JAL-3490 match count independent of contiguous matches count
[jalview.git] / examples / plantfdx.features
1 HELIX   d4d189
2 MOD_RES 47e459
3 TRANSIT 6f949b
4 TURN    1d1e2d
5 METAL   70686e
6 SIGNAL  92c7dd
7 VARIANT 60beac
8 Pfam    dc206a
9 CONFLICT        c46c6e
10 STRAND  25c54c
11
12 STARTGROUP      uniprot
13 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER_CAPAA       -1      39      39      METAL
14 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER_CAPAA       -1      44      44      METAL
15 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER_CAPAA       -1      47      47      METAL
16 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER_CAPAA       -1      77      77      METAL
17 <html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 8_83</a></html>        FER_CAPAA       -1      8       83      Pfam
18 Chloroplast     FER_CAPAN       -1      1       47      TRANSIT
19 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER_CAPAN       -1      86      86      METAL
20 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER_CAPAN       -1      91      91      METAL
21 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER_CAPAN       -1      94      94      METAL
22 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER_CAPAN       -1      124     124     METAL
23 Phosphothreonine        FER_CAPAN       -1      136     136     MOD_RES
24 <html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 55_130</a></html>      FER_CAPAN       -1      55      130     Pfam
25 Chloroplast     FER1_SOLLC      -1      1       47      TRANSIT
26 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER1_SOLLC      -1      86      86      METAL
27 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER1_SOLLC      -1      91      91      METAL
28 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER1_SOLLC      -1      94      94      METAL
29 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER1_SOLLC      -1      124     124     METAL
30 <html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 55_130</a></html>      FER1_SOLLC      -1      55      130     Pfam
31 Evidence: EI4   Q93XJ9_SOLTU    -1      1       48      SIGNAL
32 <html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 55_130</a></html>      Q93XJ9_SOLTU    -1      55      130     Pfam
33 Chloroplast     FER1_PEA        -1      1       52      TRANSIT
34 L -> I (in strain: cv. Onward)  FER1_PEA        -1      59      59      VARIANT
35 I -> L (in strain: cv. Onward)  FER1_PEA        -1      85      85      VARIANT
36 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER1_PEA        -1      91      91      METAL
37 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER1_PEA        -1      96      96      METAL
38 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER1_PEA        -1      99      99      METAL
39 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER1_PEA        -1      129     129     METAL
40 YPTS -> PPPA (in Ref. 2)        FER1_PEA        -1      132     135     CONFLICT
41 <html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 60_135</a></html>      FER1_PEA        -1      60      135     Pfam
42 <html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 63_138</a></html>      Q7XA98_TRIPR    -1      63      138     Pfam
43 Chloroplast     FER1_MESCR      -1      1       51      TRANSIT
44 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER1_MESCR      -1      90      90      METAL
45 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER1_MESCR      -1      95      95      METAL
46 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER1_MESCR      -1      98      98      METAL
47 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER1_MESCR      -1      128     128     METAL
48 <html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 59_134</a></html>      FER1_MESCR      -1      59      134     Pfam
49 Chloroplast     FER1_SPIOL      -1      1       50      TRANSIT
50 STRAND  FER1_SPIOL      -1      52      59      STRAND
51 TURN    FER1_SPIOL      -1      60      61      TURN
52 STRAND  FER1_SPIOL      -1      62      69      STRAND
53 TURN    FER1_SPIOL      -1      70      71      TURN
54 HELIX   FER1_SPIOL      -1      74      80      HELIX
55 TURN    FER1_SPIOL      -1      81      82      TURN
56 STRAND  FER1_SPIOL      -1      88      92      STRAND
57 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER1_SPIOL      -1      89      89      METAL
58 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER1_SPIOL      -1      94      94      METAL
59 TURN    FER1_SPIOL      -1      96      97      TURN
60 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER1_SPIOL      -1      97      97      METAL
61 STRAND  FER1_SPIOL      -1      98      104     STRAND
