examples/linkedapplets_ng.html

   1 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   4  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
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  18 -->
  19 <head>
  20   <TITLE>Linked JalviewLites</TITLE>
  21   <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />
  22
  23  <link href="css/reset.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
  24  <link href="css/style.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
  25
  26   <!--[if IE 6]>
  27  <link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/ie6.css" />
  28 <![endif]-->
  29
  30 <!--[if IE 7]>
  31  <link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/ie7.css" />
  32 <![endif]-->
  33
  34 <!-- dd menu -->
  35 <script type="text/javascript">
  36 <!--
  37 var timeout         = 500;
  38 var closetimer  = 0;
  39 var ddmenuitem      = 0;
  40
  41 // open hidden layer
  42 function mopen(id)
  43 {
  44  // cancel close timer
  45  mcancelclosetime();
  46
  47  // close old layer
  48  if(ddmenuitem) ddmenuitem.style.visibility = 'hidden';
  49
  50  // get new layer and show it
  51  ddmenuitem = document.getElementById(id);
  52  ddmenuitem.style.visibility = 'visible';
  53
  54 }
  55 // close showed layer
  56 function mclose()
  57 {
  58  if(ddmenuitem) ddmenuitem.style.visibility = 'hidden';
  59 }
  60
  61 // go close timer
  62 function mclosetime()
  63 {
  64  closetimer = window.setTimeout(mclose, timeout);
  65 }
  66
  67 // cancel close timer
  68 function mcancelclosetime()
  69 {
  70  if(closetimer)
  71  {
  72   window.clearTimeout(closetimer);
  73   closetimer = null;
  74  }
  75 }
  76
  77 // close layer when click-out
  78 document.onclick = mclose;
  79 // -->
  80 </script>
  81   <script>
  82     <!--//--><![CDATA[//><!--
  83 var _gaq = _gaq || [];_gaq.push(["_setAccount", "UA-9060947-1"]);_gaq.push(["_trackPageview"]);(function() {var ga = document.createElement("script");ga.type = "text/javascript";ga.async = true;ga.src = ("https:" == document.location.protocol ? "https://ssl" : "http://www") + ".google-analytics.com/ga.js";var s = document.getElementsByTagName("script")[0];s.parentNode.insertBefore(ga, s);})();
  84 //--><!]]>
  85   </script>
  86
  87 </head>
  88
  89
  90 <body>
  91
  92
  93 <div id="header">
  94 <div id="logo"><a href="http://www.jalview.org" title="Home"></a></div>
  95 <ul id="buttons">
  96 <li id="applet"><a href="applets.html" title="applet"></a></li>
  97 <li id="desktop"><a href="../webstart/jalview.jnlp" title="desktop"></a></li>
  98 </ul>
  99 </div>
 100
 101
 102 <div id ="nav">
 103 <div id="navInner">
 104
 105 <ul id="sddm">
 106  <li><a href="http://www.jalview.org">Home</a></li>
 107  <li><a href="http://www.jalview.org/about" onmouseover="mopen('m1')" onmouseout="mclosetime()">About</a>
 108   <div id="m1" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 109   <a href="http://www.jalview.org/about/documentation">Documentation</a>
 110   <a href="http://www.jalview.org/about/citation">Publications</a>
 111   <a href="http://www.jalview.org/about/credits">Credits</a>
 112   </div>
 113  </li>
 114  <li><a href="http://www.jalview.org/faq">FAQ</a></li>
 115  <li><a href="http://www.jalview.org/community" onmouseover="mopen('m3')" onmouseout="mclosetime()" class="community">Community</a>
 116   <div id="m3" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 117   <a href="http://www.jalview.org/mailman/listinfo/jalview-announce">News Mailing List</a>
 118   <a href="http://www.jalview.org/mailman/listinfo/jalview-discuss">Discussion Mailing List</a>
 119   <a href="http://www.jalview.org/community/links">Links</a>
 120   <a href="http://www.jalview.org/community/community-news">Community News</a>
 121   </div>
 122  </li>
 123  <li><a href="http://www.jalview.org/development" onmouseover="mopen('m4')" onmouseout="mclosetime()" class="development">Development</a>
 124   <div id="m4" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 125   <a href="http://www.jalview.org/development/release-history">Release History</a>
 126   <a href="http://issues.jalview.org">Jalview Bug Tracker</a>
 127   <a href="http://source.jalview.org/gitweb/">Jalview Git Web</a>
 128   <a href="http://www.jalview.org/development/development-news">Development News</a>
 129   </div>
 130  </li>
 131  <li><a href="http://www.jalview.org/training" onmouseover="mopen('m5')" onmouseout="mclosetime()" class="training">Training</a>
 132   <div id="m5" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 133   <a href="http://www.jalview.org/training/training-courses">Training Courses</a>
 134   <a href="http://www.jalview.org/training/training-news">Training News</a>
 135   </div>
 136  </li>
 137  <li><a href="http://www.jalview.org/download" class="download-right">Download</a></li>
 138 </ul>
 139 <div style="clear:both"></div>
 140 </div>
 141
 142 </div>
 143
 144
 145 <div id="pageWrap">
 146
 147 <div id="sideNav">
 148 <ul>
 149 <li><a href="applets.html">JalviewLite Examples</a></li>
 150       <li ><a href="jalviewLiteJs.html">Javascript API</a></li>
 151 <li><a href="appletParameters.html">Applet Parameters</a></li>
 152       <li ><a href="embedded.html">Embedded Alignment</a></li>
