examples/linkedapplets_ng.html

   1 <!--
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18 -->
  19
  20 <!-- boiler plate link to alternate demopage -->
  21 <div style="width: 100%">
  22 <div style="width:35%; align:left; float:right;">
  23 <div style="margin:8px; padding:10px; border: 2px solid black; align: left;">
  24 <p>Quick Links to jars for example:<br/><a href="jalviewApplet.jar">jalviewApplet.jar</a> and <a href="JmolApplet-12.2.4.jar">JmolApplet.jar</a>
  25 </p></div>
  26 </div>
  27 </div>
  28
  29 <!-- content template start -->
  30 <script src="javascript/deployJava.js"></script>
  31 <script src="javascript/jshashtable-2.1.js" language="javascript"></script>
  32 <script src="javascript/jalview.js" language="javascript"></script>
  33 <script>  //deployJava.debug="true";
  34
  35   function lJvApp() {
  36     var jvapp = document.getElementById("jvapp");
  37     var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");
  38     setConsole(document.getElementById("stdout"));
  39     //jvapp.setSeparator(""+jvapp.getSeparator());
  40     linkJvJmol(jvapp);
  41   };
  42
  43   function lJvFollow() {
  44     var jvapp = document.getElementById("jvapp");
  45     var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");
  46     //jvfollower.setSeparator(""+jvfollower.getSeparator());
  47     linkJvJmol(jvfollower);
  48   };
  49 </script>
  50     <h2>JalviewLite Linked Applets Demo</h2>
  51     <p>The two applets below use <a href="javascript:doSubmit('jalviewLiteJs')">JalviewLite's javascript API</a> to exchange events about the currently selected region and mouse position in the alignment.
  52     </p>
  53         <script>
  54   var attributes = {
  55     code : 'jalview.bin.JalviewLite',
  56     archive : 'jalviewApplet.jar,JmolApplet-12.2.4.jar',
  57     width : 800,
  58     height : 300,
  59     mayscript : 'True', scriptable: 'True',
  60     id : 'jvapp'
  61   };
  62   var parameters = {
  63     oninit : "lJvApp",
  64     automaticScrolling : "true",
  65     file : "plantfdx.fa",
  66     annotations : "plantfdx.annotations",
  67     debug : "true",
  68     wrap : "false",
  69     // separator : "^",
  70     showAnnotation : "true",
  71     embedded : "true",
  72     showFullId : "false",
  73     RGB : "F2F2FF",
  74     linkLabel_1 : "EMBL-EBI Search",
  75     linkUrl_1 : "http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"
  76     ,
  77     linkLabel_2 : "Uniprot"
  78     ,
  79     linkUrl_2 : "http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$",
  80     permissions : 'sandbox',
  81     APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp"
  82   };
  83
  84   deployJava.runApplet(attributes, parameters, '1.6');
  85 </script>
  86 <script>
  87   var attributes = {
  88     code : 'jalview.bin.JalviewLite',
  89     archive : 'jalviewApplet.jar,JmolApplet-12.2.4.jar',
  90     width : 800,
  91     height : 300,
  92     mayscript : 'True', scriptable: 'True',
  93     id : "jvfollower"
  94   };
  95   var parameters = {
  96     oninit : "lJvFollow",
  97     file : "plantfdx.fa",
  98     annotations : "plantfdx.annotations",
  99     automaticScrolling : "true",
 100     debug : "true",
 101     wrap : "false",
 102     // separator : "^",
 103     showAnnotation : "true",
 104     embedded : "true",
 105     showFullId : "false",
 106     RGB : "F2F2FF",
 107     linkLabel_1 : "EMBL-EBI Search",
 108     linkUrl_1 : "http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"
 109     ,
 110     linkLabel_2 : "Uniprot",
 111     linkUrl_2 : "http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$",
 112     permissions : 'sandbox',
 113    APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp"
 114   };
 115   deployJava.runApplet(attributes, parameters, '1.6');
 116 </script>
 117     <p>
 118 <!--      <a href="javascript:linkJvJmol()">Click Me If you don't see any messages below</a>
 119       <br>
 120        -->
 121 <form name="console" id="console">
 122 <textarea name="output"
 123         id="stdout" rows="20" cols="80">Messages  will appear here.</textarea></form>
 124       <br>
 125 </p>
 126 <!-- content template end -->