62 TURN    FER1_SPIOL      -1      109     110     TURN
63 HELIX   FER1_SPIOL      -1      116     121     HELIX
64 TURN    FER1_SPIOL      -1      122     122     TURN
65 STRAND  FER1_SPIOL      -1      123     125     STRAND
66 HELIX   FER1_SPIOL      -1      126     128     HELIX
67 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER1_SPIOL      -1      127     127     METAL
68 STRAND  FER1_SPIOL      -1      130     133     STRAND
69 STRAND  FER1_SPIOL      -1      135     138     STRAND
70 HELIX   FER1_SPIOL      -1      142     144     HELIX
71 <html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 58_133</a></html>      FER1_SPIOL      -1      58      133     Pfam
72 I -> V  FER3_RAPSA      -1      8       8       VARIANT
73 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER3_RAPSA      -1      39      39      METAL
74 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER3_RAPSA      -1      44      44      METAL
75 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER3_RAPSA      -1      47      47      METAL
76 S -> T  FER3_RAPSA      -1      55      55      VARIANT
77 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER3_RAPSA      -1      77      77      METAL
78 R -> K  FER3_RAPSA      -1      91      91      VARIANT
79 M -> V  FER3_RAPSA      -1      95      95      VARIANT
80 <html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 8_83</a></html>        FER3_RAPSA      -1      8       83      Pfam
81 Chloroplast     FER2_ARATH      -1      1       52      TRANSIT
82 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER2_ARATH      -1      91      91      METAL
83 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER2_ARATH      -1      96      96      METAL
84 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER2_ARATH      -1      99      99      METAL
85 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER2_ARATH      -1      129     129     METAL
86 <html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 60_135</a></html>      FER2_ARATH      -1      60      135     Pfam
87 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER_BRANA       -1      39      39      METAL
88 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER_BRANA       -1      44      44      METAL
89 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER_BRANA       -1      47      47      METAL
90 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER_BRANA       -1      77      77      METAL
91 <html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 8_83</a></html>        FER_BRANA       -1      8       83      Pfam
92 Chloroplast     FER1_ARATH      -1      1       52      TRANSIT
93 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER1_ARATH      -1      91      91      METAL
94 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER1_ARATH      -1      96      96      METAL
95 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER1_ARATH      -1      99      99      METAL
96 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER1_ARATH      -1      129     129     METAL
97 <html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 60_135</a></html>      FER1_ARATH      -1      60      135     Pfam
98 <html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 60_118</a></html>      Q93Z60_ARATH    -1      60      118     Pfam
99 Chloroplast     FER1_MAIZE      -1      1       52      TRANSIT
100 STRAND  FER1_MAIZE      -1      57      59      STRAND
101 STRAND  FER1_MAIZE      -1      72      74      STRAND
102 HELIX   FER1_MAIZE      -1      76      80      HELIX
103 TURN    FER1_MAIZE      -1      81      84      TURN
104 STRAND  FER1_MAIZE      -1      90      97      STRAND
105 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER1_MAIZE      -1      91      91      METAL
106 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER1_MAIZE      -1      96      96      METAL
107 TURN    FER1_MAIZE      -1      98      99      TURN
108 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER1_MAIZE      -1      99      99      METAL
109 TURN    FER1_MAIZE      -1      118     119     TURN
110 HELIX   FER1_MAIZE      -1      120     123     HELIX
111 TURN    FER1_MAIZE      -1      128     129     TURN
112 Iron-sulfur (2Fe-2S)    FER1_MAIZE      -1      129     129     METAL
113 STRAND  FER1_MAIZE      -1      132     135     STRAND
114 STRAND  FER1_MAIZE      -1      137     141     STRAND
115 TURN    FER1_MAIZE      -1      142     142     TURN
116 <html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 60_135</a></html>      FER1_MAIZE      -1      60      135     Pfam
117 <html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 52_127</a></html>      O80429_MAIZE    -1      52      127     Pfam
118 ENDGROUP        uniprot