help/help/html/features/commandline.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Running Jalview from the command line</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Running Jalview from the command line</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Jalview can be run from the command line, and provides a <a
  31       href="clarguments.html">range of arguments</a>. These arguments
  32     can also be passed via <strong>.JVL</strong> files, which are opened
  33     automatically by the Jalview application when double-clicked in a
  34     file browser on Windows and OSX.
  35   </p>
  36   The way that you launch Jalview from the command line depends on the
  37   platform you are on, and how it has been installed.
  38
  39   <ul>
  40     <li>Standard installation on Linux/Unix:<pre>
  41        /PATH_TO_JALVIEW/Jalview -open https://www.jalview.org/examples/jpred_msa.fasta -annotations https://www.jalview.org/examples/jpred_msa.seq.concise -colour Clustal</pre>
  42     </li>
  43     <li>Standard installation on Windows:<pre>
  44       \PATH_TO_JALVIEW\Jalview.exe -open %HOMEPATH%\myalignment.fa</pre>
  45     </li>
  46     <li>OSX Application:<pre>
  47 open /Applications/Jalview.app --args -open ~/myalignment.fa</pre><em>(put
  48         all the Jalview arguments <em>after</em> the --args parameter)
  49     </em><br />
  50     <br /></li>
  51     <li>Jalview standalone executable Jar<pre>
  52         &lt;Path to Java home&gt;/bin/java -jar &lt;Path to Jalview Jar&gt;/jalview-all-1.8.jar -open myalignment.fa</pre></li>
  53   </ul>
  54   <p>
  55     If you have installed Jalview via <em>conda</em> or another package
  56     manager then you most likely have a 'jalview' command available in
  57     your terminal shell's default path. Alternately, if you have built
  58     Jalview from source, then take a look at the doc/building.md file
  59     included in the source distribution.
  60   </p>
  61   <p>
  62     Use '-help' to get more information on the <a
  63       href="clarguments.html">command line arguments</a> that Jalview
  64     accepts.
  65   </p>
  66   <p>
  67     <strong>Passing JVM Arguments to Jalview</strong><br /> If you need
  68     to modify parameters for Jalview's Java Virtual Machine, or
  69     configure system properties, then take a look at the instructions
  70     for how to <a href="../memory.html#jvm">setting the JVM's
  71       maximum memory</a>.<br />
  72   <p>
  73     <strong>Changing Jalview's 'Look and Feel'</strong> <br />If you
  74     are experiencing issues with the font size or layout of Jalview's
  75     GUI, you can try changing Jalview's 'Look and feel' by
  76     specifying a custom system property 'laf' on startup (see <a
  77       href="../memory.html#jvm">setting the JVM's memory</a> for
  78     instructions on how to do this for your platform). <br />For the
  79     Jalview standalone executable jar, simply provide one of the
  80     property settings before the -jar argument
  81   </p>
  82   <ul>
  83     <li>-Dlaf=system (default look and feel for the OS)</li>
  84     <li>-Dlaf=crossplatform (Java's Metal Look and Feel)</li>
  85     <li>-Dlaf=nimbus (Java's alternative Nimbus Look and Feel)</li>
  86     <li>-Dlaf=mac (only has an effect on OSX)</li>
  87     <li>-Dlaf=gtk (only has an effect on Linux)</li>
  88     <li>-Dlaf=metal (force Java's Metal Look and Feel, default on linux)</li>
  89     <li>-Dlaf=quaqua (macOS only. Force attempt at old macOS theme)</li>
  90     <li>-Dlaf=vaqua (macOS only. Force attempt at modern macOS theme)</li>
  91   </ul>
  92   The currently configured look and feel is logged to Jalview's console.
  93   Once the look and feel has been changed, it will be stored in
  94   Jalview's .jalview_properties file for future Jalview sessions.  This property is <strong>PREFERRED_LAF</strong> and can also be used to set the Look and feel by editing your .jalview_properties file.
  95
  96   <p>&nbsp;</p>
  97   <p>&nbsp;</p>
  98 </body>
  99 </html>