help/help/html/features/preferences.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Preferences</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <p>
  28     <strong>Preferences</strong>
  29   </p>
  30   <p>
  31     The preferences panel is opened from the Jalview Desktop&rsquo;s <strong><em>Tools</em></strong>
  32     menu.
  33   </p>
  34   <p>There are eight tabs in the Preferences dialog box:
  35   <ul>
  36     <li>The <a href="#visual"><strong>&quot;Visual&quot;</strong>
  37         Preferences</a> tab allows you to configure the default display for
  38       a new alignment window.
  39     </li>
  40     <li>The <a href="#colours"><strong>&quot;Colours&quot;</strong>
  41         Preferences</a> tab allows you to configure default colourschemes
  42       for a new alignment window.
  43     </li>
  44     <li>The <a href="#overview"><strong>&quot;Overview&quot;</strong>
  45         Preferences</a> tab configures defaults for the overview window.
  46     </li>
  47     <li>The <a href="#structure"><strong>&quot;Structure&quot;</strong>
  48         Preferences</a> tab allows you to configure options for obtaining
  49       and displaying structure information.
  50     </li>
  51     <li>The <a href="#connections"><strong>&quot;Connections&quot;</strong>
  52         Preferences</a> tab allows you to configure Jalview's internet
  53       settings.
  54     </li>
  55     <li>The <a href="#links"><strong>&quot;Links&quot;</strong>
  56         Preferences</a> tab shows the currently configured <em>URL
  57         Links</em> shown in the <strong>Link</strong> submenu in the Sequence
  58       ID popup menu.
  59     </li>
  60     <li>The <a href="#output"><strong>&quot;Output&quot;</strong>
  61         Preferences</a> tab contains settings affecting the export of
  62       sequence alignments and EPS files.
  63     </li>
  64     <li>The <a href="#editing"><strong>&quot;Editing&quot;</strong>
  65         Preferences</a> tab contains settings affecting behaviour when editing alignments.
  66     </li>
  67     <li>The <a href="#startup"><strong>&quot;Startup&quot;</strong>
  68         Preferences</a> tab allows you to adjust how much memory is
  69       allocated to Jalview when it is launched.
  70     </li>
  71     <li>The <a href="../webServices/webServicesPrefs.html"><strong>&quot;Web
  72           Service&quot;</strong> Preferences</a> tab allows you to configure the <a
  73       href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws">JABAWS</a>
  74       servers that Jalview uses, and change the layout of the
  75       alignment's Web Services menu.
  76     </li>
  77   </ul>
  78   </p>
  79   <p>
  80     <strong><a name="visual">Visual</a> Preferences tab</strong>
  81   </p>
  82   <p>
  83     <em>Maximise Window</em> - If this is selected, a new alignment
  84     window will stretch to fit the available space.
  85   </p>
  86   <p>
  87     <em>Open Overview Window</em> - When this is selected, the <a
  88       href="overview.html">alignment overview</a> panel is opened
  89     by default for a new alignment window.
  90   </p>
  91   <p>
  92     <em>Show Annotations</em> - If this is selected the new window will
  93     display an annotation panel below the sequences. This annotation
  94     panel may have several rows describing the whole alignment. The 4
  95     standard annotations <em>Conservation</em>, <em>Quality</em>,
  96     <em>Occupancy</em> and <em>Consensus</em> for the alignment may
  97     be shown or hidden by default using the checkboxes adjacent and
  98     below.
  99   </p>
 100   <p>
 101     <em>Show group: Conservation and Consensus</em> controls the display
 102     of per-group automatic annotation.
 103   </p>
 104   <p>
 105     <em>Consensus: Histogram and Logo</em> checkboxes control the
 106     display of the consensus histogram and sequence logo for consensus
 107     annotation rows.
 108   </p>
 109   <p>
 110     <em>Full Sequence ID</em> - If selected the ID panel will display
 111     the name of a sequence plus the start and end residues in the format
 112     name/start-end. If not selected, the displayed ID will be the name
 113     of the sequence.
