help/help/html/features/jvlfiles.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <title>JVL - Jalview Launch Files</title>
  23 <body>
  24   <p>
  25     <strong>Jalview Launch Files - JVL</strong>
  26   </p>
  27   <p>Files with a '.jvl' (or .JVL) extension can be opened by the
  28     Jalview desktop application, and allow you to:</p>
  29   <ul>
  30     <li><strong>Switch between different Jalview Versions</strong></li>
  31     <li><strong>Configure the <a href="../memory.html">proportion
  32           of memory</a> allocated to Jalview
  33     </strong></li>
  34     <li><strong>Import data and pass <a
  35         href="clarguments.html">command line arguments</a></strong></li>
  36   </ul>
  37   <p>
  38     Some example JVL files are given below - copy and paste them into a
  39     text editor and save them as a file with the extension '.jvl'. To
  40     test, open your saved .jvl file via the OSX File Chooser or Windows
  41     file explorer, or pass it to Jalview via the <a
  42       href="./commandline.html">command line</a>
  43   </p>
  44   <p>
  45     <strong>Passing command line arguments</strong>
  46   <pre>
  47 # Jalview Launch File
  48 # Please install the Jalview Desktop from
  49 # http://www.jalview.org/getdown/release
  50 # and then try to open this file again
  51 jalview.apparg=-open
  52 jalview.apparg=http://www.jalview.org/examples/jpred_msa.fasta
  53 jalview.apparg=-annotations
  54 jalview.apparg=http://www.jalview.org/examples/jpred_msa.seq.concise
  55 jalview.apparg=-colour
  56 jalview.apparg=Clustal
  57 </pre>
  58   <p>
  59     <strong>Launching a different version of Jalview</strong>
  60   <pre>
  61 # Jalview Launch File
  62 # Please install the Jalview Desktop from
  63 # http://www.jalview.org/getdown/release
  64 # and then try to open this file again
  65 appbase=http://www.jalview.org/getdown/archive/2_10_5/
  66 </pre>
  67   For security, the Jalview application will only allow
  68   <em>appbase</em> URLs from www.jalview.org.
  69 </body>
  70 </html>