 153       <li ><a href="embeddedWJmol.html">Jalview and Jmol</a></li>
 154       <li ><a href="formComplete.html">Access from Javascript</a></li>
 155       <li ><a href="javascriptLaunch.html">Javascript Launch</a></li>
 156       <li class="jvlite-nav-small"><a href="linkedapplets_ng.html">Linked JalviewLites</a></li>
 157 </ul>
 158 </div>
 159
 160 <div id="content" class="content">
 161
 162
 163 <!-- boiler plate link to alternate demopage -->
 164
 165 <div style="width: 100%">
 166 <div style="width:35%; align:left; float:right;">
 167 <div style="margin:8px; padding:8px; border: 2px solid black; align: center; float:center;">
 168  Examples aren't working ?<br/>Try <a href="u_linkedapplets_ng.html">the unsigned applet demos</a>
 169 </div>
 170 <div style="margin:8px; padding:10px; align: left;">
 171 <p>Quick Links to jars for example:<br/><a href="jalviewApplet.jar">jalviewApplet.jar</a> and <a href="JmolApplet-12.2.4.jar">JmolApplet.jar</a>
 172 </p></div>
 173 </div>
 174 </div>
 175
 176 <!-- content template start -->
 177 <script src="http://www.java.com/js/deployJava.js"></script>
 178 <script src="javascript/jalview.js" language="javascript"></script>
 179 <script>  //deployJava.debug="true";
 180
 181   function lJvApp() {
 182     var jvapp = document.getElementById("jvapp");
 183     var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");
 184     setConsole(document.getElementById("stdout"));
 185     //jvapp.setSeparator(""+jvapp.getSeparator());
 186     linkJvJmol(jvapp);
 187   };
 188
 189   function lJvFollow() {
 190     var jvapp = document.getElementById("jvapp");
 191     var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");
 192     //jvfollower.setSeparator(""+jvfollower.getSeparator());
 193     linkJvJmol(jvfollower);
 194   };
 195 </script>
 196     <h2>JalviewLite Linked Applets Demo</h2>
 197     <p>The two applets below use <a href="jalviewLiteJs.html">JalviewLite's javascript API</a> to exchange events about the currently selected region and mouse position in the alignment.
 198     </p>
 199         <script>
 200   var attributes = {
 201     code : 'jalview.bin.JalviewLite',
 202     archive : 'jalviewApplet.jar',
 203     width : 800,
 204     height : 300,
 205     mayscript : 'True', scriptable: 'True',
 206     id : 'jvapp'
 207   };
 208   var parameters = {
 209     oninit : "lJvApp",
 210     automaticScrolling : "true",
 211     file : "plantfdx.fa",
 212     annotations : "plantfdx.annotations",
 213     debug : "true",
 214     wrap : "false",
 215     // separator : "^",
 216     showAnnotation : "true",
 217     embedded : "true",
 218     showFullId : "false",
 219     RGB : "F2F2FF",
 220     linkLabel_1 : "EMBL-EBI Search",
 221     linkUrl_1 : "http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"
 222     ,
 223     linkLabel_2 : "Uniprot"
 224     ,
 225     linkUrl_2 : "http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$",
 226     permissions : 'sandbox',
 227     APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp"
 228   };
 229
 230   deployJava.runApplet(attributes, parameters, '1.6');
 231 </script>
 232 <script>
 233   var attributes = {
 234     code : 'jalview.bin.JalviewLite',
 235     archive : 'jalviewApplet.jar',
 236     width : 800,
 237     height : 300,
 238     mayscript : 'True', scriptable: 'True',
 239     id : "jvfollower"
 240   };
 241   var parameters = {
 242     oninit : "lJvFollow",
 243     file : "plantfdx.fa",
 244     annotations : "plantfdx.annotations",
 245     automaticScrolling : "true",
 246     debug : "true",
 247     wrap : "false",
 248     // separator : "^",
 249     showAnnotation : "true",
 250     embedded : "true",
 251     showFullId : "false",
 252     RGB : "F2F2FF",
 253     linkLabel_1 : "EMBL-EBI Search",
 254     linkUrl_1 : "http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"
 255     ,
 256     linkLabel_2 : "Uniprot",
 257     linkUrl_2 : "http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$",
 258     permissions : 'sandbox',
 259    APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp"
 260   };
 261   deployJava.runApplet(attributes, parameters, '1.6');
 262 </script>
 263     <p>
 264 <!--      <a href="javascript:linkJvJmol()">Click Me If you don't see any messages below</a>
 265       <br>
 266        -->
 267 <form name="console" id="console">
 268 <textarea name="output"
 269         id="stdout" rows="20" cols="80">Messages  will appear here.</textarea></form>
 270       <br>
 271 </p>
 272 <!-- content template end -->
 273
 274
 275
 276 </div> <!-- end content div -->
 277
 278 </div> <!-- content -->
 279 </div> <!-- pagewrap -->
 280 <div id ="footer">
 281 <div id="innerFooter">
 282 <div id="copyright"><p>Published under <a href="http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/">CC-SA 3.0</a></p></div>
 283 <div id="cite">
 284 <p>
 285 If you use Jalview in your work, please cite this publication:
 286 </p>
 287 <br />
 288 <p>
 289 Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
 290 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
 291 Bioinformatics 25 (9) 1189-1191 <a href="http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btp033">doi: 10.1093/bioinformatics/btp033</a>
 292 </p>
 293 </div>
 294 </div>
 295 </div>
 296 </body>
 297 </html>