 114   </p>
 115   <p>
 116     <em>Right Align IDs</em> - select to align all sequence IDs to the
 117     left-hand edge of the sequence alignment, rather than the left-hand
 118     edge of the alignment display window.
 119   </p>
 120   <p>
 121     <em>Font</em> - The default font name, size and style can be set for
 122     a new alignment window.
 123   </p>
 124   <p>
 125     <em>Sequence ID Tooltip</em>: Control the display of Database
 126     References and Non-positional annotation in the tooltip displayed
 127     when the mouse is over a sequence's ID.
 128   </p>
 129   <p>
 130     <em>Show Unconserved</em> - When this is selected, all consensus
 131     sequence symbols will be rendered as a '.', highlighting mutations
 132     in highly conserved alignments.
 133   </p>
 134   <p>
 135     <em>Sequence Name Italics</em> - select to apply the italicised
 136     version of the font to sequence labels.
 137   </p>
 138   <p>
 139     <em>Smooth Font</em> - Toggles anti-aliasing on / off for faster
 140     rendering of the alignment.
 141   </p>
 142   <p>
 143     <em>Gap Symbol</em> - The default gap symbol may be set to either
 144     &quot;-&quot; or &quot;.&quot;
 145   </p>
 146   <p>
 147     <em>Wrap Alignment</em> - Select whether to open new alignment
 148     windows in wrapped mode or not.
 149   </p>
 150   <p>
 151     <em>Sort alignment by</em> - When the alignment is loaded in, it can
 152     be ordered as read (No sort), or sorted by Id or pairwise identity.
 153   </p>
 154   <p>
 155     <em>Sort annotations by</em> - Annotations can be unsorted, sorted
 156     by the order of the related sequences in the alignment, or by label.
 157     Autocalculated annotations (e.g. Consensus) can be shown either last
 158     (below sequence annotations) or first (above sequence annotations).
 159     <em>Since Jalview 2.8.2.</em>
 160   </p>
 161   <p>
 162     <em>Open file</em> - If this is selected then the default alignment
 163     file will be opened when Jalview is started. You can change the
 164     default file by clicking on file name and either typing in the file
 165     path or selecting it from the file chooser window.<br /> <em>Note:
 166       The default example alignment is updated periodically to
 167       demonstrate new features in Jalview.</em>
 168   </p>
 169   <p>
 170     <a name="colours"><strong>&quot;Colours&quot;
 171         Preferences tab</strong>
 172   </p>
 173   <p>
 174     <em>Alignment Colour</em> - The default colour scheme for a new
 175     alignment window. If the chosen option is &quot;User Defined&quot;
 176     then the last User Defined Colour loaded or saved via the User
 177     Defined Colours panel will be loaded.
 178   </p>
 179   <p>
 180     <em>Annotation Shading Default</em> - set the default minimum and
 181     maximum colours used when <a
 182       href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Colour
 183       by Annotation...</a> is selected from the alignment window's colours
 184     menu.
 185   </p>
 186    <p>
 187     <a name="overview"><strong>&quot;Overview&quot;
 188         Preferences tab</strong>
 189   </p>
 190   <p>
 191     <em>Use legacy gap colouring (gaps are white)</em> - when enabled,
 192     Jalview's overview shows gaps as white, and sequences with no
 193     colourscheme applied as grey.
 194   </p>
 195   <p>
 196     <em>Show Hidden regions when opening overview</em> - default setting
 197     for inclusion of hidden regions.
 198   </p>
 199   <p>
 200     <em>Gap Colour</em> - When legacy gap colouring is not enabled, this
 201     configures the default colour for gaps in the overview.
 202   </p>
 203   <p>
 204     <em>Hidden Colour</em> - colour used to highlight regions in the
 205     overview that are hidden in the alignment.
 206   </p>
 207   <p>
 208     <a name="structure"><strong>&quot;Structure&quot;
 209         Preferences tab</strong></a><em> added in Jalview 2.8.2</em>
 210   </p>
 211   <p>
 212     <em>Process secondary structure from PDB</em> - if selected, then
 213     structure information read from PDB will be processed and annotation
 214     added to associated sequences.
