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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>The Tree Viewing Window</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>The Tree Viewing Window</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     The tree viewing window is opened when a tree has been <a
  31       href="tree.html">calculated from an alignment</a>, or
  32     imported via a file or web service. It includes <a href="#menus">menus</a>
  33     for controlling layout and file and figure creation, and enables
  34     various selection and colouring operations on the associated
  35     sequences in the alignment.
  36   </p>
  37   <p>
  38     <strong><em>Selecting Sequence Leaf Nodes</em></strong><br>
  39     Selecting sequence IDs at the leaves of the tree selects the
  40     corresponding sequences in the original alignment. These selections
  41     are also reflected in any other analysis windows associated with the
  42     alignment, such as another tree viewer.
  43   </p>
  44   <p>
  45                 <strong><em><a name="partitioning">Grouping
  46                                         sequences by partitioning</a> the tree at a particular distance</em></strong><br>
  47                 Clicking anywhere along the extent of the tree (but not on a leaf or
  48                 internal node) defines a tree 'partition', by cutting every branch of
  49                 the tree spanning the depth where the mouse-click occurred. A red line
  50                 will be shown where the partition was made, and groups are created
  51                 containing sequences at the leaves of each connected sub tree. These
  52                 groups are each given a different colour, which are reflected in other
  53                 windows in the same way as if the sequence IDs were selected, and can
  54                 be edited in the same way as user defined sequence groups.
  55         </p>
  56   <p>
  57     Tree partitions are useful for comparing clusters produced by
  58     different methods and measures. They are also an effective way of
  59     identifying specific patterns of conservation and mutation
  60     corresponding to the overall phylogenetic structure, when combined
  61     with the <a href="../colourSchemes/conservation.html">conservation
  62       based colour scheme</a>.To distinguish parts of the alignment assigned
  63     to different groups, you may also enable the Sequence ID colour
  64     scheme via the <a href="../menus/alwcolour.html">Alignment
  65       window's Colours menu</a> (<em>Since 2.11</em>).
  66   </p>
  67   <p>
  68     <strong><em>Selecting Subtrees and changing the branch
  69         order and subtree group colour</em></strong><br> Moving the mouse over an
  70     internal node of the tree will highlight it. You can then :
  71   <ul>
  72     <li>Click the highlighted node to select all the sequences in
  73       that branch.
  74     <li>Double-click the highlighted node to rearrange the tree
  75       diagram by inverting the branch ordering at that node.
  76     <li>Right-click to open the 'Select Sub-Tree Colour' dialog
  77       box, to pick a new colour for the sub-tree and associated
  78       sequences.
  79   </ul>
  80   </p>
  81   <p>
  82     <strong><a name="menus"> File Menu</a></strong>
  83   </p>
  84   <p>This menu allows the displayed tree to be saved as a Newick
  85     tree file (Save&#8594;Newick File), printed or exported as an image
  86     (PNG) or Postscript file. Finally, data used to calculate the tree
  87     can be retrieved with the 'Input Data...' entry.</p>
  88   <p>
  89     <strong>View Menu</strong>
  90   </p>
  91   <p>When the tree viewer is opened, it displays all the annotation
  92     associated with a tree. Trees calculated by Jalview have branch
  93     lengths, which correspond to the distance measure used to construct
  94     the tree. Tree imported from outside may also contain bootstrap
  95     information, and additional leaves from sequences not present in the
  96     associated alignment.</p>
  97   <p>The view menu mostly contains options controlling the way a
  98     tree is rendered and labeled:
  99   <ul>
 100     <li><strong>Fit to Window</strong>
 101       <p>The tree layout will be scaled to fit in the display
 102         window. You may need to reduce the font size to minimise the
 103         leaf label overlap when this option is selected.</p></li>
 104     <li><strong>Font Size ...</strong><em>n</em>
 105       <p>
 106         Brings up a dialog box to set the font size for the leaf names.
 107         <em>n</em> is the current font size.
 108       </p></li>
 109     <li><strong>Show Distances</strong>
 110       <p>Labels each branch or leaf with its associated branch
 111         length.</p></li>
 112     <li><strong>Show Bootstrap values</strong>
 113       <p>Labels each branch or leaf with its associated bootstrap
 114         value.</p></li>
 115     <li><strong>Mark unlinked leaves</strong>
 116       <p>Toggles the display of a '*' at the beginning of a leaf
 117         label to indicate that there is no sequence corresponding to
 118         that leaf in the associated alignment.</p></li>
 119     <li><strong>Sort Alignment By Tree</strong>
 120       <p>
 121         Sorts any associated alignment views using the current tree. (<em>Only
 122           available in the Jalview Desktop</em>)
 123       </p></li>
 124     <li><strong>Associate Leaves with ...</strong>
 125       <p>
 126         Only visible when there are <a
 127           href="../features/multipleViews.html">multiple
 128           views</a> of the same alignment to show and edit which alignment
 129         views are associated with the leaves of the displayed tree.
 130       </p>
 131   </ul>
 132   </p>
 133 </body>
 134 </html>