help/help/html/features/paematrices.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Working with PAE Matrices in Jalview</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27         <p>
  28                 <strong>Working with Predicted Alignment Error Matrices in
  29                         Jalview</strong>
  30         </p>
  31
  32         <p>Predicted Alignment Error (PAE) matrices are produced by deep-learning
  33                 based 3D-structure prediction pipelines such as AlphaFold. They reflect how reliably two parts of a model have been positioned in space, by giving for each residue the likely error (in Angstroms) between the modelled position and the pair of residues' real relative position.</p>
  34                 <p>
  35                 Jalview visualises PAE matrices as an alignment annotation track, shaded from dark green to white, as used on the EBI-AlphaFold website (see )
  36                 </p>
  37         <p>
  38                 <strong>Importing PAE Matrices</strong>
  39         </p>
  40         <p>
  41                 Jalview retrieves PAE matrices when importing predicted 3D structures
  42                 from the EBI-AlphaFold database via <a
  43                         href="../features/structurechooser.html">Jalview's structure
  44                         chooser</a> GUI. If you have produced your own models and accompanying
  45                 PAE matrices using a pipeline such as ColabFold, then you can load
  46                 them both together via the <a
  47                         href="../features/structurechooser.html#loadpdbfile">Load PDB
  48                         File</a> dropdown menu in the 3D structure chooser. in a <a
  49                         href="../io/paematrixformat.html">supported PAE format</a>.
  50         </p>
  51         <p>
  52                 The <a href="../features/clarguments-basic.html">Command Line
  53                         Interface</a> also provides a options for importing PAE matrices along
  54                 side models, enabling the automated production of alignment figures
  55                 annotated with PAE matrices and PLDDT scores.
  56         </p>
  57         <p>
  58                 See <a href="../features/paematrices.html">Working with PAE
  59                         Matrices</a> for information on how they are visualised and analysed in
  60                 Jalview.
  61         </p>
  62         </p>
  63         <p>
  64                 An additional <em>Predicted Alignment Error</em> file can also be
  65                 provided when importing 3D structure data. Jalview supports import of
  66                 PAE Matrices provided as <a href="../io/paematrixformat.html">AlphaFold
  67                         format JSON files</a> - which are also produced by ColabFold. See <a
  68                         href="paematrices.html">Working with PAE Matrices</a> for details on
  69                 what Jalview allows you to do with associated PAE matrix data.
  70         </p>
  71         <p>
  72                 <em>The Structure Chooser interface was introduced in Jalview
  73                         2.9. </em>
  74         </p>
  75 </body>
  76 </html>