 215   <p>
 216     <em>Use RNAView for secondary structure</em> - if selected, the
 217     pyRNA RNAView service (<a href="https://github.com/fjossinet/PyRNA">https://github.com/fjossinet/PyRNA</a>)
 218     will be called to derive secondary structure information for RNA
 219     chains.
 220   <p>
 221     <em>Add secondary structure annotation to alignment</em> - if
 222     selected, <a href="http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/">Jmol's
 223       implementation DSSP</a> will be used to add annotation to polypeptide
 224     chains in the structure.
 225   <p>
 226     <em>Add Temperature Factor annotation to alignment</em> - if
 227     selected, values extracted from the Temperature Factor column for
 228     the backbone atoms in the PDB file will be extracted as annotation
 229     lines shown on the alignment.<br/><em>Since 2.11.2, scores from the Temperature Column for structures imported via the 3D-Beacons network may be shown instead as model quality or reliability scores.</em>
 230   <p>
 231     <em>Default structure viewer</em> - choose Jmol, CHIMERA, CHIMERAX or PYMOL for
 232     viewing 3D structures.
 233   <p>
 234     <em>Path to Chimera/X/Pymol program</em> - Optional, as Jalview will search
 235     standard installation paths for Windows, Linux or MacOS. If Jalview cannot locate the installation for your selected structure viewer, a dialog will be shown. If you have
 236     installed the chosen viewer in a non-standard location, you can specify it
 237     here, by entering the full path to its executable.<br/>For Chimera, locate the path to the chimera program, similarly for ChimeraX and Pymol. Rather than typing in the path, you can also <em>double-click this field</em> to open a file chooser dialog.</p>
 238   <p>
 239     <em>Sequence &lt;-&gt; Structure Mapping Method</em> - This setting controls whether
 240     Jalview attempts to retrieve mappings between Uniprot protein
 241     sequences and 3D structures in the PDBe with SIFTS, or constructs a
 242     mapping by conservative alignment between the sequences and chains
 243     in the 3D structure data using the Needleman and Wunsch algorithm.
 244     SIFTS is enabled by default.
 245   <p>
 246     <em>PDB Fields shown in Search and Structure Summaries</em> - ticks
 247     in this table indicate fields shown by default when browsing results
 248     of a free text search via the PDB sequence fetcher, or 3D structures
 249     offered by the 3D Structure Chooser.<p>
 250   <p>
 251     <a name="connections"><strong>&quot;Connections&quot;
 252         Preferences tab</strong></a>
 253   </p>
 254   <p>
 255     <em>Default Browser (Unix)</em><br> It's difficult in Java to
 256     detect the default web browser for Unix users. If Jalview can't find
 257     your default web browser, enter the name or full path to your web
 258     browser application.
 259   </p>
 260   <p>
 261     <em>Proxy Server</em><br>
 262     There are three settings to choose from:<br>
 263     <ul>
 264             <li><em>No proxy servers</em> will configure Jalview to use a
 265                     direct internet connection.</li>
 266             <li><em>System proxy servers</em> will configure Jalview to use
 267                     the proxy server passed to it by your system at startup.</li>
 268             <li><em>Use these proxy servers:</em> allows you to set a custom
 269                     proxy server.</li>
 270     </ul>
 271     If you normally use a proxy server for using the internet, you must
 272     choose one of <em>System proxy servers</em>, or if these have not been
 273     passed correctly you should set your own proxy servers to use by selecting
 274     <em>Use these proxy servers</em>.
 275     You will then need to enter the host and port details as necessary.
 276     Web Services will not work if you are using a proxy server and do
 277     not choose the system proxy or enter your own settings here.<br>
 278     There are separate host and port settings for HTTP and HTTPS proxies.
 279     Often these are the same but you should enter the host and port into both
 280     rows.<br>
 281     You can also check the <em>Authentication required</em> box if your proxy
 282     requires username and password authentication.  You can enter both the
 283     <em>Username</em> and <em>Password</em> but only the <em>Username</em> will
 284     be stored in Jalview's preferences file, the password will only be stored
 285     until the end of the current Jalview session.<br>
 286     This means that if the proxy settings are still valid, Jalview will ask for
 287     the password when it starts the next session.
