275     var pageTracker = _gat._getTracker("'UA-9060947-1'");
 276     pageTracker._trackPageview();
 277 } catch(err) {}
 278 </script>
 279 </body>
 280 </html>