 288   </p>
 289   <p>
 290     <em>Usage statistics, Questionnaire and Version checks</em><br>
 291     Uncheck these options to prevent Jalview from submitting usage
 292     statistics to google analytics, checking for Jalview questionnaires
 293     or retrieving details of the latest release version (at
 294     www.jalview.org). See the <a href="../privacy.html">user privacy
 295       statement</a> for more information.
 296   </p>
 297   <p>
 298   <a name="backups"><strong>The &quot;Backups&quot; Preferences Tab</strong></a>
 299   </p>
 300   <p>Since Jalview 2.11.0, overwriting an existing file when saving
 301     or exporting data will by default trigger a backup file to be
 302     created. Several options are provided to control how backup files
 303     are named, and how many old versions will be kept.</p>
 304     <p>
 305     <em>Schemes</em> - select from three default schemes <em>Single Backup</em>, <em>Keep All Versions</em>, and <em>Rolled Backup Files</em>, or choose <em>Custom</em> to enable a previously defined custom scheme.
 306     </p><p>
 307     <em>Custom</em> - Check this box to adjust the parameters of the currently selected scheme. Once <em>OK</em> is selected these parameters will be saved as the <em>Custom</em> scheme in your user preferences. To revert changes hit <em>Cancel</em>.
 308     </p>
 309     <p><em>Scheme Examples</em> - shows how backup files will appear according to the currently selected scheme and parameters.
 310     </p>
 311     <p><em>Deleting Old Backup Files</em> - these settings control how many backups are kept.</p>
 312     <p><em>Backup filename strategy</em> - specify the naming convention for numbered backups and how they are ordered.</p>
 313   <p>
 314     <a name="links"><strong>The &quot;Links&quot; Preferences
 315         tab</strong></a>
 316   </p>
 317   <p>
 318     This panel shows a table, and two sections - <em>Edit</em> and <em>Filter</em>.
 319     The table shows the available URL link definitions (consisting of a
 320     database, Name, and URL template string), a checkbox <em>In
 321       Menu</em> which indicates if the link is enabled, and <em>Double
 322       Click</em> which marks the link that will be opened if a sequence's ID
 323     is double clicked. The table can be sorted by clicking on the column headers.
 324   </p>
 325   <p><em>Edit Links</em><br /> This section contains three buttons,
 326     <em>New</em>, <em>Edit</em> and <em>Delete</em>, which allow you to
 327     create, modify and remove user-defined URL links from the Sequence
 328     ID's links submenu.
 329   </p>
 330   <p>
 331     <em>Filter</em><br /> The <em>Filter text</em> box allows you to
 332     quickly show rows in the table containing a particular text string.
 333     The <em>Custom only</em> button limits the entries in the table to
 334     just those you have configured yourself <em>via</em> the <em>Edit
 335       Links</em> buttons. Press <em>Show all</em> to clear any filters.
 336   </p>
 337   <p>The links table is prepopulated with persistent URLs for many common
 338     bioinformatics databases (since 2.10.2). These links are downloaded by Jalview from
 339     the <em>identifiers.org</em> website, and the names and URLs are not
 340     user editable.
 341     <a href="../webServices/urllinks.html#urllinks">Read more about configuring
 342       URL links.</a>
 343   </p>
 344   <p>
 345     <a name="output"><strong>Output Preferences tab</strong></a>
 346   </p>
 347   <p>
 348     <em>EPS Rendering Style</em><br> This is a selection box which
 349     allows the user to set a default rendering style for EPS export:
 350   <ul>
 351     <li>&quot;Prompt each time&quot;<br> Choose this to be
 352       asked to select between Lineart and Text each time you make an EPS
 353       file.
 354     </li>
 355     <li>&quot;Lineart&quot;<br> EPS files will accurately
 356       reproduce the alignment view in Jalview and all characters will be
 357       converted into line art. Files generated in this way are large and
 358       are not easily editable, but have no font table dependencies.
 359     </li>
 360     <li>&quot;Text&quot;<br> EPS files will be a mixture of
 361       text and lineart. This produces compact files that can be edited
 362       easily in programs like Microsoft Word and Adobe Illustrator, but
 363       can be problematic if the fonts available to Jalview are not
 364       accessible by the program reading the EPS file.
 365   </ul>
 366   <p>
 367     <em>Automatically set ID width</em><br> When enabled, the
 368     column containing sequence and annotation labels at the left hand
 369     side of an exported figure will be made large enough to display each
 370     sequence ID and annotation label in its own line. Enable this if you
 371     have particularly long sequence IDs and need to generate EPS or PNG
 372     figures or web pages.
 373   </p>
 374   <p>
 375     <em>Figure ID column width</em><br> Manually specify the width
 376     of the left hand column where sequence IDs and annotation labels
 377     will be rendered in exported alignment figures. This setting will be
 378     ignored if <em>&quot;Automatically set ID width&quot;</em> is set.
 379   </p>
 380   <p>
 381     <em>Sequence/Start-End Numbering</em><br> The output tab also
 382     has a group of checkboxes for each file format. If these are ticked,
 383     then Jalview will write files with the start and end sequence
 384     positions appended to each sequence id:
 385   <pre>
 386   >ID/1-10
 387   AACDEAAFEA
 388 </pre>
 389   <p>If the boxes are left unchecked for a particular format, the
 390     sequence limits will not be appended to the sequence id.</p>
 391   <p>
 392     <em>Embed BioJSON to HTML export</em>
 393   </p>
 394   <p>
 395     When this option is enabled, Jalview embeds <a
 396       href="bioJsonFormat.html">BioJSON</a> data within HTML files
 397     exported from Jalview at generation time. This enables the exported
 398     HTML files to be extracted and imported back into the Jalview
 399     desktop application at a later time.
 400   <p>
 401     <em>Use Modeller Output</em>
 402   </p>
 403   <p>
 404     This option only applies to PIR format output. Jalview automatically
 405     reads PIR files with sequence descriptions compatible with the
 406     program <a href="http://salilab.org/modeller/">Modeller</a>. If this
 407     option is selected <a href="../io/modellerpir.html">Jalview will
 408       write Modeller style PIR files</a> with correct start/end numbering
 409     and PDB file association (if available). The Jalview id/start-end
 410     option is ignored if Modeller output is selected.
 411   <p>
 412     <a name="editing"><strong>&quot;Editing&quot; Preferences tab</strong></a>
 413   </p>
 414   <p>There are currently three options available which can be
 415     selected / deselected.</p>
 416   <p>
 417     <em>AutoCalculate Consensus</em> - For large alignments it can be
 418     useful to deselect &quot;Autocalculate Consensus&quot; when editing.
 419     This prevents lengthy calculations which are performed after each
 420     sequence edit. New alignment windows will have their
 421     &quot;Autocalculate Consensus&quot; option set according to this
 422     setting.
 423   </p>
 424   <p>
 425     <em>Pad Gaps when Editing</em> - New alignment windows will
 426     &quot;Pad Gaps&quot; according to this setting.
 427   </p>
 428   <p>
 429     <em>Sort with New Tree</em> - When selected, any trees calculated or
 430     loaded onto the alignment will automatically sort the alignment.
 431   </p>
 432   <p>&nbsp;</p>
 433   <p>
 434     <a name="startup"><strong>Startup</strong></a>
 435   </p>
 436   <p>
 437     When Jalview is launched it by default examines the available memory
 438     and requests up to 90% to be allocated to the application, or 32G,
 439     which ever is smaller. The <em>Startup</em> tab allows you to adjust
 440     the maximum percentage and hard limits for Jalview memory allocation
 441     stored in your .jalview_properties file.
 442   </p>
 443   <p>&nbsp;</p>
 444   <em>Web Services Preferences</em> - documentation for this tab is
 445   given in the
 446   <a href="../webServices/webServicesPrefs.html">Web Services
 447     Preferences section</a>.
 448   <p>&nbsp;</p>
 449 </body>
 450 </html>